BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65670.1
Length=1624
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496800 jgi|Araly1|496800|fgenesh2_kg.8__2616__AT5G65670.1 2529 0.0
Ahg952449 jgi|Araly1|952449|scaffold_73500001.1 1040 0.0
Ahg358770 jgi|Araly1|358770|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002557 784 0.0
> Ahg496800 jgi|Araly1|496800|fgenesh2_kg.8__2616__AT5G65670.1
Length=1626
Score = 2529 bits (1369), Expect = 0.0
Identities = 1553/1638 (95%), Gaps = 28/1638 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTTTAATCTCGGCTACGAGTTTCTGGGTAATGATAATTAAGCTTTTTTCTGCTTTAATGG 62
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 TTTTAATCTCGGCTACGAGTTTCTGGGTGATGATACTTAAGCTTTTTTTTGCTTTAATGG 60
Query 63 AAGGACCTTGACACttctctctct--ctttctctttgctattcatcttctacagtttctt 120
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AAGGACCTTGACACTTCTCTCTCTCCCTTTCTCTTTGCTATTCATCTTCTACAGTTTCAT 120
Query 121 aaaaattatactcttcttctcCAAAATATCTCAGACTCTCTTATTTTTGATCGTCTTCTT 180
||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||
Sbjct 121 AAAAATTATTCTCTTCTTCTCCAAAATATCTGTGA--CTC-TAATTTTGATCGTCTTCTT 177
Query 181 CTTCTTCGTTGTGAGCTTCCATTTTT-CATCCAGGATTTGTTTTTTCCGTT-TG-AGGTA 237
|||| || | | ||||||||||||| |||| | |||||| ||||||| || | ||||
Sbjct 178 CTTCGTC--T-TCAGCTTCCATTTTTCCATCAACGATTTG-TTTTTCCCTTGAGCAGGT- 232
Query 238 AAGCAGCTTTGCAGTTAAAGAAACCTTGAGTATCCAATGTCCCCGGAAGAGGAGCTACAG 297
|| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 233 AATCAGCTTTGCAGTTGAAGAAACCTCAAGTATCCAATGTCTACGGAAGAGGAGCTACAG 292
Query 298 AGCAATGTATCGGTGGCTAGTTCTTCACCTACTAGCAATTGCATCTCCAGGAACACTCTA 357
|||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 293 AGCAATGTCTCTGTGGCAAGTTCTTCACCTACTAGCAATTGTATCTCCAGGAACACTCTA 352
Query 358 GGAGGACTTAAAGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGATTGTTCTTCTGTTGGAAGCTCT 417
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GGTGGACTTAAAGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGATTGTTCTTCTGTTGGAAGCTCC 412
Query 418 ACTCTCTCTCCCCTTGCTGAAGATGACAAAGCTACTATCAGCCTCAAGGCTACGGAGCTG 477
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 ACTCTCTCGCTCCTTGCTGAAGATGACAAAGCTACTATCAGCCTCAAGGCTACGGAGCTG 472
Query 478 ACACTTGGTCTTCCTGGATCACAATCTCCTGCGAGAGACACAGAGCTTAACCTTTTGAGC 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 ACACTTGGTCTTCCTGGATCACAATCTCCTGCGAGAGACACAGAGCTTAACCTTTTGAGC 532
Query 538 CCAGCAAAGCTAGATGAGAAGCCATTCTTTCCTTTGCTTCCTTCTAAAGATGAGATATGC 597
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 CCAGCAAAGCTCGATGAGAAGCCATTCTTTCCTTTGCTTCCTTCTAAAGATGAGATATGC 592
Query 598 TCCTCCTCGCAAAAGAACAATGCATCGGGAAACAAAAGAGGCTTTTCTGACACAATGGAT 657
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 593 TCGTCCTCGCAAAAGAACAATGCATCCGGAAACAAAAGAGGCTTTTCTGATACAATGGAT 652
Query 658 CAGTTTGCTGAAGCTAAAAGTTCAGTGTATACTGAGAAAAACTGGATGTTCCCTGAAGCA 717
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 CAGTTTGCTGAAGCTAAAAGTTCAGTCTATACTGAGAAAAACTGGATGTTCCCTGAAGCT 712
Query 718 GCAGCCACCCAGTCTGTAACAAAGAAAGATGTGCCACAAAACATACCCAAAGGACAGTCT 777
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 713 GCAGCCACCCAGTCTGTAACAAAGAAGGATGTGCCACAAAACATACCGAAAGGACAGTCG 772
Query 778 AGCACTACAAACAATAGCTCTAGTCCACCTGCAGCCAAGGCACAAATTGTCGGTTGGCCT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 AGCACTACAAACAATAGCTCTAGTCCACCTGCAGCCAAGGCACAAATTGTCGGTTGGCCT 832
Query 838 CCAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACTACTTGTAAGAACAGTGACGAAGTT 897
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 833 CCTGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACTACTTGTAAGAACAGTGATGAAGTT 892
