BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg315745
Length=3096
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G67310.1 | Symbols: | Calmodulin-binding transcription acti... 3779 0.0
> AT1G67310.1 | Symbols: | Calmodulin-binding transcription activator
protein with CG-1 and Ankyrin domains | chr1:25198182-25203126
REVERSE LENGTH=3051
Length=3051
Score = 3779 bits (2046), Expect = 0.0
Identities = 2370/2525 (94%), Gaps = 28/2525 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 589 ACTCAAAATGTAAGCTACAATCACTACATTGGTGATTCTTCTGACATACATCAGCAGCAT 648
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 538 ACTCAAAATGTAAGCTACAATCAGTACATTGGTGATTCTTCGGACATATATCAGCAG--- 594
Query 649 TCATCTACTTCGCCAGGCATTGCAGAGGTTAACTCTAACCTGGAAGGCAGTGGGAGTTCT 708
|| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 595 TCTTCTACTTCGCCGGGCGTTGCAGAGGTTAACTCTAACTTGGAAGGCAGTGCAAGTTCT 654
Query 709 TCTGAGTTTGGACAGGCTTTAAAGATGCTTAAGGAACAACTGAGTATCGGAGATGAACAA 768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TCTGAGTTTGGACAGGCTTTAAAGATGCTTAAGGAACAACTGAGTATCGGAGATGAACAT 714
Query 769 GTTAATTCTGTAGATCCACTCTACATTCAACCGGAAAGTCTTGATAGTCTCCAGTTTTTA 828
||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTTAATTCTGTTGATCCACACTACATTCAACCAGAAAGTCTTGATAGTCTCCAGTTTTTA 774
Query 829 GAGTATAGTAATGACAGAGATCACCTTGTTCAACCAACGACTGTATATCAGAGACCAGAG 888
||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GAGTACAG---TGACATAGATCACCTTGCTCAACCAACAACTGTATATCAGAGACCAGAG 831
Query 889 AATAACAAACTAGAGAGATGTTATGGAGGCAATTTTGGAGCCCAATACAATGCCAAGAAT 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 832 AATAACAAACTAGAGAGATGTTATGGAGGCAATTTTGGAGCCCAATACAGTGCCAAGAAT 891
Query 949 GATTCTAACAAACTAGAGAGATGCTATGGAGGGTATG-T--TGGAGCTGAATACCATTCT 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||
Sbjct 892 GATTCTAACAAACTAGAGAGATGCTATGGAGGGTATGTTGGTGGAGCCGAATACCATTCT 951
Query 1006 AGCAATCTCATGCTCGTAAAGAA----T---GA--TTCAGGTGGTACAGGAGGGAGTGGA 1056
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 AGCAATCTCATGCTCGTAAAGAATGGTTCAGGACCTTCAGGTGGTACAGGAGGGAGTGGA 1011
Query 1057 GATCAAGGGTCCGAATCTTGGAAAGATGTGTTGGAGGCTTGTGAGGCTTCTATACCTCTT 1116
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GATCAAGGGTCTGAATCTTGGAAAGATGTGTTGGAGGCATGTGAGGCTTCTATACCTCTT 1071
Query 1117 AACTCTGAGGGAAGCACACCAAGCTCTGCAAAAGGATTGCTAGCTGGATTGCAGGAAGAT 1176
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AACTCTGAGGGAAGCACACCAAGTTCTGCAAAAGGATTGCTAGCTGGATTGCAGGAAGAC 1131
Query 1177 TCAAACTGGAGTTACAACAATCAGGTTGACCAATCTACATTGTTGTTGCCTCAAGATCTT 1236
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TCAAATTGGAGTTACAGCAATCAGGTTGACCAATCTACATTTTTGTTGCCTCAAGATCTT 1191
Query 1237 GGTTCTTTCGAAGTTCCTGTTTCTTATTCTGCACTGGGAGCT-TTGGAGAATAATGATGA 1295
