BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg311453
Length=1989
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G03560.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 3192 0.0
> AT1G03560.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr1:890156-892410 REVERSE LENGTH=2255
Length=2255
Score = 3192 bits (1728), Expect = 0.0
Identities = 1897/1981 (96%), Gaps = 2/1981 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGAAGATTTTACCGGAAGCCCTTTTCGT-TAGCTCTTCTGAATCGTCCGCATTGTTC 59
||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGAAGATTTTACCGGAAGCCCTTTTC-TGTACCGCTTCTGAATCGTCCGCATTGTTC 59
Query 60 TTCACAATCTCTCTGTTTCTACAAAAATGGCGACTTTTTGTCGGATGATTCAAAGTGCTC 119
||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTCACAATCTCACTGTTTGTACAAAAATGGAGACTTTTTGTCGGATGATTCAAAGTGCTC 119
Query 120 GCCTTTATCAAGCTCAAGGACGAGTGTTAGGTGGGTGTTCAATAGCAGCTCACTTCCTCC 179
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCCTTTATCGAGCTCAAGGACGAGTGTTAGATGGGTGTTCAATAGCAGCTCACTTCCTCC 179
Query 180 TCCCGAATGGATAGAACCCTTTAACGATGTCTCCGATTTGGTGGAATCGAACCGTAATCT 239
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 180 TCCCGAATGGATAGAACCTTTTAACGATGTCTCCGATTTGGTGAAATCGAATCGTAATCT 239
Query 240 CCAGCCATCTCCATGGGTAAGCCAAATTCTCAACCTTTTAGATGGTTCGGCTTCCATGGA 299
|| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 CCTGCCGTCGCCATGGGTAAGCCAAATTCTCAACCTTTTAGATGGTTCGGCTTCTATGGA 299
Query 300 ATCGAATCTAGATGGTTTCTGCCGTAAGTTTCTTATCAAACTATCGCCCAATTTTGTTTC 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATCGAATCTAGATGGTTTCTGCCGTAAGTTTCTTATCAAACTATCGCCCAATTTTGTTTC 359
Query 360 GTTTGTGTTGAAATCCGATGAGATTCGCGAAAAACCCGATATTGCTTGGAGTTTCTTCTG 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GTTTGTGTTGAAATCCGATGAGATTCGCGAAAAACCTGATATTGCTTGGAGTTTCTTCTG 419
Query 420 TTGGTCTCGTAAGCAAAAGAAGTATACGCATAACCTCGAGTGTTATGTCTCCTTGGTTGA 479
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTGGTCTCGTAAGCAGAAGAAGTATACTCATAACCTCGAGTGTTATGTCTCCTTGGTTGA 479
Query 480 TGTATTGGCTCTGGCAAAAGATGTGGATAGAATTAGGTTTATCTGCAGTGAGATTAGGAA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 480 TGTATTGGCTCTGGCAAAAGATGTGGATAGAATTAGGTTTGTAAGCAGTGAGATTAAGAA 539
Query 540 ATTTGAGTTTCCTATGACGGTTTCTGCTGCGAATTCTCTGATTAAGAGTTTTGGAAAGCT 599
|||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 ATTTGAGTTTCCTATGACTGTTTCTGCGGCGAATGCTCTGATTAAGAGTTTTGGGAAGCT 599
Query 600 TGGAATGGTGGAGGAATTGTTGTGGGTTTGGCGCAAAATGAAAGAGAATGGGATTGAGCC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGAATGGTGGAGGAATTGTTGTGGGTTTGGCGTAAAATGAAAGAGAATGGGATTGAGCC 659
Query 660 GACTTTGTACACTTATAACTTTTTGATGAACGGATTAGTGAGCGCGATGTTTGTTGATTC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 660 GACTTTGTACACTTATAACTTTTTGATGAACGGTTTAGTGAGCGCCATGTTCGTTGATTC 719
Query 720 GGCAGAGCGTGTTTTTGAGGTTATGGAAAGTGGCAGGATCAAACCAGACGTTGTGACTTA 779
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 GGCAGAGCGTGTTTTTGAGGTTATGGAGAGTGGCAGGATCAAACCAGACATTGTGACTTA 779
Query 780 TAACACAATGATCAAGGGTTATTGTAAGGCAGGGCAAACACAGAAAGCTTTGGAGAAGCT 839
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 780 TAACACAATGATCAAAGGTTATTGTAAAGCAGGGCAGACACAGAAAGCTATGGAGAAGCT 839
Query 840 TAGAGATATGGAGACGAGAGGTCTTGAGGCTGATAAGATTACGTATATGACTATGATTCA 899
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 TAGAGATATGGAGACGAGAGGTCATGAGGCTGATAAGATTACGTATATGACTATGATCCA 899
Query 900 GGCTTGTTATGCAGATAGCGACTTTGGTTCTTGTGTGGCTCTGTATCAAGAGATGGATGA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGCTTGTTATGCAGATAGCGACTTTGGTTCTTGTGTGGCTTTGTATCAAGAGATGGATGA 959
