BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg315525
Length=2031
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase fami... 3646 0.0
AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta pri... 327 2e-88
> ATCG00180.1 | Symbols: RPOC1 | DNA-directed RNA polymerase family
protein | chrC:20251-23084 REVERSE LENGTH=2043
Length=2043
Score = 3646 bits (1974), Expect = 0.0
Identities = 2022/2043 (99%), Gaps = 12/2043 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGATTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 60
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Sbjct 1 ATGATCGATCGGTATAAACATCAACAACTCCGAATTGGCTTAGTTTCTCCTCAGCAAATA 60
Query 61 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 120
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Sbjct 61 AGTGCTTGGGCCACTAAAATAATACCTAATGGAGAGATAGTTGGAGAGGTGACAAAACCC 120
Query 121 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 180
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Sbjct 121 TATACTTTTCATTACAAAACCAATAAACCGGAAAAAGATGGATTATTTTGTGAAAGGATT 180
Query 181 TTTGGGCCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 240
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Sbjct 181 TTTGGACCTATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGAA 240
Query 241 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 300
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Sbjct 241 AAAGAAGACCCAAAGTTTTGTGAACAATGTGGAGTTGAATTTGTTGATTCTCGGATACGA 300
Query 301 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 360
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Sbjct 301 AGATATCAAATGGGATACATAAAACTGACATGTCCTGTAACTCATGTATGGTATTTGAAA 360
Query 361 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 420
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Sbjct 361 CGTCTTCCTAGTTATATTGCGAATCTTTTAGATAAACCTCTTAAAGAATTAGAAGGCCTA 420
Query 421 GTATACTGCGA---------TG-T--GCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTA 468
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Sbjct 421 GTATACTGCGATTTTTCTTTTGCTAGGCCCATAACTAAAAAACCTACTTTCTTACGATTA 480
Query 469 CGAGGTTCATTTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACttttttttACT 528
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Sbjct 481 CGAGGTTCATTTGAATATGAAATTCAATCCTGGAAATACAGCATCCCACTTTTTTTTACT 540
Query 529 ACTCAAGGTTTCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACCGGGGCGGGTGCTATCCGA 588
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Sbjct 541 ACTCAAGGTTTCGATATATTTCGAAATCGAGAAATTTCTACTGGGGCGGGTGCTATCCGA 600
Query 589 GAACAATTAGCCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAA 648
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Sbjct 601 GAACAATTAGCCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAATTCGTTGGTAGAATGGAAA 660
Query 649 CAATTAGGAGAAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGA 708
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Sbjct 661 CAATTAGGAGAAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGATCGAAAAATTGTAAGAAGA 720
Query 709 AAAGATTTTTTAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAA 768
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Sbjct 721 AAAGATTTTTTAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTTATTCGAACAAATATAGAA 780
Query 769 CCAGAATGGATGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATT 828
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CCCGAATGGATGGTTTTATGTCTCTTACCGGTTCTTCCTCCCGAGTTGAGACCCATCATT 840
Query 829 CAGATAGAAGGGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATC 888
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Sbjct 841 CAGATAGAAGGGGGTAAACTAATGAGTTCAGATATTAATGAACTCTATAGAAGAGTTATC 900
Query 889 TATCGGAACAATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTA 948
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Sbjct 901 TATCGGAACAATACTCTTACCGATCTATTAACAACAAGTAGATCTACACCGGGGGAATTA 960
Query 949 GTAATGTGTCAGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATC 1008
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Sbjct 961 GTAATGTGTCAGGAAAAATTGGTACAAGAAGCCGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATC 1020
Query 1009 CGTGGACAACCCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATT 1068
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Sbjct 1021 CGTGGACAACCCATGAGGGATGGTCATAATAAGGTTTACAAGTCATTTTCAGATGTAATT 1080
Query 1069 GAAGGCAAAGAGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGG 1128
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Sbjct 1081 GAAGGCAAAGAGGGAAGATTTCGCGAGACTCTGCTTGGGAAACGGGTCGATTATTCGGGG 1140
Query 1129 CGCTCGGTGATTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAA 1188
