BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg317768
Length=2346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G09660.1 | Symbols: MCM8 | minichromosome maintenance 8 | ch... 3856 0.0
> AT3G09660.1 | Symbols: MCM8 | minichromosome maintenance 8 |
chr3:2961233-2966166 REVERSE LENGTH=2415
Length=2415
Score = 3856 bits (2088), Expect = 0.0
Identities = 2243/2320 (97%), Gaps = 2/2320 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 GGTGGAAGCATGACATCGGGTCGCCGTGAATTAACCGGAATTGATTCTTTCGGCATCGGG 87
|||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 16 GGTGGAAGCATGGCATCGGGTCGCCCTGAATCAACAGGAATTGATTCTCTCGGCATCGGG 75
Query 88 AAAGTATTAGCTGTATATTTTAAGGACAACGAGAACTTGGCCATTGATGAGGATAAGTTG 147
||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 76 AAAATATTAGCTGTATACATCAAGGACAACGAGAATTTGGCCATCGACGAGGATAAGTTG 135
Query 148 CTGCTCACGGCGGAGCTTATCCGCGTATTCTCCACCTCACCTGGTAGAGACCTAGTTTCT 207
| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 136 CAGCTCACGGCGGAGCTCATCCGCGTATTCTCCGCATCACCTGGTAGAGACATAGTTTCT 195
Query 208 CAGGTGAATGACGAAGGTGGTGGTTCCTTCTCTTTGTCGCTTGATCTCCAACAATTCAAG 267
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 196 CAGGTGAATGAAGACGGTGGTGGTTCCTTCTCTTTGTCTCTTGATCTCCAACAATTCAAG 255
Query 268 AAAATATCCGATATCGAGAACTTTTTCATAAATCTCGAGGATAATCCCAAAGGAGTTATC 327
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 256 AAAATATCTGATATCGAGAACTTTTTCATAAATCTAGAGGATAATCCTAAAGGAGTTATC 315
Query 328 CCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGCTTCTTTTAGGTCAATGGGAGACTAATGAGTTT 387
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 CCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTT 375
Query 388 GAGAATGGCATGAAGATCAGTGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTG 447
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 GAGAATGTTATGAAGATCAATGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTG 435
Query 448 AAAAACCTCAGAGCGGCTTATATTGGAAAGCTTGTAACAGTTCATGGCACTGTTGTTAAA 507
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 436 AAAAACCTGAGAGCAGCTTATATTGGAAAGCTTGTAACCGTTCATGGGACTGTTGTTAAA 495
Query 508 GTTAGTACTGTGAAGCCCCTTGTCACACAGATGGCTTTTGACTGTGGAAAGTGCAAAACT 567
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 GTTAGTACTGTGAAACCCCTTGTCACACAGATGGCTTTTGACTGTGGAAAGTGCAAAACT 555
Query 568 AGCATAACCCGGGAATTTTCTGATGGAAAGTTTTCACCTCCACTAAAATGTGACGCCCAT 627
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 556 GGCATAACCCGGGAATTTACTGATGGAAAGTTTTCTCCTCCACTAAAATGTGATTCCCAT 615
Query 628 GGATGCAAGTCCAAAACGTTTACTCCAATCCGGTCCTCTGCTCAGACAATTGACTTTCAG 687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 616 GGATGCAAGTCCAAAACGTTTACTCCAATCCGGTCCTCTGCTCAGACAATTGATTTTCAG 675
Query 688 AAAATCAGGGTACAGGAGTTGCAAAAGCCTGAAGACCACGAAGAAGGACGGGTACCCCGA 747
