BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G64170.2 Length=2590 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg496615 jgi|Araly1|496615|fgenesh2_kg.8__2431__AT5G64170.2 3369 0.0 > Ahg496615 jgi|Araly1|496615|fgenesh2_kg.8__2431__AT5G64170.2 Length=2459 Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0 Identities = 2053/2163 (95%), Gaps = 17/2163 (1%) Strand=Plus/Plus Query 226 GTTTTGCAATAGAGATGACATATCGGGGTAATGTGCATGATTTTAGTGGTGATTAAAGAG 285 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 192 GTTTTGCAATAGAGATGACATGTCGGGGTAATGTGCATGATTTTAGTGGTGATTAAAGAG 251 Query 286 TC-TGAAGTTGGGAGG-AATGTCGGACTTGTACATTCATGAGCTAGGCGATTATCTTTCG 343 || ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 252 TCTTGAAGTTGGGAGGAAATGTCGGACTTTTACATTGATGAGCTAGGCGATTATATTTCA 311 Query 344 GATGAATTTCATGGGAACGATGATGGTATAGTGCCAGACTCAGCGTATGAGGATGGAGGT 403 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 312 GATGAATTTCATGGGAACGATGATGGTATAGTGCCAGACTCAGCGTATGAGAATGGAGGA 371 Query 404 CAGTTTCCAATTCTAGTTAGTAACAGGAAGAAACGAAGAAATGATGATATGGGTAGTGGA 463 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 372 CAGTTTCCAATTCTAGTTAGTAGCAGGAAGAAACGAAGAAATGAAGATATGGGTAGTGGA 431 Query 464 ACAAACCATCTAAAGAGTAATACTTTTATCAAGA-GAGAGGCAAACATGTTAGGAAAAAA 522 |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 432 ACAAACAATCTAAAGAGTAATACTTTTATCAAGACG-GAGGCAAACATGTTAGGAAAAAA 490 Query 523 TCCATGGCCTGA-GAAAGATAGTGGTGGCTCTTCGGTTTCTCGTGATACGGGAACAGGAA 581 ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 491 TCCATGGCCGGAGGAAA-ATAGTGGTGGCTCTTCGGTTTCTCGTGATACGGGATCAGGCA 549 Query 582 AAGATGTTCAGGATATGACATTGGAGGATACAAATACTTCAGATCATGGTTTCAATGGTG 641 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 550 AAGATGTTCAGGATATGACATTGGAGGATACAAATATTTCAGATCATGGTTTCAATGGTG 609 Query 642 GCCACGTAGATGTGGTTGAAAATTTCTCCACTGGGGATCCCATGTTGTGTGACACTTCCG 701 ||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||| | ||| Sbjct 610 GCCACGTTGATGTGGTTGAAAATTTATCCACCGTGGATCCCATGCTGTGTGACAGTGCCG 669 Query 702 CTGCAACGA-ATGATGGCGTATATAATTATTCCCTCAACAGCATTCCGGATGCTGAAAAT 760 ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 670 CTGCAAC-ACATGATGGCGTATATAATTATTCCCTCAACAACATTCCGGATGCTGAAAAT 728 Query 761 GATCTTAGCTTTTTCGACAATGGAGATAAAGaaaaaaaTGATCTCTTCTATGGCTGGGGT 820 ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 729 AATCTTGGCTTTTTCGACAATGGAGATAAAGAAAGCAACGATCTCTTCTATGGCTGGGGT 788 Query 821 GACATAGGAAATTTTGAGGATGTGGACAACATGCTTAGGAGTTGTGATTCAACATTCGGC 880 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 789 GACATAGGAAATTTTGAGGATGTGGACAACATGCTTAGGAGTTGTGATTCAACTTTCGGC 848 Query 881 TTGGATAGTCTTAATAATGAAGGTGACTTAGGGTGGTTCTCTTCTGC-CCAGCCAAATGA 939 |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 849 TTGGATAGTCTTAATAATGAAGATGACTTAGGCTGGTTCTCTTCTGCTCC-GCCAAATGA 