BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg318028
Length=3573
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G12590.1 | Symbols: | unknown protein; INVOLVED IN: biologi... 5675 0.0
> AT3G12590.1 | Symbols: | unknown protein; INVOLVED IN: biological_process
unknown; LOCATED IN: chloroplast; Has 50 Blast
hits to 41 proteins in 15 species: Archae - 0; Bacteria - 0;
Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes
- 5 (source: NCBI BLink). | chr3:3995722-4003657 REVERSE
LENGTH=4306
Length=4306
Score = 5675 bits (3073), Expect = 0.0
Identities = 3268/3364 (97%), Gaps = 6/3364 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 72 TAGCCCCGGTCAAAGCCCCGGAAGCTCCCGGTTGCTGCAGCTGGGCGCTGCCGGCTCTGC 131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 15 TAGCCCCGGTCAAAGCCCCGGAAGCTCCCGGTTGCTGCAGCTAGGCGCTGCCGGCTCTGC 74
Query 132 CTCTCGCCTTAGATCTTCTTCCTCCAAGAAGCCGCCTGAGCCACTACGTCGAGCCGTGGC 191
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 75 CTCGCGTCTTAGATCTTCTTCCTCCAAGAAGCCGCCTGAGCCACTTCGTCGAGCCGTTGC 134
Query 192 GGACTGCCTCTCATCGTCTCCTCCCCCGGTTAATTCGCACCATGGCTCGATCCCTTCCAT 251
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 135 GGACTGCCTCTCATCCTCTCCTCCTCCGGTTAATTCGCACCATGGCGCGATCCCTTCCAT 194
Query 252 GGCTCCGTCGGAAGCTCTCAGGAATCTCCGGGATTATCTATCAGCCTCCGCCACGACTGA 311
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 195 GGCTCCCTCTGAAGCTCTCAGGAATCTCCGGGATTATCTATCAGCCTCTGCCACGACTGA 254
Query 312 CCTGGCCTACAACATGCTGTTAGAGCATACTATAGCAGAGAGAGATCGCAGCCCAGCTGT 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 CCTGGCCTACAACATGCTGTTAGAGCATACTATAGCAGAGAGAGATCGCAGCCCAGCTGT 314
Query 372 GGTTACGAGGTGTGTGGCACTACTGAAACGGTATCTCTTAAGATATAAGCCTGGCGAGGA 431
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 GGTTACGAGGTGTGTGGCTCTACTGAAACGGTATATCTTAAGATATAAGCCTGGCGAGGA 374
Query 432 GACACTACTGCAGGTCGATAAATTTTGCGTGAACCTGATTGCTGAGTGCGATGCTAGCTT 491
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 GACACTTCTGCAGGTCGATAAATTTTGCGTGAACCTGATTGCTGAGTGCGATGCTAGCTT 434
Query 492 GAAGCAAAAAACATTGCCTGTTTTATCAGCATCAGCGGGTGCTTCTCCTTTACCAGTGTC 551
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 GAAGCAAAAATCATTGCCTGTTTTATCAGCACCAGCGGGTGCTTCTCCTTTACCAGTGTC 494
Query 552 CAGTTTTGCTTCTGCAGCTCTGGTGAAGTCATTGCATTATGTGCGTTCCCTTGTGGCTTT 611
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 CAGTTTTGCTTCTGCAGCTCTGGTGAAATCATTGCATTATGTGCGTTCCCTTGTGGCTTT 554
Query 612 ACATGTCCCAAGGCGATCCTTCCAACCTGCAGCATTTGCAGGAGCTACTCTTGCGTCAAG 671
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 ACATATCCCAAGGCGATCCTTTCAACCTGCAGCATTTGCAGGAGCTACTCTTGCGTCAAG 614
Query 672 ACAGTTATTGCCATCTCTATCTTCTTTGTTGAGCAAATCATTCAATTCCCAATTAAGTCC 731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 615 ACAGTTATTGCCATCTCTATCTTCTTTGTTGAGCAAATCATTCAATTCTCAATTAAGTCC 674
Query 732 TGCAAATGCCGCAGAATCTCCACAGAAAAAGGATGCTGCAAATCTGTCTGTTTCAAACTT 791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 AGCAAATGCCGCAGAATCTCCACAGAAAAAGGATGCTGCAAATCTGTCTGTTTCAAACTT 734
Query 792 GTCAAATATACAAGAAATTAATGCTATGGAAGACACTGAATACATATCGTCAGACTTGCT 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 GTCAAATATACAAGAAATTAATGCTATGGAAGACACTGAATACATATCGTCAGACTTGCT 794
