BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg317700
Length=3033
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G08960.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr3... 5059 0.0
> AT3G08960.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr3:2729819-2736884
REVERSE LENGTH=3591
Length=3591
Score = 5059 bits (2739), Expect = 0.0
Identities = 2940/3038 (97%), Gaps = 10/3038 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTTGTCGGCTTCCGATTTGCCGGCGATGTACACGCTATTAGCAAATTCAATGAGC 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 123 ATGGCGTTATCGGCTTCCGATTTGCCGGCGATGTACACGCTATTAGCTAATTCAATGAGC 182
Query 61 GGTGACGAGACTGTTCGGCGGCCGGCGGAGGCGGCTCTGTCTCAGTCGGAGAGTAGACCT 120
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 183 GGTGACGAGACCGTTCGGCGGCCGGCGGAGGCGGCTCTATCTCTGTCGGAGAGTAGACCT 242
Query 121 GGTTTCTGTTCTTGCCTTATGGAAGTAATTGCATCCAAGGATTTGGTGTCCCATGTGGAC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GGTTTCTGTTCTTGCCTTATGGAAGTAATTGCATCCAAGGATTTGGTGTCCCATGTGGAC 302
Query 181 GTTAGATTGATGGCCTCAGTGTATTTCAAGAACAGTATCAACCGTCATTGGAAGAACAGA 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 303 GTTAGATTAATGGCCTCAGTGTATTTCAAGAACAGTATCAACCGTCATTGGAAGAGCAGA 362
Query 241 CGAAATTCATGGAGTATGAGCAACGAGGAAAAGAGTCATCTGAGGCAGAAATTGTTGTCT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 AGAAATTCATGGAGTATGAGCAACGAGGAAAAGAGTCATCTGAGGCAGAAATTGTTGTCT 422
Query 301 CACTTGAGAGAAGAGAACTACCAGATAGCGGAAATGTTGGCTGTTCTCATATCAAAGATA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 423 CACTTGAGAGAAGAGAACTACCAGATAGCGGAAATGTTGGCTGTTCTCATATCGAAGATA 482
Query 361 GCCCGTTTTGATTATCCTAGAGAATGGCCTGACCTCTTTTCGGTACTAGCACAACAGCTT 420
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 483 GCCCGTTTTGATTATCCTAGGGAATGGCCTGATCTCTTTTCGGTACTAGCGCAACAGCTT 542
Query 421 CACTCGGCTGATGTTCTTGCTTCTCACAGAATCTTTCTGATTCTTTTTCGAACCTTAAAG 480
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 CACTCAGCTGACGTTCTGGCTTCTCACAGAATCTTTCTGATTCTTTTTCGAACCTTAAAG 602
Query 481 GAATTATCCACCAAACGCCTCGCTGCGGATCAG-AGAACCTTCGCTGAGATCTCGTCGCA 539
||||| || || ||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 GAATTGTCTACTAAACGTCTCACTGCGGATCAGAAG-ACCTTCGCTGAGATCTCGTCGCA 661
Query 540 ATTCTTCGACTTTAGTTGGCACCTTTGGCAAACTGATGTCCAAACAATTCTACATGGCTT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ATTCTTCGACTTTAGTTGGCACCTTTGGCAAACTGATGTCCAAACAATTCTACATGGCTT 721
Query 600 TTCAACAATGGCTCAGAGCTATGGTTCAAATAGTGCCGAGCAGCATCACGATGAGCTTTT 659
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TTCAACAATGGTTCAGAGCTATGGTTCAAATAGTGCCGAGCAGCATCACGATGAGCTTTT 781
