BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg316204
Length=3933
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G72390.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spt20 fam... 3690 0.0
> AT1G72390.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spt20 family
(InterPro:IPR021950); Has 8778 Blast hits to 7244 proteins
in 477 species: Archae - 6; Bacteria - 326; Metazoa - 4198;
Fungi - 1506; Plants - 923; Viruses - 22; Other Eukaryotes
- 1797 (source: NCBI BLink). | chr1:27245165-27251576 FORWARD
LENGTH=4528
Length=4528
Score = 3690 bits (1998), Expect = 0.0
Identities = 2250/2371 (95%), Gaps = 20/2371 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTGTCTCGTTTAAGATTTCCAAGGTTGGTAGAAAGTTTCGGCCTAAGATTTCTACT 60
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 193 ATGGGTGTCTCGTTTAAGATATCGAAGGTTGGTAGAAAGTTTCGACCTAAGATTTCTACT 252
Query 61 GAATTGGTTACTCCTGATTCTCCAGAA-C-A--GCTGAAT-T-CGAAAGCAAAGGCTACT 114
||||||| |||||||||||| ||| || | | | | || | |||| ||||||| |||
Sbjct 253 GAATTGGCTACTCCTGATTCCCCAAAAGCAATCGTTCTATCTGGGAAACCAAAGGCCACT 312
Query 115 GATGAAAGCAATGTTGGTGATGTTTCCGGGTTTTCGAAGCCATCTTTGCCCGATATATCT 174
||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 313 GATGATAGCAATATTGGCGATGTTTCCGGGTTTTCGAAGCCATCTTTACCCGATATATCT 372
Query 175 CCAGATCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGCCTCTATCCAAATGGGTACTCTATAGGAAAA 234
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 CCAGATCATGAAGTTTCCTTCATATTGAGCCTCTATCCAAATGGGTACTCTATAGGAAAA 432
Query 235 ACCTCTGAGGCTCTGCAACAGACATCCTTTCGAGATGTTCCAAAGGTCTTACATCCGTAT 294
|||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 ACCTCTGAGGCTATGCAACAGATATCGTTTCGAGATGTTCCAAAGGTCTTACATCCGTAT 492
Query 295 GATAGGGCAGCAGAGGGTCTACTTTCGGCTATTGAGGCTGGCAGGCTTCCCGGGGAAATT 354
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 493 GATAGGGCAGCAGAGGGTCTCCTTTCGGCTATTGAGGCTGGCAGGCTTCCTGGGGACATT 552
Query 355 TTGGAAGATATACCTTGCAAATTTGAGGATGGGGTGGTTATATGTGAGGTGCATGACTAT 414
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 TTGGAAGATATACCTTGCAAATTTGTGGATGGGGTGGTTATATGTGAGGTGCATGACTAT 612
Query 415 CGGAAACACACCCCAGCTCAAGTCTCTCCTATGATAAATAAATTGCGCCTTAAGATGTCA 474
|||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 CGGAAACATACCTCATCTCAAGTCTCTCCTGTGATAAATAAATTGCGCCTTAAGATGTCA 672
Query 475 CTTGAGAATGTGGTAAAAGATATTCCATCAATGTCAGACAACTCATGGACTTACGGTGAT 534
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 673 CTCGAGAATGTGGTAAAAGATATTCCATCAATGTCAGACAACTCATGGACGTACGGTGAT 732
Query 535 CTCTTGGAAGTGGAGTCCAGGATATTAAAAGCCTTACAACCTGAACTCTGTCTGGATCCT 594
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 CTCATGGAAGTGGAGTCCAGGATATTAAAAGCCTTACAACCTGAACTCTGTCTGGATCCT 792
Query 595 GTACCCAGACTTGATAGGCTGAGTAAAAACCCTTTGTCTGCTAAGCTCGATTTGTCGCTT 654
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 TTACCCAGACTTGATAGGCTGAGTAAAAATCCTTTGACTGCTAAGCTCGATTTGTCGCTT 852
