BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= ATCG00120.1 Length=1524 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475584 jgi|Araly1|475584|fgenesh2_kg.2__714__ATCG00120.1 2756 0.0 > Ahg475584 jgi|Araly1|475584|fgenesh2_kg.2__714__ATCG00120.1 Length=1522 Score = 2756 bits (1492), Expect = 0.0 Identities = 1512/1522 (99%), Gaps = 0/1522 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGTAACCATTAGAGCCGACGAAATTAGTAATATTATCCGTGAACGTATTGAGCAATAT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGTAACCATTAGAGCCGACGAAATTAGTAATATTATCCGTGAACGTATTGAGCAATAT 60 Query 61 AATAGAGAAGTAACGATTGTAAATACCGGTACCGTACTTCAAGTGGGCGATGGCATCGCT 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AATAGAGAAGTAACGATTGTAAATACCGGTACCGTACTTCAAGTGGGCGATGGCATCGCT 120 Query 121 CGTATTTATGGTCTTGATGAAGTAATGGCAGGTGAATTAGTAGAATTTGAGGAGGGTACT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CGTATTTATGGTCTTGATGAAGTAATGGCAGGTGAATTAGTAGAATTTGAGGAGGGTACT 180 Query 181 ATAGGTATTGCCCTTAATTTAGAATCCAATAATGTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGT 240 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATAGGTATTGCCCTTAATTTAGAATCAAATAATGTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGT 240 Query 241 TTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCTACGGGAAAAATTGCTCAGATACCGGTG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCTACGGGAAAAATTGCTCAGATACCGGTG 300 Query 301 AGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCCTTGGCTAACCCTATTGATGGTCGAGGT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCCTTGGCTAACCCTATTGATGGTCGAGGT 360 Query 361 AAGATTTCCGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAATCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCGAGA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 361 AAGATTTCCGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAATCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCAAGA 420 Query 421 CGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTTATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 CGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTTATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATA 480 Query 481 GGACGCGGCCAGCGAGAATTAATTATTGGTGACAGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCC 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GGACGCGGCCAGCGAGAATTAATTATTGGTGACAGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCC 540 Query 541 ACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGCCAAAATGTAATATGTGTTTATGTAGCTATTGGT 600 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 ACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGTCAAAATGTAATATGTGTTTATGTAGCTATTGGT 600 Query 601 CAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACCAGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGAA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACCAGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGAA 660 Query 661 TACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCCCCAGCTACGTTACAATACCTCGCGCCT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 TACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCCCCAGCTACGTTACAATACCTCGCGCCT 720 Query 721 TATACAGGAGCAGCCTTGGCTGAATATTTTATGTACCGTGAACAACACACTTTAATAATT 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 721 TATACAGGAGCAGCCTTGGCTGAATATTTTATGTACCGTGAACAACACACTTTAATCATT 780 Query 781 TATGATGATCTTTCCAAACAAGCACAAGCTTATCGACAAATGTCTCTTCTATTACGAAGA 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TATGATGATCTTTCCAAACAAGCACAAGCTTATCGACAAATGTCTCTTCTATTACGAAGA 840 Query 841 CCGCCGGGTCGTGAAGCTTATCCAGGAGATGTTTTTTATTTACATTCACGTCTTTTAGAA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 CCGCCGGGTCGTGAAGCTTATCCAGGAGATGTTTTTTATTTACATTCACGTCTTTTAGAA 900 Query 901 AGAGCCGCTAAATTAAGCTCTCAATTAGGTGAAGGGAGTATGACTGCCTTACCAATCGTC 960 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 AGAGCCGCTAAATTAAGCTCTCAATTAGGTGAAGGAAGTATGACTGCCTTACCAATCGTC 960 Query 961 GAGACCCAGTCAGGAGATGTTTCAGCTTATATTCCTACTAATGTAATTTCCATTACAGAT 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GAGACCCAGTCAGGAGATGTTTCAGCTTATATTCCTACTAATGTAATTTCCATTACAGAT 1020 Query 1021 GGACAAATATTCTTATCCGCCGATCTTTTTAATGCTGGAATCAGACCTGCTATTAATGTA 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 GGACAAATATTCTTATCCGCCGATCTTTTTAATGCTGGAATCAGACCTGCTATTAATGTA 1080 Query 1081 GGGATTTCTGTCTCGAGAGTAGGATCCGCCGCTCAAATTAAAGCTATGAAACAGGTAGCT 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GGGATTTCTGTCTCGAGAGTAGGATCCGCCGCTCAAATTAAAGCTATGAAACAGGTAGCT 1140 Query 1141 GGAAAATTAAAATTGGAATTGGCTCAATTCGCTGAATTAGAAGCCTTTTCCCAATTTTCT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1141 GGAAAATTAAAATTGGAATTGGCTCAATTCGCTGAATTAGAAGCCTTTGCCCAATTTTCT 1200 Query 1201 TCTGATCTCGATAAAGCTACTCAGAATCAATTGGCAAGAGGTCAACGATTGCGTGAGTTA 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 TCTGATCTCGATAAAGCTACTCAGAATCAATTGGCAAGAGGTCAACGATTGCGTGAGTTA 1260 Query 1261 CTGAAACAATCCCAATCAGCCCCCCTCACAGTGGAAGAACAGATAATGACCATTTATACC 1320 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 CTGAAACAATCCCAATCAGCCCCTCTCACAGTGGAAGAACAGATAATGACCATTTATACC 1320 Query 1321 GGAACAAATGGTTATCTGGATGGATTAGAAATTGGACAAGTAAGAAAATTTCTCGTTCAA 1380 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GGAACAAATGGTTATCTGGATGGATTAGAAATTGGACAAGTAAGAAAATTTCTCGTTCAG 1380 Query 1381 TTACGCACTTACTTAAAAACGAATAAACCTCAGTTTCAAGAAATCATAGCCTCTACCAAG 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TTACGCACTTACTTAAAAACGAATAAACCTCAGTTTGAAGAAATCATAGCCTCTACCAAG 1440 Query 1441 ACATTAACCGCTGAAGCAGAAAGCTTTTTGAAAGAAGGTATTCAAGAGCAACTAGAACGT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 ACATTAACCGCTGAAGCAGAAAGCTTTTTGAAAGAAGGTATTCAAGAGCAACTAGAACGT 1500 Query 1501 TTCCTACTTCAGGAGAAAGTAT 1522 || ||||||||||||||||||| Sbjct 1501 TTTCTACTTCAGGAGAAAGTAT 1522 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 57059187010 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5