Query 660 TCTGACTTGTGAGAGGTGGTTTTTATGTTTGAAAATAGTGCGCCAACTGATAATTTCAGG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TCTGACTTGTGAGAGGTGGTTTTTATGTTTGAAAATAGTGCGCCAACTGATAATTTCAGG 841
Query 720 ATTTCAAAGCGATGCCAAAT-TTATACAGGAGATACAGCCAGTGAAAGAAGTCTCTCCTG 778
||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ATTTCTAAGCGATGCC-AATAATATACAGGAGATACAACCAGTGAAAGAAGTCTCTCCTG 900
Query 779 CGCTCTTGAACGCCGTTCAATCCTTTCTTCCATATTATTCATCTTTTCAGAATCGAGATC 838
|||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 901 CGCTCTTGAATGCGGCTCAATCCTTTCTTCCATATTATTCATCTTTTCAAAATCGAGATC 960
Query 839 CTAAATTCTGGGAGTTTGTAAAGAAGGCATGTGTCAAGCTGATGAAAGTGTTAGGCGCTA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 961 CTAAATTCTGGGAGTTTGTAAAGAAGGCATGTGTCAAGCTGATGAAGGTGTTAGGTGCTA 1020
Query 899 TTCAAAGCAGACATCCTTTTTCGTTTGGAGATAAATGTGTTCTTCCAGTTGTAGTGGATT 958
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTCAAAGCAGGCATCCATTTTCGTTTGGAGATAAATGTGCTCTTCCAGTTGTAGTGGATT 1080
Query 959 TCTGCTTAAACAAGATAACAGACCCTGAACAGTCATTGTTGCCGTTTGAAGAATTTTTTA 1018
||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1081 TCTGCTTAAACAAGATAACGGACCCCGAACAGGCATTGTTGCCATTTGAAGATTTTTTTA 1140
Query 1019 TTCAGTGTATGGTGATGGTGAAATCTGTGCTTGAATGTAAAGAATATAAGCCAAGTCTAA 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1141 TTCAGTGTATGGTGATGGTGAAATCTGTGCTTGAATGTAAAGAATATAAGCCAAGTCGAA 1200
Query 1079 CTGGTCGTGTGATGGATGACAATGGAGTTACATTTGAGCAGAGGAAGAAGAATGCTTCCA 1138
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTGGTCGTGTGATGGATGACAACGGAGATACATTTGAGCAGAGGAAGAAGAATGCTTCCA 1260
Query 1139 ACGCAGTTGGTGGTATTGTGTCTTCACTTTTACCCAATGAAAGGATAGTTCTTTTGTGCA 1198
|| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1261 ACACAGTTGGTGGCATTGTGTCGTCACTTTTACCCAATGAAAGGATAGTTCTTCTCTGCA 1320
Query 1199 ACATACTAGTGAGAAGGTATTTTGTTCTAACACCAAGTGACCTAGAGGAGTGGTACCAGA 1258
|| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ACGTACTAGTGAGACGGTATTTTGTACTAACAGCAAGTGACCTAGAGGAGTGGTACCAGA 1380
Query 1259 ACCCTGAGTCCTTTCATCATGAGCAGGACATGATTCAGTGGACAGAGAAATTGAGGCCTT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACCCTGAGTCCTTTCATCATGAGCAGGACATGATTCAGTGGACAGAGAAATTGAGGCCTT 1440
Query 1319 GTGCTGAAGCTCTATATATGGTTTTGTTTGAGAACTACAGCCAACTGCTAGGACCCATTG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1441 GTGCTGAAGCTCTATATATGGTTTTGTTTGAGAACTACAGCCAACTGCTAGGACCTATTG 1500
Query 1379 TTGTGTCCATCCTTCAAGAAGCAATGAATAATTGTCCCCCTTCTGTTACTGAAATAACTC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTGTGTCCATCCTTCAAGAAGCAATGAATAATTGTCCCCCTTCTGTTACTGAAATAACTC 1560
Query 1439 CTGCACTGCTTCTTAAAGATGCGGCATATGCTGCTACTGCATATGTCTACTATGAGCTCT 1498