907 Query 940 GGAGACAGCAGGCGCGATGACAGATGATCTCAAACCAGACAAAATGTTGGAAAATCAAAG 999 |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 908 GGAGACAGAAGGCGCGATGACAGATGATATCAAACCAGACAAAGTGTTAGAAAATCAAAG 967 Query 1000 AACCGCTATGTTGCAGGTTGAAGACTTTTTGAACAACAGTGAGCCCAACCATGCTGTTGA 1059 |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 968 AACCCCTATGTTACAGGTTGAAGATTTTTTGAACAACAGTGAGTCCAACCTTGCTGTTGA 1027 Query 1060 AGATGAGTATGGATATACTATTGAGGACGATTCAGCTCAAGGAAAATCATCACAAAATGT 1119 |||||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1028 AGATGAGTATGGATATACCATCGGGGGTGATTCAGCTCAAGGAAAATCATCAGAAAATGT 1087 Query 1120 ATTCGATACAAGTTTGCAAAAGAAGGATATATTGATGCTGGATGTAGAGGCAAATCTTGA 1179 ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1088 ATTCGATACGAGTTCGCAAAAGAAGGATATATTGATGCTGGATGTAGAGGCAAATCTTGA 1147 Query 1180 GAAGAAGCAGACTGATCATCTTCATCATCTGGATGGGAAAAGTGATGGGTTCTCGGAGAA 1239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1148 GAAGAAGCAGACTGATCATCTTCATCATCTGGATGGGAAAAGTGATGGGTTCTCTGAGAA 1207 Query 1240 CAGTTTTACTTTACAGCACAGTGGTATTTCAAGGGAAATAATGGATACCAACCAGTATTA 1299 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 1208 CAGTTTTACTCTACAGCACAGTGGTATTTCAAGGGAAATAATGGACACAAACCAGTATTA 1267 Query 1300 CCCTCCCTCCGCATTCCAACAGCGAGATGTGCCATACTCGCATTTCAATTGTGAGCAGCC 1359 ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1268 CCCTCCCTCCGCATTCCAACAACGAGGTGTGCCATACTCGCATTTCAATTGTGAGCAGCC 1327 Query 1360 TTCCGTTCAAGTATCAGCATGTGAAAGTAAATCTGGTATTAAATCTGAGAACAAACCCAG 1419 ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1328 TTCTGATCAAGTATCAGCTTGTGAAAGTAAATCTGGTATTAAATCTGAGAACAAACCCAA 1387 Query 1420 TCCTTCCTCTGCTTCAAATGAGTCATACACATCAAATCATGCACAATCAATCGAGAGCTT 1479 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| Sbjct 1388 TCCTTCCTCTGCTTCAAATGAGTCATACACATCAAATCAGGCACAATCTGTCGAGAGCTT 1447 Query 1480 ACAAGGTCCAACTGTTGATGATCGGTTTAGGAAGGTCTTTGAAACGAGAGCCAACTTGCT 1539 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1448 ACAAGGTCCAACTGTTGATGATCGGTGTAGGAAGGGCTATGAAACGAGAGCCAACTTGCT 1507 Query 1540 GCCTGGGCAAGATAT-GCCTCCTTCTTTTGCTGCAAATACCAAGAAGAGTAGTAAGACAG 1598 ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1508 GCCTGGGCAAGATATAG-CTCCTTCTTTTGCTGCAAATACCAAGAAGAGTAGTAAGACAA 1566 Query 1599 ACTCCATGGTGTTTCCTGATGCTGCTCCTATCCAGAAGATTGGGCTTGAGAATGACCACA 1658 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1567 ACCCCATGGTGTTTCCTGATGCTGCTTCTATCCAGAAGATCGGGCTTGAGAATGACCACA 1626 Query 1659 GAAAAGCTGCAACTGAATTGGAAACATCAAATATGCAGGGAAGTTCTTGTGTTAGCTCTG 1718 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1627 GAAAAGCTGCAACTGAATTGGAAACATCAAACATGCAGGGAAGTTCTTGTGTTAGTTCTG 1686 Query 1719 TTGTGGATGACATTTCACTGGAAGCAACAAGTTTTCGCCAGCTTCAACAAGTTATAGAAC 1778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1687 