||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||
Sbjct 1192 GGTTCTTTCCAACTTCCTGCTTCTTATTCTGCACTGGTAGCTCCT-GAGAATAATGGTGA 1250
Query 1296 TTACTGTAGAATGATGGA-TAATGAAGGGAAAATCGGGCTTCCTTTCGAGGAAGAAATGA 1354
|||||| |||||||||| | ||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||
Sbjct 1251 ATACTGTGGAATGATGGAGGACGGAA-TGAAAATCGGTCTGCCTTTCGAGCAAGAAATGA 1309
Query 1355 AACTGGCAGGTGCACATAAGAAAAAGTTTACTATCCATGACATATCACCAGAGTGGGGTT 1414
| | ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1310 GAGTTACAGGTGCTCATAATCAAAAGTTTACTATCCAGGACATATCACCAGACTGGGGTT 1369
Query 1415 ACTCGAATGAGACTACAAAGGTGATAATCATTGGATCATTTCTCTGTGATCCAACAGAAT 1474
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 ACGCGAATGAAACTACAAAGGTGATAATCATTGGATCATTTCTCTGTGATCCAACAGAAT 1429
Query 1475 CTACATGGTCTTGCATGTTTGGGAATGCTCAAGTTCCTTTTGAGATCATTAAAGAAGGTG 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 CTACATGGTCTTGCATGTTTGGGAATGCTCAAGTTCCTTTTGAGATCATTAAAGAAGGTG 1489
Query 1535 TTATTCGGTGTAG-AGCCCCTCTATGTGGTCCTGGAAAAGTCAATTTATGCATTACTTCT 1593
|||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 TTATACGGTGT-GAAGCCCCTCAATGTGGTCCTGGAAAAGTCAATTTATGCATTACTTCT 1548
Query 1594 GGAGATGGACTCTCGTGTAGTGAAATAAGGGAATTTGAGTATCGCGATAAGCCTGACACA 1653
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1549 GGAGATGGACTCTTGTGTAGTGAAATAAGGGAATTTGAGTATCGTGAGAAGCCTGACACA 1608
Query 1654 TGTTGCCCTAAGTGCAGTGGGCCACAGACCTCTGATATGTCCACAAGTCCAGATGAGCTT 1713
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1609 TGTTGCCCTAAATGCAGTGAGCCACAGACCTCTGATATGTCCACAAGTCCAAATGAGCTT 1668
Query 1714 -TCAATACTCGTAATGTTTGTGCAAACACTTCTATCAGACCGACCATCGGAAAGAAAAAG 1772
| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1669 AT-ATTACTTGTAAGGTTTGTGCAAACACTTCTATCAGACCGATCGTCGGAAAGAAAAAG 1727
Query 1773 TAACTTAGAGTCAGGCAACGATAAGCTGTTGAAGATACTTAAAGCTGATGATGATCAATG 1832
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TAACTTAGAGTCTGGCAATGATAAGCTGTTGACGAAACTGAAAGCTGATGATGATCAATG 1787
Query 1833 GAGGCATGTCATAGGAGCGGTCCTAGATGGCAGTGCATCATCAACAAGAACAGTTGATTG 1892
||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1788 GAGACATGTCATAGGAACGATCATAGATGGCAGTGCATCATCAACAAGTACAGTTGATTG 1847
Query 1893 GCTTCTACAGGAACTGCTTAAAGACAAGCTGGATACGTGGCTGTCTTCAAGATCCTGTGA 1952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1848 GCTTCTACAGGAACTGCTTAAAGACAAGCTGGATACATGGCTGTCTTCAAGATCATGTGA 1907
Query 1953 TGAAGATTACACAACTTGTTCTTTGTCAAAGCAAGAACAAGGTATTATCCATATGGTTGC 2012
||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TGAAGATTACATAACGTGTTCTTTGTCAAAGCAGGAACAAGGTATTATCCATATGGTTGC 1967
Query 2013 AGGCCTTGGCTTCGAGTGGGCACTCTATCCAATCCTTGGTCATGGAGTCAGTGTAGATTT 2072
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1968 AGGCCTTGGCTTCGAGTGGGCATTTTATCCAATCCTTGCTCATGGAGTCAATGTAGATTT 2027