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTGCACTGCTTCTTAAAGATGCGGCATACGCTGCTACTGCATATGTCTACTATGAGCTCT 1620
Query 1499 CGAATTATCTTAATTTTAGAGATTGGTTTAATGGTGCTCTATCCCTTGAACTCTCAAATG 1558
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CGAATTATCTTAATTTCAGAGATTGGTTTAATGGTGCTCTATCCCTTGAACTCTCAAATG 1680
Query 1559 ACCATCCAAATAGGCGTATCATCCACCGAAAAGTTGCTATGATATTGGGACATTGGGTTT 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACCATCCAAATAGGCGTATCATCCACCGAAAAGTTGCTATGATATTGGGACATTGGGTTT 1740
Query 1619 CAGAGATTAAGGATGACACAAAAAGGGCAGTTTATTGTTCTTTGATCAAATTGTTGCAAG 1678
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CGGAGATTAAGGATGACACAAAAAGAGCAGTTTATTGTGCTTTGATCAAATTGTTGCAAG 1800
Query 1679 ACAATGACCTCGCTGTCAAGCTGGCAGCTAGTAGGTCATTATGCTTACATGTCGAGGATG 1738
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ACAATGACCTCGCTGTAAAGCTGGCAGCTAGTAGGTCATTATGCTTACATGTCGAGGATG 1860
Query 1739 CGAATTTTTCGGAGCAAAGTTTTCTTGATCTTCTTCCAATCTGTTGGGAATCATGTTTCA 1798
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1861 CAAATTTTTCGGAGCAAAGTTTTCTTGATCTTCTTCCAATCTGTTGGGATTCATGTTTCA 1920
Query 1799 AAATGGTCGAGGAAGTTCGAGAGTTTGATTCGAAGGTTCAAGTTTTGAACTTGATTTCTA 1858
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||
Sbjct 1921 AAATGGTCGAGGTAGTTCAAGAGTTTGATTCGAAGGTTCAAATTCTGAATTTGATTTCTA 1980
Query 1859 CTCTTATTGGCCATGTTAGCGAAGTCATTCCGTACGCACAAAAGTTGGTGCAATTCTTCC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CTCTTATTGGCCATGTTAGCGAAGTCATTCCGTACGCACAAAAGTTGGTGCAATTCTTCC 2040
Query 1919 AAG-CGGTTTGGGAGGAATCTTCTGGTGAAAGCCTTCTACAGATTCAGCTTCTTGTTGCA 1977
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2041 -AGAAGGTTTGGGAGGAATCTTCTGGTGAAAGCCTTCTGCAGATCCAGCTTCTTGTCGCA 2099
Query 1978 CTGCGGAATTTTGTGATTGCACTTGGTTATCAGTCTCCCATTTGCTATAGCATACTGCTC 2037
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTGCGAAATTTTGTGATTGCACTTGGTTATCAGTCTCCCATTTGCTATAGCATACTGCTC 2159
Query 2038 CCAATACTCCAAAAGGGCATTGACATAAATAGCCCTGATTCACTCAACCTTCTGGAGGAT 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CCAATACTCCAAAAGGGCATTGACATAAATAGCCCTGATTCACTCAACCTTCTGGAGGAT 2219
Query 2098 AGCATGGCATTATGGGAAACCACACTTTCCTATGCTCCTATGATGGTGCCCCAGCTATTA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGCATGGCATTATGGGAAACCACACTTTCCTATGCTCCTATGATGGTGCCCCAGCTATTA 2279
Query 2158 GCAT-GCTTTCCCTATATGGTGGAGATCGTTGAAAGAAGTTTTGATCATTTACAGGTTGC 2216
|||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GCATTG-TTTCCCTATATGGTGGAGATCATTGAAAGAAGTTTTGATCATTTACAGGTTGC 2338
Query 2217 TGTCAGTATCATGGAATCGTATATCATTTTGGATGGAGGAGAATTTCTAAATATGCATGC 2276
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TGTCAGTATCATGGATTCGTATATCATTTTGGATGGAGGAGAATTTCTAAATATGCATGC 2398