Query 852 GAATTGGCGTTGGGTTGGGGAGCTCCAGTTATCATCAGCTTCTTCTGAAAGCGAACGCCC 911
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 GAATTGGCGTTGGGTTGGGGAGCTACAGTTATCATCAGCTTCTTCTGAAAGCGAACGCCC 854
Query 912 TGTTAATCTCCAAGACATGAACAATTGTAATCTTCTGGAAGTTGGTGCTGCCGGCCTGCT 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 855 TGTTAATCTCCAAGACATGAACAATTGTAATCTTCTGGAAGTTGGTGCTGCTGGCCTGCT 914
Query 972 TGTTGGAGATATGGAAGCTAAAATGAAGGGTCAGCACTGGAAATATTTTGGTACCACAGA 1031
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 915 TGTAGGAGATATGGAAGCCAAAATGAAGGGTCAGCACTGGAAATATTTTGGTACCGCAGA 974
Query 1032 GATGCCTTATTTAGAACAACTGCTGCAGCCAGCTTCAGTCACGATGATAACAAACTCTGC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 975 GATGCCTTATTTAGAACAACTGCTGCAGCCAGCTTCAGTCACGATGATAACAAACTCAGC 1034
Query 1092 CTCAGCTCGCTCCCACTTGAGAGCAATAACAGCTTCCAAACGCACCAGAGCTGGCCCTCA 1151
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1035 CTCAGCTCGCTCCCACTTGAGAGCAATTACAGCTTCCAAACGCACCAGGGCTGGCCCTCA 1094
Query 1152 GCAGATCTGGGATGATTCCACTGTAAACACATTTCGTCCACGTGCCAGACCGCTTTTTCA 1211
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 GCAGATCTGGGATGATTCCACTGTAAATACATTTCGTCCACGTGCCAGACCGCTTTTTCA 1154
Query 1212 GTACCGTCATTACAGTGAACAACAACCACTGCGCCTAAACCCTGCCGAGGTAGGTGAGGT 1271
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1155 GTATCGTCATTACAGTGAACAACAACCACTGCGCCTAAACCCTGCCGAGGTAGGTGAAGT 1214
Query 1272 GATCGCTGCTGTTTGTTCTGAGGCATCATCAACCCCTTCAAATCAAATGACTGTATCACC 1331
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 GATCGCTGCTGTTTGTTCTGAGGCATCATCCACCCCTTCAAATCAAATGACTGTATCACC 1274
Query 1332 CCAATTAACGAGCAAGACTGGAAAGCCGTCGATGGATGTGGCTGTGAGCGTCCTAATTAA 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CCAATTAACGAGCAAGACTGGAAAGCCGTCGATGGATGTGGCTGTGAGCGTCCTAATTAA 1334
Query 1392 GCTTGTTATCGACATGTATGTATTGGACGCTAGAATTGCTGCTCCTCTTACTCTATCCAT 1451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1335 GCTTGTTATCGACATGTATGTATTGGACGCTAGAATTGCTGCTCCTCTTACTTTATCCAT 1394
Query 1452 GCTTGAGGAAATGCTATGCTCCACAAAAGCAGGTTGTAGGATTCGTGTATTTGATTTAAT 1511
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 GCTCGAGGAAATGCTATGCTCCACAAAAGCACCTTGTAGGATTCGTGTATTTGATTTAAT 1454
Query 1512 TCTTAATTTAGGAGTTCATGCACAATTGTTAGAGCCAATGATAAGTGATAATGCGACAAC 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1455 TCTTAATTTAGGAGTTCATGCACAATTGTTAGAGCCAATGATAAGTGATAATGCGACTAC 1514
Query 1572 CATTGAAGAAGAATATGCCCAAGAAACATATATCGACAATGAAAATAGGCTTCTGCTACA 1631
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 CATTGAAGAAGATTATGCCCAAGAAACATATATCGACAATGAAAATAGGCTTCTGCTACA 1574
Query 1632 AGGGACAAGAACGAAAGACTTGCCGAAGATGTCAAGCACTTCTTCGGCTATTGAGAACTT 1691
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 AGGGACAAGAACAAAAGACTTGCCTAAGATGTCAAGCACTTCTTCGGCTATTGAGAACTT 1634
Query 1692 TGAGTCTTGGATATTGAAAATCTTATTTGAAATACTTCTTCTCCTAGTTCAGGTTGAGGA 1751
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 TGAGTCTTGGATATTAAAAATCTTATTTGAAATACTTCTTCTCCTAGTTCAGGTTGAGGA 1694
Query 1752 AAAGGAAGAATGTGTTTGGGCCTCTGCCCTCAGCTGCTTGCTCTATTTTATCTGTGATAG 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 AAAGGAAGAATGTGTTTGGGCCTCTGCCCTCAGCTGCTTGCTCTATTTTATCTGTGATAG 1754
