BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63960.2
Length=3518
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496588 jgi|Araly1|496588|fgenesh2_kg.8__2404__AT5G63960.1 3783 0.0
> Ahg496588 jgi|Araly1|496588|fgenesh2_kg.8__2404__AT5G63960.1
Length=3529
Score = 3783 bits (2048), Expect = 0.0
Identities = 2186/2253 (97%), Gaps = 7/2253 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1269 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1328
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCGGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1266
Query 1329 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCTACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1388
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCAACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1326
Query 1389 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTCCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1448
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTGCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1386
Query 1449 ATAAGAGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGAAGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1508
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 ATAAGGGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGACGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1446
Query 1509 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCTCACTTTCTT 1568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1447 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCACACTTTCTT 1506
Query 1569 TCCGAGCAGAAAGAAGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCG 1628
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TCCGAGCAGAAATAGGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCC 1566
Query 1629 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTTTGAAGGATGCATATCTTCCTCAGAGGCTT 1688
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1567 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTCTGAAGGATGCATATCTCCCTCAGAGGCTT 1626
Query 1689 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1686
Query 1749 ATTTCATTTCTTCTTGCGAGAGGACAGAGTATCAAGGTTTTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1808
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 ATTTCCTTTCTTCTTGCTAGAGGACAGAGTATCAAGGTTCTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1746
Query 1809 GGC-AAACAGAAAAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1867
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 -GCTAAACAGAAGAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1805
Query 1868 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1865
Query 1928 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1925
Query 1988 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAAAAC 2047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1926 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAGAAC 1985
Query 2048 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAACTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2107
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAAGTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2045
Query 2108 CGAAGAGCTTCTTACTGCCCGTAAGAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2167
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 CGAAGAGCTTCTTACCGCCCGTAAAAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2105
Query 2168 CCTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTAGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2227
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 ACTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTGGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2165
Query 2228 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTGTTGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCGAGTGT 2287
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2166 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTAATGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCAAGTGT 2225
Query 2288 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAAACAAAGAAACTTGTTGAAGACAAATTCAC 2347
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2226 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAGACGAAGAAACTTGTGGAAGACAAATTCAC 2285
Query 2348 AACACTGGGAGGGTATCAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2407
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 AACACTGGGAGGGTATGAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2345
Query 2408 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCGATGACCTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCAATGAACTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2405
Query 2468 ACACATTAGTGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAGGTCTATTTCCC 2527
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2406 ACATATTAGCGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAAGTCTATTTCCC 2465
Query 2528 ATATCTTCTCATTAACAAGAAGAGGTATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2587
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2466 ATATCTGCTCATTAACAAGAAGAGATATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2525
Query 2588 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2526 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2585
Query 2648 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGGGCAGC 2707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2586 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGCGCAGC 2645
Query 2708 TGAAAATGTCAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2767
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646 TGAAAATGTTAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2705
Query 2768 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2706 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2765
Query 2828 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCTACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2766 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCCACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2825
Query 2888 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGATCAGAAGA 2947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2826 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGGTCAGAAGA 2885