Query 655 TCTACTTTACGGAGAAAGAGATTAAGGCAAATGGCAGAAGTGACAGTCATGTCTCAGAAT 714
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 TCTACTTTGCGGAGAAAGAGATTAAGGCAAATGGCAGAAGTGACAGTCATGTCTCAGAAT 912
Query 715 AAGATTCATGGGAAAAAGGTTTGCATTGATCGGGTTCCGGAAAGTTCAGATCGGGGAAAT 774
|||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 913 AAGATTCAGGGGAAAAAGGTGTGCATTGATCGGCTTCCTGAAAGTTCAGAGCGAGGAAAT 972
Query 775 ATGCCAGGGCATTTGATAATGCAGCAAACCCATAACAACCAGGCTATTCAGAACCTTGGT 834
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 973 TTGCCAGGGCATTTGATAATGCAGCAAACCAATAACAACCAGGCTATTCAAAACCTTGGT 1032
Query 835 ACTAATATGCTGGTGGGATTAAGAAGTCAGCCGTTGCAAGATGCACCAAATTCCTCTCTA 894
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 ACTAATATGCTGGCGGGATTAAGAAGTCAGCCGTTGCAAGATGCACCAAATTCCTCTCTG 1092
Query 895 GCCTTGGTACCACCTCAGCAACAAAGGTACCTGGGAACTGGAAATATAAGAAACATGCAG 954
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||| ||||
Sbjct 1093 GCCTTGGTACCACCTCAGCAACAAAGGTACATGGGAATTGGAAGTACAAGAAACACGCAG 1152
Query 955 GATCAAGGATCAAATTCTGTCAGCGTTTCTTGCGCTTCGCCTGGTGGACTAGATGCGATG 1014
||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 GATCAAGGATCAAATTCTGTCAGTGTCTCTGGCGCTTCGCCTGGTGGACTAGATGCGATG 1212
Query 1015 CTGCCTTATGGCTCTGATAGTATGAACCCTGGTACATCTTTTCATAGAAAGAGGGAAAGT 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1213 CTGCCTTATGGCTCTGATAGTATGAACCCTGGTACATCTTTTCATAGAAAGAGAGAAAGT 1272
Query 1075 CAAGAAGGACAAATGTCTTCTATGCCTGGTTTGAATAAGCGAACCAGGGTTTCACATATG 1134
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1273 CAAGAAGGACAAATGTCTTCTATGCCTGGCTTGAATAAGCGAACAAGGGTTTCACATATG 1332
Query 1135 GGTCCTGATGGGGTTCCGCAGCAACAGTTAGGGCAACGCATGGATGGCCTTCATGGAACC 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1333 GGTCCTGATGGGGTTCCGCAGCAACAGTTAGGGCAACGTATGGATGGCCTTCATGGATCC 1392
Query 1195 GATACAAATTGGAAAAATACGCTTCTACAACAGCAAGACATGCTAGGCAGAAGTATTCAG 1254
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 GATACAAATTGGAAAAATACGCTTCTACAACACCAAGACATGCTAGGCAGAAGTATTCAG 1452
Query 1255 TATCCAAATACAAGTACACAGAGGTTTTCACCACACCAAATGGAAGGGGTTATGAATCAG 1314
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 TATCCAAATACAAGTATTCAGAGGTTTTCACCACACCAAATGGAAGGGGTTATGAATCAG 1512
Query 1315 GAAGGTGGTCCCATGCAATTTCCAGCTTCACAACAGGGGGCACCGAGATACACTTCGAAA 1374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||
Sbjct 1513 GAAGGTGGTCCCATGCAATTTCCAGCTTCACAACAGGGGGGAATGAAATACACTTCAAAA 1572
Query 1375 GAGGAGCCATTTGAGACTGGTAAAATTGATGGTGGCACCAGAAACAATATTCC--GGG-G 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1573 GAGGAGCCATTTGAGACTGGTAAAATTGATGGCGGCACCAGAAACAATATTCCGGGGGTG 1632
Query 1432 GGAAGTGACACAAATGATTTGGATCCGCGTATTCAGTCAAGGATGCCCCATAATGCATAC 1491
|||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1633 GGAAGTGATGCAAATGATTTAGATCCACGTATTCAGTCAAGGATGCCCCATAATGCATTC 1692
