BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg314555
Length=2514
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G52150.2 | Symbols: ATHB-15, ATHB15, CNA, ICU4 | Homeobox-le... 4255 0.0
AT5G60690.1 | Symbols: REV, IFL, IFL1 | Homeobox-leucine zipper... 178 2e-43
> AT1G52150.2 | Symbols: ATHB-15, ATHB15, CNA, ICU4 | Homeobox-leucine
zipper family protein / lipid-binding START domain-containing
protein | chr1:19409711-19414678 REVERSE LENGTH=3433
Length=3433
Score = 4255 bits (2304), Expect = 0.0
Identities = 2444/2514 (97%), Gaps = 0/2514 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAATGTCTTGCAAGGATGGTAAGTTGGGATGTTTGGATAATGGCAAGTATGTGAGG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 718 ATGGCAATGTCTTGCAAGGATGGTAAGTTGGGATGTTTGGATAATGGGAAGTATGTGAGG 777
Query 61 TATACACCTGAACAAGTTGAAGCACTTGAGAGGGTTTATCATGAATGTCCTAAACCGAGT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 778 TATACACCTGAACAAGTTGAAGCACTTGAGAGGCTTTATCATGACTGTCCTAAACCGAGT 837
Query 121 TCTATTCGCCGTCAGCAGTTGATCAGAGAGTGTCCTATTCTCTCTAACATTGAGCCTAAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCTATTCGCCGTCAGCAGTTGATCAGAGAGTGTCCTATTCTCTCTAACATTGAGCCTAAA 897
Query 181 CAGATCAAAGTGTGGTTTCAGAACCGAAGATGCAGAGAGAAACAAAGGAAAGAGGCTTCA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CAGATCAAAGTGTGGTTTCAGAACCGAAGATGTAGAGAGAAACAAAGGAAAGAGGCTTCA 957
Query 241 CGGCTTCAAGCTGTGAATAGGAAGTTGACGGCAATGAACAAACTCTTGATGGAGGAGAAT 300
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 958 CGGCTTCAAGCTGTGAATCGGAAGTTGACGGCAATGAACAAGCTCTTGATGGAGGAGAAT 1017
Query 301 GATAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAGCTGGTCCATGAAAACAGCTACTTCCGTCAACAT 360
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GACAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAGCTGGTCCATGAAAACAGCTACTTCCGTCAACAT 1077
Query 361 ACTCCCAATCCTTCACTCCCAGCTAAAGACACAAGCTGTGAGTCGGTGGTGATGAGTGGT 420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1078 ACTCCAAATCCTTCACTCCCAGCTAAAGACACAAGCTGTGAATCGGTGGTGACGAGTGGT 1137
Query 421 CAGCACCAATTGGCATCTCAAAATCCTCAGAGAGATGCTAGTCCTGCAGGGCTTTTGTCC 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1138 CAGCACCAATTGGCATCTCAAAATCCTCAGAGAGATGCTAGTCCTGCAGGACTTTTGTCC 1197
Query 481 ATTGCAGAAGAAACTTTAGCAGAGTTTCTTTCAAAGGCAACTGGAACCGCTGTTGAGTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ATTGCAGAAGAAACTTTAGCAGAGTTTCTTTCAAAGGCAACTGGAACCGCTGTTGAGTGG 1257
Query 541 GTTCAGATGCCTGGAATGAAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCATCGCAATTTCTCAT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1258 GTTCAGATGCCTGGAATGAAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCATCGCTATTTCTCAT 1317
Query 601 GGTTGCACTGGTGTGGCAGCACGCGCCTGTGGCCTAGTGGGTCTTGAGCCTACAAGGGTA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGTTGCACTGGTGTGGCAGCACGCGCCTGTGGCCTAGTGGGTCTTGAGCCTACAAGGGTT 1377
Query 661 GCAGAGATCGTCAAGGATCGTCCTTCGTGGTTCCGCGAATGTCGAGCTGTTGATGTTATG 720
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1378 GCAGAGATTGTCAAGGATCGTCCTTCGTGGTTCCGCGAATGTCGAGCTGTTGAAGTTATG 1437
Query 721 AACGTGTTGCCAACAGCCAATGGTGGAACCATTGAGCTGCTTTATATGCAGCTCTATGCA 780
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AACGTGTTGCCAACTGCCAATGGTGGAACCGTTGAGCTGCTTTATATGCAGCTCTATGCA 1497
Query 781 CCAACTACGTTGGCCCCACCCCGCGATTTCTGGCTGTTGCGTTACACCTCTGTTTTAGAA 840
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CCAACTACATTGGCCCCACCACGCGATTTCTGGCTGTTACGTTACACCTCTGTTTTAGAA 1557
Query 841 GATGGCAGCCTTGTGGTGTGTGAGAGATCTCTGAAGATCACCCAAAATGGTCCTAGTATG 900