Query 898 GATGGGAGGCCAGGTTCTGGGGCTCTCTTCGTGAAGGTCAGTATGGATGGTGCTCCTTAT 957
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GATGGGAGGCCAGGTTTTGGGGCCCTCTTCGTGAAGGTCAGTATGGATGGTGCTCCTTAT 952
Query 958 CTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACACTAACTACGGGGAGCTTTCTTCAGCCTTGGAG 1017
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACGCTAACTACGGGGAGCTTTCTTCAGCCTTGGAG 1012
Query 1018 AAAATGTTCACCACTTTCACTCTTGGTCAATGTGGATCTAATGGAGCTGCTGGGAAGGAT 1077
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 AAAATGTTCACCACTTTCACTCTAGGTCAATGTGGATCTAATGGAGCTGCTGGGAAGGAT 1072
Query 1078 ATGCTTAGTGAGACCAAGCTCAAGGATCTTTTGAATGGAAAAGACTATGTGCTCACTTAT 1137
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ATGCTTAGTGAGACCAAGCTTAAGGATCTTTTGAATGGAAAAGACTATGTGCTCACTTAT 1132
Query 1138 GAGGATAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCGTGGGAGATGTTTATTGAT 1197
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GAGGATAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCATGGGAGATGTTTATTGAT 1192
Query 1198 GTCTGCAAGAAGCTGAAGATAATGAAAGGGTGTGATGCTATTGGGTTAGCTGCAGCTCCG 1257
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 GTCTGCAAGAAGCTGAAGATAATGAAAGGATGTGATGCTATTGGGTTAGCTGCAGCTCCG 1252
Query 1258 AGAGCAATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAAGATGGAACATGACAAAGCTTTCTAA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 AGAGCAATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAAGATGGAACATGACAAAGCTTTCTAA 1312
Query 1318 CTATACAAAATATGTGCGATCTTTTGGTGGTGTTTTTAAATTTCAAAACATCAATATCTT 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TTATACAAAATATGTGCGATCTTTTGGTGGTGTTTTTAAATTTCAAAACATCAATATCTT 1372
Query 1378 T-A-GTTTCTGA-ATTTTTAAAATGAAGTAAGTAAGACTACGAATGTAAGGAAATGAAGA 1434
| | |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TTAAGTTTCTGAGATTTTAAAAA-GAAGTAAGTAAGACTACGAATGTAAGGAAATGAAGA 1431
Query 1435 AGAATTAAAAATGATCT-Atttttgttgtttgtttgttgctttagtc-a----gtaaact 1488
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1432 AGAATTAAAAATGATCTTATTTTTGTTGTT-GTTTGTTGCTTTAGTCGAACCAGTAAACT 1490
Query 1489 ggtcgttgttttatgttttgtgtttgatttgGATGTGTGGTTGACTTCTACCTTTGAGAT 1548
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1491 GGTCGTTGTTTTATGTTTTGGGTTTGATTTGGATGTGTGGTTGACTTCTATCTTTGAGAT 1550
Query 1549 ATTATTTGATGTAACG-T-TTTTGTTATTCTCTTCTTTGCTTCTTCTCGAGAAGAGAAGA 1606
||||||||||||||| | |||| || || ||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1551 ATTATTTGATGTAACTCTCTTTTTTT-TT-TCTTCTTTGCTTCTTCTCGAGTAGTGAAGG 1608
Query 1607 TAGACAATCCGGTTTTAC 1624
||||||||||| ||||||
Sbjct 1609 TAGACAATCCGATTTTAC 1626
> Ahg952449 jgi|Araly1|952449|scaffold_73500001.1
Length=757
Score = 1040 bits (563), Expect = 0.0
Identities = 605/626 (97%), Gaps = 0/626 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 255 AAGAAACCTTGAGTATCCAATGTCCCCGGAAGAGGAGCTACAGAGCAATGTATCGGTGGC 314
|||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2 AAGAAACCTTAAGTATCCAATGTCTACGGAAGAGGAGCTACAGAGCAATGTCTCTGTGGC 61
Query 315 TAGTTCTTCACCTACTAGCAATTGCATCTCCAGGAACACTCTAGGAGGACTTAAAGAGCA 374
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 62 AAGTTCTTCACCTACTAGCAATTGTATCTCCAGGAACACTCTAGGTGGACTTAAAGAGCA 121
Query 375 TAACTACTTGGGTCTCTCTGATTGTTCTTCTGTTGGAAGCTCTACTCTCTCTCCCCTTGC 434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||
Sbjct 122 TAACTACTTGGGTCTCTCTGATTGTTCTTCTGTTGGAAGCTCCACTCTCTCGCTCCTTGC 181
Query 435 TGAAGATGACAAAGCTACTATCAGCCTCAAGGCTACGGAGCTGACACTTGGTCTTCCTGG 494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 TGAAGATGACAAAGCTACTATCAGCCTCAAGGCTACGGAGCTGACACTTGGTCTTCCTGG 241