Query 1492 ATTAGATCAAATTTCCCTCAAACATCCTGGAATGTTAATCCTGGCCAGCAGATCGAAAAA 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1693 ATTAGATCAAATTTCCCTCAAACATCCTGGAATGTTAATCCTGGCCAGCAGATTGAAAAA 1752
Query 1552 GAGCC-AAAGAAAGAAGAACAATTTAGTCGTAGGATATCGGCTCAAAGTCCTCGTTTGTC 1610
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 GAGCCGAAA-AAAGAAGAACAATTTAGTCGTAGGATATCGGCTCAAAGTCCTCGTTTGTC 1811
Query 1611 GGCAGGTGCTCCACCACAGTCCCCACATTCATCGAAGTCTGGTGAGTTTTCTGGTGGTTC 1670
|||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 GGCAGGTGGTCCACCGCAGTCCCCACTTTCATCGAAGTCTGGTGAGTTTTCTGGTGGTTC 1871
Query 1671 AATGGGGACCCACTATGGAGCAGTTGCAGCAGCTCAGAAGGACAAGGCTGTTACTTCTAT 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 AATGGGGACCCACTATGGAGCAGTTGCAGCAGCTCAGAAGGACAAGGCTGTTACTTCTAT 1931
Query 1731 ACCTGCTATTGGTGCCACTCAGTCAGTGTGTTCTAGTGCTAATGATGCTATGCAGCAAAG 1790
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1932 TCCTGCTATTGGTGCTACTCAGTCAGTGGGTTCTAGTGCTAATGAAGCTATGCAGCAAAG 1991
Query 1791 GCAACACCAAGCCCAAAT-G--GCAAAACGGAGGACAAATTCTCTTCCTAAGACGCAAGT 1847
|||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 GCAACACCAAGCCCAAATGGCTGCAAAACGGAGAACAAATTCTCTTCCTAAGACGCAAGT 2051
Query 1848 TATCAGCACTGTTGGTTCTCCTGTTAGTGTCAATACTATTAGTGTCCCAGTTAATGCAAG 1907
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 TATTAGCACTGTTGGTTCTCCTGTTAGTGTCAATACTATTAGTGTCCCAGTTAATGCAAG 2111
Query 1908 GAGCCCTTCAGTGGGACCCCAAACTTTGGGCGATCACGCAATAC-TGGACAGATTTTCAA 1966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2112 GAGCCCTTCAGTGGGACCCCAAACTTTGGGCGATCACGCAAT-CTTGGACAGATTTTCAA 2170
Query 1967 AGATTGAACGAGTTGCTGCTAGGTACCAACTAAACTGCAAAAAGCATAAGGTGGATGAGT 2026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 AGATTGAACGAGTTGCTGCTAGGTACCAACTAAACTGCAAAAAGCATAAGGTGGATGAGT 2230
Query 2027 ACTCTCGAAGACCTCGCGTGTATGCTAAACAGTCCCTGACTGTTTGTTTATCGAACCTGT 2086
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2231 ACTCTCGAAGACCTCGCGTGTATGCTAAACAGCCCCTTACTGTTTGTTTATCAAACCTGT 2290
Query 2087 CTAACGAAGAGGTCTTCAAAGACGAGGACAAAGCATTATCAAAATCTAT-TCTTGGTGGC 2145
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2291 CTAACGAAGAGGTCTTCAAAGACGAGGACGAAGCATTATCAAAATCTATAT-TTGGTGGC 2349
Query 2146 AGTATGAATACATGCAAGACTAGAGTCACAAACTTTTTTCATATGGAACGTGTAATGCAA 2205
||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2350 AGTATGAATACATACAAGACCAGAGTCATTCACTTTGGTCAGATGGAACGTGTAATGCAA 2409
Query 2206 GGTACCGTCCCTTCCTTCGTCCCTAGAATAC-GAACAAAACTGGTGATGTCAGAGAAGGC 2264
||| | |||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 GGTTCGGTCCCTTCCTTCATCCCTAGAA-ACCGAACAAGACTGGTGATGTCAGAGAAGGC 2468
Query 2265 CGTCGATGGGACCGTAGCATGGTATCAAGGGGACGTAGATGAAGGGGATGTTTCTCAGGC 2324
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2469 CGTCGATGGGACAGTAGCATGGTATCAAGGGGACGTAGATGAAGGGGATGTTTTTCAGGC 2528
Query 2325 TGAAGATTTTCTCTTAGCGTTGCCCAATACA 2355
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 TGAAGATTTTCTCTTAGCGTTGCCCAATACA 2559
