BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= ATCG01100.1 Length=1083 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg333071 jgi|Araly1|333071|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000099 1941 0.0 Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1 752 0.0 > Ahg333071 jgi|Araly1|333071|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000099 Length=1086 Score = 1941 bits (1051), Expect = 0.0 Identities = 1075/1086 (99%), Gaps = 3/1086 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 Query 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 240 Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420 Query 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480 Query 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540 Query 541 TCAATATCTCTAC--T-ATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 597 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TCAATATCTCTAGGATTATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 600 Query 598 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 660 Query 658 ATTTCTTCCCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 717 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 ATTTCTTCTCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 720 Query 718 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATAAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 777 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATCAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 780 Query 778 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 837 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 840 Query 838 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 897 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 900 Query 898 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTTTTGTTCGTTTCTATC 957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 901 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATC 960 Query 958 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1020 Query 1018 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACCACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1080 Query 1078 CTCTAA 1083 |||||| Sbjct 1081 CTCTAA 1086 > Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1 Length=1647 Score = 752 bits (407), Expect = 0.0 Identities = 411/413 (99%), Gaps = 0/413 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1235 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 1294 Query 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1295 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 1354 Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1355 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 1414 Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1415 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 1474 Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1475 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 1534 Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1535 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 1594 Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTC 413 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1595 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTC 1647 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 40334046186 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5