BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg313173
Length=3444
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G22960.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3278 0.0
AT1G22950.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-depen... 1040 0.0
> AT1G22960.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:8128086-8130242 REVERSE LENGTH=2157
Length=2157
Score = 3278 bits (1775), Expect = 0.0
Identities = 1990/2092 (95%), Gaps = 21/2092 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 143 CTTCGAGATCTTTCTTCTCTATTTCTACTACCAACAACAACAACAATAACCTCTCACGCT 202
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 CTTCGAGATCTTTCTTCTCTATTTCTACTA-C--CAACAACAACAATAACCTCTCACGCT 88
Query 203 TCCTCTTTCGATTCTCTACTCTTCCTCATTGCGCTG---CGTCTTCTTCTTCTTCCTCCA 259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||
Sbjct 89 TCCTCTTTCGATTCTCTACTCTTCCTCATTGCGCTGCATCGTCTTCTTCTTCATCTTCCA 148
Query 260 ATCTCGAGTCTTATTACGCTAATCTCATTTTGAGCTCTCACGGAG--A-TAATCAACCTA 316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 149 ATCTCGAGTCTTATTACGCTAATCTCATTTTGAGCTCTCACGGAGATAGTAATAAACCTA 208
Query 317 ATCGGAAGTGGTCTTCTCATCAGTTTCGTC-TCCTCTTGACTGATCCAGATTTGCTTATT 375
|||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 209 ATCGGAAGTGGTCTTCTCATCAGTTTCGTCTTCTTC-TAACTGATCCAAATTTGCTTATT 267
Query 376 AGAGTCCTTAATATGATTCGGGT-AAAGCCCGAAATCGCTTTTCGGTTTTTCAATTGGAT 434
|||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 268 AGAGTCCTCAATATGATTCGGGTCAAA-CCCGAAATCGCGTTTCGGTTTTTCAATTGGAT 326
Query 435 ACAAAGGCAGAGCGATGTGAAGCAGTCACGGCAAGCTTTTGCTGCGATGTTGGAGATTTT 494
||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 ACAGAGACAGAGCGATGTGAAGCAGTCAAGGCAAGCTTTTGCTGCGATGTTGGAGATTTT 386
Query 495 AGCTGAGAATGATTTGATGAGTGAAGCTTATTTGGTTGCTGAGAGGAGTATCAATCTTGG 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 387 AGCTGAGAATGATTTGATGAGTGAAGCTTATTTGGTTGCTGAGAGGAGTATTGATCTTGG 446
Query 555 TATGCACGAAATTGATGATCTTTTGATTGATGGGAACTTTGATAAGTTGGTTGCTCTCAA 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 447 TATGCACGAAATTGATGATCTTTTGATTGATGGGAGCTTTGATAAGTTGATTGCTCTCAA 506
Query 615 GCTTTTAGATCTGTTGTTGTGGGTTTACACTAAGAAATCTATGGCGGAGAAGTGTTTGTT 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 507 GCTTTTAGATCTGTTGTTGTGGGTTTACACTAAGAAATCTATGGCGGAGAAGTTTTTGTT 566
Query 675 GAGTTTTGAGAAGATGATTAGGAAAGGTTTTTTACCTAGTGTTAGAAATTGTAACATAGT 734
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 567 GAGTTTTGAGAAGATGATTAGGAAAGGGTTTTTACCTAGTGTTAGAAATTGTAACATAGT 626
Query 735 TTTGAGGGTTCTTAGGGATTCAAGGATGATGAATAAGGCT-CAAGAGGTCTATGAGACGA 793
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||
Sbjct 627 TTTGAAGGTTCTTAGGGATTCAAGGATGATGAATAAGGCTTCA-GCGGTTTATGAGACGA 685
Query 794 TGGTT-ATGCATGGTATTATGCCGACGGTTATCACGTTTAATACTATGTTGGATTCTTGT 852
|| || | ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 TGATTGA-GCATGGTATTATGCCTACGGTTATTACATTTAATACTATGTTGGATTCTTGT 744
Query 853 TTCAAGGCTGGTGATTTGGAGCGAGTCGACAAGATTTGGTTAGAGATGAAGAGAAGAAAT 912