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 676 AAAATCAGGGTACAGGAATTGCAAAAGCCTGAAGACCACGAAGAAGGACGGGTACCCAGA 735
Query 748 ACTGTAGAATGTGAGCTGATGGAAGACCTTGTGGACACATGTATCCCTGGTGATGTGGTG 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 ACTGTAGAATGTGAGCTGATGGAAGACCTTGTGGACATATGTATCCCTGGTGATGTGGTG 795
Query 808 ACAGTTACAGGGATTATAGGAGTAATTAATAATTACATGGATATTGGGGGAGGGAAATCG 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 796 ACAGTTACAGGGATTATAGGAGTAATTAATAATTACATGGACATTGGGGGAGGGAAATCG 855
Query 868 AAGACCAAGAATCAAGGATTTTACTTTTTGTTTATCGAGGCAGTTTCAGTGAAAAACACC 927
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 AAGACCAAGAATCAAGGATTTTACTATTTGTTTATAGAGGCAGTTTCAGTGAAAAACACC 915
Query 928 AAGCGACAATCTGCATTTGAGAACTCAGAAGACTCTAGTAGCAGTGCCCAGTCTGCAGAT 987
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 916 AAGCGGCAGTCTGCATTTGAGAACTCAGAAGACTCTAGTAGCAGTGCCCAGACTGCAGAT 975
Query 988 GTTGGTGACTTATATTCATTCTCACAGAGAGACTTGGAATTTATTGTGAAGTTCAAAGAA 1047
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 GTTGGTGACTTATATTCATTCTCTCAGAGAGACTTGGAATTTATTGTGAAGTTCAAAGAA 1035
Query 1048 GAATATGGTTCTGATACATTCCGTCGCATACTTCATTCAGTCTGCCCGTCTATTTATGGC 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GAATATGGTTCTGATACATTCCGTCGCATACTTCATTCAGTCTGCCCGTCTATTTATGGC 1095
Query 1108 CATGAAATTGTCAAAGCTGGGATAACACTATCTCTTTTTGGAGGTGTAAGGAAGCACTCC 1167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 CATGAAATTGTCAAAGCTGGGATAACACTATCTCTTTTTGGAGGTGTAAGGAAGCACTCG 1155
Query 1168 ATGGATCGGAACAAAGTTCCAGTCAGAGGAGACATTCATGTCATTATTGTTGGTGACCCT 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 ATGGATCGGAACAAAGTTCCAGTCAGAGGAGACATTCATGTCATTATTGTTGGTGACCCA 1215
Query 1228 GGATTGGGCAAAAGTCAGCTCTTGCAAGCAGCAGCTGCCATTTCCCCGCGTGGCATTTAT 1287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1216 GGATTGGGCAAAAGTCAGCTCTTGCAAGCAGCAGCTGCCATTTCCCCTCGTGGCATTTAT 1275
Query 1288 GTATGTGGTAATGCGACGACTAAAGCAGGGCTCACCGTTGCTGTAGTGAAAGATTCCATG 1347
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 GTATGTGGTAATGCGACGACTAGAGCAGGGCTCACCGTTGCTGTAGTGAAAGATTCCATG 1335
Query 1348 ACAAATGACTATGCGTTTGAGGCTGGTGCCATGGTACTCGCAGATGGTGGGTTGTGCTGT 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1336 ACAAATGACTATGCGTTTGAGGCTGGTGCCATGGTACTCGCAGATGGCGGGTTGTGCTGT 1395
Query 1408 ATTGATGAGTTTGATAAAATGACCACCGAGCATCAGGCGTTGCTAGAAGCAATGGAACAA 1467
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 ATTGATGAGTTCGATAAAATGACCACCGAGCATCAGGCGTTGCTAGAAGCAATGGAACAA 1455
Query 1468 CAATGTGTCTCTGTTGCAAAGGCTGGGCTTGTAGCTAGTCTATCAGCTCGAACTTCTGTT 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 CAATGTGTCTCTGTTGCAAAGGCTGGGCTTGTAGCTAGTCTATCAGCTCGAACTTCTGTT 1515
Query 1528 ATAGCAGCAGCAAATCCTGTTGGTGGCCACTACAACCGTGCCAAAACTGTAAACGAAAAC 1587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1516 ATAGCAGCAGCAAATCCTGTTGGTGGCCACTACAACCGTGCAAAAACTGTAAATGAGAAC 1575
