BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= ATCG00040.1 Length=1581 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg925496 jgi|Araly1|925496|scaffold_201057.1 2782 0.0 > Ahg925496 jgi|Araly1|925496|scaffold_201057.1 Length=1951 Score = 2782 bits (1506), Expect = 0.0 Identities = 1556/1581 (98%), Gaps = 0/1581 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTGTCATTTCAGAACTCAAGAAAATAAAGACTTTACCTTCAGTTCAAATCGAATTTCA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22 ATGTGTCATTTCAGAACTCAAGAAAATAAAGACTTTACCTTCAGTTCAAATCGAATTTCA 81 Query 61 ATCCAAATGGATAAATTTCAAGGATATTTAGAGTTCGATGGGGCTCGGCAACAGAGTTTT 120 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 82 ATCCAAATGGAGAAATTTCAAGGATATTTAGAGTTCGATGGGGCTCGGCAACAGAGTTTT 141 Query 121 CTATATCCACttttttttCGGGAGTATATTTATGTACTTGCTTATGATCATGGTTTAAAT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 142 CTATATCCACTTTTTTTTCGGGAGTATATTTATGTACTTGCTTATGATCATGGTTTAAAT 201 Query 181 AGATTAAATAGAAATCGCTATATTTTCTTGGAAAATGCGGATTATGACAAAAAATATAGT 240 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 202 AGATTAAATAGAAATCGCTCTATTTTCTTGGAAAATACGGATTATGACAAAAAATATAGT 261 Query 241 TCACTAATTACGAAACGCTTAATTTTGCGAATGTATGAACAGAATCGTTTGATTATTCCC 300 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 262 TCACTAATTGTGAAACGCTTAATTTTGCGAATGTATGAACAGAATCGTTTGATTATTCCC 321 Query 301 ACTAAGGATGTGAACCAAAATTCCTTTTTGGGGCATACCAGTCTTTTCTATTATCAAATG 360 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 322 ACTAAGGATTTGAACCAAAATTCCTTTTTGGGGCATACCAGTCTTTTCTATTATCAAATG 381 Query 361 ATATCTGTTTTATTTGCAGTGATTGTCGAAATTCCATTTTCCCTAAGATTAGGATCCTCT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 382 ATATCTGTTTTATTTGCAGTGATTGTCGAAATTCCATTTTCCCTAAGATTAGGATCCTCT 441 Query 421 TTTCAAGGAAAACAATTaaaaaaaTCTTATAATTTACAATCAATTCATTCAATATTTCCC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 442 TTTCAAGGAAAACAATTAAAAAAATCTTATAATTTACAATCAATTCATTCAATATTTCCC 501 Query 481 TTTTTAGAAGACAAATTAGGACATTTTAATTATGTGTTAGATGTACTAATACCTTACCCC 540 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 502 TTTTTAGAAGACAAATTAGCACATTTTAATTATGTGTTAGATGTACTAATACCTTACCCC 561 Query 541 ATCCATCTAGAAATCTTGGTTCAAACCCTACGTTACCGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTG 600 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 562 ATCCATCTAGAAATCTTGGTTCAAATCCTACGTTACTGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTG 621 Query 601 CAtttttttCGGTTCTGTTTATACGAGTATTGTAATTGGAAGAATTTTTATATTaaaaaa 660 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 622 CATTTTTTTCGGTTCTGTTTATACGAGTATTGCAATTGTAAGAATTTTTATATTAAAAAA 681 Query 661 aaaTCAATTTTGAATCCAAGATTTTTCTTGTTCTTATATAATTCTCATGTATGTGAATAC 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 682 AAATCAATTTTGAATCCAAGATTTTTCTTGTTCTTATATAATTCTCATGTATGTGAATAC 741 Query 721 GAATCCATCtttttttttCTACGCAAGCGGTCTTCGCATTTACGATCGACATCTTATGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 742 GAATCCATCTTTTTTTTTCTACGCAAGCGGTCTTCGCATTTACGATCGCCATCTTATGAA 801 Query 781 GTCCTTTTTGAGCGAATTGTATTCTATGGAAAAATACACCATTTTTTCAAAGTTTTTGTT 840 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 802 GTCCTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGGAAAAATACAACATTTTTTCAAAGTTTTTATT 861 Query 841 AATAATTTTCCGGCAATCCTAGGGTTGCTCAAGGATCCTTTCATACATTATGTTAGATAT 900 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 862 AATAATTTTCCGGCGATCCTAGGGTTGCTCAAGGATCCTTTCATACATTATGTTAGATAT 921 Query 901 CACGGAAGATGCATTCTGGCAACAAAGGATACGCCGCTTCTGATGAATAAATGGAAATAT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 922 CACGGAAGATGCATTCTGGCAACAAAGGATACGCCGCTTCTGATGAATAAATGGAAATAT 981 Query 961 TATTTTGTTAATTTATGGCAATGTTATTTTTCGGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTCAAT 1020 | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 982 TTTTTTGTTAATTTATGGCAATGTTATTTTTCCGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTCAAT 1041 Query 1021 ATAAATCAATTATCTAAAGATAATTTAGAGTTTCTGGGTTATCTGTCAAGTTTGCGATTA 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1042 ATAAATCAATTATCTAAAGATAATTTAGAGTTTCTGGGTTATCTGTCAAGTTTGCGATTA 1101 Query 1081 AACCCTTTAGTGGTACGTAGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGA 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1102 AACCCTTTAGTGGTACGTAGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGA 1161 Query 1141 ATCAAATTGGATAGCAAAATTCCAATTTCTTCTATTATTGGATCGTTGGCTAAAGATAAA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1162 ATCAAATTGGATAGCAAAATTCCAATTTCTTCTATTATTGGATCATTGGCTAAAGATAAA 1221 Query 1201 TTTTGTAATGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAAGCAACCTGGACGGATTCATCAGATTCT 1260 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1222 TTTTGTAATGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAAGCGACCTGGACGGATTCATCAGATTCT 1281 Query 1261 GATATTCTCAACCGATTTGTGCGGATATGCAGAAATATTTCTCATTATTACAGCGGATCT 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1282 GATATTCTCAACCGATTTGTGCGGATATGCAGAAATATTTCTCATTATTACAGCGGATCT 1341 Query 1321 TCaaaaaaaaaGAATTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGTCTTTGTTGTGTTAAAACT 1380 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1342 TCAAAAAAAAAAAATTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGTCTTTGTTGTGTTAAAACT 1401 Query 1381 TTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGCACTTTTTTAAAAAGGTTGGGCTCTGGTTTA 1440 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1402 TTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGCGCTTTTTTAAAAAGGTTGGGCTCGGGTTTA 1461 Query 1441 TTGGAAGAATTCCTTACGGGGGAAGACCAAGTTCTTTCTTTAATCTTCCCAAGAAGTTAT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1462 TTGGAAGAATTCCTTACGGGGGAAGACCAAGTTCTTTCTTTAATCTTCCCAAGAAGTTAT 1521 Query 1501 TATGCTTCTAAAAGATTATATCGAGTGCGAATTTGGTATTTGGATATTCTTTATCTTAAT 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1522 TATGCTTCTAAAAGATTATATCGAGTGCGAATTTGGTATTTGGATATTCTTTATCTTAAT 1581 Query 1561 GATTTGGTCAATCATGAATAA 1581 ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1582 GATTTAGTCAATCATGAATAA 1602 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 59230330975 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5