Score = 2477 bits (1341), Expect = 0.0
Identities = 1510/1588 (95%), Gaps = 26/1588 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2356 ATGACCCGTGAAGGATACATGATCGAAGAACATATTCTGGCAAAGCCAAACCGTGGGGAT 2415
||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 ATGGCCCGTGAAGGATACATGATTGAAGAACATATTATGGCAAAGCCAAACCGTGGGGAT 2658
Query 2416 ACTGGCCCAATCAGCAACCAACCAAATTCTGCGGGTGGTTATCCAAGAGGTTACTCTGCA 2475
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2659 ACTGGCCCAATCAGCAGCCATCCAAATTCTGCGGGTGGTTATCCAAGAGGTTATTCTGCA 2718
Query 2476 AACGATATGCAACAGTATGGAGATGCAGTTGCAGGGCAAGCGTCTGGCGAGGCATCAAAA 2535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2719 AACGATATGCAACAGTATGGAGATGCAGTTGCAGGGCAAGCGTCTGGTGAGGCATCAAAA 2778
Query 2536 CAGGGGAATACTGGAAATGTGCCTAATACCTCAACCCAGAATATTCTTGCAAATGCAAGG 2595
|| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2779 CATGGGAATACTGGAAATACGCCGAATAACTCAACCCAGAATATTCTTGCAAATGCAAGG 2838
Query 2596 ATGCTTCCTCCAGCAAATTCTCAAGCCTTGCAATTGTCTCAAGGACTGCTGTCTGGTGTC 2655
||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2839 ATGGTTCCTCCAACAAATTCTCAAGCCTTGCAAATGTCTCAAGGACTGCTGTCTGGTGTC 2898
Query 2656 TCCATGCCTATGCAACCACAACAGCCTGACCCACAACAGTCAGCGCTACTGTCATCACAT 2715
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 TCCATGCCTATGCAACCACAACAGCTTGACCCACAACAGTCAGCGCTACTGTCATCACAT 2958
Query 2716 TCACAGCAGAAAAATCAACAGTCCATGTTTACACAGCAACAGCATCCACAAATGCAGAGA 2775
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959 TCACAGCAGAAAAATCAACAGTCAATGTTTACACAGCAACAGCATCCACAAATGCAGAGA 3018
Query 2776 CCATCCATGATACTGCCTACAAATCCACTATCAGCCATCAACTCGATTAGCCAGAGCTCT 2835
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3019 CCTTCCATGATACTGCCTACAAATCCACTATCAGCCATCAACTCGATGAGCCAGAGCTCT 3078
Query 2836 GGTATGCAGCCGGGTGGTCAGATGGCCAACAAGTATTCGCCTCTTCAACTGCAGATGTTA 2895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3079 GGTATGCAGCCGGGTGGTCAGATGGCCAACAAGTATTCGCCTCTCCAACTGCAGATGTTA 3138
Query 2896 CAGCAGCAGCAGCAGGCGGCAATGCAGAAGAAGATAATGATGGGGCTAGGATCAGGTGTA 2955
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 CAGCAGCAGCAGCAGGCGGCAGTGCAGAAGAAGATAATGATGGGGCTAGGATCAGGTGTA 3198
Query 2956 GCcatgggtatgggtatgggcatgggcatgggtatggggagcatgggAAATAGTATTGCT 3015
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3199 GGCATGGGTATGGGTATGGGCATGGGTATGGGTATGGGAAGCATGGGAAATAGTATTGCT 3258
Query 3016 GGGCTTGGAGCTTTAGGCAACCAATTGAATATGGCAGGAAGAGGGATTGGGGGAACCGGA 3075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3259 GGGCTTGGAGCTTTAGGCAACCAATTGAATATGGCAGGAAGAGGTATGGGGGGAACCGGA 3318
Query 3076 ATCTCATCATCAATGTCTGTTCCTGGCATCGGTAATATGGGCCAGAACCCAATGAATTTG 3135
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3319 ATCTCATCGTCAATGTCTGTTCCTGGCATCGGTAATATGGGCCAGAACCCAATGAATCTG 3378
Query 3136 AATCCAGCATCAAATTTGAATGCTATAAGCCAGCAACTCCGATCCGGTGCGTTAACACCA 3195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3379 AATCCAGCATCAAATTTGAATGCTATAAGCCAGCAACTCCGATCTGGTGCATTAACACCA 3438
