BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg316209
Length=3090
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G72440.1 | Symbols: EDA25, SWA2 | CCAAT-binding factor | chr... 2324 0.0
> AT1G72440.1 | Symbols: EDA25, SWA2 | CCAAT-binding factor | chr1:27268165-27273596
REVERSE LENGTH=3292
Length=3292
Score = 2324 bits (1258), Expect = 0.0
Identities = 1391/1453 (96%), Gaps = 18/1453 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1653 TGAAATGTTTATTGGGCTTCTTCTCAGAGCCATGAAAAATGATATAAATGTGAAGCGTGT 1712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1683 TGAAATGTTTATTGGGCTTCTTCTCAGAGCCATGAAAAATGATATAAATATCAAGCGTGT 1742
Query 1713 GGCTGCATTCTCCAAAAGAGTCTTGCAGGTTGCGCTTCAACAGCCACCACAGTATGCCTG 1772
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 GGCTGCCTTCTCCAAAAGAGTCTTGCAGGTTGCGCTTCAACAGCCACCACAGTATGCCTG 1802
Query 1773 TGGATGCCTTTTCCTATTGTCTGAAGTGTTAAAAGCAAGGCCACCTCTATGGAAGATGGT 1832
|||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TGGATGCCTTTTCCTATTATCTGAAGTCTTAAAATCAAGGCCACCTCTATGGAAGATGGT 1862
Query 1833 GGTCCAGAGGGAATCAGTTGAGGAAGAAGAAGATGTAGAACATTTTGAGGATGTGATAGA 1892
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GGTCCAGAGGGAATCAGTTGAGGAAGAAGAAGATATAGAACATTTTGAGGATGTGATAGA 1922
Query 1893 GGGAGATGATATTGATCCCAATAAGAAAGCAGAGAATGACGAGAATGATGTTGAAGTTGA 1952
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1923 GGGAGATGATGTTGATCCCAATAAGAAAGCAGAGAATGACGAGAATGTTGTTGAAGTTGA 1982
Query 1953 TCATGATGGTGGCGAAAAGACAAGTAGAGATGGTGATTCTTCTTCAGATGACGAAGAGGC 2012
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCATGATGGTGTCGAAAAGTCAAGTAGAGATGGTGATTCTTCTTCAGATGACGAAGAGGC 2042
Query 2013 TTTGGCAGTCAGGCAATCTGATGAAGAAGATGATTATGCTTCTGATGATTCTGAAGAGCT 2072
||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TTTGGCAATCAGGCTATCTGATGAAGAAGATGATAATGCTTCTGATGATTCTGAAGAGCT 2102
Query 2073 AATTAGAAACGAAACTCCCCAGCTTCAAGAAACCATGGAGGTCTCTAATGATATGGAAAA 2132
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2103 AATTAGAAACGAAACTCCCCAGCTTGAAGAAGTCATGGAGGTTTCTAATGATATGGAAAA 2162
Query 2133 AAGAAGCCAACCGCCTGTGAAATCGAGTTCTCTTCCTGGAGGATATGATCCTCGTCATAG 2192
||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 AAGAAGCCAACCGCCAATGAGACCGAGTTCTCTTCCTGGAGGATATGATCCTCGTCATAG 2222
Query 2193 AGAACCTTCTTACTGTAACGCAGACCGTGCAAGTTGGTGGGAGTTGGTGGTTCTTTCAAA 2252
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2223 AGAACCTTCTTACTGTAACGCAGACCGTGCAAGTTGGTGGGAATTGGGGGTTCTTTCAAA 2282
Query 2253 ACATGCTCACCCCTCGGTTGCTACAATGGCGGGAACCCTTCTCTCAGGAACAAATATTGT 2312
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 ACATGCTCACCCCTCGGTTGCTACAATGGCTGGAACCCTTCTCTCAGGAACAAATATTGT 2342
Query 2313 TTACAACGGAAACCCGCTGAACGATTTATCTCTAACTGCTTTCTTGGATAAATTCATGGA 2372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TTACAACGGAAACCCGCTGAACGATTTATCTCTAACTGCTTTCTTGGATAAATTCATGGA 2402