Query 1812 AGGCAAAATACGGAGAAACCAGCTAAATGGTCTTGACATAAGGGTTATTAAAGCTCTTCT 1871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1755 AGGCAAAATACGGAGAAACCAGCTAAATGGTCTTGACATAAGGGTTATAAAAGCTCTTCT 1814
Query 1872 GGGAACTAGCAAAAGGAATTCTTGGTCAGAAGTTGTTCACTCCAAGCTTATTTGTATCAT 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 GGGAACTAGCAAAAGGAATTCTTGGTCAGAAGTTGTTCATTCCAAGCTTATTTGTATCAT 1874
Query 1932 GACGAATATGTTTTATCGATCTCCAGAACCAGAGGGCTCTACCAAAGCAATTTCAAGTGC 1991
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1875 GACGAATATGTTTTATCAATCTCCAGAACCAGAAGGCTCTAACAAAGCAATTTCAAGTGC 1934
Query 1992 CTCAAATTTTCTTATCGACCAGGTCGATCTGATTGGTGGTGTTGAATACATTTTCTTTGA 2051
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1935 CTCAAATTTTCTTATCGACCAGGTCGATCTGATTGGTGGTGTAGAATACATTTTCTTTGA 1994
Query 2052 GTACTCTTTGGCAACCACTAGAGAGGAAAGAAGAAATCTCTACTCGGTTTTATTTGACTA 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 GTACTCTTTGGCAACCACTAGAGAGGAAAGAAGAAATCTCTACTCGGTTTTATTTGACTA 2054
Query 2112 TGTCCTGCATCAAATTAATGAGGCATGCTCAGCTGCTGGTCTTTCTGAGTACACTGATGA 2171
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 TGTGCTGCATCAAATTAATGAGGCATGCTCATCTGCTGGTCTTTCTGAGTACACTGATGA 2114
Query 2172 TGAGATTCAACCTTTGGCTGTTCGGCTTGCTCTTGCGGATGCACCTGAAGCTTTCTACAT 2231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 TGAGATTCAACCTTTGGCTGTTCGGCTTGCTCTTGCTGATGCACCTGAAGCTTTCTACAT 2174
Query 2232 TTCTGTTAAGCTTGGTGTTGAAGGCATAGGGGAAATCCTGCGAAGATCAATTGCTGCAGC 2291
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2175 TTCTGTTAAGCTTGGTGTTGAAGGCATAGGAGAAATCCTGCGAAGATCAATTGCTGCAGC 2234
Query 2292 ATTGTCTGGGTTCAGCAACAGCGAACGACTTAACCAGCTTTTGGCAAATATAACAGAAAA 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 ATTGTCTGGGTTCAGCAACAGCGAACGACTTAACCAGCTTTTGGCAAATATAACAGAAAA 2294
Query 2352 GTTTGACATGATAATAGGTTCGTTTACTCACTTGGACAAAGAGTTCCTGCATCTCAAACA 2411
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GTTTGACACAATAATAGGTTCGTTTACTCACCTGGACAAAGAGTTCCTGCATCTCAAACA 2354
Query 2412 GATAACCAAATCTTCCAAGTACATGGAAAGCATTAGAGATTTAAGAAACGATATAAGCAT 2471
||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 GATTACCAAATCTTCCAAGTTCATGGAAAGCATTTTAGATTTAAGAAACGATATAAGCAT 2414
Query 2472 GTCAGTGAATCTAGCTTGGGCTACTTTGCACTCCCTTCTTCATTCAGAAAGGACCACATA 2531
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 GTCCGTGAATCTAGCTTGGGCTACTTTGCACTCTCTTCTTCATTCAGAAAGGACCACATA 2474
Query 2532 CCGTCAAAATGGATATATCTGGTTGGGGGATCTTCTGATTGCAGAAATTAGTGAAGAGAG 2591
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 CCGTCAAAATGGGTATATCTGGTTGGGGGATCTTCTGATTGCAGAAATTAGTGAAGAGAG 2534
Query 2592 CGGTGGAAGTATATGGCTGAGCATAAAAGATCTGCAACAAAAGATTGCCCATTGTGGTAC 2651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 CGGTGGAAGTATATGGCTGAGCATAAAAGATCTGCAACAAAAGATTGCCCATTGTGGTAC 2594
Query 2652 CTCAGACTCTTTGGTTACTTCTGATGTACCTGTTTCCATACATCTTCTATGTGGACTTTT 2711
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2595 CTCAGACTCTCTGGTTACTTCTGATGTACCTATTTCCATACATCTCCTATGTGGACTCTT 2654
Query 2712 GAAGTCAAGAAACAGTGTTATCAGATGGGGTTTCCTATTCATTCTGGAGAGGCTTCTTAT 2771
