BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg313639
Length=3567
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G29940.1 | Symbols: NRPA2 | nuclear RNA polymerase A2 | chr1... 5620 0.0
> AT1G29940.1 | Symbols: NRPA2 | nuclear RNA polymerase A2 | chr1:10479121-10486819
REVERSE LENGTH=3887
Length=3887
Score = 5620 bits (3043), Expect = 0.0
Identities = 3388/3551 (95%), Gaps = 38/3551 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTGTCAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTGAAAGAGCTTCAC 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 150 ATGGTTGTGAACGCGAAAGACTCGACGGTTCCAACGATGGAAGACTTCAAGGAGCTTCAC 209
Query 61 AATCTCGTCACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACAGAAAGGACTCGATGTT 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 210 AATCTCGTTACTCATCATATAGAGTCTTTCGATTACATGACACTGAAAGGACTCGATGTT 269
Query 121 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTCTACGATTCAAACACCGAGAACGAATTGAGC 180
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 270 ATGTTCAATCGAATCAAACCCGTTTCTGTTTACGATCCAAACACCGAGAATGAATTGAG- 328
Query 181 AATATCCttttttttATGATACTTTGGTTAGAAAATCCTGTAGTATTCGCTCCTCAGAAA 240
| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 329 ------C-------------A-TTTGGTTAGAAAATCCTCTAGTATTTGCTCCACAGAAG 368
Query 241 GAGAGTTTTAGATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 300
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 GAGAGTTTTAAATCAACATCAAGGAAAGAGCCTTTGCTTCCCTTTGAGTGTAGGCAAGCG 428
Query 301 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 AAGATTTCGTACACAGGAACGTTTATGGCTGATGTTTGCTTTAAGTATAATGATGGAGTC 488
Query 361 GTTGTGAGAGA-TAGATTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 419
||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GTTGTTAGAGACAAG-TTTGATTTTGGGCAATTTCCTATTATGCTCATGTCAAAGCTTTG 547
Query 420 TAGCTTAAGGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 479
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TAGCTTAAAGGGTGCTGATTGCCGGAAACTGTTAAAGTGTAAAGAGTCAACTTCTGAAAT 607
Query 480 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATCGAGAGAGTGTTCCGATGTGTTATTGCACCAAA 539
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 608 GGGAGGGTACTTTATTTTGAATGGGATTGAGAGAGTGTTTCGATGTGTTATTGCACCAAA 667
Query 540 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACAC 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 668 GCGGAACCATCCAACAAGTATGATTCGGAACTCATTCCGTGATCGTAAGGAAGGATACTC 727
Query 600 TGA-AAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTCACTGTAAAAC 658
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 728 T-AGCAAGGCAGTTGTCACTAGGTGTGTTAGGGACGACCAGTCATCTGTTACTGTTAAAC 786
Query 659 TGTATTACCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 718
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 TGTATTATCTTCGCAATGGAAGTGCCAGAGTTGGATTTTGGATAGTGGGAAGGGAATATT 846
Query 719 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTCACGAACACCTGCGATGAGGAAATATACG 778
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 847 TGCTTCCTGTCGGCCTTGTTCTCAAGGCTCTAACGAATTCCTGCGATGAGGAAATATACG 906
Query 779 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGCGATGGAGCTATTGGAACCC 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 907 AAAGCCTGAACTGTTGCTACAGTGAGCATTACGGAAGAGGGGATGGAGCTATTGGAACCC 966
Query 839 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTAGATGAAGTTCGAGATTTGGGTCTTTTTA 898
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 967 AACTTGTTCGTGAGAGAGCCAAAATTATTCTTGATGAAGTTCGAGACTTGGGTCTTTTTA 1026
Query 899 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGTTAG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1027 CCCGTGAACAGTGCCGGAAGCACTTAGGACAGCATTTTCAACCTGTTCTTGATGGGGTAA 1086
Query 959 AAAAAGAAAGCCATTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1018
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 AAAAAGAAAGCCTTTCTATCGTTGCTGAAGCTGTGCTCAGGGATTATTTATTTGTTCACC 1146
Query 1019 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTATATTCTC 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1147 TTGACAATGATCACGACAAGTTCAATTTGCTCATCTTCATAATTCAGAAGCTCTATTCTC 1206
Query 1079 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 TGGTGGATCAGACTTCTTTACCTGACAATCCGGATTCTTTGCAAAATCAGGAAATTTTAG 1266
