BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G66520.1
Length=1863
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951589 jgi|Araly1|951589|scaffold_803476.1 2981 0.0
> Ahg951589 jgi|Araly1|951589|scaffold_803476.1
Length=1992
Score = 2981 bits (1614), Expect = 0.0
Identities = 1736/1797 (97%), Gaps = 0/1797 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 67 AGATGCTCAAAGCAAGAAGAACTGAAGCAAATCCACGCTCGCATGCTGAAAACTGGCTTG 126
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 AGATGCTCAAAACAAGAAGAACTGAAGCAAATCCACGCTCGCATGCTGAAAACTGGCTTG 233
Query 127 ATGCAGGATTCTTATGCAATCACAAAGTTTCTTTCTTTCTGCATTTCTTCAACGTCTTCC 186
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||
Sbjct 234 ATTCAGGATTCTTATGCAATCACAAAGTTTCTTTCTTGCTGCATTTCTTCGACTTCTTCC 293
Query 187 GACTTTTTGCCTTATGCCCAGATTGTGTTTGACGGGTTTGATCGACCAGATACTTTCTTG 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 294 GACTTTTTGCCTTATGCCCAGATTGTGTTTGACGGGTTTGATCGACCAGGTACTTTCTTG 353
Query 247 TGGAACCTAATGATCAGAGGGTTCTCGTGCTCAGACGAACCCGAGAGGTCTCTTCTCCTG 306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 354 TGGAACCTAATGATCAGAGGGTTCTCGTGCTCAGACGAACCTGAGAGGTCTCTTCTTCTG 413
Query 307 TATCAACGTATGCTCTGTTCTTCAGCTCCTCATAACGCGTATACTTTTCCGTCTCTTCTC 366
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 414 TATCAACGTATGCTCTGTTGTTCAGCTCCTCATAACGCATATACTTTTCCGTCTCTTCTC 473
Query 367 AAAGCTTGTTCGAACCTATCTGCATTTGAAGAAACAACGCAAATTCACGCACAGATCACG 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AAAGCTTGTTCGAACCTATCTGCATTTGAAGAAACAACGCAAATTCACGCACAGATCACG 533
Query 427 AAACTTGGATATGAAAATGATGTCTATGCAGTGAATTCTCTGATTAATTCATATGCTGTG 486
|||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 534 AAACTTGGATATGAAAATAATGTATACGCAGTGAATTCGCTGATTAATTCATATGCTGCG 593
Query 487 ACCGGGAATTTCAAGCTAGCTCACCTTCTCTTTGACAGAATCCCCGAACCTGATGATGTC 546
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||
Sbjct 594 ACCGGGAACTTCGAGCTAGCTCACCTTCTCTTTGACAGAATGTCCAAACCCGATGCTGTC 653
Query 547 TCGTGGAACTCTGTGATCAAAGGTTATGTAAAAGCTGGAAAAATGGATATTGCATTAACG 606
|| |||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 654 TCATGGAACTCTGTGATTAAAGGGTACGCAAAAGCTGGAAAAATGGATATTGCGTTAACG 713
Query 607 TTATTCAGGAAAATGGCAGAAAAGAATGCTATATCATGGACTACGATGATCTCTGGGTAT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TTATTCAGGAAAATGGCAGAAAAGAATGCTATATCATGGACTACGATGATCTCTGGGTAT 773
Query 667 GTTCAAGCAGACATGAACAAGGAAGCTCTGCAATTGTTTCATGAAATGCAGAATTCAGAT 726
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 GTTCAAGCAGGCATGAACAAGGAAGCTCTGCAATTATTTCATGAAATGCAGAATTCAGAT 833
Query 727 GTTGAGCCTGATAATGTTTCCCTAGCTAATGCTCTCTCAGCTTGTGCTCAGCTCGGAGCA 786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 834 GTTGAGCCTGATAATGTTTCCCTAGCTAATGCTCTCTCAGCTTGCGCTCAGCTCGGAGCA 893
Query 787 CTCGAGCAAGGGAAATGGATCCATTCCTATCTTAATAAGACAAGAATCAGAATGGACTCT 846
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CTCGAGCAAGGGAAATGGATTCATTCCTATCTTAATAAAACAAGAATCAGAATGGACTCT 953
Query 847 GTTTTGGGTTGTGTTCTTATAGATATGTATGCAAAGTGCGGTGAAATGGAAGAAGCTTTG 906
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 954 GTTTTGGGTTGTGTTCTTATAGATATGTATGCAAAGTGCGGTGACATGGAAGAAGCTTTG 1013