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Sbjct 1141 CGCTCGGTGATTGTCGTTGGACCTTCACTTTCATTACATCGCTGTGGATTGCCTCGCGAA 1200
Query 1189 ATAGCAATAGAGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCT 1248
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Sbjct 1201 ATAGCAATAGAGCTCTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTTTAATTAGACAACACCTGGCT 1260
Query 1249 TCGAACATAGGAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGaaaaaaaGCCGATTGTCTGGGAAATC 1308
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Sbjct 1261 TCGAACATAGGAGTTGCTAAGAGTCAAATTCGTGAAAAAAAGCCGATTGTCTGGGAAATC 1320
Query 1309 CTTCAAGAAGTCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGA 1368
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Sbjct 1321 CTTCAAGAAGTCATGCAGGGGCATCCCGTATTACTGAATAGAGCACCTACCCTACATAGA 1380
Query 1369 TTAGGCATACAGTCATTCCAACCAATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCA 1428
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Sbjct 1381 TTAGGCATACAGTCATTCCAACCTATTTTAGTGGAAGGACGCACTATTTGTTTACATCCA 1440
Query 1429 TTAGTTTGTAAGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCT 1488
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Sbjct 1441 TTAGTTTGTAAGGGGTTCAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTGCCT 1500
Query 1489 TTATCTTTAGAGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTA 1548
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Sbjct 1501 TTATCTTTAGAGGCTCAAGCAGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCTTA 1560
Query 1549 TCTCCAGCTATTGGAGATCCCATTTCTGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTAT 1608
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Sbjct 1561 TCTCCAGCTATTGGAGATCCCATTTCGGTACCGACTCAAGATATGCTTATTGGACTCTAT 1620
Query 1609 GTATTAACGAGCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGA 1668
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Sbjct 1621 GTATTAACGAGCGGCACTCGTCGAGGTATTTGTGCAAACAGATATAATCCATGTAATCGA 1680
Query 1669 AAAAACTATAAAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCttt 1728
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Sbjct 1681 AAAAACTATCAAAATGAAAGAATTTACGAAACAAACTATAAGTATACGAAAGAACCCTTT 1740
Query 1729 ttttGCAATTCCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAGAATCAATTTAGATAGT 1788
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Sbjct 1741 TTTTGCAATTCCTATGATGCAATTGGAGCTTATCGACAGAAAAAAATCAATTTAGATAGT 1800
Query 1789 CCTTTGTGGCTTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATC 1848
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Sbjct 1801 CCTTTGTGGCTTCGGTGGCAATTAGATCAACGCGTTATTGCTTCAAGAGAAGTTCCTATC 1860
Query 1849 GAAGTTCACTATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTA 1908
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Sbjct 1861 GAAGTTCACTATGAATCTTTTGGTAACTATCATGAGATTTATGCACACTATCTAATAGTA 1920
Query 1909 AGAAGTGTaaaaaaaGAAACTTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCT 1968
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Sbjct 1921 AGAAGTGTAAAAAAAGAAAATTTTTGTATATATATTCGAACCACAGTTGGTCATATTTCT 1980
Query 1969 TTTTATCGAGAAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACC 2028
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Sbjct 1981 TTTTATCGAGAAATCGAGGAAGCTATACAAGGTTTTTCTCAAGCCTGTTCATATGATACC 2040
Query 2029 TAA 2031
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Sbjct 2041 TAA 2043
> AT3G29762.1 | Symbols: | pseudogene, RNA polymerase A beta prime
subunit (fragment), similar to RNA polymerase A beta prime
subunit GB:CAB48413 (Chloroplast Sinapis alba) | chr3:11593203-11593470
REVERSE LENGTH=268
Length=268
Score = 327 bits (177), Expect = 2e-88
Identities = 203/216 (94%), Gaps = 0/216 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 571 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCGATTTAGATTTGCGAATTATTATAGAAAAT 630
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Sbjct 48 GGGGCGGGTGCTATCCGAGAACAATTAGCCAATTTAGATTTGCAAATTATTATAGAAAAT 107
Query 631 TCGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGGCCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 690
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 TTGTTGGTAGAATGGAAACAATTAGGAGAAGAAGGACCTACGGGGAATGAATGGGAAGAT 167
Query 691 CGAAAAATTGTAAGAAGAAAAGATTTTTTAGTTAGACGTATGGAATTAGCTAAGCATTTT 750
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Sbjct 168 CGAAAAATTGTAAAAAGAAAAAAAAATTTAGTTAGACGTATGAAATTAGCTAAGCATTTT 227
Query 751 ATTCGAACAAATATAGAACCAGAATGGATGGTTTTA 786
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Sbjct 228 CTTTGAACAAATATAGAACCCGAATGGATGGTTTTA 263
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100652092725
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5