BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G64552.1 Length=2533 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg358659 jgi|Araly1|358659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002446 3081 0.0 Ahg940431 jgi|Araly1|940431|scaffold_600975.1 852 0.0 Ahg951288 jgi|Araly1|951288|scaffold_803175.1 171 3e-41 > Ahg358659 jgi|Araly1|358659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002446 Length=3249 Score = 3081 bits (1668), Expect = 0.0 Identities = 1814/1884 (96%), Gaps = 12/1884 (1%) Strand=Plus/Plus Query 363 ATGGATTTGAACGAGAGTGTTGTTCACTTTTCTCGTGGCAATGGTATTGCAAAGCTTGAC 422 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGATTTGAACGAGAGTGTCGTTCACTTTTCTCGTGGCAATGGTATTGCAAAGCTTGAC 60 Query 423 AATTTCGGCGATACTGCTCTTAGCTTGAAATGTCTTGGAAGCAGTGCAGGGAGATTGATT 482 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 AATTTCGGCGATACGGCTCTTAGCTTGAAATGTCTTGGAAGCAGTGCAGGAAGATTGATT 120 Query 483 GGGAGCTCTCACCATAACCATAAGCTTTGTTCTGATGTTTCTAATTGTCCTGATGGTGGT 542 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGAAGCTCTCACCATAACCATAAGCTTTGTTCTGATGTTTCTAATTGTCCTGATGGTGGC 180 Query 543 TGCCGGTTGGTTCTCGGTTTGGGTCCAACACCGCCTTCGTATTATTACAATGTCA-GGGT 601 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 181 TGCCGGTTGGTTCTCGGTTTGGGTCCAACACCGCCTTCGTATTATTACAATGTCACGGGT 240 Query 602 CAATGATAATAACAACAAAGGCTCTGCTTCTTCTGGGAGTGTTCAGGAACTCTCATCAGG 661 ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 -AATGATAATAACATCAAAGGCTCAGCTTCTTCTAGGAGTGTTCAGGAACTCTCATCAGG 299 Query 662 AGGTAACTCAATCCTGCAACTTGGTCCTCCTGCTGTGACCATGGATACTTTCAGCGGACT 721 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 AGGCAACTCAATCCTGCAACTTGGTCCTCCAGCTGTGACCATGGATACTTTCAGCGGACT 359 Query 722 TGAGGGTTC-TCTGTTGACATATGCGGATACTAATGTGTCCCAAGCTGCTGTTGATGAGG 780 ||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 360 TGATTGTTCGT-TGTTGACATACACGGATACTAATGTGTCCCAAGCTGTTGTTGACGAGG 418 Query 781 GTTCTACCTCAGCAAGGCGATCAGGTGGCTATATGCCATCGCTTCTTTTCGCTCCAAGGA 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 GTTCTACCTCAGCAAGGCGATCAGGTGGCTATATGCCATCGCTTCTTTTCGCTCCAAGGA 478 Query 841 CGGAGAATGTTAGAAAACCTTCAAGGATGCAAGAGTGTAGTACTAATTGTGGAACTGATG 900 |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 479 CGGAAAATGTTAGAAAACCTTCAAGAATGCAAGAGTGTAGTACGAATTTTGGAACTGATG 538 Query 901 CTTATAATTCACAGCTGAGCCATGAGTCAGAGTTCTCTGTAAGCGCTTTCTCTGACAGGT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 539 CTTATAATTCACAGCTGAGCCATGAGTCAGAGTTCTCTGTTGGCGCTTTCTCTGACAGGT 598 Query 961 CGGCCTCTGCCACGTCTTCTCAGCAAAGGA-TGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATG 1019 |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 CGGCATCTGCCACGTCTTCTCAGCAAA-GATTGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATG 657 Query 1020 GGATGTGTTAAAGGAGCTAGAGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAG 1079 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 GGATGTGTGAAAGGAGCTAGAGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAG 717 Query 1080 AGATGCCAAAAGCTAGGTTGCAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCC 1139 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 AGATGCCAAAAGCTAGGTTGCAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCC 777 Query 1140 CATGGCGGAGGAAAGAGATGCCAACACTTGGGATGCACAAAGAGTGCTGAAGGCAAAACC 1199 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 778 CATGGCGGAGGAAAGAGATGCCAACACTTAGGATGTACAAAGAGTGCGGAAGGAAAAACC 837 Query 1200 GATCTCTGCATATCACATGGTGGTGGAAGACGGTGTGGATTCCCTGAGGGATGTGCTAAG 1259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 GATCTCTGCATATCACATGGTGGTGGAAGACGGTGTGGATTCCCTGAGGGATGTGCTAAG 897 Query 1260 GCTGCACGTGGCAAATCTGGGCTCTGCATCAAGCACGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATT 1319 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 GCTGCACGTGGCAAATCCGGGCTCTGCATCAAGCATGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATC 957 Query 1320 GAAAGCTGTACACGAAGTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGA 1379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 GAAAGCTGTACACGAAGTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGA 1017 Query 1380 CGGCGTTGTCAGTCTTCAGGCTGTACAAAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAA 1439 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 CGGCGTTGTCAGTCTTCAGGCTGTGCAAAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAA 1077 Query 1440 GCTCATGGTGGTGGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTACAAAAGGAGCGGAAGGTAGT 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 GCTCATGGTGGTGGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTACAAAAGGAGCGGAAGGTAGT 1137 Query 1500 ACTCCGCTTTGTAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATT 1559 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 ACTCCGCTGTGTAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATT 1197 Query 1560 TGTCCTAAGAGTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGAGA 1619 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1198 TGTCCTAAGAGTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGCGA 1257 Query 1620 TGTGTTGTGGCCGGGTGCACTAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGCGTGAAGCAC 1679 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1258 TGTGTTGTGGCCGGGTGCACAAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGTGTGAAGCAC 1317 Query 1680 GGTGGTGGGAAACGGTGTAAGTCTGATGGTTGTGAGAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGAT 1739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 GGTGGTGGGAAACGGTGTAAGTCTGATGGTTGTGAAAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGAT 1377 Query 1740 TTCTGTAAGGCACATGGTGGTGGGAAACGTTGCTCATGGGGAGGAGACTGGAAATGCGAG 1799 |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1378 TTCTGTAAGGCACACGGTGGTGGGAAGCGCTGCTCATGGGGAGGAGATTGGAAATGCGAG 1437 Query 1800 AAATTCGCTAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTATGTCACAAGATAAA 1859 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1438 AAATTCGCTAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTATGTCCCAGGATAAA 1497 Query 1860 GCTGGAAGCAAGGTTGGTTTGATTGGACCGGGACTTTTCCGTGGCCTTGTCTCTACTTCT 1919 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GCTGGAAGCAAAGTTGGTTTGATTGGACCGGGACTTTTCCGTGGCCTTGTCTCTACTTCT 1557 Query 1920 TTACAAACCACAACAACTGCAactactactactactacCACTGATCATTCTCAATCTGGA 1979 | |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| Sbjct 1558 TCACAAACCACAACAACTGCAACTACTACTAC--C-AC---TGATCATTCTCAATCTGGA 1611 Query 1980 GTCAGTGCGGTCTCTGATTGCATGGACTCCATTGATCGCCCGCTGCCACCGTTGCATCAT 2039 ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| Sbjct 1612 GTCAGCGCGGTCTCTGATTGCACGGACTCCATTGATCGCCCGCTGCCACCGCTGCTTCAT 1671 Query 2040 CAACCCGAGAAAAGACAGAAGCTGATGATACCAATGCAGGTTCTTGTGCCTCCATCAATG 2099 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1672 CAACCAGAGAAAAGACAGAAGCTGATGATACCAATGCAGGTTCTTGTGCCTCCATCAATG 1731 Query 2100 AAATCCTTAAGCTTCTCAAACACCGAGAGACCCGATATCGAAACAAACAACAATAGTAGT 2159 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1732 AAATCCTTAAGCTTCTCAAACACCGAGAGACCCGAAATCGAAACAAACAACAACAGTAGT 1791 Query 2160 GGCAGCAATGGGAGGAACATATTTGACTTTATGATTCCTGAGGAAAGAGTTCATGGTGGC 2219 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| Sbjct 1792 GGCAGCAATGGGAGGAACATCTTTGACTTTATGATTCCTGAGGAGAGAGTTCACGGCGGC 1851 Query 2220 GGGCTTATGTCTCTGCTTAATGGT 2243 ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1852 CGGCTTATGTCTTTGCTTAATGGT 1875 > Ahg940431 jgi|Araly1|940431|scaffold_600975.1 Length=1682 Score = 852 bits (461), Expect = 0.0 Identities = 793/950 (83%), Gaps = 36/950 (4%) Strand=Plus/Plus Query 981 CAGCAAAGGA-TGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATGGGATGTGTTAAAGGAGCTAG 1039 ||||| |||| | ||||| |||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| | Sbjct 460 CAGCAGAGGACT-AGCAATCCGAGGAAGTGTAAATTTATGGGATGTGTGAAAGGAGCCCG 518 Query 1040 AGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAGAGATGCCAAAAGCTAGGTTG 1099 ||| | || |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | ||| || Sbjct 