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATGGCAGCCTTGTGGTGTGCGAGAGATCTCTTAAGAGCACTCAAAATGGTCCTAGTATG 1617
Query 901 CCACTGGTTCAGAATTTTGTGAGAGCAGAGATGCTTCCCAGTGGGTACTTGATACGGCCT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CCACTGGTTCAGAATTTTGTGAGAGCAGAGATGCTTTCCAGTGGGTACTTGATACGGCCT 1677
Query 961 TGTGATGGTGGTGGCTCAATCATACACATAGTGGATCATATGGATTTGGAGGCTTGTAGC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TGTGATGGTGGTGGCTCAATCATACACATAGTGGATCATATGGATTTGGAGGCTTGTAGC 1737
Query 1021 GTGCCTGAGGTCTTGCGCCCGCTCTATGAGTCACCAAAAGTACTTGCGCAGAAGACAACA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1738 GTGCCTGAGGTCTTGCGCCCGCTCTATGAGTCACCCAAAGTACTTGCACAGAAGACAACA 1797
Query 1081 ATGGCAGCACTGCGTCAACTCAAGCAAATAGCTCAAGAGGTTACTCAGACTAATAGTAGT 1140
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATGGCGGCACTGCGTCAGCTCAAGCAAATAGCTCAGGAGGTTACTCAGACTAATAGTAGT 1857
Query 1141 GTTAATGGGTGGGGACGACGTCCTGCTGCCTTAAGAGCTCTCAGTCAGAGGCTAAGCAGA 1200
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1858 GTTAATGGGTGGGGACGGCGTCCTGCTGCCTTAAGAGCTCTCAGCCAGAGGCTAAGCAGA 1917
Query 1201 GGCTTCAATGAAGCTGTGAATGGTTTTACTGATGAAGGATGGTCAGTGATAGGAGATAGC 1260
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GGCTTCAATGAAGCTGTAAATGGTTTCACTGATGAAGGATGGTCAGTGATAGGAGATAGC 1977
Query 1261 ATGGACGATGTTACAATCACTGTGAACTCTTCTCCAGACAAGCTAATGGGTCTAAATCTT 1320
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ATGGATGATGTCACAATCACTGTAAACTCTTCTCCAGACAAGCTAATGGGTCTAAATCTT 2037
Query 1321 ACATTTTCCAATGGCTTTGCTCCTGTAAGCAATGTTGTTTTATGCGCAAAAGCATCAATG 1380
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ACATTTGCCAATGGCTTTGCTCCTGTAAGCAATGTTGTTTTATGCGCAAAAGCATCAATG 2097
Query 1381 CTTTTACAGAATGTTCCTCCGGCGATCCTGCTTCGGTTTCTGAGGGAGCATAGATCAGAA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2098 CTTTTACAGAATGTTCCTCCGGCGATCCTGCTTCGGTTTCTGAGGGAGCATAGGTCAGAA 2157
Query 1441 TGGGCTGACAACAACATTGATGCGTATTTAGCAGCAGCAGTTAAAGTGGGGCCTTGTAGT 1500
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2158 TGGGCTGACAACAACATTGATGCGTATCTAGCAGCAGCAGTTAAAGTAGGGCCTTGTAGT 2217
Query 1501 GCCCGAGTTGGAGGATTTGGAGGGCAAGTTATACTTCCACTCGCTCATACTATTGAGCAT 1560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GCCCGAGTTGGAGGATTTGGAGGGCAGGTTATACTTCCACTTGCTCATACTATTGAGCAT 2277
Query 1561 GAAGAGTTCATGGAAGTCATCAAATTGGAAGGTCTTGGTCATTCCCCTGAAGATGCAATC 1620
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GAAGAGTTTATGGAAGTCATCAAATTGGAAGGTCTTGGTCATTCCCCTGAAGATGCAATC 2337
Query 1621 GTTCCAAGAGACATCTTCCTTCTTCAACTTTGTAGCGGAATGGATGAAAATGCCGTAGGA 1680
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2338 GTTCCAAGAGATATCTTCCTTCTTCAACTTTGTAGCGGAATGGATGAAAATGCTGTAGGA 2397
Query 1681 ACATGTGCTGAACTTATATTTGCTCCAATCGACGCTTCTTTTGCGGATGATGCACCTCTG 1740
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 ACCTGTGCGGAACTTATATTTGCTCCAATCGATGCTTCGTTTGCGGATGATGCACCTCTG 2457
Query 1741 CTTCCTTCTGGTTTTCGTATTATCCCTCTTGATTCCGCGAAGCAGGAAGTATCTAGTCCA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2458 CTTCCTTCTGGTTTTCGTATTATCCCTCTTGATTCCGCAAAGCAGGAAGTATCTAGCCCA 2517
Query 1801 AACCGAACCTTGGATCTTGCTTCGGCACTGGAAATTGGTTCAGCTGGAACAAAAGCCTCA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 AACCGAACCTTGGATCTTGCTTCGGCACTGGAAATTGGTTCAGCTGGAACAAAAGCCTCA 2577
Query 1861 GCTGATCAATCAGGAAACTCCACATGTGCAAGATCTGTGATGACAATAGCATTTGAGTTT 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ACTGATCAATCAGGAAACTCCACATGTGCAAGATCTGTGATGACAATAGCATTTGAGTTT 2637
