BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G62000.1 Length=3515 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg950963 jgi|Araly1|950963|scaffold_802850.1 4218 0.0 > Ahg950963 jgi|Araly1|950963|scaffold_802850.1 Length=2680 Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0 Identities = 2570/2703 (95%), Gaps = 40/2703 (1%) Strand=Plus/Plus Query 421 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 60 Query 481 CAGATCTGAGCTTCG-GAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 539 ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CAGATCTGAGCTT-GAGAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 119 Query 540 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCTGGTTTTAGTGACCCTAAGGAGACTAGAAATGTCTCCGT 599 ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 120 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCCGCTTTTAGTGACCCTAAAGAGACTAGAAA--------- 170 Query 600 CGCCGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTACCCGATCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTTTGGA 659 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | || Sbjct 171 ---CGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTAGCCGACCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTGTCGA 227 Query 660 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGTCCGCTTGTGACGGT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 228 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCCGGTCCGCTTGTGACGGT 287 Query 720 TCCTAGACAAGACGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 779 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 288 TCCTAGACAAGATGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 347 Query 780 TTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCGTCAAAGCTTCT 839 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 348 GTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCATCAAAGCTTCT 407 Query 840 CTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCGCA 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 408 TTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCCCA 467 Query 900 GATTACTCTTCTTCCTGAGGCTAATCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCT 959 |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 468 GATTACACTTCTTCCCGAGGCTAACCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCC 527 Query 960 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 528 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 587 Query 1020 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCGGATGAATGTCTCCCACCTCT 1079 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| Sbjct 588 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCTGATGAATGCCTTCCACCTCT 647 Query 1080 GGATATGTCTCGACAGCCTCCCACTCAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 1139 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 648 GGATATGTCTCGACAACCTCCCACACAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 707 Query 1140 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGGGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTACAGAGTGGGTG 1199 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 708 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGAGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTTCAGAGTGGGTG 767 Query 1200 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 1259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 768 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 827 Query 1260 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTTGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAACGTGCC 1319 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 828 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTGGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAATGTGCC 887 Query 1320 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCCACCGCATGGCATGC 1379 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 888 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCTACCGCATGGCATGC 947 Query 1380 CATTTCAACAGGGACTATGTTTACAGTCTACTACAAACCCAGGACGAGCCCATCTGAGTT 1439 ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 948 CATTTCAACGGGGACTATGTTTACAGTGTACTACAAACCAAGGACCAGCCCATCTGAGTT 1007 Query 1440 TATTGTTCCGTTCGATCAGTATATGGAGTCTGTTAAGAATAACTACTCTATTGGCATGAG 1499 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1008 TATTGTTCCGTTTGATCAGTATATGGAGTCTGTGAAGAATAACTACTCCATTGGCATGAG 1067 Query 1500 ATTCAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATCGT 1559 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1068 ATTTAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATTGT 1127 Query 1560 TGGGATTGAAGAGTCTGATCCT-ACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1618 |||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1128 TGGGATTGAAGACTCTGA-CATCACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1186 Query 1619 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAGTAG 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1187 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAATAG 1246 Query 1679 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCTTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1738 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1247 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCGTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1306 Query 1739 GATCAAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCGATGCTTACCAGAGAAGGTACAACTA 1798 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1307 GATCTAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCAATGCTTACTAGAGAAGGCACAACTA 1366 Query 1799 AGGCAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1367 AAACAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1426 Query 1859 ACTCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1918 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1427 ACCCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1486 Query 1919 TTGTCTGGCAATCTTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1978 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1487 TTGTTTGGCAATCCTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1546 Query 1979 ATGGATCTGAGAACTGGATGTCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACAGATTTGCTCT 2038 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 1547 ATGGATCTGAGAACTGGATGCCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACGGATTTGCTTT 1606 Query 2039 CCGGCTTTGGGACTAACATAGATCCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 2098 ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1607 CCGGCTTTGGGGCTAACATAGAACCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 1666 Query 2099 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGAGA-ATCTTGAGTGATTCAGAAGGCAAGTTCGAT 2157 ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| | || |||||||||||| Sbjct 1667 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGA-ATATATTGAGTGATCCGGAGGGCAAGTTCGAT 1725 Query 2158 TATCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATACACTCTGGTCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 2217 | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1726 TTTCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATGCACTCTGGCCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 1785 Query 2218 CCTAAGGTACCTGCAGCAACTGATGCGTCTCT-CCAAGGGCGATGCAATGTTAAATACAG 2276 |||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1786 CCTAAGGTACCTGCGGCAACTGATGCCTCT-TGCCAAGGGCGAGGCAATGTTAAATACAG 1844 Query 2277 CGAATATCCTGTTCTTAATGGTCTATCGACTGAGAATGCTGGTGGTAACTGGCCAATACG 2336 |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1845 TGAATATCCAGTGCTTAATGGTCTATCGACTGAAAATGCTGGCGGTAACTGGCCAATACG 1904 Query 2337 TCCACGTGCTTTGAATTATTATGAGGAAGTGGT-CAATGCTCAAGC----GC--A----- 2384 |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| || | Sbjct 1905 TCCACGTGCTTTGAATTATTTTGAGGAAGTGGTTCA-TGCTCAAGCACAAGCTCAGGCGC 1963 Query 2385 A-GCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCTTCACGATACAAGAGGAGACAGCAA 2443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1964 AAGCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCGTCACAATACAAGAGGAGACAGCAA 2023 Query 2444 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGGCTCTTTGGCATTCCTCTGACCAACAACATGAATGGGA 2503 |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2024 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGACTTTTTGGCATTCCTCTGTCCAACAACATGAATGGGA 2083 Query 2504 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAACAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTACACAGATAG 2563 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2084 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAGCAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTGCACAGATAG 2143 Query 2564 CATCACCAAAGGTTCAGGACCTTTCAGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCAACAAACGATC 2623 |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2144 CATCACCAAAGGTTCAAGACCTTCCCGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCGACAAACGATC 2203 Query 2624 ATCGTGAACAGGGAAGACCATTCCAGACTAATAATCCTCATCCGAAGGATGCTCAAACGA 2683 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2204 ATCGTGAACAGGGAAGACCGTTCCAGACTAATAATTCTCATCCGAAGGATGCTCATACGA 2263 Query 2684 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2743 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2264 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2323 Query 2744 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAGTCGCTGAGCTGGACAGGCTGT 2803 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 2324 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAATCGCGGAGCTGGACAGGCTGT 2383 Query 2804 TTGAGTTCAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGTTGATAGTTTACACAGATG 2863 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2384 TTGAGTTTAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGCTGATAGTTTACACAGATG 2443 Query 2864 AAGAGAATGATATGATGCTTGTTGGTGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2923 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2444 ATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2503 Query 2924 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2504 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2563 Query 2984 GTAGGAGCGAGGAAGAAGCAGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 3043 ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2564 GTAGGAGCGAGGAAG--G-AGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 2620 Query 3044 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCTGGGAACTCTTAAACAAACAAAATAACCAACAACC 3103 |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 2621 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGTGCCGGGAACTCTTAAACAAACAAAA---CCAGCAACC 2677 Query 3104 CTT 3106 ||| Sbjct 2678 CTT 2680 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 132744814624 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5