Query 960 GAAGGGAATTCAAGTCCCGCCTCATGCGTTTAGCTTAGTGATTGGTGGACTTTGTAAGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAAGGGAATTCAAGTCCCGCCTCATGCGTTTAGCTTAGTGATTGGTGGACTTTGTAAGGA 1019
Query 1020 AGGGAAATTGTATGAAGGTTATGCTGTTTTCGAGAATATGATCCGTAAAGGGTCTAAACC 1079
|||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1020 AGGGAAATTGAATGAAGGGTATACTGTTTTTGAGAATATGATACGTAAAGGATCTAAACC 1079
Query 1080 AAATGTAGCTATATACACGGTTTTGATAGATGGTTATGCGAAAAGCGGAAGTGTGGAAGA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1080 AAATGTAGCTATATACACGGTTTTGATAGATGGTTATGCGAAAAGTGGAAGTGTTGAAGA 1139
Query 1140 TGCGATAAGGCTTTTACAGAGAATGATAGACGAAGGGTTTAACCCCGATGTGGTAACTTA 1199
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1140 CGCGATAAGGCTTTTACATAGAATGATAGACGAAGGGTTTAAACCCGATGTGGTAACTTA 1199
Query 1200 TTCCGTTGTTGTTAATGGTTTGTGTAAAAACGGGAGAGTGGAAGAGGCAATGGACTATTT 1259
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1200 TTCTGTCGTAGTTAATGGTTTGTGTAAAAACGGGAGAGTGGAAGAGGCATTGGACTATTT 1259
Query 1260 CAAGACTTGCCGGTTTAACGGGCTGGCTATCAATTCGATGTTTTATTCTAGTCTTATTGA 1319
| | |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1260 CCATACTTGCCGGTTTGACGGATTGGCTATCAATTCAATGTTTTATTCTAGTCTCATTGA 1319
Query 1320 TGGTTTAGGAAAAGTGGGCCGAGTAGATGAAGCCGAGAGGCTTTTTGAAGAGATGTCTGA 1379
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGGTTTAGGAAAAGCGGGCAGAGTAGATGAAGCCGAGAGGCTTTTTGAAGAGATGTCTGA 1379
Query 1380 GAAAGGATGCACAAGGGATTCATACTGTTATAATGCACTGATCGATGCGTTTACAAAGCA 1439
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GAAAGGATGCACAAGGGATTCATACTGTTACAATGCACTGATCGATGCGTTTACAAAGCA 1439
Query 1440 TGGGAAAGTCAATGAAGCGTTAGCCCTGTTTAAGAGAATGGAGGAAGAAGAAGGTTGTGA 1499
| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1440 TCGGAAAGTCGATGAAGCGATAGCCCTGTTTAAGAGAATGGAAGAAGAAGAAGGTTGTGA 1499
Query 1500 TCAAACGGTTTATACATACACGATACTCATATCCGGAATGTTCAAAGAACATAGAAACGA 1559
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TCAAACGGTTTATACATACACGATACTCTTATCCGGAATGTTCAAAGAACATAGAAACGA 1559
Query 1560 AGAGGCGTTAAAGCTTTGGGACATGATGATTGATAAAGGCATTACCCCAACCGCAGCTTG 1619
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1560 GGAGGCGTTAAAGCTTTGGGACATGATGATCGATAAAGGCATTACACCAACCGCAGCTTG 1619
Query 1620 CTTCAGGGCGTTATCGACTGGGCTATGTTTGTCGGGAAAAGTGGCGAGAGCGTGTAAGAT 1679
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 CTTCAGGGCGTTGTCGACTGGGCTATGTTTGTCCGGAAAAGTGGCGAGAGCTTGTAAGAT 1679
Query 1680 ACTGGATGAGTTAGCTCCAATGGGTGTGATTCTGGATGCAGCTTGTGAAGATATGATAAA 1739
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 ACTGGATGAGTTAGCACCAATGGGTGTGATTCTTGATGCAGCTTGTGAAGATATGATAAA 1739
Query 1740 CACATTGTGTAAAGCTGGTCGGATAAAAGAAGCTTGTAAATTAGCTGATGGGATAACAGA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TACATTGTGTAAAGCTGGTCGGATAAAAGAAGCTTGTAAATTAGCTGATGGGATAACAGA 1799
Query 1800 GAGAGGAAGAGAAGTGCCAGGGAGGATCAGAACAGTGATGATCAATGCACTGAGGAAAGT 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1800 GAGAGGAAGAGAAGTGCCAGGGAGGATCAGAACAGTGATGATCAATGCGTTGAGGAAAGT 1859
Query 1860 GGGAAATGCAGATTTAGCAATGAAGCTAATGCATAGCAAAATTGGGATTGGTTATGAGAG 1919
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1860 GGGAAAAGCAGATTTAGCAATGAAGCTAATGCATAGCAAAATTGGGATTGGTTATGAAAG 1919
Query 1920 AATGGGTAGTGTTAAAAGGCGTGTCAAGTTTAGGACTTTACTTGAAACTTGTTTTGACTC 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AATGGGTAGTGTTAAAAGGCGTGTCAAGTTTACGACTTTACTTGAAACTTGTTTTGACTC 1979
Query 1980 T 1980
|
Sbjct 1980 T 1980
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98543669835
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5