BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64940.1
Length=2836
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951334 jgi|Araly1|951334|scaffold_803221.1 3677 0.0
> Ahg951334 jgi|Araly1|951334|scaffold_803221.1
Length=2314
Score = 3677 bits (1991), Expect = 0.0
Identities = 2223/2330 (95%), Gaps = 36/2330 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 119 TCTCTCTTCCGAAGTATTACCATCAATGGCGACTTCTTCTTCTTCATCGTCGTCTCTGCT 178
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTCTTCCGAAATATTACCATCAATGGCGA---CTTCTTCTTCATCGTCGTCTCTGCT 57
Query 179 TTTACCAAACATCAATTTCAACTCAAGACAATCTCCAACAATCACTCGTTCCGTTTCAAT 238
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || | | ||||
Sbjct 58 TTTACCCAACATCAATTTCAACTCCAGACAATCT---AC-A--A------------CAAT 99
Query 239 CGCCGGGATCTTCTTACCCAGAAACCGATTAAGCTACAATCACAATCTCCGGATTCGTAC 298
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 100 CGCCGGAATTTTCTTACCCAGAAACCGATTAAGCTACAATCACAATCTTCAGCTTCGTAC 159
Query 299 GAGATTAATCAGAGCTTCTAAAGACGATAATGTCGCTGTTGAAGATCGTGATAATGCAGT 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 160 GAGATTAATCAGAGCTTCTAAAGACGATAATGTCGCAGTAGAAGATCGTGGCAATGCAGT 219
Query 359 GAAGATCAACGGTGA-T-T-ACAACGGAAGTGCACGTTTAAACGGTAACGGCTCTGCGAG 415
|||||| || || | | | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 ---GATCAATGGAGATTATAATAACGGAAGCGCCCGTTTAAACGGTAACGGCTCTGCGAG 276
Query 416 AAAATCCGTCAACGGAGATTTTAACGGAAGTGCTCGTTT-----G-AACGGTAACGGTAG 469
|||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||
Sbjct 277 AAAATCTGTCAACGGTGATTATAACGGAAGTGCCCGTTTAAACGGTAACGGTAACGGTAG 336
Query 470 TTTGGTGAAGTATGTGAACGGAAGTGTAACGGTGGAAACGGAGGAAGTGACAaagaagag 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTTGGTGAAGTATGTGAACGGAAGTGTAACGGTGGAAACGGAGGAAGTGACAAAGAAGAG 396
Query 530 aaaagaagaagtgaggaagaagagagtagaagaTATTGGTCAAGAGGATGCTTGGTTTAA 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 AAAAGAAGAAGTGAGGAAGAAGAGAGTAGAAGATATTGGTCAAGAGGATGCTTGGTTTAA 456
Query 590 GAACAACACTCAACAAAAACAAGTTGAGGTTTCTGTTACACCTGGTGGTCGATGGAATAG 649
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 G---AACACTCAACAAAAACAAGTTGAGGTTTCTGTTGCACCTGGTGGTCGATGGAATAG 513
Query 650 ATTCAAGACTTACTCAACTATTCAAAGAACATTGGAGATTTGGGGTTTTGTTGTACAGTT 709
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 514 ATTCAAGACTTACTCAACTATACAAAGAACATTGGAGATTTGGGGATTTGTTGTACAGTT 573
Query 710 TATTTTCAGGACTTGGTTAAGCAATAAGAAGTTCTCTTATAAAGGGGGAATGACTGAAGA 769
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 TATTTTCAGGACATGGTTAAGCAATCAGAAGTTTTCATATAAAGGGGGAATGACTGAAGA 633
Query 770 GAAGAAGGTTTTAAGAAGGAAGGTTTTGGCTAAGTGGTTGAAAGAAAACATTTTGAGATT 829
||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 634 GAAAAAGGTTGTAAGAAGGAAGATTTTGGCTAAGTGGTTGAAGGAAAACATTTTGAGATT 693
Query 830 AGGTCCTACATTTATCAAAATTGGGCAACAGTTCTCTACTAGAGTGGATATTCTTCCTCA 889