Query 495 ATCACAATCTCCTGCGAGAGACACAGAGCTTAACCTTTTGAGCCCAGCAAAGCTAGATGA 554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 242 ATCACAATCTCCTGCGAGAGACACAGAGCTTAACCTTTTGAGCCCAGCAAAGCTCGATGA 301
Query 555 GAAGCCATTCTTTCCTTTGCTTCCTTCTAAAGATGAGATATGCTCCTCCTCGCAAAAGAA 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 302 GAAGCCATTCTTTCCTTTGCTTCCTTCTAAAGATGAGATATGCTCGTCCTCGCAAAAGAA 361
Query 615 CAATGCATCGGGAAACAAAAGAGGCTTTTCTGACACAATGGATCAGTTTGCTGAAGCTAA 674
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 CAATGCATCCGGAAACAAAAGAGGCTTTTCTGATACAATGGATCAGTTTGCTGAAGCTAA 421
Query 675 AAGTTCAGTGTATACTGAGAAAAACTGGATGTTCCCTGAAGCAGCAGCCACCCAGTCTGT 734
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 422 AAGTTCAGTCTATACTGAGAAAAACTGGATGTTCCCTGAAGCTGCAGCCACCCAGTCTGT 481
Query 735 AACAAAGAAAGATGTGCCACAAAACATACCCAAAGGACAGTCTAGCACTACAAACAATAG 794
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 482 AACAAAGAAGGATGTGCCACAAAACATACCGAAAGGACAGTCGAGCACTACAAACAATAG 541
Query 795 CTCTAGTCCACCTGCAGCCAAGGCACAAATTGTCGGTTGGCCTCCAGTGAGATCCTACAG 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 542 CTCTAGTCCACCTGCAGCCAAGGCACAAATTGTCGGTTGGCCTCCTGTGAGATCCTACAG 601
Query 855 GAAGAACACATTGGCCACTACTTGTA 880
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 GAAGAACACATTGGCCACTACTTGTA 627
> Ahg358770 jgi|Araly1|358770|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002557
Length=1278
Score = 784 bits (424), Expect = 0.0
Identities = 471/494 (95%), Gaps = 2/494 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 816 GGCACAAATTGTCGGTTGGCCTCCAGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACTAC 875
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 753 GGCACAAATTGTGGGTTGGCCTCCTGTGAGATCCTACAGGAAGAACACATTGGCCACCAC 812
Query 876 TTGTAAGAACAGTGACGAAGTTGATGGGAGGCCAGGTTCTGGGGCTC-TCTTCGTGAAGG 934
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||||| ||||
Sbjct 813 TTGTAAGAATAGTGATGAAGTTGATGGGAGGCCAGGTCCTGGGAC-CATGTTCGTAAAGG 871
Query 935 TCAGTATGGATGGTGCTCCTTATCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACACTAACTACG 994
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 872 TCAGTATGGATGGTGCTCCTTGTCTGAGGAAAGTTGACCTGAGGAGCTACGCTAACTACG 931
Query 995 GGGAGCTTTCTTCAGCCTTGGAGAAAATGTTCACCACTTTCACTCTTGGTCAATGTGGAT 1054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 932 GGGAGCTTTCTTCAGCCTTGGAGAAAATGTTCACCACTCTCACTCTAGGTCAATGTGGAT 991
Query 1055 CTAATGGAGCTGCTGGGAAGGATATGCTTAGTGAGACCAAGCTCAAGGATCTTTTGAATG 1114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 992 CTAATGGAGCTGCTGGGAAGGATATGCTTAGTGAGACCAAGCTTAAGGATTTTTTAAATG 1051
Query 1115 GAAAAGACTATGTGCTCACTTATGAGGATAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATG 1174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 GAAAAGACTATGTGCTCACTTATGAGGATAAGGATGGGGACTGGATGCTTGTTGGAGATG 1111
Query 1175 TTCCGTGGGAGATGTTTATTGATGTCTGCAAGAAGCTGAAGATAATGAAAGGGTGTGATG 1234
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1112 TTCCATGGGAGATGTTTATTGATGTCTGCAAGATGCTGAAGATAATGAAAGGATGTGATG 1171
Query 1235 CTATTGGGTTAGCTGCAGCTCCGAGAGCAATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTTAAAAGA 1294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1172 CTATTGGGTTAGCTGCAGCTCCGAGAGCAATGGAGAAATCGAAGATGAGAGCTCAAAAGA 1231
Query 1295 TGGAACATGACAAA 1308
||||||||||||||
Sbjct 1232 TGGAACATGACAAA 1245
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60868211510
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5