BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg315547
Length=2253
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 4106 0.0
ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 139 1e-31
> ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:39605-41857 REVERSE LENGTH=2253
Length=2253
Score = 4106 bits (2223), Expect = 0.0
Identities = 2243/2253 (99%), Gaps = 0/2253 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
Query 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
Query 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCATGATTTTGATAGTCATACC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
Query 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
Query 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
Query 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
Query 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
Query 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
Query 481 ATAGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
Query 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
Query 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
Query 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
Query 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCt 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCC 780
Query 781 ttttttACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
Query 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
Query 901 CTTTTCCTAATAGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTTTTTCTAATCGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
Query 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
Query 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
Query 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATACCCCCTTATCCATATCTCGCTACTGAC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
Query 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
Query 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
Query 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
Query 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTGTATATTCATAATGATACCATGAGT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTGTATATTCATAATGATACCATGAGT 1380
Query 1381 GCTTTAGGGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCTTTAGGGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTT 1440
Query 1441 GCTCAATGGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTGGTGTAACAGCCCCTGGTGAAACA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCTCAATGGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTGGTGTAACAGCCCCTGGTGAAACA 1500
Query 1501 GCGAGCACCAGTTTGACTTgggggggCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCGAGCACCAGTTTGACTTGGGGGGGCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCT 1560
Query 1561 TTGTTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTGTTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACA 1620
Query 1621 ATTCATGTAACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCCCGTTTA 1680
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 ATTCATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCGCGTTTA 1680
Query 1681 ATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGA 1740
Query 1741 ACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCT 1800
Query 1801 ATTTCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATTTCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATA 1860
Query 1861 AGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACT 1920
Query 1921 ATTAATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTAT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATTAATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTAT 1980
Query 1981 GGTTCTTCGTTATCTGCATATGGTCtttttttCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GGTTCTTCGTTATCTGCATATGGTCTTTTTTTCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTC 2040
Query 2041 AGTTTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AGTTTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTT 2100
Query 2101 TGGGCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTGTA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2101 TGGGCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTATA 2160
Query 2161 CAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCG 2220
Query 2221 TTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
> ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:37375-39579 REVERSE LENGTH=2205
Length=2205
Score = 139 bits (75), Expect = 1e-31
Identities = 107/123 (87%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTAATAGCGG 916
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
Query 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
Query 977 ATA 979
|||
Sbjct 923 ATA 925
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111796613715
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5