BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= ATCG00740.1 Length=990 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg925447 jgi|Araly1|925447|scaffold_201008.1 1712 0.0 Ahg925560 jgi|Araly1|925560|scaffold_201121.1 1707 0.0 Ahg930931 jgi|Araly1|930931|scaffold_303388.1 425 2e-118 > Ahg925447 jgi|Araly1|925447|scaffold_201008.1 Length=1039 Score = 1712 bits (927), Expect = 0.0 Identities = 970/990 (98%), Gaps = 6/990 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 32 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 91 Query 61 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 92 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGT 151 Query 121 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 152 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 211 Query 181 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGCAGGTATT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 212 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGTAGGTATT 271 Query 241 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 272 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 331 Query 301 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 332 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 391 Query 361 ATTATTTTACCGCCCGCTGTGGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACA 420 || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 392 ATAATTTTACCGCCCTCTGTAGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACG 451 Query 421 GAACCAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATTGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 480 ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 452 GAAACAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 511 Query 481 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 512 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 571 Query 541 AATGCCAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 600 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 572 AACGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 631 Query 601 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAAGCCTCCCGG 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 632 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGG 691 Query 661 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 692 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 751 Query 721 AACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTAGTTAACCTA 780 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 752 AACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTA 811 Query 781 AGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 840 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 812 AGAAAAAAAA------CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 865 Query 841 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAATCCAATATACATACATTATTGGACCTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 866 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGACCTT 925 Query 901 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 926 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 985 Query 961 AAGATATTAGACATTCTAGaaaaaaaaTAG 990 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 986 AAGATATTAGACATTCTAGAAAAAAAATAG 1015 > Ahg925560 jgi|Araly1|925560|scaffold_201121.1 Length=1031 Score = 1707 bits (924), Expect = 0.0 Identities = 969/990 (98%), Gaps = 6/990 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 24 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 83 Query 61 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 84 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGT 143 Query 121 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 144 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 203 Query 181 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGCAGGTATT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 204 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGTAGGTATT 263 Query 241 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 300 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 264 CAAGAATCAGTACACGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 323 Query 301 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 324 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 383 Query 361 ATTATTTTACCGCCCGCTGTGGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACA 420 || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 384 ATAATTTTACCGCCCTCTGTAGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACG 443 Query 421 GAACCAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATTGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 480 ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 444 GAAACAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 503 Query 481 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 504 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 563 Query 541 AATGCCAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 600 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 564 AACGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 623 Query 601 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAAGCCTCCCGG 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 624 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGG 683 Query 661 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 684 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 743 Query 721 AACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTAGTTAACCTA 780 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 744 AACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTA 803 Query 781 AGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 840 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 804 AGAAAAAAAA------CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 857 Query 841 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAATCCAATATACATACATTATTGGACCTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 858 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGACCTT 917 Query 901 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 918 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 977 Query 961 AAGATATTAGACATTCTAGaaaaaaaaTAG 990 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 978 AAGATATTAGACATTCTAGAAAAAAAATAG 1007 > Ahg930931 jgi|Araly1|930931|scaffold_303388.1 Length=281 Score = 425 bits (230), Expect = 2e-118 Identities = 251/260 (97%), Gaps = 5/260 (2%) Strand=Plus/Plus Query 592 ATTCTTTTTCTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAA 651 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 27 ATTCTTTTTCTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAA 86 Query 652 GCCTCCCGGAATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTC 711 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 87 GCCTCCCGGAATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTC 146 Query 712 TATTTAGAGAACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTA 771 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| Sbjct 147 TATTTAGAGAACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCTTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTA 206 Query 772 GTTAACCTAAGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGAC 831 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 207 GTTAACCTAAGAAAAAAAAA-----CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGAC 261 Query 832 CAATTAGAATTGCCTCCCAG 851 |||||||||||||||||||| Sbjct 262 CAATTAGAATTGCCTCCCAG 281 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 36788614905 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5