Query 1588 TTAAAAATGAGTGCTGCCCTTCTCTCACGGTTTGATTTAGTTTTCATATTACTTGACAAA 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 TTAAAAATGAGTGCTGCCCTTCTCTCACGGTTTGATTTAGTTTTCATATTACTTGACAAA 1635
Query 1648 CCTGATGAGCTACTCGACAAGCAAGTCTCAGAACATATTATGTCGCATCACAGAATGCTG 1707
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 CCTGATGAGCTACTCGACAAGCAAGTCTCAGAGCATATTATGTCGCATCACAGAATGCTG 1695
Query 1708 GATATGCAAACATGCATGCAAAAGGGAATTCTCTACTTTCAAGACTGCAGTTGGACTCTA 1767
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1696 GGTATGCAAACATGCATGCAGAAGGGAATTCTCTACTTTCAAGACTGCGGTTGGACTCTG 1755
Query 1768 AGAAAGATGACGACTTTTCTCCAGTTCCTGGCCAATTGCTTAGGAAATATATTTCTTATG 1827
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1756 AGAAAGATGACGACTTTTCTCCGGTTCCTGGCCAATTGCTTAGGAAATATATTTCCTATG 1815
Query 1828 CACGGACTTTTGATGTCAAAGGAAGCTGGAGAGATCATACAGAAGTTTTACTTGAAGCTG 1887
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 CACGGAATTTTGATGTCAAAGGATGCTGGAGAGATCATACAGAAGTTTTACTTGAAGCTG 1875
Query 1888 AGAGACCATAACACATCTGCTGATTCCACACCAATAACAGCAAGACAACTGGAAAGTTTG 1947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 AGAGACCATAACACATCTGCTGATTCCACACCAATAACAGCAAGACAACTGGAAAGTTTG 1935
Query 1948 GTTAGGCTTGCGCAAGCTAGAGCTCGGGTTGATTTAAGGGAAGAAATAACAGTCCAAGAC 2007
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 GTTAGGCTTGCTCAAGCTAGAGCTCGGGTTGATTTAAGGGAAGAAATAACAGTCCAAGAC 1995
Query 2008 GCCATGGATGTGGTTGAAATAATGAAAGAATCGTTGTATGATAAGCTTATAGATGAACAT 2067
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 GCTATGGATGTGGTTGAAATAATGAAAGAATCGTTGTATGATAAGCTTATAGATGAACAT 2055
Query 2068 GG-GATTGTGGATTTTGGTCGGAGTGGAGGAATGAGTCAACAAAAGGAGGCCAAACGTTT 2126
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2056 GGTG-TTGTGGATTTTGGTCGGAGTGGAGGAATGAGTCAACAAAAGGAGGCCAAACGCTT 2114
Query 2127 CTTAAGTGCTCTTGATAAGCAATCAGAGCTGCAGCAGAAAGATTGTTTTTCTGTTTCTGA 2186
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2115 CTTAAGTGCTCTTGATAAGCAATCAGAGCTGCAGCAGAAAGATTGTTTCTCTGTTTCTGA 2174
Query 2187 GATGTATAGTTTAGCTGATAGAATCGGCCTACGAGTTCCAGACATCGATACTTTCCTAGA 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2175 GATGTATAGTTTAGCTGATAGAATCGGCCTACGAGTTCCAGACATTGATACTTTCCTAGA 2234
Query 2247 GAATCTGAATATTGCCGGATATTTACTCAAGAAGGGACCAAAGACTTACCAGGTCCTCTC 2306
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2235 GAACCTGAATATTGCCGGATATTTACTCAAGAAGGGACCAAAGACTTACCAGGTCCTTTC 2294
Query 2307 CTCATCTTATTCCCGGAGTCAGTCATCCAGGTCAAGATGA 2346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTCATCTTATTCCCGGAGTCAGTCATCCAGGTCAAGATGA 2334
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116465264400
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5