BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg311741
Length=2967
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G06710.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4868 0.0
> AT1G06710.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:2056575-2060242 REVERSE LENGTH=3418
Length=3418
Score = 4868 bits (2636), Expect = 0.0
Identities = 2852/2957 (96%), Gaps = 11/2957 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACAAAACAGTCGTAAGATGTCTTCTTTCTCGTTCACACCATCCTTTGATTCCTTTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 ATGAACAAAACAGTCGTAAGATGTCTTCTTTCTCGTTCACACCATCCTTTGATTCATTTC 60
Query 61 TCCACCAATTTATCTCTTCTCCACAGAGTTTTCACCTGTAGCCGTTATCTCAC-GACTAG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 TCCACCAATTTATCTCTTCTCCACAGAGTTTTCACCTGTAGCCGTTATCTCACTG-CTAG 119
Query 120 GTTTATGTCCACTCCTCCGCCCGATGAAATGTTTGGTTTCGACGATCCCTTCTCCCCCAT 179
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 GTTTATGTCCACTCCTCCGCCGGATGACATGTTTGGTTTCGACGATCCTTTCTCCCCCAG 179
Query 180 TGAGTCGCGGGAAGTTGTGGATTTGACTAAAGAGTACTCCTTTTTGCACGATTCTCTTTT 239
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 180 TGATTCGCGGGAAGTTGTGGATTTGACTAAAGAGTACTCCTTTTTGCACGATTCTCTTGT 239
Query 240 GGACTCTGGAAATGTTGATCTTCACCAATTAGTGCCCGTTATTACTCAATCCTCTATTGA 299
|||| |||||| ||| || |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CGACTATGGAAACGTTAATGTTCATCAAGTAGTGCCCATTATTACTCAATCCTCTATTGA 299
Query 300 TGCTAGAGCCATTGCAGATGCTGTTTCTGGTGGCGATGATGTGTTTGGGAGCAAATCCCA 359
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 CGCTAGAGCCATTGCAGATGCTGTTTCTGGTGTCGACGATGTGTTTGGGAGAAAATCCCA 359
Query 360 GAAGTTTCTTAGGCAATTTAGAGAGAAGTTGAGTGAGAGTTTAGTGATTGAGGTGTTGCG 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAGTTTCTTAGGCAATTTAGAGAGAAATTGAGTGAGAGTTTAGTGATTGAGGTGTTGCG 419
Query 420 TTTGATAGAAAGACCTTCTGCTGTTATCAGTTTCTTCGTTTGGGCAGGTAGGCAGATAGG 479
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTGATAGCAAGACCATCTGCTGTTATCAGTTTCTTCGTTTGGGCAGGTAGGCAGATAGG 479
Query 480 TTATAAGCATACAT-CACCTGTGTATAACGCTTTGGTAGACCTTATTGTACGCGATGATG 538
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 480 TTATAAGCATAC-TGCACCTGTGTATAACGCTTTGGTTGACCTTATTGTACGTGATGATG 538
Query 539 ACGAAAAAGTTCCCGAAGAACTCCTGCAGCAGATTAGAGATGATGATAAGGAAGTGTTTG 598
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ACGAAAAAGTTCCCGAAGAATTCCTGCAACAGATTAGAGATGATGATAAGGAAGTGTTTG 598
Query 599 GGGAATTTCTCAATGTGTTGGTAAGGAAATATTGCAGGAGTGGGTCATTTAGCATTGCAC 658
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |
Sbjct 599 GCGAATTTCTCAATGTGTTGGTAAGGAAACATTGCAGGAATGGGTCATTTAGTATTGCGC 658
Query 659 TTGAGGAGTTAGGGAGGCTCAAGGATTTTAGGTTTAGACCTTCAAGATCTACTTATAATT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 TTGAGGAGTTAGGGAGGCTCAAGGATTTTAGGTTCAGACCTTCAAGATCGACTTATAATT 718
Query 719 GTTTGATTCAGGCATTTCTCAAGGCTGATTGTTTGGACTCTGCTTCGTTGGTCCATCGAG 778
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| | ||| | |
Sbjct 719 GTTTGATTCAGGCATTTCTCAAGGCTGATCGTTTGGACTCTGCATCTTTGATTCATAGGG 778
Query 779 AAATGTCCCTTGCAAATCTTAGGATGGATGGTTTTACGCTTAGATGCTATGCTTACTCTC 838
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||
Sbjct 779 AAATGTCTCTTGCAAATCTTAGGATGGATGGGTTTACACTTAGATGCTTTGCTTATTCTC 838
Query 839 TCTGTAGAGTAGGAAAGTGGAGGGAAGCTCTAACATTGATGGAAACGGAAAATTTTGTGC 898
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TCTGTAAAGTAGGAAAGTGGAGGGAAGCTCTAACATTGGTGGAAACGGAAAATTTTGTGC 898
