BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg314752
Length=2640
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G55250.1 | Symbols: HUB2 | histone mono-ubiquitination 2 | c... 4157 0.0
> AT1G55250.1 | Symbols: HUB2 | histone mono-ubiquitination 2 |
chr1:20607214-20612378 FORWARD LENGTH=2779
Length=2779
Score = 4157 bits (2251), Expect = 0.0
Identities = 2435/2527 (96%), Gaps = 0/2527 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 114 TGTTGATGCCACTGTTCTACAGTTACAGAATCAGAAACTGGTTCAGCAGTTAGACCTTCA 173
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 177 TGTTGATGCCACTGTTCTACAGTTACAGAATCAGAAACTGGTTCAGCAATTAGACCTGCA 236
Query 174 GAAGAAACACCTGTACGATGTTGAAACCAAGATCCAAGAGTTGCAAATCAAACAAACGTC 233
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 237 GAAGAAACAGCTGTACGATGTTGAAAGCAAGATCCAAGAGTTGCAGCTCAACCAAACGTC 296
Query 234 TTATGATGATGAACTTATCTCAGTTAACCAGCTTTGGAATCAGTTGGTAGATGATCTGAT 293
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 297 TTATGATGATGAACTTATATCAGTGAACCAGCTTTGGAATCAGTTGGTAGATGACCTGAT 356
Query 294 ATTGCTTGGAGTTCGTGCTGGGGCTAATCAAGAGGCTCTAAAATACTTGGACATTGTAGA 353
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 357 TTTGCTTGGTGTTCGTGCCGGGGCTAATCAAGAGGCTCTAAACTACTTGGACATTGTAGA 416
Query 354 TAAACAGCGAGTTCCACCATGCGCTGCTGATGAAATGTTTCTGTGTAGACTTCTGCAAGT 413
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 417 TAAAAAGCGAGTTCCACCATGCGCTGCTGATGAAACGTTTCTATGTAGACTTCTGCAAGT 476
Query 414 TGATTCCTTAGATACTAGTAATAGTGATGAGGTAGTAGGAAAGGTTGAAGAAGCTCTTGC 473
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AGATTCCTTAGATACTAGTAAGAGTGATGAGGTAGTAAGAAAGGTTGAAGAAGCTCTTGC 536
Query 474 TTTGCGTCATTCCTCTACAATGGAATTGATGGGACTCTTTGAGAACACCATTGCTACACA 533
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 537 TTTGCGTCATTCCTCTACAATGGAGTTGATGGGACTCTTTGAGAACACCATTGATACACA 596
Query 534 GAGGGCGAAAGCTGAAAGTATTTCTCAAAATTTACATGCTGTGAAATCGGCAGAAGATGC 593
|| | ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 597 GAAGACGAAAGCTGAAAGCATTTCACAAAGTTTACATGCTGTAAAATCGACAGAAGATGC 656
Query 594 CACCATCCAGTTATCTAGCATTAATGATTTGATGAAAGAGGAGGCCAAAAACTTGCGTGA 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 657 CACCATCCAGTTATCTAGCATTAATGATTTGATGAAAGAGGAGTCCAAAAACTTGCGTGA 716
Query 654 GATGATTGATACTTTACATGTGAGGCACAAAGAACACACCGAGCAGATTCATGCATACAT 713
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||
Sbjct 717 GATGATTGATGCTTTACATGTGAGGCACAAAGAACATTCCGAGCAGATTCAGGCGTACAT 776
Query 714 AAGCAGCCATTCGACAGATCAATCCGAGCTTAAACACCTCAAAGGTCAATTGGAAGAGAT 773
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AAGCAGCCATTCAACAGATCAATCCGAGCTTAAACACCTTAAAGGTCAATTGGAAGAGAT 836
Query 774 CAAGGCTGAGCTTGAAGAAAATAGAAGAAAATTGATAACTCTGAAAATGCAGAAGGATGC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CAAGGCTGAGCTTGAAGAAAATAGAAGAAAATTGATAACTCTGAAAATGCAGAAGGATGC 896
Query 834 TGCATGTGAAGGTCATGTAACATCACCAGCAATAGCAAATGGAAGCCTTTCTCCTGAGAA 893
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 897 TGCATGTGAAGGTCATGTAACATCACCGGCAATAGCAAATGGAAGTCTTTCTCCTGAGAA 956
Query 894 GCCTATAGATAAAACGAAGTTGCGTGAATTGAAGGACTCCATTGATGAAATAAAGATAAT 953
