BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63120.2
Length=2185
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496494 jgi|Araly1|496494|fgenesh2_kg.8__2310__AT5G63120.2 3173 0.0
> Ahg496494 jgi|Araly1|496494|fgenesh2_kg.8__2310__AT5G63120.2
Length=2127
Score = 3173 bits (1718), Expect = 0.0
Identities = 2007/2140 (94%), Gaps = 45/2140 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGGGTTACTAATTTGGGAATTTTACTGTCCAAAACGAATCaaaaaaaaaaTCTAAGCTTT 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||
Sbjct 1 AGGGTTACTAATTTTGGAATTTTACTGTCCAAAACGAATC--ATAAAATATCT-AGCTTT 57
Query 61 TTGTTCCTTTTGCGGC-TTTTCGTCGTCTTCCTTGCACTATCTTCCTTCTGTAGCATCAA 119
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 58 TTGTTCCTTTTGCGGCTTTTTCGACGTCTTCCTTGCACTATCTTCCTTCTATAGCATCAA 117
Query 120 TTCGTTTCCAAGGTTACGTAGTAGAATTTACGCGAGAGAGCGAGAGATCAAAAACCATAA 179
|||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||| || ||
Sbjct 118 TTCGACTCTAAGGTTACGTAGTAGAATTTAAGCGAGAGA-C-A-AGAT-------CA-AA 166
Query 180 CCATCTTAAGTTACAATGAGCTCGTATGATCGTAGATTTGCTGATCCAAATTCGTATCGC 239
| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 167 --A----AAGTTACGATGAGCTCGTATGATCGTAGATTTACTGATCCAAATTCGTATCGC 220
Query 240 CAACGCTCTGGCGCCCCAGTTGGTTCGTCTCAGCCGATGGATCCTTCCGCCGCACCATAC 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 221 CAACGCTCTGGCGCCCCAGTTGGTTCGTCTCAGCCGATGGATCCTTCCGCTGCACCATAC 280
Query 300 AACCCACGGTACACTGGTGGTGGTGGAGGATATGGACCATCTCCGGTAATGGCCGGTGAT 359
||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 281 AACCCACGGTACAGTGGTGGTGGTGGTGGGTATGGACCGTCTCCTGTAATGGCCGGTGAC 340
Query 360 AATTCCGGCTATAATCGGTACCCATCTTTCCAGCCACCTAGTGGCGGTTTCTCTGTTGGC 419
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 341 AATTCCGGATATAATCGGTACCCATCTTTCCAGCCACCTACTGGTGGTTTCTCTGTTGGT 400
Query 420 CGCGGTGGTGGAAGAGGTGGATATGGTCAATACGGCGATAGAAACGGCGGAGGGAATTGG 479
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 401 CGTGGCGGTGGAAGAGGTGGATACGGTCAATACGGGGAGAGAAGCGGCGGAGGGAATT-- 458
Query 480 GGAGGAGGAGGAGGACGTGGCGGATCGAGTAAAAGAGAGCTAGATAGTGTTTCTCTTCCG 539
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 ------GG-GGAGGACGTGGTGGATCGAGTAAAAGAGAGCTAGATAGTGTTTCTCTTCCG 511
Query 540 AAGCAGAATTTTGGGAATCTTGTACATTTTGAGAAGAATTTCTATGTGGAGAGTCCCACT 599
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 512 AAGCAGAATTTTGGGAATCTTGTACATTTCGAGAAGAATTTCTACGTGGAGAGTCCCTCT 571
Query 600 GTGCAAGCTATGACAGAGCAGGATGTTGCAATGTACAGAACCGAGAGGGATATATCCGTT 659
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 GTGCAGGCTATGACGGAGCAGGATGTTGCTATGTACAGAACCGAGAGGGATATATCCGTT 631
Query 660 GAAGGTCGTGATGTTCCTAAGCCGATGAAGATGTTCCAAGATGCTAACTTTCCAGATAAC 719
|||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 632 GAAGGTCGTGATGTTCCTAAGCCGGTTAAGTTGTTCCAAGATGCTAATTTTCCAGATAAT 691
Query 720 ATTCTTGAAGCAATTGCTAAATTGGGATTTACTGAGCCAACACCTATACAAGCTCAGGGA 779
|| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 ATCCTCGAAGCAATTGCTAAGTTGGGATTTACTGAGCCAACACCTATACAAGCTCAGGGA 751
Query 780 TGGCCGATGGCGTTGAAGGGTAGGGATTTGATTGGTATTGCTGAGACTGGCTCTGGTAAG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 TGGCCGATGGCGTTGAAGGGTAGGGATTTGATTGGTATTGCTGAGACTGGCTCTGGTAAG 811
Query 840 ACATTGGCTTACTTGTTACCAGCATTGGTTCACGTTAGTGCACAACCTCGATTAGGTCAG 899
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 812 ACATTGGCTTACTTGTTACCAGCGTTGGTTCACGTTAGTGCGCAACCTCGATTAGGTCAA 871
Query 900 GATGATGGCCCCATTGTGTTAATAT-TAGCTCCCACAAGAGAACTAGCTGTTCAGATTCA 958
|||||||||||||| |||||||| | |||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 GATGATGGCCCCATCGTGTTAAT-TCTAGCGCCTACGAGAGAACTAGCTGTTCAGATTCA 930
Query 959 AGAGGAATCAAGGAAATTCGGG-TTGAGGTCTGGTGTTAGAAGTACTTGTATCTATGGTG 1017
|||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 AGAGGAATCAAGGAAATTCGGGCTT-CGATCTGGTGTTAGAAGTACTTGTATCTATGGTG 989