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2655 GAAGTCAAGGAACAGTGTTATCAGATGGGGTTTCCTATTTATTCTGGAGAGGCTACTTAT 2714
Query 2772 GCGCTCCAAGTTCTTACTAGATGAGAATGAGACCCAACGATCAACGGGTGGAGTTGCTAC 2831
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2715 GCGCTCCAAGTTCTTACTAGACGAGAATGAGACCCAACGATCAACTGGTGGAGTTGCTAC 2774
Query 2832 TCAGGATCATAAAGACAAACGACTAGAGAAAGCAAATGCTGTCATAGACATAATGAGCAG 2891
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2775 TCAGGACCATAAAGACAAACGACTAGAGAAAGCAAATGCTGTTATAGACATAATGAGCAG 2834
Query 2892 TGCTTTGTCTTTGATGGCACAAATAAATGAAACTGACCGGATTAATATCTTAAAGATGTG 2951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2835 TGCTTTGTCTTTGATGGCACAAATAAATGAAACTGACCGGATTAACATCTTAAAGATGTG 2894
Query 2952 TGACATTCTTTTCTCGCAATTGTGCTTGAAAGTTTTGTCTACTGACGAGGATGCAGTCCC 3011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2895 TGACATTCTTTTCTCGCAATTGTGCTTGAAAGTTTTGTCTACTGACGAGGATGCAGTCCC 2954
Query 3012 CAATTCTGCAGATAGGAA-A-----TTTGATTCTTCTCATCGTAACAGCTATAAAGAAAG 3065
||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2955 CAATTCTGCGGATAGGAATAGCAAATTTGATACTTCTCATCGTAACAGCTATAAAGAAAG 3014
Query 3066 TGTGGATGAAGCTGACACCAGGCCTCGGTACAACAATGTCTCTGTTTCAACGTGCGAGAC 3125
||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3015 TGTGGATGAAGGTGACACCAAGCCTCGGTACAATAACGTCTCTGTTTCAACGTGTGAGAC 3074
Query 3126 AGCATCAATGGCAGCAATGCTTCTTCGTGGACAGGCCATTGTTCCTATGCAGCTGGTTGC 3185
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3075 AGCGTCAATGGCAGCGATGCTTCTTCGTGGACAGGCCATTGTTCCTATGCAGCTGGTTGC 3134
Query 3186 GCGTGTGCCAGCGGCTTTGTTTTACTGGCCATTGATTCAACTAGCAGGTGCAGCAACTGA 3245
|||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3135 GCGTGTGCCAGCAGCTTTGTTTTATTGGCCACTGATTCAACTAGCAGGTGCAGCAACTGA 3194
Query 3246 CAACATTGCACTTGGTGTCGCTGTTGGAAGCAAAGGTAGAGGAAATATTCCAGGTGCAAC 3305
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3195 CAACATTGCACTTGGTGTCGCCGTTGGAAGCAAAGGTAGAGGAAATATTCCAGGGGCAAC 3254
Query 3306 CTCTGATATTCGAGCCACCCTGCTATTACTTCTGATTGGTAAATGCACTGCCGATACAAT 3365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3255 CTCTGATATTCGAGCCACCCTGCTATTACTTCTGATTGGTAAATGCACCGCCGATACAGT 3314
Query 3366 TGCTTTTCAAGAAGTTGGCGGAGAGGAGTTCTTTAGGGAACTCCTGGATGATACTGATTC 3425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3315 TGCTTTTCAAGAAGTTGGCGGAGAGGAGTTCTTTAGGGAACTCCTGGATGATACTGATTC 3374
Query 3426 AAGG 3429
||||
Sbjct 3375 AAGG 3378
Score = 252 bits (136), Expect = 2e-65
Identities = 142/145 (98%), Gaps = 0/145 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3429 GAGGATGATGACGGAGGAACCAGAGAAATACCAAAACATGCTTCAGAAGCTTGTCTTTAA 3488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3411 GAGGATGATGACGGAGGAACCAGAGAAATACCAAAACATGCTTCAGAAGCTTGTCTTTAA 3470
Query 3489 GGCTCAACAGAGCAATAATGAGAAACTGCTGGAGAATCCATATCTGCAGATGTGTGGTAT 3548
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3471 GGCTCAGCAGAGCAATAATGAGAAACTGCTAGAGAATCCATATCTGCAGATGTGTGGTAT 3530
Query 3549 ACTTCAGCTATCAAACGAGCTATGA 3573
||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3531 ACTTCAGCTATCAAACGAGCTCTGA 3555
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177891979878
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5