Query 2373 GAAGAAACCAAAGCAAAACACTTGGCATGGTGGTTCCCAGATCGAACCTTCCAAGAAGCT 2432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2403 GAAGAAACCAAAGCAAAACACTTGGCATGGTGGTTCCCAGATTGAACCTTCCAAGAAGCT 2462
Query 2433 TGACATGTCAAACCGTGTGATTGGAGCTGAGATTCTCTCATTAGCAGAAGGAGACGTGGC 2492
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2463 TGACATGTCAAACCGTGTGATTGGAGCTGAAATTCTCTCATTAGCAGAAGGAGATGTGGC 2522
Query 2493 TCCTGAAGATCTAGTCTTCCACAAGTTCTATGTGAACAAGATGAACAGTACGAAGCAGTC 2552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2523 TCCTGAAGATCTAGTCTTCCACAAGTTCTATGTGAACAAGATGACCAGTACGAAGCAGTC 2582
Query 2553 aaagaaaaagaagaagaagaagaagctacctgaagaagaagctgctgaagaaCTTTACGA 2612
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 AAAG--AAA-AAGAAGAAGAAGAAGCTACCTGAAGAAGAAGCTGCTGAAGAACTTTACGA 2639
Query 2613 TGTGAATGATGGTGATGGTGGAGAAAACTACGGTAGTGATGTTGAATTCGAGGGTGGTGA 2672
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2640 TGTGAATGATGGAGATGGTGGAGAAAACTACGATAGTGATGTTGAATTCGAGGCTGGTGA 2699
Query 2673 TGAGAGTGACAATGAGGAGATTGAGAATATGCTGGATGATGTTGATGATAATGCTGTGGA 2732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 TGAGAGTGACAATGAGGAGATTGAGAATATGCTGGATGATGTTGATGATAATGCTGTGGA 2759
Query 2733 AGAAGAGGGCGGTGAATATGACTATGATGATCTAGATGGAGTAGCCGGCGAGGATGATGA 2792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 AGAAGAGGGCGGTGAATATGACTATGATGATCTAGATGGAGTAGCCGGCGAGGATGATGA 2819
Query 2793 AGAGCTCGTGGCTGATGTGAGCGATGCAGAGATGGACACAGACATGGACATGGACCtgat 2852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 AGAGCTCGTGGCTGATGTGAGCGATGCAGAGATGGACACAGACATGGACATGGACCTGAT 2879
Query 2853 tgatgaggaagatg-t-------t-gatgatggtgata--g-tg--g-tggtgatgatga 2897
|||||| ||||||| | | ||||||| || || | || | ||||||||||||
Sbjct 2880 TGATGATGAAGATGATAACAACGTTGATGATGATGGTACTGGTGATGGTGGTGATGATGA 2939
Query 2898 tagtgatggtgatgatggtcgtggtaagaagaaaaagaaagagaaaagaaaaCGGAAATC 2957
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 TAGTGATGGTGATGATGGTCGTAGTAAGAAGAAAAAGAAAGAGAAAAGAAAACGGAAATC 2999
Query 2958 TCCATTTGCGAGTCTTGAAGAGTACGAGCATTTGATAGACCAAGACGAGAAGGATAATTC 3017
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3000 TCCATTTGCGAGTCTTGAAGAGTACAAGCATTTGATAGACCAAGACGAGAAAGAGGATTC 3059
Query 3018 GAAGTCTAAAAGAAAAGCAACATCAGAGCCCACAAAGAAGAAGaaaaaaaaGAAGACCAA 3077
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 3060 GAAGACTAAAAGAAAAGCAACATCAGAGCCCACAAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGTCTAA 3119
Query 3078 AGCATCAGAGTAA 3090
|||||||||||||
Sbjct 3120 AGCATCAGAGTAA 3132
Score = 1387 bits (751), Expect = 0.0
Identities = 799/823 (97%), Gaps = 0/823 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 831 GTTATTACCTGATCGCAAGCTGAAGACACTTTTACAGCGACCCTTAAACAGGATTCCGGA 890
