BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg315054
Length=2304
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G63680.1 | Symbols: ATMURE, PDE316, MURE | acid-amino acid l... 3869 0.0
> AT1G63680.1 | Symbols: ATMURE, PDE316, MURE | acid-amino acid
ligases;ligases;ATP binding;ATP binding;ligases | chr1:23614437-23617767
FORWARD LENGTH=2721
Length=2721
Score = 3869 bits (2095), Expect = 0.0
Identities = 2234/2303 (97%), Gaps = 2/2303 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTTCACTTTTCTCTCTCCTAACCCAGTCTTTCTCTCTCTAACTGGAACCACCTCT 60
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 25 ATGGCGTTCACCTTTCTCTCTCCTCACCCAGTCTTTCTCTCTCTAACTGGAACAACCTCT 84
Query 61 TCCTTCTCCTACAAACCTGTTCTCTTACCATTCTCTCGAAATTCCCGTAATCTCACGGTT 120
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 85 TCCTTCTCCTACAAACCAGTTCTCTTACCATTCTCTCGAAATTCCCGTACTCTCACGGTT 144
Query 121 GCGGCGGGACCTGCTCGCCGGAATTCGTACCCGAACCCTGCAGATGACGATCCACCTGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 145 GCGGCGGGACCTGCTCGCCGGAATTCGTACCCGAACCCTGCTGATGACGATCCACCTGAA 204
Query 181 GCACCGGAGGATTCAATGCACGGAGTATCGAAGTTTCAGCAGATACAGCGTCAAGCTGCT 240
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 205 GCACCGGAGGATTCAATGCACGGAGTTTCGAAGTTTCAGCAGATCCAGCGTCAAGCTGCT 264
Query 241 CGTGCACGGAAACTAGAGGAAGAAGATTTCGAAAAGAATCGGAACACTTACCTCTCCGCT 300
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 265 CGTGCACGGAAGCTAGAGGAAGAAGATTTCGAGAAGAATCGGAACACTTATCTCTCCGCT 324
Query 301 ATCGCCGATGTGGAAGACGCGGCGGAGACGGGACGAGATGATGAAGAATCTGGTGGCGAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 325 ATCGCCGATGTGGAAGACGCGGCGGAGACGGGACGAGATGACGAAGAATCTGGTGGAGAC 384
Query 361 TTGTTTTCAGATATCGATAGAGCAATCTCCATGAAACGTAGTGAGTTTGTTAAGCAAGGA 420
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 TTGTTCTCTGATATCGATAGAGCAATCTCCATGAAACGTAGTGAGTTTGTTAAGCAAGGA 444
Query 421 TTGCTCAAACCTAATCCTCCGAAAACGGCGTCGCTTAAGAAGATTGAGGAGGAGGGAGAT 480
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 445 TTGCTCAAACCTAATCCTCCCAAAACGGCATCGCTTAAGAAGATTGGGGAGGAGGGAAAT 504
Query 481 GAGGAAGAAGGTGATGTTACTGACGTTGTTGATGAGCTTGATGAAGAAGAAGTTGTTGAT 540
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 GAGGAAGAAGGTGATGTTACTGACGATGTTGATGAGCTTGATGAAGAAGAAGTTGTTGAT 564
Query 541 TTGGATGAAATTGATAAATTAACTGGATTAACCGAGATTTCTGATGAAGAAGATTGGGTT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 TTGGATGAAATTGATAAATTAACTGGATTAACAGAGATTTCTGATGAAGAAGATTGGGTT 624
Query 601 GATGAGGAAGGTGACACTAGGATCAACAAGAAGAAGGAGATTGGGTCTGATCATCAATTT 660
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 625 GATGAGGAAGGTAACACTAGGATCAACAAGAAGAAGGAGTTTGGGTCTGATCATCAATTT 684
