BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G65720.1 Length=1820 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg951429 jgi|Araly1|951429|scaffold_803316.1 2239 0.0 > Ahg951429 jgi|Araly1|951429|scaffold_803316.1 Length=1406 Score = 2239 bits (1212), Expect = 0.0 Identities = 1344/1408 (95%), Gaps = 7/1408 (0%) Strand=Plus/Plus Query 78 AAA-CCGAGGTTTTAGAAAC-ATGGCGTCTAAGGTAATCTCTGCCACAATCCGCAGAACC 135 ||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 AAATCCGAGGTTTT-GAATCTATGGCGTCTAAGGTAATCTCTGCCACAATCCGCCGAACC 59 Query 136 CTAACCAAACCACACGGCACTTTTTCCCGGTGTCGCT-ACTTATCAACCGCCGCTGCTGC 194 |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||| Sbjct 60 CTAACCAATCCACACGGCGCTTTTTCCCGGTGTCG-TCACCTATCGACCGCCGCTGCTGC 118 Query 195 GACGGAGGTGAATTACGAGGATGAATCGATTATGATGAAAGGAGTTCGAATTTCAGGTAG 254 ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 GACGGCGGTGAATTACGAGGATGAATCGATTTTGATGAAAGGAGTTCGAATTTCAGGTAG 178 Query 255 ACCTCTTTACTTAGATATGCAAGCGACGACTCCGATTGATCCTAGAGTATTCGATGCGAT 314 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 179 ACCTCTTTATTTAGATATGCAAGCGACGACTCCGATTGATCCTAGGGTATTCGATGCGAT 238 Query 315 GAATGCTT-CACAGATCCATGAGTATGGGAATCCTCACTCGCGAACGCATCTCTACGGCT 373 ||||| || ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||||| Sbjct 239 GAATGATTCCAC-GATCCATGAGTACGGTAATCCTCACTCGCGAACTCATATGTACGGCT 297 Query 374 GGGAAGCTGAGAACGCCGTCGAGAACGCACGAAACCAGGTCGCGAAACTGATCGAAGCTT 433 ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 GGGAAGCTGAGAACGCCGTCGAGGTTGCTCGAATCCAGGTCGCGAAACTGATCGAAGCTT 357 Query 434 CACCGAAGGAGATCGTATTCGTGTCCGGTGCAACGGAGGCGAACAATATGGCGGTGAAAG 493 | |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 358 CTCCGAAGGAGATCATATTCATGTCCGGTGCGACGGAGGCGAACAATACGGCGGTGAAAG 417 Query 494 GAGTGATGCACTTTTACAAGGACACGAAGAAACATGTGATAACTACACAGACTGAGCATA 553 |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| | Sbjct 418 GAGTGATGCACTTTTACAGGGACACGAAGAAACACGTTATCACTACACAGACTGAGCACA 477 Query 554 AGTGTGTGCTTGATTCGTGTAGGCATTTGCAGCAAGAAGGATTTGAGGTAACTTATTTAC 613 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 478 AGTGTGTGCTTGATTCGTGTAGGCATTTGCAGCAAGAAGGATTTGAGGTAACTTACTTGC 537 Query 614 CTGTGAAAACTGATGGATTGGTTGATTTAGAGATGTTGAGAGAAGCTATTAGGCCAGACA 673 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | Sbjct 538 CTGTGAAAACTGATGGATTGGTTGATTTAGAGATGTTGAAAGAAGCTATTAGACCAGATA 597 Query 674 CAGGGCTAGTTTCTATTATGGCTGTGAACAATGAGATTGGTGTGGTTCAACCTATGGAGG 733 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 598 CAGGGCTAGTTTCGATTATGGCTGTGAACAATGAGATTGGTGTGGTTCAGCCTATGGAGG 657 Query 734 AGATTGGTATGATTTGCAAAGAGCATAATGTTCCGTTTCATACTGATGCTGCTCAAGCTA 793 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 AGATTGGTAGGATTTGCAAAGAGCATAATGTTCCGTTTCATACTGATGCTGCTCAAGCTA 717 Query 794 TTGGGAAGATACCTGTTGATGTTAAGAAGTGGAATGTTGCTTTGATGTCTATGAGTGCTC 853 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 718 TTGGGAAGATACCTGTTGATGTTAAGAAGTGGAATGTTGCTTTGATGTCAATGAGTGCTC 777 Query 854 ACAAGATCTATGGACCGAAAGGTGTTGGTGCTTTGTATGTGAGGAGGAGGCCGAGAATCA 913 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 ACAAGATCTATGGACCAAAAGGTGTTGGTGCTTTGTATGTGAGGAGGAGGCCGAGAATCA 837 Query 914 GGCTTGAGCCGTTGATGAATGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGATTGCGTAGTGGTACGGGGG 973 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 838 GGCTTGAGCCGTTGATGAATGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGGTTGCGTAGTGGCACGGGGG 897 Query 974 CTACGCAGCAGATTGTTGGGTTCGGGGCTGCTTGTGAGTTGGCTATGAAGGAGATGGAGT 1033 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 898 CTACGCAGCAGATTGTTGGGTTTGGGGCTGCTTGTGAATTGGCGATGAAGGAGATGGAGT 957 Query 1034 ATGATGAGAAGTGGATTAAGGGGTTACAGGAGAGGTTGCTGAATGGGGTTAGAGAGAAGC 1093 |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 958 ATGATGAGAAGTGGATTAAGGGACTGCAGGAGAGGTTGCTGAATGGGATTAGAGAGAAGC 1017 Query 1094 TTGATGGTGTTGTGGTGAATGGTTCAATGGATAGTCGATATGTAGGGAATTTGAATTTGT 1153 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1018 TTGATGGTGTTGTGGTGAATGGTTCAATGGATAGTCGATATGTAGGGAATCTGAATTTGT 1077 Query 1154 CGTTTGCTTATGTTGAAGGAGAGAGTTTGTTGATGGGATTGAAGGAAGTTGCAGTGTCTA 1213 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 CGTTTGCTTATGTTGAAGGAGAGAGTCTGTTGATGGGGTTGAAGGAAGTTGCAGTGTCTA 1137 Query 1214 GTGGAAGTGCTTGTACTAGTGCGAGTTTGGAGCCTTCTTATGTGTTGAGAGCTTTGGGTG 1273 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 GTGGAAGTGCTTGTACTAGTGCGAGTTTGGAGCCTTCTTATGTGTTGAGAGCTTTGGGTG 1197 Query 1274 TGGATGAAGACATGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACGAAGG 1333 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1198 TGGATGAGGACATGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACAAAGG 1257 Query 1334 AAGAGATTGATAAAGCGGTCGAGCTTACGGTTAAACAAGTTGAGAAGTTGAGGGAAATGA 1393 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 AAGAGATCGATAAAGCGGTCGAGCTTACGGTTAAACAAGTTGAGAAGTTGAGGGAAATGA 1317 Query 1394 GCCCGCTTTATGAAATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATTCAATGGTCTCAAC 1453 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1318 GCCCGCTTTATGAAATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATACAATGGTCTCAAC 1377 Query 1454 ACTGATTCAACAGTTCCACTCAAACTGT 1481 |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 ACTGATTCAACAGTTCCACTCAAACTGT 1405 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 68333899530 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5