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 AGGTCCTACATTTATCAAAATTGGGCAACAGTTTTCTACTAGAGTGGATATTCTTCCTCA 753
Query 890 AGAGTATGTTGATCAATTGTCAGAACTTCAGGATCAAGTTCCTCCTTTCCCTTCTGCTAC 949
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 AGAGTATGTTGATCAATTGTCTGAACTTCAGGATCAAGTTCCTCCTTTCCCTTCTGCTAC 813
Query 950 AGCTTTATCCATTGTTGAAGAGGAGCTTGGAGGTTCTGTTGAGGACATTTTCGACCGTTT 1009
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 AGCATTATCCATTGTTGAAGAGGAGCTTGGAGGATCTGTTGAGGACATTTTCGACCGTTT 873
Query 1010 TGATTATGAACCTATAGCTGCAGCTAGTCTTGGGCAAGTTCACCGTGCAAGACTTAAGGG 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 TGATTATGAACCTATAGCTGCAGCTAGTCTTGGGCAAGTTCACCGTGCAAGACTTAAGGG 933
Query 1070 TCAAGAGGTTGTCCTTAAAGTACAGAGACCTGGTCTGAAGGATCTCTTTGATATTGACCT 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 934 TCAAGAGGTTGTCCTTAAAGTACAGAGACCTGGTCTGAAGGATCTCTTTGATATTGACCT 993
Query 1130 TAAGAATTTGAGGGTGATCGCTGAGTATCTCCAAAAGGTGGACCCAAAATCAGATGGTGC 1189
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 TAAAAATTTGAGGGTGATTGCTGAGTATCTCCAAAAGGTGGACCCAAAATCAGATGGTGC 1053
Query 1190 AAAGAGAGATTGGGTTGCAATCTATGATGAATGTGCCAGTGTTTTGTACCAGGAAATTGA 1249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1054 AAAGAGAGATTGGGTTGCAATCTATGATGAATGTGCCAGTGTATTGTACCAGGAAATTGA 1113
Query 1250 TTACACAAAAGAAGCAGCTAATTCGGAGTTGTTTGCTAATAACTTCAAAGACTTAGAGTA 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1114 TTACACAAAAGAAGCAGCTAATTCGGAGTTGTTTGCTAATAACTTCAAAAACTTAGAGTA 1173
Query 1310 TGTAAAAGTTCCATCCATCTACTGGGAATACACTACACCTCAGGTCCTGACAATGGAGTA 1369
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 TGTAAAAGTTCCATCCATCTACTGGGAATATACTACACCTCAGGTCCTGACAATGGAGTA 1233
Query 1370 TGTCCCTGGGATTAAGATTAACAAGATACAAGCCTTAGATCAGTTAGGTGTTGATCGAAA 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 TGTCCCTGGGATTAAGATTAACAAGATACAAGCCTTAGATCAGTTAGGTGTTGATCGAAA 1293
Query 1430 AAGGCTAGGAAGATATGCTGTTGAATCTTACCTGGAGCAAATCTTATCTCATGGATTCTT 1489
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 AAGGCTAGGTAGATATGCTGTTGAATCTTACCTGGAGCAAATCTTATCTCATGGATTCTT 1353
Query 1490 CCACGCCGACCCTCACCCTGGGAATATAGCAGTTGATGATGTCAATGGCGGGCGGCTGAT 1549
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 1354 CCACGCCGACCCTCACCCTGGAAATATTGCGGTTGATGATGTTAATGGTGGACGGCTGAT 1413
Query 1550 ATTTTACGACTTTGGAATGATGGGAAGTATTAGCCCAAATATTAGAGAAGGTTTGTTGGA 1609
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1414 ATTTTATGACTTTGGAATGATGGGAAGTATTAGCCCAAATATTAGAGAAGGTTTATTGGA 1473
Query 1610 GGCATTTTATGGCGTCTATGAAAAGGATCCAGATAAGGTCCTTCAAGCTATGGTTCAAAT 1669
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 GGCATTCTATGGCGTCTATGAAAAGGACCCAGATAAGGTCCTTCAAGCTATGGTTCAAAT 1533
Query 1670 GGGAGTGCTTGTACCAACTGGAGATTTGACGGCAGTTAGAAGAACAGCATTGTTTTTTCT 1729