Query 661 GAATTCGATTTGGATGATTTTGGTGAATCTAAAGTGAGAATTGTGGAACCTAAATTCAAA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 685 GAATTCGATTTGGATGATTTTGGTGAATCTAAAGCGAGAATCGTGGAACCTAAGTTCAAA 744
Query 721 ATGAGCTTAGCTGAGCTTTTAGATGAGAGTAAAGTGGTACCAATCTCAGTTTACGGCGAT 780
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 ATGTGCTTAGCTGAGCTTTTAGATGAGAGTAAAGTGGTACCAATCTCAGTTTACGGCGAT 804
Query 781 TTAGATGTCGAAATCACCGGGATTCAGCACGATTCGCGCGGTGTGAGTGCCGGAGATCTC 840
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 805 TTAGATGTCGAAATCACCGGGATTCAACATGATTCGCGCGGTGTGAGCGCCGGAGATCTC 864
Query 841 TTCGTTTGTTGTGTAGGAAGTGAAAGTTTCTTGAGTGAAGCAGATAAGAGAGGAGCAGTG 900
||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 TTCGTGTGTTGTTTAGGAAGTGAAAATTTCTTGAGTGAAGCAGATAAGAGAGGAGCAGTG 924
Query 901 GCGGTTGTAGCTAGCAAAGAGATTGATATTGAAGATACTTTAGGTTGCAAAGCACTTGTC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 925 GCGGTTGTAGCTAGCAAAGAGATTGATATTGAAGATACTTTAGGTTGCAGAGCACTTGTC 984
Query 961 ATTGTTGAAGACACTAATGCGGTTTTAGCAGCTTTGGCCTCTTCGTTTTATAGGCATCCG 1020
||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 985 ATTGTTGAAGATACGAATGCAGTTTTAGCAGCTTTAGCTTCTTCCTTTTATAGGCATCCC 1044
Query 1021 TCGAAGAACATGTCCGTGATCGGAGTTACTGGTACGGATGGGAAAACGACTACTACATAT 1080
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1045 TCGAAGAACATGTCGGTGATTGGAGTTACTGGTACGGATGGGAAAACGACTACTACGTAT 1104
Query 1081 TTGATTAAGAGCCTCTATGAAGCGATGGGCGTGCGAACAGGAATGTTTAGCACAGTTTCT 1140
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TTGATTAAGAGCCTCTATGAAGCGATGGGTGTGAGAACAGGAATGTTTAGCACAGTTTCT 1164
Query 1141 TGTTATATTCATGGCGATAACAAATTGGATACGCCTAATGCTACGACGAATCCTGATGCT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1165 TGTTATATTCATGGCGATAACAAATTGGATACGCCTAATGCTACGATGAATCCTGATGCT 1224
Query 1201 GTTTTGGTTCAGAGTTTGATGGCTAAGATGTTGCATAATGGAACTGAAGCTTTGGTTATG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1225 GTTTTGGTTCAGAGTTTGATGGCTAAGATGTTGCATAATGGAACTGAATCTTTGGTTATG 1284
Query 1261 GAAGCTTCTCCTCAAGAACTTGCTTTAGGGAAATGTGATGAAGTGGATTTCGACATTGCA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 GAAGCTTCTCCTCAAGAACTTGCTTTAGGGAAATGTGATGAAGTGGATTTCGACATTGCG 1344
Query 1321 GTTTTCACAAATTTGACTAGAGAAAATACGGATTTTCGTGGTACCGATGAAGAGTATAGA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1345 GTTTTCACAAATTTGACTAGAGAAAATACGGATTTTCGTGGTACTGATGAAGAGTATAGA 1404
Query 1381 GATGCGGAAGCCAAGTTGTTTGCAAGAATGGTTGATCCGGAAAGGCATAGGAAAGTGGTT 1440
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GATGCTGAAGCCAAGTTGTTTTCAAGAATGGTTGATCCGGAAAGGCATAGGAAAGTGGTT 1464
Query 1441 AACATAGATGATCCAAACGCAGCATTCTTCGTCCAGCAAGGAAATCCTTATGTTCCTGTT 1500
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1465 AACATAGATGATCCAAACGCAGCATTCTTTGTCCAGCAAGGGAATCCTAATGTTCCTGTT 1524
Query 1501 GTGACATTTGCCATGGAAAACACTAAAGCCGATGTTCACCCATTAAAGTTTGAGCTTTCC 1560