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 957 GCCTGTAGATAAAACGAAGTTGCGTGAATTGAAGGACTCCATTGATGAGATAAAGATAAT 1016
Query 954 GGCAGAAGGTCGTCTGTCTGAGCTTCAAGCTGCACAAGAGTATAATCTTTCCTTGTCAAG 1013
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GGCAGAAGGTCGTCTGTCTGAGCTTCAAGCTTCACAAGAGTATAATCTTTCCTTGTCAAG 1076
Query 1014 ACAATGTCAAGATATTGAGAATGAACTAACGGATGACCAGCATATATACTCGTCTAGACT 1073
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ACAATGTCAAGATATTGAGAATGAACTAAAGGATGACCAGTATATATACTCGTCTAGACT 1136
Query 1074 GTATAGTTTGATCAATGATCGAATTCATCACTGGAATGCTGAACTGGACCGGTACAAAAT 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTATAGTTTGATCAATGATCGAATTCATCACTGGAATGCTGAACTGGACCGGTACAAAAT 1196
Query 1134 TCTGACTGAGGCCATTCAGGCTGAAAGGTCCTTTGTAATGAGACGGGAGAAGGAACTAAA 1193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1197 TCTGACTGAGGCCATTCAGGCTGAAAGGTCCTTTGTAATGAGACGGGATAAGGAACTAAA 1256
Query 1194 TCTAAGGGCAGAATCCCTAGAGGCAGCCAACCATAAGACTACCACTGTTGGTTCTAGAAT 1253
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCTGAGGGCAGAATCTCTAGAGGCAGCCAACCATAAGACTACCACTGTTGGTTCTAGAAT 1316
Query 1254 TGAAGTTCTGGAAAAGAAGCTGCAGAGTTGTATAGTTGAAAAGAATGGATTAGAGCTTGA 1313
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TGAAGTGCTGGAAAAGAAGCTGCAGAGTTGTATAATTGAAAAGAATGGATTAGAGCTTGA 1376
Query 1314 AACGGAAGAAGCTATTCAAGATTCTGAACGGCAAGATATTAAAAGTGAGTTTATTGCAAT 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1377 AACGGAAGAAGCTATTCAAGATTCTGAACGGCAAGATATTAAAAGCGAGTTTATTGCAAT 1436
Query 1374 GGCATCAACCTTATCTAAAGAGATGGAAATGATGGAAGCACAGTTGAAACGGTGGAAGGA 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGCATCAACCTTATCTAAAGAGATGGAAATGATGGAAGCACAGTTGAAACGGTGGAAGGA 1496
Query 1434 CACTGCACATGATGCTCTTTACCTGCGTGAACAAGCTCAATCGCTGAGAGTTTCGTTAAG 1493
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1497 CACTGCACAAGATGCTCTTTACCTGCGTGAACAAGCTCAATCGTTGAGAGTTTCGTTAAG 1556
Query 1494 TAACAAGGCAGACGAACAGAAGGGTTTAGAGGATAAATGTGCTAAACAGATGGCGGAAAT 1553
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TAACAAGGCAGACGAACAGAAGGGTTTGGAGGATAAATGTGCTAAACAGATGGCGGAAAT 1616
Query 1554 TAAATCTCTCAAGGCTCTAATTGAGAAACTTCTGAAAGAAAAATTAGAGCTGCAAAATCT 1613
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1617 TAAATCTCTCAAGGCTCTAATTGAGAAACTACTCAAAGAAAAACTACAGCTGCAAAATCT 1676
Query 1614 AGCAAGCATCTGTACGCGTGAGTGTAATGATGAAAGAGGACTGGCAGAAATCAAGGAATC 1673
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1677 AGCAAGCATCTGTACGCGTGAATGTAATGATGACAGGGGACTGGCAGAAATCAAGGATTC 1736
Query 1674 ACAACGGAAAGCCCAAGCTCAGGCTGAAGAGCTGAAAAACGTTTTGGATGAACACTTTCT 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 ACAACGGAAAGCCCAAGCTCAGGCTGAAGAGCTGAAAAACGTTTTGGATGAACACTTTCT 1796
Query 1734 TGAATTGAGAGTGAAAGCGGCTCATGAGACTGAAACTGCTTGCCAAGAAAGGCTTGCAAC 1793
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1797 TGAATTGAGAGTGAAAGCGGCTCATGAGACTGAGAGTGCTTGCCAAGAAAGGCTTGCTAC 1856
Query 1794 CGCGAAGGCTGAAATTGCTGAATTGAGGACTCAGTTAGATCTTTCTGAGAGGGAGGTTTT 1853
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CGCCAAGGCTGAAATTGCTGAATTGAGGACTCAGTTAGATCTTTCTGAGAGGGAGGTTTT 1916
Query 1854 GGAACTTAAGGAGGGTATTAAAGTTAAAGAGCAGGAGGCAGAGGCATCCATTGCTGAAAT 1913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GGAACTTAAGGAGGGTATTAAAGTTAAAGAGCAGGAGGCAGAGGCATCCATTGCTGAAAT 1976