TTGTGGATGACATTTCACTGGAAGCAACAAGTTTTCGCCAGCTTCAACAAGTTATAGAAC 1746 Query 1779 AGTTGGATGTTAGGACAAAGCTTTGCATAAGAGACAGCTTATACCGATTAGCAAAAAGTG 1838 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 1747 AGTTGGATGTTAGGACAAAGCTTTGCATAAGAGACAGCTTATACCGATTGGCAAAAAGCG 1806 Query 1839 CGGAACAGAGACATCATGGTGGAAACAGACCGGAGAAAGGCGCAGGCTCGCATCTCGTGA 1898 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1807 CGGAACAGAGACACCATGGTGGAAACAGACCGGAGAAAGTTGCAGGCTCGCATCTGGTGA 1866 Query 1899 CTGGTGAAGCAGACAAGTATGCTGGATTCATGGATATCGAAACTGATACAAACCCGATAG 1958 ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1867 CTGATGAAACAGACAAGTACGCTGGATTCATGGATATCGAAACTGATACAAACCCGATAG 1926 Query 1959 ATCGATCGATAGCTCATTTGCTGTTTCACAGGCCCTCAGACTCATCTCTTTCATCCGATA 2018 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| Sbjct 1927 ACCGATCCATAGCTCATTTGCTGTTTCACAGGCCCTCAGACTCATCGCTTTCATCAGATA 1986 Query 2019 ACAATGTTCTGTCTTATAAATCTCATCCAATGATTCCTCAGCCCAATAGTAGTCCGAGCC 2078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 1987 ACAATGTTCTGTCTTATAAATCTCATCCAATGATTCCTCAGCCCAATAGTAGCCCGAGTC 2046 Query 2079 TGAGGATAGAGAAACAAGAGGAAACTACAGAACTTAGACCCGAAGCAGAAGTTGTAACAA 2138 ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2047 TGAGGATGGAGAAACAAGAGGAAACTCCAGAACTTAGACCCGAAGCAGAAGTTGTAATAA 2106 Query 2139 GTGACAACAATTAATGATGTCAA-ATAAAACTGGCTCTTTCATTGCTGAAGCATTCGAGA 2197 ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2107 GTGACAACAATTAATGATGTCAACA-AAAACTGACTCTTTCACTGCTGAAGCATTCGAGA 2165 Query 2198 TATTGTTGTTAACACTAATCTCGATTTTGGCTAAGCGAAATTGCTCAGGTTAGTTACTAA 2257 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2166 TATGGTTGTTAACACTAATCTCGATTTTGGCTAAGCGAAATTGCTCAGGTTAGTTACTAA 2225 Query 2258 AATCCTGACTGCTTCTT-CATTAGAATCATGGATTTTGTAACACAGTTGTATTTATGTGT 2316 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| Sbjct 2226 AATCCTGACTGCTTCTTTCATTAGAATCATGGATTTTGTAACATAGTTGTATT-A-GTGT 2283 Query 2317 TGAGATAACTTTCTGGTCTAGATTTCGGTTCGAACCTGATTGTACACCTGGTTGCTCGAA 2376 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2284 TGAGATAACTTTCTGGTCTAGAATTCGGTTCGAACCTGATTGTACACCTGGTTGCTTGAA 2343 Query 2377 CCT 2379 ||| Sbjct 2344 CCT 2346 Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43 Identities = 109/115 (95%), Gaps = 2/115 (2%) Strand=Plus/Plus Query 2423 CTTTACCTTTGTAATCTGTTCAAGTTGTTAAGTAGAGGAAGAAGTAGAGACA--TAGCAA 2480 |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2345 CTTTGCCTTTGTAATATGTTCAAGTTGTTAAGTAGAGGAAGAAGTAGAGACACATAGCAA 2404 Query 2481 TTCTGTAGATAAAGATGTTAGTTCGTTTTGTAATGCGATAAAATATTCTGCTGTG 2535 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2405 TTCTGTAGATAAAGATGCTAGTTCGTTTTGTAATGCCATAAAATATTCTGCTGTG 2459 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97663388180 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5