Query 907 GAAGTTTTCAAGAATATTAAGAAAAAATCAGTGCAAGCATGGACAGCTTTGATTTCAGGA 966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1014 GAAGTTTTCAAGAATATTAAGAAAAAATCAGTGCAAGCATGGACAGCTTTGATTTCCGGA 1073
Query 967 TATGCATACCATGGCCATGGAAGAGAAGCTATTAGCAAATTCATGGAGATGCAAAAGATG 1026
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TATGCATACCATGGCCATGGAAGAGAAGCAATTAGCAAATTCATGGAGATGCAAAAGATG 1133
Query 1027 GGAATTAAGCCAAATGTGATCACTTTCACTGCGGTTCTCACGGCTTGCAGCTACACAGGA 1086
||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1134 GGAATAAAGCCAAATGTCATAACTTTCACTGCGGTTCTCACGGCTTGCAGCTACACTGGA 1193
Query 1087 CTAGTTGAAGAAGGAAAGTTGATATTCTACAGCATGGAGAGAGATTACAACCTGAAACCG 1146
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 CTAGTTGAAGAAGGAAAGTTGATATTCTACAGTATGGAGAGAGATTACAACCTGAAACCG 1253
Query 1147 ACCATCGAGCATTATGGCTGTATTGTTGATTTACTCGGTCGAGCTGGATTGCTTGATGAA 1206
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1254 ACCATCGAGCATTATGGCTGTGTTGTTGATTTACTCGGTCGAGCTGGATTGCTAGATGAA 1313
Query 1207 GCAAAACGTTTCATTCAGGAGATGCCATTGAAGCCAAATGCTGTGATATGGGGTGCGTTG 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GCAAAACGTTTCATTCAGGAGATGCCATTGAAGCCAAATGCTGTGATATGGGGTGCGTTG 1373
Query 1267 CTCAAAGCCTGTCGAATTCACAAAAACATCGAATTGGGAGAGGAAATTGGAGAAATCTTA 1326
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CTCAAAGCCTGTCGGATTCACAAAAACATCGAATTGGGAGAGGAAATTGGAGAAATCTTA 1433
Query 1327 ATTGCAATAGATCCATATCATGGCGGAAGATATGTTCATAAGGCAAATATTCATGCTATG 1386
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 ATTGCAATAGATCCATATCATGGTGGGAGATATGTTCATAAGGCAAATATTCATGCTATG 1493
Query 1387 GATAAAAAGTGGGACAAAGCAGCTGAAACAAGAAGATTGATGAAAGAACAAGGAGTAGCA 1446
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 GGCAAGAAGTGGGACAAAGCAGCTGAAACAAGAAGATTGATGAAAGAACAAGGAGTAGCA 1553
Query 1447 AAAGTTCCAGGATGTAGTACAATTAGCTTGGAAGGGACCACACACGAGTTTTTAGCGGGA 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 AAAGTTCCAGGATGTAGTACAATTAGCTTGGACGGGACCACACACGAGTTTTTAGCGGGA 1613
Query 1507 GACCGATCACACCCAGAGATAGAGAAAATTCAATCTAAATGGAGAATCATGAGAAGGAAA 1566
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 GACCGATCACATCCAGAGATAGAGAAAATTCAATCTAAATGGAGAATCATGAGAAGGAAA 1673
Query 1567 CTTGAGGAAAACGGGTACGTACCAGAGTTAGAAGAGATGCTGCTTGATCTAGTTGATGAT 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CTTGAGGAAAACGGGTACGTACCAGAGTTAGAGGATATGCTGCTTGATCTAGTTGATGAT 1733
Query 1627 GATGAAAGAGAGGCTATTGTGCATCAGCATAGCGAGAAATTGGCTATTACATACGGGTTA 1686
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 GATGAAAGAGAGGCTATTGTGCATCAGCACAGCGAGAAATTGGCTATTACATACGGGTTA 1793
Query 1687 ATCAAGACTAAACCAGGAACCATTATTCGTATAATGAAGAATCTCCGAGTATGCAAAGAT 1746
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 ATCAAGACTAAACCAGGAACCACTATACGTATAATGAAGAATCTCCGAGTATGCAAAGAC 1853
Query 1747 TGTCACAAAGTAACGAAGCTCATCTCTAAGATATACAAGAGGGATATTGTAATGAGAGAT 1806
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 1854 TGTCACAAAGTAACGAAACTCATCTCTAAGATATACAAGAGAGATATCGTAATGAGGGAT 1913
Query 1807 AGGACAAGGTTCCATCATTTCAGAGATGGGAAATGCAGTTGTGGGGACTACTGGTAA 1863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 AGGACAAGGTTCCATCATTTCAGAGATGGGAAATGCAGTTGTGGGGACTACTGGTAA 1970
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69971780065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5