Query 1921 GGTATCGAGAGCCATATGCAAGAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTCCGAGGT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2638 GGTATCGAGAGCCATATGCAAGAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTTCGAGGT 2697
Query 1981 ATCATAGCATCAGTGCAGAGAGTAGCATTGGCTCTTTCTCCTTCTCATATCAGTTCACAA 2040
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2698 ATCATATCATCGGTGCAGAGAGTAGCATTGGCTCTTTCTCCTTCTCATATCAGCTCACAA 2757
Query 2041 GTTGGTCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATCTGC 2100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2758 GTTGGTCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATTTGC 2817
Query 2101 CAAAGTTACAGGGGCTACATGGGTGTTGAGCTACTTAAATCAAACAGCGATTGCAATGAA 2160
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2818 CAGAGTTACAGGGGCTACATGGGTGTTGAGCTACTTAAATCAAACAGTGACGGCAATGAA 2877
Query 2161 AGTATTCTAAAGAATCTTTGGCATCACACTGATGCTATAATCTGCTGCTCAATGAAGGCC 2220
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 TCTATTCTTAAGAATCTTTGGCATCACACTGATGCTATAATCTGCTGCTCAATGAAGGCC 2937
Query 2221 TTGCCCGTCTTCACATTTGCAAACCAGGCGGGACTTGACATGCTGGAGACTACGTTAGTT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2938 TTGCCCGTCTTCACATTTGCAAACCAGGCGGGACTTGACATGCTGGAGACTACATTAGTT 2997
Query 2281 GCTCTTCAAGACATCTCTTTAGAGAAGATATTTGATGACAATGGAAGAAAAACTCTTTGC 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2998 GCTCTTCAAGACATCTCTTTAGAGAAGATATTTGATGACAATGGAAGAAAGACTCTTTGC 3057
Query 2341 TCTGAGTTCCCACAGATCATGCAACAGGGTTTCGCCTGCCTTCAAGGCGGGATATGTCTC 2400
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 TCTGAGTTCCCACAGATCATGCAACAGGGCTTCGCGTGCCTTCAAGGCGGGATATGTCTC 3117
Query 2401 TCAAGCATGGGGAGACCAGTTTCGTATGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTGAATGAA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3118 TCAAGCATGGGGAGACCAGTTTCGTATGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTCAATGAA 3177
Query 2461 GAAGAAAATGCTCATTGCATCTGCTTTGTGTTCATCAATTGGTCCTTTGTGTGA 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 GAAGAAAATGCTCATTGCATCTGCTTTGTGTTCATCAATTGGTCCTTTGTGTGA 3231
> AT5G60690.1 | Symbols: REV, IFL, IFL1 | Homeobox-leucine zipper
family protein / lipid-binding START domain-containing protein
| chr5:24397023-24402195 FORWARD LENGTH=3502
Length=3502
Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43
Identities = 227/290 (78%), Gaps = 10/290 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 49 AAGTATGTGAGGTATACACCTGAACAAGTTGAAGCACTTGAGAGGGTTTATC-ATGAATG 107
||||| || ||||| ||| |||| ||||| || || |||||| | || || | ||| ||
Sbjct 784 AAGTACGTTAGGTACACAGCTGAGCAAGTCGAGGCTCTTGAGCGTGTCTA-CGCTGAGTG 842
Query 108 TCCTAAACCGAGTTCTATTCGCCGTCAGCAGTTGATCAGAGAGTG-TCCTATTCTCTCTA 166
|||||| || || ||| | || || || || |||||| | || || ||| ||| | | |
Sbjct 843 TCCTAAGCCTAGCTCTCTCCGTCGACAACAATTGATCCGTGAATGTTCC-ATTTTGGCCA 901
Query 167 ACATTGAGCCTAAACAGATCAAAGTGTGGTTTCAGAACCGAAGATG-CAGAGAGAAACAA 225
| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || | |||| || ||
Sbjct 902 ATATTGAGCCTAAGCAGATCAAAGTCTGGTTTCAGAACCGCAGGTGTC-GAGATAAGCAG 960
Query 226 AGGAAAGAGGCTTC-ACGGCTTCA-AGCTGTGAATAGGAAGTTGACGGCAATGAACAAAC 283
||||||||||| || | |||| || ||| || || ||||| | | || ||||| ||||
Sbjct 961 AGGAAAGAGGCGTCGA-GGCTCCAGAGC-GTAAACCGGAAGCTCTCTGCGATGAATAAAC 1018
Query 284 TCTTGATGGAGGAGAATGATAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAGCTGGTC 333
| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||
Sbjct 1019 TGTTGATGGAGGAGAATGATAGGTTGCAGAAGCAGGTTTCTCAGCTTGTC 1068
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124765187241
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5