Query 1139 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAGAAACTTGAAGATTGGCTGCGGAAGT 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1267 TCCCAGGTCACGTTATAACTATTTACCTCAAGGAAAAACTTGAAGAATGGCTGCGGAAGT 1326
Query 1199 GCAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGCTTAACACGAGCTCGAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1258
| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1327 GTAAAAGTCTTCTTAAAGATGAGTTGGATAACACGAACTCAAAATTTTCCTTTGAAAGCC 1386
Query 1259 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGCACGTCAATTG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1387 TTGCTGATGTCAAGAAGCTTATTAACAAAAATCCTCCCAGGAGTATTGGTACGTCAATTG 1446
Query 1319 AAACATTGTTGAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1378
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 AAACATTGTTAAAGACAGGAGCGTTGAAAACACAGTCTGGTTTGGATTTACAGCAGAGAG 1506
Query 1379 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGATTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1438
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 CAGGTTACACTGTTCAGGCTGAGAGACTGAACTTTCTCCGTTTCCTTTCATTTTTCCGGG 1566
Query 1439 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGGCTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1498
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 CGGTTCATCGAGGTGCTTCTTTTGCTGGACTTCGTACAACAACTGTGAGGAAGCTGCTTC 1626
Query 1499 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 CTGAATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTAC 1686
Query 1559 TTAATCATATGACTTGTACTAGCCGAATTACTTCTCAGTTCGATTCCAAAGGAAACATCA 1618
| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1687 TGAATCATATGACTCGTACTAGCCGAATCACTTCTCAGTTCGATTCCAAGGGAAACATCA 1746
Query 1619 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGAGGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAT 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GAGATTTTCTGAAAATAAGAAAGTCAGTTGTTGATGTTCTTACTGGGGCGGGTATGGTAC 1806
Query 1679 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATTCATGTTCTTTTAGATG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1807 CTTCATTGCCAAAGCTAGTACGAGCTGGACCACCAAAAGTCATCCATGTTCTTTTAGATG 1866
Query 1739 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACG-AAGATTGTCTCTTATTTGCGG 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||
Sbjct 1867 GTCAAGTTGTAGGCACGCTATCTTCTAACCTAGTCACGAAAG-TTGTCTCTTATATACGG 1925
Query 1798 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATATGTACCT 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1926 AGACTGAAAGTGGAGGCTCCTTCAGTGATTCCTGAAGACCTCGAAGTGGGATACGTACCT 1985
Query 1858 ATAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 1917
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 ACAAGCATGGGTGGATCTTACCCTGGATTGTATTTGGCATCATGTCCCGCAAGATTCATT 2045
Query 1918 AGGCCGGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGAAAATATTGAATTGATTGGACCATTCGAA 1977
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2046 AGGCCTGTTAAAAATATATCTATACCTTCTGATAATATTGAACTGATTGGACCATTTGAA 2105
Query 1978 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGAGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 CAGGTTTTTATGGAAATAAGCTGTCCTGATGGTGGAAATGGAGGAAGGAATAACTCTTCC 2165
Query 2038 CCAGCAACTCATGAGGAAATTCATCCAACTGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2097
| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 CTAGCAACTCACGAGGAAATTCATCCAACCGGGATGATAAGTGTGGTTGCTAATCTTACA 2225
Query 2098 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCGCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2157
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 CCTTGGTCAGATCATAACCAAAGTCCCCGTAACATGTATCAGTGTCAGATGGCGAAACAA 2285
Query 2158 ACCATGGCATACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2217
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 ACCATGGCGTACTCTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTG 2345
Query 2218 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 CAGACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAG 2405
Query 2278 AATCCTACAGGGACTAATGCAATAGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2337
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2406 AATCCTACAGGGACTAATGCAATTGTTGCTGTCCTCGCACATACAGGATTTGATATGGAA 2465
Query 2338 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGCCAAATATAC 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2466 GACGCGATGATTTTGAACAAATCATCTGTGGAGCGGGGAATGTGCCATGGGCAAATATAC 2525