Query 1018 GTGCTCCTAAAGGACCTCAGATTCGTGATCTTAGAAGAGGTGTTGAGATTGTAATTGCTA 1077
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 GTGCTCCTAAAGGACCTCAGATTCGCGATCTTAGAAGAGGTGTTGAGATTGTAATTGCTA 1049
Query 1078 CACCTGGTCGTTTGATTGATATGTTGGAATGTCAACACACTAATTTGAAGAGAGTGACTT 1137
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1050 CACCTGGTCGTTTGATCGATATGTTGGAGTGTCAACACACTAATCTGAAGAGAGTGACTT 1109
Query 1138 ACCTTGTACTGGATGAGGCTGACAGAATGTTAGACATGGGATTTGAACCCCAAATTAGAA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 ACCTTGTACTGGATGAGGCTGACAGAATGTTAGACATGGGATTTGAACCCCAAATTAGAA 1169
Query 1198 AGATTGTATCTCAGATCCGACCTGATAGACAAACACTTCTTTGGAGTGCAACATGGCCAC 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 AGATTGTATCTCAGATCCGACCTGATAGACAAACACTTCTTTGGAGTGCAACATGGCCAC 1229
Query 1258 GAGAGGTTGAAACTCTTGCCAGGCAGTTTCTACGAGATCCATATAAGGCCATTATTGGAT 1317
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 GGGAGGTTGAATCTCTTGCCAGGCAGTTTCTACGAGATCCATATAAGGCCATTATTGGAT 1289
Query 1318 CAACAGATCTAAAAGCTAACCAGTCTATTAACCAAGTAATCGAGATTGTACCGACGCCAG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 CAACAGATCTAAAAGCTAACCAGTCTATTAACCAAGTAATCGAGATTGTACCGACGCCAG 1349
Query 1378 AGAAATACAACAGGCTCCTTACACTACTTAAACAGTTAATGGATGGGAGTAAAATCCTAA 1437
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 AGAAATACAACAGGCTCCTTACACTGCTTAAGCAGTTAATGGATGGGAGTAAAATCCTAA 1409
Query 1438 TTTTTGTGGAGACAAAGAGAGGGTGTGATCAAGTGACTAGACAATTGAGAATGGACGGAT 1497
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 TATTTGTGGAGACAAAGAGAGGGTGTGATCAAGTGACTAGACAATTGAGAATGGACGGAT 1469
Query 1498 GGCCAGCTCTTGCCATACATGGTGACAAGACCCAATCGGAAAGAGACCGAGTCTTGGCAG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1470 GGCCAGCTCTTGCCATACATGGTGACAAGACCCAATCGGAAAGGGACCGAGTCTTGGCAG 1529
Query 1558 AATTTAAGAGTGGACGAAGCCCGATAATGACTGCCACTGATGTAGCAGCAAGGGGACTTG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 AATTTAAGAGTGGACGAAGCCCGATAATGACTGCCACTGATGTAGCAGCAAGGGGACTTG 1589
Query 1618 ATGTGAAGGACATTAAATGTGTGGTTAATTATGATTTCCCAAATACATTGGAGGATTACA 1677
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1590 ATGTTAAGGACATAAAATGTGTGGTTAATTATGATTTCCCAAATACCTTGGAGGATTACA 1649
Query 1678 TCCATAGGATTGGTCGAACCGGGCGTGCAGGAGCTAAAGGAATGGCCTTTACATTCTTCA 1737
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 TCCATAGGATTGGTCGAACTGGGCGTGCAGGAGCTAAAGGAATGGCCTTTACATTCTTCA 1709
Query 1738 CACATGACAATGCTAAGTTTGCGAGAGAGCTTGTCAAGATCCTTCAAGAAGCTGGTCAAG 1797
||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 CACATGACAATGCCAAGTTTGCAAGAGAGCTTATCAAGATCCTTCAAGAAGCTGGTCAAG 1769
Query 1798 TTGTACCTCCTACTCTCTCCGCACTAGTCCGATCATCTGGTTCTGGTTATGGAGGTTCAG 1857
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1770 TTGTACCTCCTACTCTCTCCGCACTAGTCCGGTCATCTGGTTCGGGTTATGGAGGTTCTG 1829
Query 1858 GTGGTGGAAGAAACTTCAGGCCAAGAGGAGGAGGACGTGGTGGTGGGTTTGGAGATAAAC 1917
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 GTGGGGGAAGAAACTTCCGGCCAAGAGGAGGAGGACGTGGTGGTGGGTTTGGAGATAAAC 1889
Query 1918 GGTCAAGATCGACTTCAAACTTTGTACCTCACGGTGGAAAGAGGACTTGGTA-A-A---G 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 1890 GGTCAAGATCGACTTCAAACTTTGTACCTCACGGTGGAAAGAGGACTTGGTAGAGATAAG 1949
Query 1973 AGA-A-TCCCATCATTTTGATTCTATGAGAAAACCTTTAATTATGATGATGATGATCAGC 2030
||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 AGATAATCTCATCATTTTGATTCTCTGAGAAAAGCTTGGATTATGATGATGATGATCAGC 2009
Query 2031 GTTTGGTTTCGACTAGAAGTTCT-TTGTCGTAGAGAACAAACATT-TACTATATAACTAT 2088
|||| ||||||| | |||||||| || ||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 2010 GTTTAGTTTCGAGTTGAAGTTCTCTT-TCGTAGAGAACAAAC-TTATACTATTTAACTAT 2067
Query 2089 TTAGCTGATTTCGCTGcttcttcttcttcttcttcATGAT 2128
||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 2068 TTACCTGATTTCGCTTCTTCGTCTTCGTCTTCTTCTTGAT 2107
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82236838955
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5