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 792 GTTATTACCTGATCGCAAGCTGAAGTCACTTTTACAGCGACCTTTAAACATCATTCCGGA 851
Query 891 AAATAAGGATGGTTACTCGCTTTTGCTGTTTTGGTACTGGGAGGATTGCTTGAAACAGAG 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 AAATAAGGATGGTTACTCGCTTTTGCTGTTTTGGTACTGGGAGGATTGCTTGAAACAGAG 911
Query 951 GTATGAGCGCTTCGTCACAGCCCTTGATGAATCATCTAAAGATATGCTTCCAGAGCTTAA 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 912 GTATGAGCGCTTCGTCACAGCCCTTGATGAATCATCTAAAGATATGCTTCCAGAGCTGAA 971
Query 1011 AGACAAGGCTTTAAAGACAATATATTTCATGTTGACAAGCAAATCAGAACAAGAGCGGAA 1070
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 GGACAAGGCTTTAAAGACAATATATTTCATGTTGACAAGCAAATCAGAACAAGAGCGGAA 1031
Query 1071 ATTGCTAGTGTCATTGGTGAACAAGCTGGGGGATCCTCAAAACAAGAGTGCATCTAATGC 1130
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 ATTGCTAGTGTCATTGGTGAACAAGTTGGGGGATCCTCAAAACAAGAGTGCATCTAATGC 1091
Query 1131 TGATTATCACCTGACAAATCTTTTGGCGGATCATCCTAACATGAAGGCTGTGGTTATAGA 1190
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 TGATTATCATCTGACAAATCTTTTGGCTGATCATCCTAACATGAAGGCTGTGGTTATAGA 1151
Query 1191 TGAAGTTGACTCCTTTCTCTTCCGACCCCATCTTGGGTTACGTGCAAAATATCATGCTGT 1250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1152 TGAAGTTGACTCCTTTCTCTTCCGACCCCATCTTGGGTTACGAGCAAAGTATCATGCTGT 1211
Query 1251 TAACTTTTTGAGTCAGATCCGATTGAGCCACAAAGGAGAGGATCCAAAGGTGGCAAAACG 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 TAACTTTTTGAGTCAGATCCGATTGAGCCACAAAGGAGAGGATCCAAAGGTGGCAAAACG 1271
Query 1311 TCTAATTGATGTATATTTTGCCCTATTTAAGGTTTTAACTACAGAAGCAAATAGGAAACA 1370
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TCTAATTGATGTATATTTTGCCCTGTTTAAGGTTTTAACTACAGAAGCAAATAGGAAACA 1331
Query 1371 AGGCGCAGATGACAAAGGAGCCGCGGAGAAGAAAAAGTCCAACCCAAAGGACACAAAACA 1430
||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1332 AGGTGCAGATGACAAAGGAGCCGCTGATAAGAAAAAATCCAACCCAAAGGACACAAAGCA 1391
Query 1431 AGAAGTGGCAACTGATTCACCTATTGAGTTGGATTCAAGAATTCTATCAGCTCTACTGAC 1490
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 AGAAGTGTCAACTGATTCACCTATTGAGTTGGATTCAAGAATTCTATCAGCTCTACTGAC 1451
Query 1491 GGGAGTTAACAGAGCTTTTCCATATGTTTCCACTGACGAGGCTGATGATATAATTGAATC 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GGGAGTTAACAGAGCTTTTCCATATGTTTCCACTGACGAGGCTGATGATATAATTGAATC 1511
Query 1551 CCAGACGCCGGTGCTGTTCAAACTGGTACACTCGGCGAATTTCAATGTGGGAGTTCAATC 1610
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1512 CCAGACGCCAGTGCTTTTCAAACTGGTACATTCGGCGAATTTCAATGTAGGAGTCCAATC 1571
Query 1611 ACTGATGCTTCTTGACAAGATCTCATCTAAGAATAAGATTGTT 1653
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1572 ACTGATGCTTCTTGACAAGATCTCATCCAAGAATAAGATTGTT 1614
Score = 1253 bits (678), Expect = 0.0