Query 2398 CAGACAGAAAATATTGATCTGTCAGATCAGAATAGCCGATATGATAGTGG-TCATAAAAG 2456
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||
Sbjct 2526 CAGACAGAAAATATTGATCTTTCAGATCAGAATAGCCGATTTGATAGTGGTTC-TAAAAG 2584
Query 2457 TTTTAGGAGGAGTACTATTGACAAATCAGATCATTCTCGTATCGACGCTGATGGGTTACC 2516
||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2585 TTTTAGGAGGAGTACTA---ACAAAGCAGAACATTTTCGTATCGATGCTGATGGGTTACC 2641
Query 2517 ATATGTTGGACAGAAAATATATCCAGATGAGCCGTATTGTCGTATCTATGATGAGGTAAC 2576
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2642 ATCTGTTGGACAGAAATTATATCCAGATGAGCCGTATTGTAGTATCTATGATGAGGTAAC 2701
Query 2577 TGGC-AAGCAAAGGCTCTTGAAGGGAAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2635
| | || | ||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 TAACAAAAC-AAGGCACATGAAGCGTAAAGGTACCGACCCTGTCATAGTTGACTTTGTCT 2760
Query 2636 CTGTTGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAAGGCGAATATTCGATTT-CGGCATGCC 2694
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2761 CTGTCGACATGAAAAGCAAGAAACATCCTCAAAGGGCGAATATTCG-TTTCCGGCATGCC 2819
Query 2695 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGTAGTAGACATGGGCAAAAGGGAGTTTGTTCG 2754
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2820 AGAAACCCCATAATCGGTGACAAGTTCAGCAGTAGACATGGGCAAAAGGGTGTTTGTTCT 2879
Query 2755 CAATTGTGGCCTGATATTGAAATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2814
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 CAATTGTGGCCTGATATTGACATGCCATTTAATGGAGTTACTGGAATGCGTCCAGATCTC 2939
Query 2815 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 ATCATTAACCCGCATGCTTTCCCATCAAGAATGACAATTGCTATGCTTTTGGAATCTATT 2999
Query 2875 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACGCCGTTTCGCGATGCA 2934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3000 GCTGCTAAGGGAGGTAGTTTGCATGGAAAGTTTGTAGATGCAACACCGTTTCGTGATGCA 3059
Query 2935 GTAAATAAAACAAATGGAGAAAAGGAAAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGT 2994
||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 GTAAAAAAAACAAACGGAGAAGAGGAGAGCAAGTCCAGTTTGCTTGTTGATGATCTTGGC 3119
Query 2995 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGATTCAACTACTATGGGACCGAGACATTGTATAGTGGGTCT 3054
|||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3120 TCCATGTTAAAGGAAAAAGGGTTCAACCATTATGGTACCGAGACATTGTATAGTGGGTAT 3179
Query 3055 CTAGGAGTAGAGCTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAAAGACTGCGT 3114
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3180 TTAGGAGTAGAACTGAAGTGTGAGATATTTATGGGGCCTGTTTACTACCAGAGACTGCGT 3239
Query 3115 CATATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGTCAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3174
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 CACATGGTCTCAGACAAATTCCAGGTTAGATCTACGGGACAAGTGGATCAGCTAACTCAT 3299
Query 3175 CAGCCAATAAAGGGAAGGAAACGAGGTGGAGGGATTCGATTTGGTGAAATGGAACGAGAC 3234
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3300 CAGCCAATAAAGGGAAGAAAACGAGGTGGTGGGATTCGGTTTGGTGAAATGGAGCGAGAC 3359
Query 3235 TCACTGCTTGCTCATGGAGCTTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACTTCTTCAGAT 3294
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3360 TCACTACTTGCTCATGGAGCCTCCTATCTATTACACGACAGGCTTCATACATCTTCAGAT 3419
Query 3295 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCTCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCTTCGGTTGTGAAT 3354
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3420 CACCACATTGCAGATGTGTGTTCGCTATGTGGAAGCTTGCTCACATCATCTGTTGTGAAC 3479
Query 3355 GTTCAACAGAAGAAGCTGATTAAAGTTAAT-GGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3413
||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3480 GTTCAACAGAAGAAGCTTATTCAAGA-AATTGGAAAGTTACCTCCTGGTAGAACTCCAAA 3538
Query 3414 GAAGGTAACTTGCCATTCTTGCGGGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3473
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539 GAAGGTAACTTGCTATTCTTGCAAGACAAGTAAAGGCATGGAAACAGTTGCAATGCCCTA 3598
Query 3474 TGTGTTCAGGTACTTAGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGCT 3533
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3599 TGTGTTCAGGTACTTGGCTGCAGAGTTGGCTTCAATGAATATTAAGATGACTCTTCAGTT 3658
Query 3534 AAGCGATAGAG 3544
|||||||||||
Sbjct 3659 AAGCGATAGAG 3669
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177590978220
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5