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 GGGTGTGCTTGTACCAACTGGAGATTTGACGGCAGTTAGAAGAACAGCATTGTTTTTTCT 1593
Query 1730 CAACAGTTTTGAAGAGCGGCTTGCTGCACAAAGAAAGGAGAAAGAAGAAATAGCAGCAGC 1789
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 CAACAGTTTCGAAGAGCGGCTTGCTGCACAAAGAAAGGAGAAAGAAGAAATAGCAGCAGC 1653
Query 1790 AGAAGAGCTTGGGTTcaagaagccactaagcaaggaagaaaagcaagagaaaaagaagca 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 AGAAGAGCTTGGGTTCAAGAAGCCACTAAGCAAGGAAGAAAAGCAAGAGAAAAAGAAGCA 1713
Query 1850 aagGTTGGCTGCAATCGGAGAAGACTTATTAGCCATTGCGGCTGATCAGCCTTTCCGGTT 1909
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1714 ACGGTTGGCTGCAATCGGAGAAGACTTATTAGCCATTGCGGCTGATCAACCTTTCCGGTT 1773
Query 1910 CCCCGCCACATTCACATTTGTTGTTAGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATCGGCAAAGG 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1774 CCCCGCCACATTCACATTTGTTGTTAGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATAGGCAAAGG 1833
Query 1970 TCTTGACCCCCGATTTGATATAACGGAGATTGCTAAACCCTATGCTTTGGAATTGTTGCG 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1834 TCTTGACCCCCGATTTGATATAACGGAGATTGCAAAACCCTATGCTTTGGAATTGCTACG 1893
Query 2030 GTTTCGGGAAGCTGGAGTGGAAGTTGTAGTAAAGGACCTGAGAAAGAGATGGGACAGGCA 2089
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 GTTTCGGGAAGCTGGAGTAGAAGTTGTAGTGAAGGACCTGAGAAAGAGATGGGACAGGCA 1953
Query 2090 ATCACAAGCATTCTACAATCTATTTAGACAAGCGGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTAGT 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 ATCACAAGCATTCTACAATCTATTTAGACAAGCTGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTAGT 2013
Query 2150 CATTGAACGACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGGGTCCGAGCGCTAGAGTCTGAGAG 2209
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2014 CATCGAACGACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGGGTCCGAGCTCTAGAGTCTGAGAG 2073
Query 2210 GGCATTTCAACGCGTTGCAGCTGTTCAAAAAACAGTAGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAG 2269
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 GGCATTTCAACGGGTTGCAGCTGTTCAAAAAACAGTAGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAG 2133
Query 2270 TTTAGTCAATCTCGCAACAATTTTGTATCTGAATTCTATAAAAACACCTGCAACTATAGC 2329
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 TTTAGTCAATCTCGCAACAATTTTGTATCTAAATTCTTTAAAAACACCTGCAACTATAGC 2193
Query 2330 ATATACAGTATGTGCTTTCTTCAGCCTCCAAGTTCTAATCGGAATCATAAAGGTTAAGAA 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2194 ATATACAGTATGTGCTTTCTTCAGCCTCCAAGTTCTAATCGGAGTCATAAAGGTTAAAAA 2253
Query 2390 GTTCGATCAACGGGAAAAACTAATCACTGGAACAGCTTAAGAACTTGCTT 2439
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 GTTCGATCAACGGGAAAAACTGATCACTGGAACAGCTTAAGAACTTGCTT 2303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107033588450
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5