Query 2073 TCGTGATATTAACGGATGGAGCGCTCTTCATTGGGCTGCACGATTTGGAAGTGAAAAAAT 2132
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2028 TCGTGATATTAAGGGATGGAGCGCTCTTCATTGGGCTGCACAATTTGGAAGTGAAAAAAT 2087
Query 2133 GGTGGCTGCCCTTATAGCTTCAGGGGCATCAGCTGGAGCAGTGACTGATCCAAGTCGGCA 2192
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 GGTGGCTGCCCTTATAGCTTCAGGGGCATCGGCTGGAGCAGTGACTGATCCAAGTCGGCA 2147
Query 2193 AGATCCAAATGGCAAAACTGCAGCTTCAATAGCTGCCTCTAATGGCCACAAGGGTCTTGC 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 AGATCCAAATGGCAAAACTGCAGCTTCAATAGCTGCCTCTAATGGCCACAAGGGTCTTGC 2207
Query 2253 AGGTTATCTGTCAGAGGTGGCGTTAACAAACCATCTCTCATCGCTCACACTTGAAGAAAC 2312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 AGGTTATCTGTCAGAGGTGGCGTTAACAAACCATCTCTCATCGCTCACACTTGAAGAAAC 2267
Query 2313 CGAGAGTTCAAAAGACACTGCTCAAGTGCAAACAGAGATAACTTTGAATTCCATCTCAGA 2372
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 CGAGAATTCAAAAGACACTGCTCAAGTGCAAACTGAGAAAACTTTGAATTCCATCTCAGA 2327
Query 2373 ACAAAGTCCTTCTGGTAATGAAGATCAAGTTTCACTGAAAGACACACTGGCTGCAGTACG 2432
|||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 ACAAAGTCCTTCCGGTAACGAGGATCAAGTGTCATTGAAAGACACACTGGCTGCAGTACG 2387
Query 2433 AAATGCAGCTCAAGCAGCTGCAAGAATCCAGGCAGCTTTTCGTGCACATTCATTCAGAAA 2492
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2388 AAATGCAGCTCAAGCAGCTGCAAGAATCCAAGCAGCTTTTCGCGCACATTCATTCAGAAA 2447
Query 2493 GCGAAAACAAAGAGAAGCAGCTATGGCTGCTTGCTTACAAGAGTATGGGATCTATTGTGA 2552
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2448 GCGAAAACAAAGAGAAGCAGCTTTGGTTGCTTGCTTACAAGAGTATGGGATGTATTGTGA 2507
Query 2553 AGATATCGAAGGGATCTCGGCCATGTCGAAGCTAACGTTTGGAAAGGTCAGGAACTACCA 2612
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 2508 AGATATAGAAGGGATCTCGGCCATGTCAAAGCTAACGTTTGGAAAGGGCAGGAACTACAA 2567
Query 2613 TTTAGCAGCTTTATCTATTCAGAAGAAGTATCGTGGCTATAAAGGTCGTAAAGAGTTT-C 2671
|| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| |
Sbjct 2568 TTCAGCAGCTTTATCTATTCAGAAGAATTTTCGTGGCTATAAAGATCGTAAAT-GTTTTC 2626
Query 2672 TGGAGCTTCGCCAGAAAGTTGTAAAGATTCAGGCTCATGTGAGAGGTTACCAAATAAGGA 2731
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2627 TAGAGCTTCGCCAGAAAGTTGTAAAGATTCAGGCTCATGTGCGAGGTTACCAAATAAGGA 2686
Query 2732 AAAATTACAAAGTAATCTGCTGGGCAGTAGGAATTATAGATAAGGTTGTACTCAGGTGGA 2791
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 AAAATTACAAAGTAATCTGTTGGGCAGTAAGAATTTTAGATAAGGTTGTACTCAGGTGGA 2746
Query 2792 GAAGAAAAGGAGTTGGGCTAAGAGGGTTCAGGCAAGACGTAGAGAGTACAGAGGACAGTG 2851
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 GAAGAAAAGGAGTTGGACTAAGAGGGTTCAGACAAGACGTAGAGAGTACAGAGGACAGTG 2806
Query 2852 AAGACGAAGACATTCTCAAGGTGTTCCGCAAGCAGAAAGTAGATGGGGCAGTGAACGAGG 2911
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2807 AAGACGAAGACATTCTCAAGGTGTTCCGCAAACAGAAAGTAGATGTTGCAGTGAACGAGG 2866