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 TTCAAGGCTGGTGATTTGGAGCGAGTTGACAAGATTTGGTTAGAGATGAAGAGAAGAAAT 804
Query 913 ATTGAATTTAGTGAGGTGACTTACAATATACTGATCAATGGGTTTTCCAAGAATGGTAAA 972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 805 ATTGAATTTAGTGAGGTGACTTACAATATACTGATCAATGGATTTTCCAAGAATGGTAAA 864
Query 973 ATGGAGGAAGCTAGGCGGTTTCATGGAGATATGCAAAGATCTGGGTTCCCTGTTACACCT 1032
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 865 ATGGAGGAAGCTAGACGGTTTCATGGAGATATGCGGAGATCGGGGTTCGCTGTTACACCT 924
Query 1033 TACTCGTTTAATCCGTTGATTGAAGGGTATTGCAAGCAAGGTTTGTTTGATGAAGCTTGG 1092
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 925 TACTCGTTTAACCCGTTGATTGAAGGGTATTGCAAACAAGGCTTGTTTGATGATGCTTGG 984
Query 1093 GGAGTTACAGACGAGATGCTCAATGCGGGTATTTATCCAACCACATCCACGTATAATATT 1152
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 GGAGTTACAGACGAAATGCTCAATGCGGGTATTTATCCAACCACATCCACGTATAATATT 1044
Query 1153 TATATACGTGCTCTCTGCGAGTTTGGAAGAATAGATGATGCCAGAGAGCTGTTATCTAGT 1212
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 TATATATGTGCTCTCTGCGATTTTGGAAGAATAGATGATGCCAGAGAGCTGTTATCTAGT 1104
Query 1213 ATGGCTGCTCCTGATGTTGTGTCTTATAACACTCTAATGCATGGATACATCAAGATGCGG 1272
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1105 ATGGCTGCTCCAGATGTTGTGTCTTATAACACTCTGATGCATGGATACATCAAGATGGGG 1164
Query 1273 AAGTTTGTAGAGGCTTCTCTCTTGTTTGATGACTTGAAAGCTGGGAATATCAATCCCAGT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1165 AAGTTTGTAGAGGCTTCTCTCTTGTTTGATGACTTGAGAGCTGGGGATATCCATCCCAGT 1224
Query 1333 ATTGTCACCTATAATACTGTAATAGATGGTCTTTGTGAGTCAGGGAACTTGGAAGGTGCT 1392
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 ATTGTGACCTATAATACTCTAATAGATGGTCTTTGTGAGTCAGGGAACTTGGAAGGTGCT 1284
Query 1393 CAGCGGTTAAAAGAAGAGATGACCAGCCAACTGATATTTCCTGATGTGATTACGTACACG 1452
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 CAGCGGTTAAAAGAAGAGATGACCACCCAACTGATATTTCCTGATGTGATTACGTACACA 1344
Query 1453 ACTCTTTTAAAAGGATTTGTTAAGAATGGGAATCTTTCCATGGCTACTGAAATTTATGAT 1512
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1345 ACTCTTGTAAAAGGATTTGTTAAGAATGGGAATCTTTCCATGGCTACTGAAGTTTATGAC 1404
Query 1513 GAGATGCTGAGGAAAGGAATTAAACCTGATGGATATGCATACACTACAAGGACTGTGGGT 1572
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1405 GAGATGCTGAGGAAAGGGATTAAACCTGATGGTTATGCATACACTACAAGGGCTGTTGGT 1464
Query 1573 GAATTGCGGCTTGGAGATTCAGAAAAAGCATTTCGTCTGCACGAAGAGATGGTGGCAGA- 1631
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1465 GAATTGCGACTTGGAGATTCAGACAAAGCATTTCGTCTGCACGAAGAGATGGTGGCA-AC 1523
Query 1632 GGATCATCATGCTCCAGATCTGACCATCTATAACGTTCGTATAGATGGACTCTGCAAGGT 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 GGATCATCATGCTCCAGATCTGACCATCTATAACGTTCGTATAGATGGACTCTGCAAGGT 1583
Query 1692 TGGGAATCTTGAAAAAGCAATTGAGTTTCAGCGTAAGATTTTTAGAGTTGGTCTTGTCCC 1751
||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1584 TGGGAATCTGGTAAAAGCGATTGAGTTTCAGCGTAAGATTTTCAGAGTTGGTCTTGTCCC 1643