Query 2948 TCCAATCTACGTGCTACAGAATAATATCCCTATAGACCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 3007
||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2886 TCCGATCTACGTGCTACAGAATAACATCCCTATAGTCCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 2945
Query 3008 GATTAGCAAGCCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3067
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2946 GATTAGCAAACCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3005
Query 3068 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATCACTACTCCTTCAAACAGCGGTATAAT 3127
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3006 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATTACTACTCCTTCAAACAGCGGCATAAT 3065
Query 3128 GAAGTTTGCTAAAAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3187
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3066 GAAATTTGCTAAGAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3125
Query 3188 ACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3247
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3126 TCTGTGCTCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATACTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3185
Query 3248 GGCTGAGCTTGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACACAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3307
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3186 GGCTGAGCTAGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACCCAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3245
Query 3308 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3246 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3305
Query 3368 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTCTAATAAGT 3427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3306 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTTTAATAAGT 3365
Query 3428 ATTTAAGGTTGTTTTTAGCTCTCTCTTTTTTCCATTGGTATCGTT-GCTGTTACACTTT- 3485
||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| ||| |||||
Sbjct 3366 ATTTA-GGTTGTTTTTAGCTCTCTTTTTTTTACATTGGTTTC-TCCGCTATTA-ACTTTT 3422
Query 3486 CCGCTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3518
||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3423 CCGTTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3455
Score = 1925 bits (1042), Expect = 0.0
Identities = 1165/1223 (95%), Gaps = 14/1223 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAATCACACACATTCTCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAAT--CACACATTGTCT 58
Query 61 TCTTTTCCCGCTCACCCAAAGCCATGAATAGATCCGGTATTTCCAAAAAGCGACCGCCTC 120
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TCTTTTCCCGCTCGCCCAAAGCCATGAATAGAGCCGGTAATTCCAAAAAGCGACCGCCTC 118
Query 121 CTTCGAATACCCCACCACCGGCGGGT-AAGCATCGAGCCACTGGTGATTCAACACCATCT 179
||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 119 CTTCGAATA--CC-CCACCGGC-GGTGAAGCATCGAGCCACTGGTAATTCAACACCATCT 174
Query 180 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGATGGAAGAGGACGTGTTTCTGGACGAA 239
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 175 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGGTGGACGAGGACGTGTTTCTCGACGAA 234
Query 240 ACTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATCCTCCGTGACATTGAGGAGCGT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 235 GCTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATTCTCCGGGACATTGAGGAGCGT 294
Query 300 GAATCGCGTTCCTCGGCTTGGGCTCGACCTCCGCTCTCCCCCGCGTATCTCTCGAATTCA 359
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 295 GAATCGCGTTCGTCGGCTTTGGCTCGACCTCCGCTCTCACCCGCTTATCTCTCGAATTC- 353
Query 360 CAGAGTATCATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATCGCGGAGAGTCATAAGGAG 419
| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 354 C-CAG----ATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATTTCGGAGAGTCATAAGGAG 408
Query 420 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 468
Query 480 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTTGAGCCATACTTTTACATTGCTTGCCCT 539
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 469 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTCGAGCCCTACTTTTACATTGCTTGCCCT 528
Query 540 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGAGTCTTGAGGGAAGGATGAGG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 529 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGATTCTTGAGGGAAGGATGAGG 588
Query 600 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTAAACGTATAGAAATGGTGCAGAAA 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 589 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTCGGCGTATCGAAATGGTGCAAAAA 648
Query 660 AGAAGCATTATGTATTACCAACAGCAAAAATCCCAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 719
||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 AGAAGTATTATGTATTACCAACAGCAAGAATCACAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 708
Query 720 TTGCCGACTATGGTGGCAAGCTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCCTACAAATTGATGGA 779
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 709 TTGCCAACTATGGTGGCAAGTTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCTTACAAATTGATGGA 768
Query 780 TTGGGTATGAAGAGCTTCCAGACATATGAAAGCAATATTCTTTTCGTTCTCCGTTTCATG 839
|| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TTTGGTATGAAGAGCTTCCAAACATATGAGAGCAATATTATTTTCGTTCTCCGTTTCATG 828
Query 840 GTTGATTGTGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAGTATAAGAAA 899
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 829 GTTGACTGCGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAATATAAGAAG 888
Query 900 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 948
Query 960 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1008
Query 1020 ATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGACATTTTCCGGAAGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1079
|||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATTGAGTGCGCAGGTCGTAAAGGGCACTTTCCGGAGGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1068
Query 1080 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1128
Query 1140 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1188
Query 1200 GTCTTACTAGCTTGGAGGGTATT 1222
||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1189 GTCTTACTAGCTTGGAGGG-ATT 1210
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132858987343
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5