Query 899 CTGATACTGTCTTTTATACAAAACTGATATCTGGTCTGTGTGAAGCATCGCTTTTTGAAG 958
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 899 CTGATACTGTGTTTTATACAAAATTGATATCTGGTCTGTGTGAAGCTTCGCTTTTTGAAG 958
Query 959 AGGCTATGGATTTCCTGAATAGGATGCGAGCTACTTCCTGCCTTCCAAATGTTGTAACAT 1018
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 959 AGGCTATGGATTTCCTGAATAGGATGCGTGCTACTTCCTGCCTTCCAAATGTTGTTACAT 1018
Query 1019 ATTCAACTTTGCTGTGTGGATGCTTGAACAAAAAACAGCTGGGTAGGTGTAAAAGGGTGC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ATTCAACTTTGCTGTGTGGATGCTTGAACAAAAAACAGCTGGGTAGGTGTAAAAGGGTGC 1078
Query 1079 TTAATATGATGATGATGGAAGGTTGTTATCCAAGTCCCAAGATTTTTAATTCTCTTGTAC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTAATATGATGATGATGGAAGGTTGTTATCCAAGTCCCAAGATTTTTAATTCTCTTGTAC 1138
Query 1139 ATGCTTATTGCACATCAGGAGATCATTCATATGCATACAAATTGCT-AAAGAAAATGGTT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1139 ATGCTTATTGCACATCAGGAGATCATTCATATGCATACAAATTGCTCAAA-AAAATGGTT 1197
Query 1198 AAATGTGGTCACACGCCAGGATATGTTGTCTACAATATATTGATTGGGAGTATTTGTGGT 1257
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAATGTGGTCACATGCCAGGATATGTTGTCTACAATATATTGATTGGGAGTATTTGTGGT 1257
Query 1258 GACAAAGACTCCCTTAGTTGTGATCTGTTGGAATTAGCTGAGAAAGCTTATAGTGAAATG 1317
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GACAAAGACTCCCTTAATTGTGATCTGTTGGACTTAGCTGAGAAAGCTTATAGTGAAATG 1317
Query 1318 CTTGCTACAGGGGTTGTTCTGAATAAGATTAATGTCAGCAGCTTCACACGGTGTCTTTGT 1377
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTTGCTGCAGGGGTTGTTCTGAATAAGATTAATGTCAGTAGCTTCACACGGTGTCTTTGT 1377
Query 1378 AGTGCTGGGAAATATGAAAAGGCATTTAGTGTTATCCGTGAAATGATTGGTCAGGGTTTT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1378 AGTGCTGGGAAATATGAAAAGGCATTTAGTGTTATCCGTGAAATGATTGGTCAGGGATTT 1437
Query 1438 ATACCAGATACCAGTACCTATTCCAAAGTCCTTGGTTATTTATGTAATGCTTCGAAAATG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATACCAGATACCAGTACCTATTCCAAAGTCCTTAATTATTTATGTAATGCTTCGAAAATG 1497
Query 1498 GAGTTGGCGTTTCTGTTATTTGAAGAAATGAAAAGGGGTGGCCTTGTTGCTGATGTCTAC 1557
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAGTTGGCGTTTTTGTTATTTGAAGAAATGAAAAGGGGTGGCCTTGTTGCTGATGTCTAC 1557
Query 1558 ACGTATACTATTATGGTAGATAGTTTCTGTAAAGCTGGTCTAATTGAACAGGCTCGTAAG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ACGTATACTATTATGGTAGATAGTTTCTGTAAAGCTGGTCTAATTGAACAGGCTCGTAAG 1617
Query 1618 TGGTTCAATGAAATGATAGAGGTTGGTTGTACACCTAACGTCGTCACATATACCGCTCTT 1677
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGGTTCAATGAAATGAGAGAGGTTGGTTGTACACCTAACGTCGTCACATATACCGCTCTT 1677
Query 1678 ATCCATGCTTATCTTAAGACTAAGAAGGTCAGTTATGCAAATGAGCTGTTTGAAACGATG 1737
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ATCCATGCTTATCTTAAGGCTAAGAAGGTCAGCTATGCAAATGAGCTGTTTGAAACGATG 1737
Query 1738 CTGTCTGAAGGTTGTCTCCCTAATATTGTTACATATTCTGCCTTAATTGATGGCCATTGC 1797
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CTGTCTGAAGGGTGTCTCCCTAATATTGTTACATATTCTGCCTTAATTGATGGCCATTGC 1797
Query 1798 AAAGCTGGACAAATGGAGAAAGCTTGCCAGATTTTTGAAAGAATGTGTGGCAGTAAAGAT 1857
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1798 AAAGCTGGACAAGTGGAGAAAGCCTGCCAGATTTTTGAAAGAATGTGTGGCAGCAAAGAT 1857
Query 1858 GTCCCAGATGTAGATATGTACTTCAAGCAGTATGTTGATGACAACAGCGAGAGGCCAAAT 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GTCCCAGATGTAGATATGTACTTCAAGCAGTA---TGATGACAACAGCGAGAGGCCAAAT 1914
Query 1918 GTAGTTATATATGGAGCTTTACTGGATGGTTTCTGCAAGTTGCATAGGGTCGAAGAAGCT 1977