Query 1752 AGATCATGTTACTTACACCACGGTTATTCGCGGTTATTTGGAGAAGGGCCGGTTTAAGAT 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1644 AGATCATGTTACTTACACCACGGTTATTCGCGGTTATTTGGAGAATGGCCAGTTTAAGAT 1703
Query 1812 GGCTAGAGACTTGTATGATGAAATGCTGAGTAAAAGGTTATCTCCCTCTGTGATTACCTA 1871
||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1704 GGCCAGAAACTTGTATGATGAAATGCTGAGAAAAAGGTTATATCCCTCTGTGATTACCTA 1763
Query 1872 CTTTGTGTTGATTCATGGTCATGCGAAAGCAGGAAGGCTAGAACAAGCCTTTCAGTATTC 1931
||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 1764 CTTTGTGTTGATTTATGGTCATGCAAAAGCTGGAAGGCTAGAACAGGCCTTCCAGTACTC 1823
Query 1932 CACCGAGATGAAAAAGAGAGGCGTTCGTCCAAATGTCATGACGCACAATGCTCTTTTACA 1991
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1824 CACCGAGATGAAAAAGAGAGGCGTTCGTCCAAATGTCATGACGCACAATGCTCTTTTATA 1883
Query 1992 TGGCATGTGCAAAGCTGGTAATATAGATGAAGCTTACAGATACTTGTGCAAGATGGAAGA 2051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 TGGCATGTGCAAAGCTGGTAATATAGATGAAGCTTACAGATACTTGTGCAAGATGGAAGA 1943
Query 2052 AGAGGGGATTTCACCAAATAAATATAGCTACACTATTCTTATAAGCAAGAACGGTGATCT 2111
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1944 AGAAGGGATTCCACCAAATAAATATAGCTACACTATGCTTATAAGCAAGAACTGTGATTT 2003
Query 2112 CGATAAA-TGGGAAGAGGTTGTTAAATTGTATAAAGAGATGCTAGATAAAGAGATTGAGC 2170
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 TGA-AAAGTGGGAAGAGGTTGTTAAATTGTATAAAGAGATGCTAGATAAAGAGATTGAGC 2062
Query 2171 CAGATGGTTACACACATAAAGCCTTGTTCAAACATTTGGAGAAAGACCACGA 2222
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 CAGATGGTTACACACATAGAGCCTTGTTCAAACATTTGGAGAAAGACCACGA 2114
> AT1G22950.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent
oxygenase superfamily protein | chr1:8125023-8127196
REVERSE LENGTH=1490
Length=1490
Score = 1040 bits (563), Expect = 0.0
Identities = 620/647 (96%), Gaps = 6/647 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2223 ATCTATGGCTCTCGATTCTTCCGGAAAACAACCT--G-AGCAG---CAACAACAACCGCG 2276
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 52 ATCTATGGCTCTCGATTCTTCCGGAAAACAACCTGAGCAGCAGCAACAACAACAACCACG 111
Query 2277 AGGGTCCTCTAGAAACGGCGAAGCAAGATTGAAACTTCGGAGAACCCCAAATGAAGAACA 2336
|| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 112 AGCCTCCTCTGGAAACGGCGAGGCAAGATTGAAGCTTCGGAGAACCCCTAATGAAGAACA 171
Query 2337 TGAGCCTGAGAACTATGAAGATCTACCTTTGGACTATAGCCCTTCTCTGTTTAGCTCTCT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||
Sbjct 172 TGAGCCTGAGAACTATGAAGATCTACCTTTGGACTATAGTCCTTCTCTGTTCACCTCTCT 231
Query 2397 TGAGCGTTACTTACCTGAGCAGCTTCTCAATTCCACACGAATCGATAAAGCTAGTTTCAT 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 TGAGCGTTACTTACCTGAGCAGCTTCTCAATTCCACACGAATCGATAAAGCTAGTTTCAT 291
Query 2457 GAGAGACCTTCTTCTCCGATATTCCCCTGATACTGAGCGAGTTCGGGTTCTGAGGCATAA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GAGAGACCTTCTTCTCCGATATTCCCCTGATACTGAGCGAGTTCGGGTTCTGAGGCATAA 351
Query 2517 AGAATACAGAGACAAAATCATGTCTTCTTACCAACGTAAGCATGGAGAGATCTATACTCT 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 352 AGAATACAGAGACAAAATCATGTCTTCTTACCAACGTCTGCATGGAGAGATCTATACTCT 411
