BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg317389 Length=1644 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G05240.1 | Symbols: MEF19 | mitochondrial editing factor 19... 1467 0.0 > AT3G05240.1 | Symbols: MEF19 | mitochondrial editing factor 19 | chr3:1493684-1495381 REVERSE LENGTH=1698 Length=1698 Score = 1467 bits (794), Expect = 0.0 Identities = 924/988 (94%), Gaps = 4/988 (0%) Strand=Plus/Plus Query 659 GCTTTGATCCATACTGTCAATCAAAATTTGAATTTAATGTGATCTTGGCTACAAGTCTCA 718 ||||||||||||| | ||| || ||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 713 GCTTTGATCCATATTTTCAGTCCAAAGTTGGATTCAATGTGATTTTGGCTACAAGTCTCA 772 Query 719 TTGATATGTATGCAAAATGTGGAGA-CATGAGAACTGCAAGGTATCTGTTCGATGGAATG 777 ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 773 TTGATATGTATGCTAAATGTGGAGATC-TGAGAACTGCGAGGTATCTGTTCGATGGAATG 831 Query 778 CCTGAGAGAAACTTGGTTTCTTGGAACTCTATCATCACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 837 |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 832 CCTGAGAGAACCTTGGTTTCTTGGAACTCCATCATTACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 891 Query 838 GCAGAGGAAGCAATGTGTATGTTTTCGGACATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 897 |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 892 GCAGAGGAAGCACTGTGTATGTTTTTGGATATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 951 Query 898 GTAACtttttttAGTGTGATTAGAGCTTCGATGATTCAAGGATGTTCACAGTTGGGGCAA 957 ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 952 GTAACCTTTTTGAGTGTTATCAGAGCTTCCATGATCCAAGGATGTTCACAATTGGGACAA 1011 Query 958 ACGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1017 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1012 TCGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1071 Query 1018 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTAATGCTGAGAGCGCGAAGAAAAT-GTTTGAAGA 1076 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| Sbjct 1072 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTGATGCTGAGAGCGCAAA-AAAAGCGTTTGAAGA 1130 Query 1077 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1131 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1190 Query 1137 CCATGGGAATAAAGCATTGAGTATATTTCAGAGAATGCAAGAGGAAGGTAATGCTACACC 1196 ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1191 CCACGGGAATGAAGCATTGAGTATATTCCAGAGGATGCAAGAGAAAGGTAATGCTACACC 1250 Query 1197 AGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCATGCAGCCACATAGGTTTGGTCGAGGA 1256 |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| Sbjct 1251 TGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCGTGTAGCCACATAGGTTTAGTTGAGGA 1310 Query 1257 AGGACAAAGATACTTTGCAGAAATGAGAGACCTTTACGGCTTAGAGCCAACGGTTGAACA 1316 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1311 AGGACAGAGATACTTTGCAGAAATGAGAGATCTTCACGGCTTAGAACCAACAGTTGAACA 1370 Query 1317 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1371 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1430 Query 1377 GGTAAAGACTATGCCAGTACAACCCACTGCTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1436 ||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1431 GGTAAAGACTATGCCGGTAAAACCCAATGTTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1490 Query 1437 TGAGATACATGAAAATCTCGATCTCGCTGATCGGATAAGATCCATGGTTTCTGAATCAGA 1496 ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1491 TGATATACATGAAAATCTCGAGCTCACTGATCGGATAAGATCCATGGTTGCTGAGCCAGA 1550 Query 1497 AGAACTCGGTAGTGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATTTACGCCAAAGCTGGCCGGTG 1556 |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 1551 AGAACTTGGTAGCGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATATACGCCAAAGCTGGCCGATG 1610 Query 1557 GGCCGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAACTTTTAGC 1616 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1611 GGCTGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAAGTTTTAGG 1670 Query 1617 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1644 |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1671 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1698 Score = 1046 bits (566), Expect = 0.0 Identities = 628/659 (95%), Gaps = 0/659 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCAATGGTGGAG 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 4 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCATTGGTGGAA 63 Query 61 CTGAATCAACTCCATGGCCTGATGATCAAATCTTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 120 ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 64 CTGAATCAACTCCATGGTTTAATGATCAAATCCTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 123 Query 121 AGCCGACTAATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 180 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 124 AGCCGACTCATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 183 Query 181 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGCGTGTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 240 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 184 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGTGTTTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 243 Query 241 TACTCAAATAGTCCAAACCCAGACAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTACGAAAA 300 |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 244 TACTCAAACAGTCCAAATCCAGATAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTTCGAAAA 303 Query 301 GGTTATTCTCCGGATTACTTCACTTTTCCTTATGTGCTCAAGGCTTGTTCTGGTTTAAGG 360 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| Sbjct 304 GGTTATTCTCCGGATTATTTCACTTTTCCTTATGTTCTTAAGGCTTGTTCTGGGTTAAGG 363 Query 361 GATATTCAATTTGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 420 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 364 GATATTCAATTCGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 423 Query 421 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTGGGGT 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 424 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTATGGT 483 Query 481 TTGAGGGTTTTTGAGGATATTCCAAAGTTGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATCTCT 540 ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 484 TTGAGAGTTTTTGAGGATATTCCTCAGTGGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATTTCT 543 Query 541 GGGTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGATGCTATTGAAGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 600 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 544 GGTTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGACGCTATTGAGGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 603 Query 601 ATTGGTGTGAAGCCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTCTGGTTGCTTGTGGTAGATG 659 | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 604 AATGGTGTGAAGGCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTTTGGTTGCTTGTGGTAGATG 662 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 81224481810 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5