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GTAGTTACATATGGAGCTTTACTGGATGGTTTCTGCAAGTCGCATAGGGTCGAAGAAGCT 1974
Query 1978 CGTAAGTTGTTGGATGCTATGTCTATGGAAGGTTGTGAACCAAATCAGATTGTATATGAT 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1975 CGTAAGTTGTTGGATGCTATGTCTATGGAAGGTTGTGAACCGAATCAGATTGTATATGAT 2034
Query 2038 GCTCTCATCGATGGACTCTGTAAGGTTGGGAAACTAGACGAAGCACAAGAAGTGAAAGCT 2097
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2035 GCTCTCATTGATGGACTCTGTAAGGTTGGGAAACTAGACGAAGCACAAGAAGTGAAAACT 2094
Query 2098 GAGATGTCTGAGCATGGATTCCCCGCAACCTTATATACTTACAGTTCTCTAATTGATCGT 2157
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GAGATGTCTGAGCATGGATTCCCTGCAACCTTATATACTTACAGTTCTCTAATTGATCGT 2154
Query 2158 TATTTCAAAGTCAAGCGCCAAGATTTAGCCTCAAAAGTATTGTCTAAGATGCTTGAGAAT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TATTTCAAAGTCAAGCGCCAAGATTTAGCCTCAAAAGTATTATCTAAGATGCTTGAGAAT 2214
Query 2218 TCCTGTGCGCCCAATGTGGTTATATACACTGAGATGATTGATGGCTTATGCAAGGTTGGT 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TCCTGTGCGCCCAATGTGGTTATATACACTGAGATGATTGATGGCTTATGCAAGGTTGGT 2274
Query 2278 AAAACTGATGAAGCTTATAAGCTTATGCAAATGATGGAAGAAAAAGGGTGTCAGCCCAAT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 AAAACTGATGAAGCTTATAAGCTTATGCAAATGATGGAAGAAAAAGGGTGTCAGCCCAAT 2334
Query 2338 GTTGTGACATATACAGCGATGATTGATGGATTTGGAAGGATTGGTAAAATAGAAACATGC 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GTTGTGACATATACAGCGATGATTGATGGATTTGGAATGATTGGTAAAATAGAAACATGC 2394
Query 2398 CTTGAGCTCTTAGAGCGAATGGGTTCCAAAGGTGTTGCTCCAAATTATGTTACTTATAGG 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2395 CTTGAGCTCTTAGAGCGAATGGGTTCCAAAGGTGTTGCTCCAAATTATGTTACTTACAGG 2454
Query 2458 GTCTTGATAGATCATTGTTGCAAAAATGGTGCACTGGATGTGGCCCACAATCTTCTAGAA 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2455 GTCTTGATAGATCATTGTTGCAAAAATGGTGCACTGGATGTGGCCCACAATCTTCTCGAA 2514
Query 2518 GAAATGAAACAGACACATTGGCCTACACACGCAGCCGGATATCGCAAAGTCATTGAAGGA 2577
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 GAAATGAAACAGACACATTGGCCTACACACACAGCAGGATATCGCAAAGTCATTGAAGGA 2574
Query 2578 TTCAATAAAGAGTTCATAGAGTCTCTAGGTCTTCTTGATGAGATAGGCCAGGATGATACT 2637
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 TTCAATAAAGAGTTCATAGAGTCTCTAGGGCTTCTCGATGAGATAGGCCAGGATGATACT 2634
Query 2638 GCCCCTTTTCTTTCTTTATATAGGCTTTTGGTTGATAATCTTATTAAAGCTCAAAGGCTG 2697
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2635 GCCCCTTTTCTTTCTGTATATAGGCTTTTGATTGATAATCTTATTAAAGCTCAAAGACTG 2694
Query 2698 GAAATGGCTCTTAGGCTTCTTGAAGAGGTTGCAACATTTTCAGCCACGTTGGTTGACTAC 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 GAAATGGCTCTTAGGCTTCTTGAAGAGGTTGCAACATTTTCAGCCACGTTGGTTGACTAC 2754
Query 2758 AGTAGCACATATAATTCATTAATTGAAAGCCTTTGCCTTGCTAATAAAGTGGACAA-GGC 2816
|||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2755 AGTAGCACATATAACTCACTGATTGAAAGCCTTTGCCTTGCTAATAAAGTGGA-AACGGC 2813
Query 2817 TTTTCGGTTGTTCTCAGAAATGTCAAAGAAAGGTGTCATTCCGGAGATGCAAACATTTTG 2876
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2814 TTTTCAGTTGTTCTCAGAAATGACAAAGAAAGGTGTCATTCCGGAGATGCAATCATTCTG 2873
Query 2877 TAGTCTCATCAAGGGACTTTTCCGAAACAGCAAGATCAGTGAAGCACTCTTGCTTCTAGA 2936
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2874 TAGTCTAATCAAGGGACTTTTCCGAAACAGCAAGATCAGTGAAGCACTATTGCTTCTAGA 2933
Query 2937 TTTCATATCTCATATGG 2953
|||||||||||||||||
Sbjct 2934 TTTCATATCTCATATGG 2950
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147490812420
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5