519 AGGCTCATCAGGGCTCTGCATTAGCCATGGTGGAGGCCAGAGATGCCAAAAACCAGGCTG 578 Query 1100 CAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCCCATGGCGGAGGAAAGAGATG 1159 |||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| Sbjct 579 CAACAAAGGTGCAGAGAGTAAAACCACTTTTTGCAAAACCCATGGTGGAGGGAAGAGATG 638 Query 1160 CCAACACTTGGGATGCACAAAGAGTGCTGAAGGCAAAACCGATCTCTGCATATCACATGG 1219 |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| Sbjct 639 TGAACACTTGGGATGCACGAAGAGTGCTGAAGGGAAAACAGATTTCTGCATATCTCATGG 698 Query 1220 TGGTGGAAGACGGTGTGGA-TTCCCT-GAGGGATGTG-CTAAGGCTGCACGTGGCAAATC 1276 |||||||||||| ||| || || ||| || ||||||| | || || || ||||||||||| Sbjct 699 TGGTGGAAGACGTTGT-GAGTT-CCTCGAAGGATGTGAC-AAAGCAGCCCGTGGCAAATC 755 Query 1277 TGGG-CTCTGCATCAAGCACGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATTGAAAGCTGTACACGAA 1335 ||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||| || | Sbjct 756 -GGGCCTCTGCATTAAACACGGTGGTGGCAAAAGATGTAACATCGAAAGCTGTACGCGGA 814 Query 1336 GTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGACGGCGTTGTCAG---T 1392 ||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||| ||||||||| | Sbjct 815 GTGCTGAAGGACAAGCTGGTCTTTGCATATCCCATGGTGGTGGAAAACGTTGTCAGTTTT 874 Query 1393 CTTCAGGCTGTACA-AAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAAGCTCATGGTGGT 1451 |||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 875 TTTCAGGTTGT-GAGAAAGGAGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAAGCCCATGGAGGC 933 Query 1452 GGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTA-CAAAAGGAGCGGAAGGTAGTACTCCGCTTTG 1510 || ||||||||||||||| | ||||||| | |||||||| |||||||||||||| || || Sbjct 934 GGAAAACGCTGCATATTTTCAGGATGTAGC-AAAGGAGCAGAAGGTAGTACTCCTCTGTG 992 Query 1511 TAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATTTGTC-CTAAGA 1569 ||||||||| ||||| || ||||||||| || |||||| || || ||||| | |||| | Sbjct 993 TAAAGCACACGGTGGTGGGAAACGCTGTCTGGCTGATGGAGGCGGGATTTG-CTCTAAAA 1051 Query 1570 GTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGAGATGTGTTGTGG 1629 | || ||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1052 GCGTACATGGTGGGACTAACTTCTGTGTTGCTCATGGTGGTGGGAAAAGATGTGTTGTGG 1111 Query 1630 CCGGGTGCACTAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGCGTGAAGCACGGTGGTGGGA 1689 | ||||| || ||||| || ||||| | ||||| ||||| || || ||||||||||| | Sbjct 1112 CGGGGTGTACAAAGAGTGCGCGTGGTCGCACTGACTGTTGTGTTAAACACGGTGGTGGAA 1171 Query 1690 AACGGTGTAAG-TCTGAT-GGTTGTGAGAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGATTTCTGTAA 1747 |||| || ||| | || | | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 1172 AACGTTGCAAGAT-TG-TCGATTGTGAGAAGAGTGCTCAAGGTAGTACTGATTTCTGTAA 1229 Query 1748 GGCACATGGTGGTGGGAAACGTTGCTCATGGGGAGGAGACTGGAAATGCGAGAAATTCGC 1807 || || ||||||||||| || || || |||||| || | ||||||| ||||||||||| Sbjct 1230 AGCTCACGGTGGTGGGAAGCGATGTTCTTGGGGA-GA-A-GGGAAATGTGAGAAATTCGC 1286 Query 1808 TAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTAT---GTCACAAGATAA--A-GC 1861 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||| || | | Sbjct 1287 TAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCACATAACACTATTATGTCTCGAGAGAACGAAGG 1346 Query 1862 TGGAAGCAAG-GTTGGTTTGATTGGACCGGGACT-TTTCCGTGGCCTTGT 1909 |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 1347 TGGAAGCAAGAGC-GGTTTGATTGGACCGGGACTCTTTA-GTGGCCTTGT 1394 > Ahg951288 jgi|Araly1|951288|scaffold_803175.1 Length=293 Score = 171 bits (92), Expect = 3e-41 Identities = 102/106 (96%), Gaps = 3/106 (3%) Strand=Plus/Plus Query 199 TCTTGAAGATGGACAGGGCAGATACATGGGGATTTGTCAGCGGTGGGAGATGTTTATATC 258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 191 TCTTGAAGATGGACAGGGCAGATACATGGGGATTTGTCAGTGGTGGGAGATGTTTATATC 250 Query 259 TCAAGTTGCTTTTATGTTTATAGCTCTACAAGGTGGTGTTCTAAGT 304 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| Sbjct 251 TCAAGTTGCTTTTATGTTTATAGCTCTACAAGGTG-T-T-CTAAGT 293 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95492244215 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5