BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= ATCG00190.1 Length=3219 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg925484 jgi|Araly1|925484|scaffold_201045.1 5725 0.0 Ahg914090 jgi|Araly1|914090|Al_scaffold_0001_4344 82.4 2e-14 > Ahg925484 jgi|Araly1|925484|scaffold_201045.1 Length=5564 Score = 5725 bits (3100), Expect = 0.0 Identities = 3136/3154 (99%), Gaps = 0/3154 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTGCAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 60 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 155 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 214 Query 61 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTGCTAAGTTTCCAAAA 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 215 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTTCTAAGTTTCCAAAA 274 Query 121 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 275 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 334 Query 181 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 335 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 394 Query 241 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 395 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 454 Query 301 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACCGA 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 455 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACAGA 514 Query 361 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 515 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 574 Query 421 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 575 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 634 Query 481 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 635 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 694 Query 541 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 695 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 754 Query 601 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGaaaaaaaaaaTAGGATCAAAAGAA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 755 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGAAAAAAAAAATAGGGTCAAAAGAA 814 Query 661 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCTATATTTTCT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 815 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCAATATTTTCT 874 Query 721 GAATCCTTATGTAAGGAATTACaaaaaaaaTTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 875 GAATCCTTATGTAAGGAATTACAAAAAAAATTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 934 Query 781 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 935 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 994 Query 841 TTGTTACCACGAGATGTGTTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 900 ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 995 TTGTTACCACGAGATATATTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 1054 Query 901 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1055 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 1114 Query 961 TTACAAGACCAGCTCGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1020 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1115 TTACAAGACCAGCTTGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1174 Query 1021 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1175 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1234 Query 1081 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1235 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1294 Query 1141 ACAAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1200 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1295 ACTAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1354 Query 1201 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1355 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1414 Query 1261 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1415 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1474 Query 1321 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1475 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1534 Query 1381 TCaaaaaaaGCACGGATACGGATGCtttttttATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1535 TCAAAAAAAGCACGGATACGGATGCTTTTTTTATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1594 Query 1441 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1595 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1654 Query 1501 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1655 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1714 Query 1561 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1620 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1715 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1774 Query 1621 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1680 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1775 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1834 Query 1681 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1740 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1835 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1894 Query 1741 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1895 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1954 Query 1801 GGCAATGGTGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 1860 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1955 GGCAATGGGGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 2014 Query 1861 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGTCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 1920 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2015 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 2074 Query 1921 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2075 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 2134 Query 1981 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2040 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2135 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2194 Query 2041 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2195 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2254 Query 2101 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGTCGTTTACTCCGA 2160 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2255 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGCCGTTTACTCCGA 2314 Query 2161 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2220 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2315 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2374 Query 2221 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2375 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2434 Query 2281 TTACGAGCTATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2340 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2435 TTACGAGCCATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2494 Query 2341 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGTGGTTCAAGT 2400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2495 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGGGGTTCAAGT 2554 Query 2401 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATAAAAGTAGGTGAT 2460 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2555 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATCAAAGTAGGTGAT 2614 Query 2461 AAAGTAGCTGGAAGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2520 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2615 AAAGTAGCTGGACGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2674 Query 2521 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2580 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2675 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2734 Query 2581 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2640 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2735 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2794 Query 2641 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2795 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2854 Query 2701 CTGGTGTTTTCAGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2760 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2855 CTGGTGTTTTCTGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2914 Query 2761 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2820 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2915 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2974 Query 2821 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 2880 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2975 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 3034 Query 2881 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 2940 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3035 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 3094 Query 2941 AAGCAgggggggCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3095 AAGCAGGGGGGGCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3154 Query 3001 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3155 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3214 Query 3061 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCGGAATCT 3120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 3215 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCAGAATCT 3274 Query 3121 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3154 |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3275 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3308 > Ahg914090 jgi|Araly1|914090|Al_scaffold_0001_4344 Length=654 Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14 Identities = 44/44 (100%), Gaps = 0/44 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1832 TTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACTTGTATGCATCAAAAA 1875 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 654 TTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACTTGTATGCATCAAAAA 611 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 121622152285 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5