Query 1914 GGAGACTATTGGTCAAGCCTATGAAGACATGCAGACACAGAACCAACATTTGTTGCAGCA 1973
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 GGAGACTATAGGTCAAGCCTATGAAGACATGCAGACACAGAACCAACATTTGTTGCAGCA 2036
Query 1974 GGTGGCTGAGCGGGACGATTCTAATATCAAGCTTGTTTCCGAGAGTGTCAAGACAAAGCA 2033
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2037 GGTGGCTGAGCGGGACGATTATAATATCAAGCTTGTTTCCGAAAGTGTCAAGACAAAGCA 2096
Query 2034 TGCTTACAACACTCACTTATCTGAGAAGCAAGTTATGGAAAAGCAGCTACAACAGGTTAA 2093
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2097 TGCTTACAACACTCACTTATCTGAGAAGCAAGTAATGGAAAAGCAGCTCCATCAGGTTAA 2156
Query 2094 TGCATCCGTAGAGAATTTTAAAGCAAGGATTGCACATAGTGAGGAACAGATGAGAGGCTG 2153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2157 TGCATCCGTAGAGAATTTTAAAGCAAGGATTGCACATAATGAGGAACAGATGAAAGGCTG 2216
Query 2154 TTTTTCTGAGGCTTATAAATTGATTCAAGAAGATCGTCACCTCGCTATCAGCCTCGAAAC 2213
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2217 TTTTTCTGAGGCTTATAAATTGATTCAAGAAGATCGTCACCTCGTTATCAGCCTCGAAAC 2276
Query 2214 CACCAAGTGGGAAGTAGCTGATGCTGACAAGGAATTCAGATGGCTCAAGTCTGCTGTTTC 2273
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 2277 CACCAAATGGGAAGTAGCTGATGCTGACAAGGAATTCAGATGGCTCAAGTCGGCCGTGTC 2336
Query 2274 TTCATCCGAAAAGGAATATGAACAGATCAGTAGGAGGACAAACGACATCAAACTGGAATT 2333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2337 TTCATCCGAAAAGGAATATGAACAGATCAGTAGGAGGACAGACGACATCAAACTGGAACT 2396
Query 2334 GGATGATGAAAGGAGGGAGAAGAAGAAGCTTGAGGAAGAGCTGATGGAGTTGAACAAGGA 2393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2397 GGATGATGAAAGGAGGGAGAAGAAGAAGCTTGAGGAAGAGCTTATGGAGTTGAACAAAGA 2456
Query 2394 GCTTGGAGAGTTGGGTTCTGAGAGTGTAGAAGCTGCCATAGTGAGACTCCAGGAAGAAGT 2453
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2457 GCTTGAAGAGTTGGGTTCTGAGAGTGTAGAAGCTGCAATTGTGAGGCTCCAGGAAGAAGT 2516
Query 2454 TAAGAATTGCAAAAACATCCTCAAATGTGGCGTTTGTTTTGATCGGCCTAAAGAGGTGGT 2513
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TAAGAATTGCAAAAACATCCTCAAATGTGGTGTATGTTTTGATCGGCCTAAAGAGGTGGT 2576
Query 2514 AATTGTGAAATGTTATCATCTCTTCTGCCAGCAATGCATCCAACGTAGCTTAGAGATCCG 2573
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AATTGTGAAATGTTATCATCTGTTCTGCCAGCAATGCATCCAACGTAGCTTAGAGATCCG 2636
Query 2574 ACACCGGAAATGTCCAGGCTGCGGTACCGCCTTTGGTCAGAACGACGTCCGACTTGTCAA 2633
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2637 ACACCGGAAATGTCCAGGCTGCGGTACCGCCTTTGGCCAGAATGACGTCCGGCTTGTCAA 2696
Query 2634 AATGTAA 2640
|||||||
Sbjct 2697 AATGTAA 2703
Score = 187 bits (101), Expect = 4e-46
Identities = 111/116 (96%), Gaps = 0/116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGAATCAGGAATCGGACGAGCCGATGCAGAAGAAGCCTCATCTTTTAGACTCCGTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAATCAGGAATCGGACGAGCCGATGCAGAAGAAGCCTCATCTTTTAGACTCCGTT 60
Query 61 TCTCCGACTTCCATGGCCCGTAATTCTTCACCTTCTCACCCTATTGCTAAAAGTGT 116
||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TCTCCGAATTCCATGGCTCGTAACTCTTCACCTTCTCACCCTATAGCTAAAAGTGT 116
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131086222059
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5