Query 2912 CTTTCTCTCGTGTTCTATCGATGGCCAATTCTCCAGAGGCTCGCCAGCAATACCACCGCG 2971
||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2867 CTTTCTCTCGTGTTCTATCGATGTCTAACTCTCCAGAGGCTCGCCAGCAATACCACCGAG 2926
Query 2972 TGCTCAAGAGATATTGTCAGACAAAGGCTGAGCTTGGAAAAACAGAGACATTAATTGGAG 3031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2927 TGCTCAAGAGATATTGTCAGACAAAGGCTGAGCTTGGAAAAACAGAGACATTAGTTGGAG 2986
Query 3032 ATGACGACGATGGGTTGTTCGACATAGCTGATATGGAATATGACACTTTGTTTGCATTGC 3091
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2987 AGGACGATGATGGGTTGTTCGACATAGCTGATATGGAATATGACACTTTGTTTTCATTGC 3046
Query 3092 CTTGA 3096
|||||
Sbjct 3047 CTTGA 3051
Score = 817 bits (442), Expect = 0.0
Identities = 510/542 (94%), Gaps = 8/542 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 AGCGTTGCAGAGGATCATTACCCTT-CCTGTGACATAGCAACCATCTTCGTGGCTATCTG 80
||||| ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 AGCGTCGCAGAGGATAATT-CCTTTACCTGTGACATAGCAACCATCTTCGTGGCTATCTG 65
Query 81 TCGGAACCCTCCTGTACTATTCCTTGAGATTCTTCATTTCGTCAAATATGAAATTAGTAC 140
|||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || ||||||||||||||||
Sbjct 66 TCGGAACCCTCCTG--CTAATCCTTCAGATTCTTTA-TT--TC-AATATGAAATTAGTAC 119
Query 141 TCTGTATCAAGAAGCTCGGAGTCGTTGGTTGAAACCTCCTGAGGTACTGTTTATATTGCA 200
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 120 TCTGTATCAAGAAGCTCATAGCCGTTGGTTGAAACCTCCTGAGGTACTCTTCATATTGCA 179
Query 201 GAATCATGAGAGATTGACGCTTACTAATACGGCTCCTCAAAGACCTACAAGTGGGTCTTT 260
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GAATCATGAAAGCTTGACGCTTACTAATACAGCTCCTCAAAGACCTACAAGTGGGTCTTT 239
Query 261 GTTTCTTTTCAATAAAAGGGTTCTTAAGTTTTTTCGTAAAGATGGTCATCAATGGCGGAG 320
||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GTTGCTTTTCAATAAAAGGGTTCTTAAATTCTTTCGTAAAGATGGTCATCAATGGCGGAG 299
Query 321 AAAAAGAGATGGTAGAGCTATTGCAGAAGCACATGAACGACTTAAGGTGGGTAATGCTGA 380
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 300 AAAAAGAGATGGTAGAGCTATTGCTGAAGCACATGAACGACTTAAGGTGGGTAACGCTGA 359
Query 381 GGCCTTGAATTGTTATTATGCTCATGGAGAGCAAGACCCTACTTTTCGGAGGCGAATCTA 440
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 GGCATTGAATTGTTATTATGCTCATGGAGAGCAAGACCCTACTTTTCGGAGGCGTATCTA 419
Query 441 CTGGATGTTAGATCCGGAATACGAGCATATTGTCCTTGTTCATTACAGGGATGTAAGCGA 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CTGGATGTTAGATCCGGAATACGAGCATATTGTCCTTGTTCATTACAGGGATGTAAGCGA 479
Query 501 CCGAGAAGAGGGACAACAAGCTGGTGGACAAGTTTATCAGTTTGCACCAATTCCTTCCAC 560
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 ACGAGAAGAGGGACAACAAACTGGTGGACAAGTTTATCAGTTTGCACCAATTCTTTCCAC 539
Query 561 TC 562
||
Sbjct 540 TC 541
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153962348067
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5