Query 3196 CAACAAAACGCTCTGTTTACACAGATTAGGATGGGCATGGCAAACCGAGGAGGTGTAATG 3255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3439 CAACAAAACGCTCTGTTTACACAGATTAGGATGGGCATGGCAAACCGAGGAGGTGTAATG 3498
Query 3256 GGTGCTCCTCAAGGCGGGATAAGTGGCGTGTCAGGTACGAGGCAGATGCACCCCAGCTCA 3315
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3499 GGTGCTCCTCAAACCGGGATAAGTGGCGTGTCAGGTACTAGGCAGATGCACCCCAGCTCA 3558
Query 3316 GCTGGTATATCCATGTTGGATCAGAATTCATTAAACCGAGCTAACCTGCAGCGAGCTGCT 3375
|||||| | ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3559 GCTGGTCTTTCCATGTTGGATCAGAA--CA-------GAGCTAATCTGCAGCGAGCTGCT 3609
Query 3376 GCTATGGGTAACATGGGCCCACCTAAGCTGATGCCTGGAATGA--A-TCTCTACATGAAT 3432
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||
Sbjct 3610 GCTATGGGTAACATGGGCCCACCCAAGCTGATGCCTGGAATGATGAATCTTTACATGAAT 3669
Query 3433 caacagcagcagcagcaacaacaactccagcagcaaccccaacaacaacagttgcagcat 3492
||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3670 CAACAACAACAGCAGCAGCAAC---TCCAGCAGCAACCCCAACAACAACAGTTGCAGCAT 3726
Query 3493 cagcaacagttacagcagcctatgtctcagccatctcagcagctagctcagtctccgcag 3552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3727 CAGCAACAGTTACAGCAGCCTATGTCTCAGCCATCTCAGCAGCTAGCTCAGTCTCCGCAG 3786
Query 3553 cagcagcagcagc-agcagctacaacatgaacagcctcaacaa--aca-cagcagcag-- 3606
||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 3787 CAGCAGCAGCAGCTA-CA---ACAACATGAACAGCCTCAACAAGCACAGCAGCAGCAGCA 3842
Query 3607 g-caacagcaTCCCCTCTTCAGTCTGTGCTATCACCAGCCCAAGTAGGTTCGCCATCAGC 3665
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||
Sbjct 3843 GGCAACAGCATCCCCTCTTCAGTCTGTACTATCACCACCCCAAGTAGGGTCACCATCAGC 3902
Query 3666 TGGAATTACCCAGCAGCAGCTACAACAGTCCAGTCCCCAGCAAATGAGTCAGAGAACTCC 3725
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3903 TGGAATTACCCAACAGCAGCTACAACAGTCCAGTCCCCAGCAAATGAGTCAGAGAACTCC 3962
Query 3726 AATGAGTCCCCAGCAAATGAACCAAAGAACTCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGTAC 3785
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3963 AATGAGTCCCCAGCAAGTGAACCAAAGAACTCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGTGC 4022
Query 3786 AATGCATCCCATGAGCACAAGCAACCTCGAGGGTTGTCCAGCGAGTCCACAGCTTAGTTC 3845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4023 AATGCATCCCATGAGCACAAGCAACCTCGAGGGTTGTCCAGCGAGTCCACAGCTTAGCTC 4082
Query 3846 TCAGACAATGGGATCTGTTGGTAGCATCACCAATTCTCCAATGGAGCTTCAAGGTCCCAA 3905
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4083 TCAGACAATGGGTTCTGTTGGTAGCATCACTAATTCTCCAATGGAGCTTCAAGGTCCCAA 4142
Query 3906 AAACAACTCTGCTGGTAATAATTCCTGA 3933
|||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4143 AAACAACTCTGCTGGTAATAATTCTTGA 4170
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 195952079358
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5