Identities = 757/795 (95%), Gaps = 6/795 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAAAGTTAAAGCCTTTGAGTAAATCATCGCAGGACTTGAGTCTTCTCACATCTGAT 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCAAAGATAAAGCCTTTGAGTAAATCATCGCAGGACTTGAGTCTTCTCACATCTGAT 60
Query 61 ATCGCATCATTCGCTTCTTCTATCGGCTTAGCTTCAT-CTCTTCCTTCTTCTGGTTTCAA 119
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 ATCGCATCATTCGCTTCTTCTATTGGCTTAGCTTC-TGCTCTTCCTTCTTCGGGTTTCAA 119
Query 120 CGATACTGATTTCCGAAAACCTGCTAAATCCCAAACCCAGAAACGGAAAAAACCTAAGAA 179
||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 120 CGACACTGATTTCCGAAAACCAGCTAAATCCAAAACCCAGAAACGGAAAAAGCCTAAGAA 179
Query 180 GGAGCAGAAACACAAGAATGAAGTTAAAGAAGGAGAGCCAAAATCGAACATTGGGAATGA 239
||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGATCAGCAACACAAGGATGAAGATGAAGAAGGAGAGCCAAAATCGAACATTGGGAATGA 239
Query 240 AGAGGGAAACGCTTTTGGAGCGAGTAAGCAAGACAAAGATGCCCCTGTGAAGCAAACGAT 299
| ||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||| |
Sbjct 240 AAAGGGAAAAGATTTTGGAGCGAGGAAGCAAAACAAAGATGCACCGGTGAAGCAAACGTT 299
Query 300 ACAACCGAAGCCAAAGCCTGGATTTTTATCGATTGATGATGAGAGTACTGGGAT-TAAGG 358
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 300 ACAACCGAAGCCAAAGCCTGGATTCTTATCGATTGATGATGAGAGTACTGGG-TACAAGA 358
Query 359 CAAAACGTTTCGATGAATTCAAGAGTTTGCCTAAGTTACCATTGGTGAAAGCGAGTTTAT 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AAAAACGTTTCGATGAATTCAAGAGTTTGCCTAAGTTACCATTGGTGAAAGCGAGTTTAT 418
Query 419 TGAGCTCGGAATGGTACAATGATGCAGCGGAGCTTGAGGAGAAGGTGTTTGGTGGCAGGA 478
||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 419 TGAGCTCTGAATGGTACAACGATGCAGCTGAGTTTGAGGAGAAGGTGTTTGGTGGCCGGA 478
Query 479 AAGTGGCGGTGGCGAATAAGGAGGATTTTAAGGGTGTGGTGGAGAAGAAGAGAGAATTAG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AAGTGGCGGTGGCGAATAAGGAGGATTTTAAGGGTGTGGTGGAGAAGAAGAGAGAATTAG 538
Query 539 GAGAGAGATTGATGTGGCAATACGCAGAGGACTTTGTAACTTCGAAAGG-AAAGAGTGGT 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
Sbjct 539 GAGAGAGATTGATGTGGCAATACGCAGAGGACTTTGCAACTTCGAAAGGAAAAG-GTGGA 597
Query 598 GATATGAAGATGGTGATTTCTGCTCAAAAGTCTGGGACAGTAGCTGATAAAATCACTGCC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 598 GATATGAAGATGGTGATTTCTGCTCAAAAGTCTGGGACAGTTGCTGATAAAATCACTGCC 657
Query 658 TTTGAGATTATGGTTGGAGAGAATCCCATTGCAAATATGAGATCTCTTGATGCCTTATTG 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TTTGAGATTATGGTTGGAGAGAATCCCATTGCAAATATGAGATCTCTTGATGCCTTATTG 717
Query 718 GGAATGGTGACCTCAAAGGTTGGAAAAAGATTTGCATTTAAGGGTCTTAAGGCTCTATCA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGAATGGTGACCTCAAAGGTTGGAAAAAGATTTGCATTTAAGGGTCTTAAGGCTCTATCA 777
Query 778 GAAATTTTGATCAGG 792
|||||||||||||||
Sbjct 778 GAAATTTTGATCAGG 792
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153661346409
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5