Query 2577 TGACCCTACTAGTTTCTTTACGCCATCGTTTCTTAGAGCTTTTAGTGGGAAGTCAGAGCC 2636
|||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 412 TGACCCTAGTAGTTTCTTTGCGCCATCGTTTCTTGGAGCTTTTAGTCGGAAGTCAGAGCC 471
Query 2637 GAATTTCAGAAATATTATGGTTGAATCTTATCCTGGGATTTTCACTTTTGAAATGTTTAA 2696
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 GAATTTCAGAAGTAGTATGGTTGAATCTTATCCTGGGATTTTCACTTTTGAAATGTTTAA 531
Query 2697 ACCACGGTTTTGTGAAATGTTACTAGCAGAGGTTGAACATATGGAGAAATGGGTTTATGA 2756
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 ACCACAGTTTTGTGAAATGTTATTAGCAGAGGTTGAACATATGGAGAAATGGGTTTATGA 591
Query 2757 TTCAAGATCCACAATAATGAGACCTAATACGATGAACAATTTTGGTGTTGTCCTTGATGA 2816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 592 TTCAAGATCCACAATAATGAGACCTAATACGATGAACAATTTCGGTGTTGTCCTTGATGA 651
Query 2817 TTTTGGCTTTGATAGCATGCTTCAGAAGTTGGTTGATGACTTTATTA 2863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TTTTGGCTTTGATAGCATGCTTCAGAAGTTGGTTGATGACTTTATTA 698
Score = 833 bits (451), Expect = 0.0
Identities = 492/512 (96%), Gaps = 2/512 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2934 AGTTCTGTTCCCGGAAGTCTGTGGATCCTCTTTAGATTCTCACCATGGCTATATTGTTGA 2993
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 AGTTCTGTTCCCGGAAGTCTGTGGAACCTCTTTAGATTCTCACCATGGCTATATTGTTGA 771
Query 2994 ATATGGAAAAGATAGGGATGTTGATCTTGGGTTCCATGTGGATGACTCTGAGGTTAGTTT 3053
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 772 ATATGGAAAAGATAGGGATGTTGATCTTGGGTTTCATGTGGATGACTCAGAAGTTAGTTT 831
Query 3054 GAATGTCTGCTTGGGCAAACAGTTTTCTGGTGGGGAGCTGTATTTTCGAGGTGTGAGATG 3113
|||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 832 AAATGTCTGCTTGGGTAAACAATTCTCTGGCGGGGAGCTGTATTTTCGAGGGGTGAGATG 891
Query 3114 TGATAAGCATGTGAATTCCGATAGCACTGAAAAGGAAGTTTATGATTACTCTCATGTACC 3173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 TGATAAGCATGTGAATTCCGATAGCACTGAAAAGGAAGTTTATGATTACTCTCATGTACC 951
Query 3174 TGGTCATGCCATTCTTCATCGTGGACGTCATCGCCATGGTGCTAGAGCTACAACTTCTGG 3233
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TGGTCACGCCATTCTTCATCGTGGACGTCATCGCCATGGTGCTAGAGCTACAACTTCTGG 1011
Query 3234 ACACCGAGTCAACTTGATTTTGTGGTGTAGAAGCTCAACTTTTCGAGAGATGAAGAATTA 3293
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 ACACCGAGCCAACTTGATTTTGTGGTGTAGAAGCTCAACTTTTCGAGAGATGAAGAATTA 1071
Query 3294 TCAGAGAGATTTCTC-GAATTGGTGCGGAGGATGCAAACTTGAGAAACAGAGAAGGCAGC 3352
||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1072 TCAGAGAGATTTCTCAGG-TTGGTGTGGAGGATGCAAACTTGATAAACAGAGAAGGCAGC 1130
Query 3353 GTGATTCGATTAATGCAACTAAAGAGATACTGGCTAGGAAAGCTGCAGAGAAGACACTTG 3412
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GTGATTCGATTAATGCAACTAAAGAGATACTAGCAAGGAAAGCTGCAGAGAAGACACTTG 1190
Query 3413 TTGAGCTGGCTTCAAAATCATGTGCCGACTAA 3444
|||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1191 TTGAGCTGGCTTCAAAATCATGTGCCGAGTAA 1222
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171420444231
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5