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1525 GTGACATTTGCCATGGAAAACACCAAAGCCGATGTTCACCCGTTAAAGTTTGAGCTTTCC 1584
Query 1561 TTGTTTGAGACACAGGTTTTGGTTAATACCCCTCAAGGTATACTGGAGATCTCTTCAGGT 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1585 TTGTTTGAGACACAGGTTTTGGTTAATACCCCTCAAGGTATACTGGAGATCTCTTCGGGT 1644
Query 1621 TTGTTAGGACGGCATAACATTTATAATATTCTTGCTGCTGTGGCTGTTGGGATTGCTGTT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 TTGTTAGGACGGCATAACATTTATAATATTCTTGCTGCTGTGGCTGTTGGGATTGCTGTT 1704
Query 1681 GGAGCTCCTCTTGAGGATATTGTTAGAGGTGTTGAGGAAGTCGATGCTGTCCCGGGAAGG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1705 GGAGCTCCTCTTGAGGATATTGTTAGAGGTGTTGAGGAAGTCGATGCAGTCCCAGGAAGG 1764
Query 1741 TGTGAGTTGATTGATGAGGAACAAGCTTTTGGTGTTATTGTGGATCATGCAAACACACCT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 TGTGAGTTGATTGATGAGGAACAAGCTTTTGGTGTTATTGTGGATCATGCAAACACACCT 1824
Query 1801 GATGGCTTGTCAAGGCTGCTAGATTCAATTCGAGAGCTTAAACCGAGAAGAATCATTACC 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 GATGGCTTGTCAAGGCTGCTAGATTCAATTCGAGAGCTTAAACCGAGAAGAATCATTACC 1884
Query 1861 GTTATTGGTTGTGAGGGTGAGAATGAAAGAGGGAAAAGACCGCTTATGACGAAAATTGCT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 GTTATTGGTTGTGAGGGTGAGAATGAAAGAGGGAAAAGACCGCTTATGACGAAAATTGCT 1944
Query 1921 ACTGAAAAGAGCGATGTGACGATGTTGACATCTGATAATCCGAGGAATGAAGATCCATTG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 ACTGAAAAGAGCGATGTGACGATGTTGACATCTGATAATCCGAGGAATGAAGATCCATTG 2004
Query 1981 GACATCTTGGATGACATGTTGGCTGGGATTGGATGGACGATGCAAGAGTATTTGAAACAT 2040
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 GACATCTTGGATGACATGTTGTCTGGGATTGGATGGACGATGCAAGAGTATTTGAAACAT 2064
Query 2041 GGCGAACACGATTACTATCCGCCTTTGGCAAATGGTCATAGACTCTTCCTTCACGATATT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 GGCGAACACGATTACTATCCGCCTTTGGCAAATGGTCATAGACTCTTCCTTCACGATATT 2124
Query 2101 AGACGTGTAGCTGTGCGTTGTGCTGTTGCTATGGGTGAAGAAGGTGACATGGTTGTTGTA 2160
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2125 AGACGTGTAGCTGTACGTTGTGCTGTTGCTATGGGTGAAGAAGGTGATATGGTTGTTGTA 2184
Query 2161 GCTGGAAAAGGCCATGAAGCGTATCAGCTTGAAGGTGAAAAGAAAGAGTTCTT-TGATGA 2219
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2185 GCTGGGAAAGGGCATGAAGCGTATCAGCTTGAAGGTGAAAAGAAAGAGTT-TTATGATGA 2243
Query 2220 CAGAGAGGAATGCCGGGAAGCATTACAATACGTTGATGAGCTTCACCAAGCTGGAATAGA 2279
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 CAGAGAGGAATGTCGGGAAGCATTACAATACGTTGATGAGCTTCACCAAGCTGGAATAGA 2303
Query 2280 CACAAGCGAGTTCCCATGGCGGT 2302
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 CACAAGCGAGTTCCCATGGCGGT 2326
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114356841510
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5