Query 2277 TTCAAGTGTTGCAAAAATTCTTGATCTTATCGTTGGAAATGTAAATGATAAGGGGTTACT 2336
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2399 TTCAAGTGTCGCAAAAATTCTTGATCTTATCGTTGGAAATGTAAATGATAAGGGTTTACT 2458
Query 2337 CTCGATTCTTCCAGTGATTGACATCTTGGTTCAGTGTTTTCCTGTGGAAGTGCCCCCTCT 2396
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CTCGATTCTTCCAGTGATTGACATCTTAGTTCAGTGTTTTCCTGTGGAAGTGCCCCCTCT 2518
Query 2397 CATCAGCAGCTGTTTGCAGAAACTGGTGATTATTAGCTTAAGTGGAGGAGATGACCGTGA 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2519 CATCAGCAGCTGTTTGCAGAAACTGGTGATTATTTGCTTGAGTGGTGGAGATGACCGTGA 2578
Query 2457 TCCATCCAAGACTGCAGTTAAAGCGTCTTCAGCAGCTATCCTTGCAAGGATTCTGGTGAT 2516
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TCCATCCAAGACTGCAGTTAAAGTGTCTTCAGCAGCTATCCTTGCAAGGATTCTGGTGAT 2638
Query 2517 GAACACCACTTACCTGGCCCAGTTAACATCTGATTCATCTCTTTCAGTGTTACTCCAACA 2576
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GAACACCACTTACCTGGCCCAGCTAACATCTGATTCATCTCTTTCAGTGTTACTCCAACA 2698
Query 2577 GGCAGGGGTCCCAGTCGAAGACAACATACTCCTTTGCCTCATTGACATTTGGCTCGACAA 2636
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2699 GGCAGGTGTCCCAGTCGAAGACAATATACTCCTTTGCCTCATCGACATTTGGCTCGACAA 2758
Query 2637 GGTGGACCATGCGTCTCCCATGCaaaaaaaGACATTTG-CTTTGGCTCTTTCCATAATAC 2695
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2759 GGTGGACCATGCGTCTCCCATGCAACAAAAGACATTTGGCTT-GGCTCTTTCCATAATAC 2817
Query 2696 TTACACTGAGAATGCCTCAAGTTCTTGACAAGCTTGATCAAATACTAAGTACATGCACCA 2755
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TTACACTTAGAATGCCCCAAGTTCTTGACAAGCTTGATCTAATACTAAGTACATGCACCA 2877
Query 2756 GTGTGATCCTTGGTGAAAACAAAGATTTAACAGAAGAAGAATCAAGCGGTGACATGAGTT 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GTGTGATCCTTGGTGAAAACAAAGATTTAACAGAAGAAGAATCAAGCGGTGACATGAGTT 2937
Query 2816 CAAGCAGGTCTCAAGGAGAAGAAACCCCGCCAAGCAAAGAGTTACGGAAAAGTCAGATCA 2875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2938 CAAGCAGGTCTCAAGGAGAAGAAACCCCGCCAAGCAAAGAGTTACGGAAAAGTCAGATAA 2997
Query 2876 AAGTTTCCGACCCAATTTACCAGATGTCACTAGAGAACTCAACGCGTGAGAACCTTCAGA 2935
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 AAGTTTCCGACCCAATCTACCAGATGTCACTAGAGAACTCAACGCGTGAGAACCTTCAGA 3057
Query 2936 CATGTTCTACACTTCATGGAGATGCCTTTAATTCTGCCATTAGTAGGATGCACCCATCGG 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 CATGTTCTACACTTCATGGAGATGCCTTTAATTCTGCCATTAGTAGGATGCACCCATCGG 3117
Query 2996 CGCTTGCACAAGTGAAGCAAGCCTTAAAGCTGCCGTGA 3033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 CGCTTGCACAAGTGAAGCAAGCCTTAAAGCTGCCGTGA 3155
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150801830658
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5