BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg317389
Length=1644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G05240.1 | Symbols: MEF19 | mitochondrial editing factor 19... 1467 0.0
> AT3G05240.1 | Symbols: MEF19 | mitochondrial editing factor
19 | chr3:1493684-1495381 REVERSE LENGTH=1698
Length=1698
Score = 1467 bits (794), Expect = 0.0
Identities = 924/988 (94%), Gaps = 4/988 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 659 GCTTTGATCCATACTGTCAATCAAAATTTGAATTTAATGTGATCTTGGCTACAAGTCTCA 718
||||||||||||| | ||| || ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 713 GCTTTGATCCATATTTTCAGTCCAAAGTTGGATTCAATGTGATTTTGGCTACAAGTCTCA 772
Query 719 TTGATATGTATGCAAAATGTGGAGA-CATGAGAACTGCAAGGTATCTGTTCGATGGAATG 777
||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 773 TTGATATGTATGCTAAATGTGGAGATC-TGAGAACTGCGAGGTATCTGTTCGATGGAATG 831
Query 778 CCTGAGAGAAACTTGGTTTCTTGGAACTCTATCATCACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 837
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CCTGAGAGAACCTTGGTTTCTTGGAACTCCATCATTACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 891
Query 838 GCAGAGGAAGCAATGTGTATGTTTTCGGACATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 897
|||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GCAGAGGAAGCACTGTGTATGTTTTTGGATATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 951
Query 898 GTAACtttttttAGTGTGATTAGAGCTTCGATGATTCAAGGATGTTCACAGTTGGGGCAA 957
||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 952 GTAACCTTTTTGAGTGTTATCAGAGCTTCCATGATCCAAGGATGTTCACAATTGGGACAA 1011
Query 958 ACGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 TCGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1071
Query 1018 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTAATGCTGAGAGCGCGAAGAAAAT-GTTTGAAGA 1076
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 1072 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTGATGCTGAGAGCGCAAA-AAAAGCGTTTGAAGA 1130
Query 1077 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1190
Query 1137 CCATGGGAATAAAGCATTGAGTATATTTCAGAGAATGCAAGAGGAAGGTAATGCTACACC 1196
||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1191 CCACGGGAATGAAGCATTGAGTATATTCCAGAGGATGCAAGAGAAAGGTAATGCTACACC 1250
Query 1197 AGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCATGCAGCCACATAGGTTTGGTCGAGGA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||
Sbjct 1251 TGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCGTGTAGCCACATAGGTTTAGTTGAGGA 1310
Query 1257 AGGACAAAGATACTTTGCAGAAATGAGAGACCTTTACGGCTTAGAGCCAACGGTTGAACA 1316
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1311 AGGACAGAGATACTTTGCAGAAATGAGAGATCTTCACGGCTTAGAACCAACAGTTGAACA 1370
Query 1317 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1430
Query 1377 GGTAAAGACTATGCCAGTACAACCCACTGCTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1436
||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GGTAAAGACTATGCCGGTAAAACCCAATGTTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1490
Query 1437 TGAGATACATGAAAATCTCGATCTCGCTGATCGGATAAGATCCATGGTTTCTGAATCAGA 1496
||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1491 TGATATACATGAAAATCTCGAGCTCACTGATCGGATAAGATCCATGGTTGCTGAGCCAGA 1550
Query 1497 AGAACTCGGTAGTGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATTTACGCCAAAGCTGGCCGGTG 1556
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1551 AGAACTTGGTAGCGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATATACGCCAAAGCTGGCCGATG 1610
Query 1557 GGCCGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAACTTTTAGC 1616
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1611 GGCTGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAAGTTTTAGG 1670
Query 1617 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1644
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1698
Score = 1046 bits (566), Expect = 0.0
Identities = 628/659 (95%), Gaps = 0/659 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCAATGGTGGAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCATTGGTGGAA 63
Query 61 CTGAATCAACTCCATGGCCTGATGATCAAATCTTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 120
||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 CTGAATCAACTCCATGGTTTAATGATCAAATCCTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 123
Query 121 AGCCGACTAATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 180
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 AGCCGACTCATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 183
Query 181 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGCGTGTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 240
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGTGTTTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 243
Query 241 TACTCAAATAGTCCAAACCCAGACAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTACGAAAA 300
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 244 TACTCAAACAGTCCAAATCCAGATAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTTCGAAAA 303
Query 301 GGTTATTCTCCGGATTACTTCACTTTTCCTTATGTGCTCAAGGCTTGTTCTGGTTTAAGG 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 304 GGTTATTCTCCGGATTATTTCACTTTTCCTTATGTTCTTAAGGCTTGTTCTGGGTTAAGG 363
Query 361 GATATTCAATTTGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 420
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 GATATTCAATTCGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 423
Query 421 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTGGGGT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 424 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTATGGT 483
Query 481 TTGAGGGTTTTTGAGGATATTCCAAAGTTGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATCTCT 540
||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 484 TTGAGAGTTTTTGAGGATATTCCTCAGTGGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATTTCT 543
Query 541 GGGTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGATGCTATTGAAGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 600
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 544 GGTTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGACGCTATTGAGGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 603
Query 601 ATTGGTGTGAAGCCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTCTGGTTGCTTGTGGTAGATG 659
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 604 AATGGTGTGAAGGCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTTTGGTTGCTTGTGGTAGATG 662
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81224481810
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5