BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg315521
Length=2205
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 4017 0.0
ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 134 5e-30
> ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:37375-39579 REVERSE LENGTH=2205
Length=2205
Score = 4017 bits (2175), Expect = 0.0
Identities = 2195/2205 (99%), Gaps = 0/2205 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
Query 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
Query 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
Query 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGCAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGAAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
Query 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
Query 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
Query 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
Query 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
Query 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
Query 541 GGATTATTCGGGGTAAGCTCCTTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGACTATTCGGGGTAAGCTCATTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
Query 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
Query 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCAAGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCGAGT 720
Query 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
Query 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
Query 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
Query 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
Query 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
Query 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
Query 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
Query 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
Query 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
Query 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAT 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAC 1320
Query 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCCATATTTGCC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCTATATTTGCC 1380
Query 1381 CAATGGATACAATCCGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAATGGATACAATCTGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
Query 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGAAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGCAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
Query 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
Query 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
Query 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
Query 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
Query 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
Query 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
Query 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCTTTTGGTATG 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCGTTTGGTATG 1920
Query 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
Query 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCATGG 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCGTGG 2040
Query 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCTGGAAAGATAAACCAGTAGCTCTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCTGGAAAGATAAACCAGTAGCTCTT 2100
Query 2101 TCAATCGTGCAAGCAAGATTGGTTGGATTAGCTCACTTTTCTGTAGGTTATATATTCACT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TCAATCGTGCAAGCAAGATTGGTTGGATTAGCTCACTTTTCTGTAGGTTATATATTCACT 2160
Query 2161 TATGCGGCTTTCTTGATTGCCTCCACATCGGGCAAATTCGGTTAA 2205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TATGCGGCTTTCTTGATTGCCTCCACATCGGGCAAATTCGGTTAA 2205
> ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:39605-41857 REVERSE LENGTH=2253
Length=2253
Score = 134 bits (72), Expect = 5e-30
Identities = 106/123 (86%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTTCTAATCGCGG 916
Query 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
Query 923 ATA 925
|||
Sbjct 977 ATA 979
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109386987555
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5