BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg318289
Length=3405
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G15130.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3162 0.0
AT3G15140.1 | Symbols: | Polynucleotidyl transferase, ribonucl... 1543 0.0
> AT3G15130.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:5097153-5099222 REVERSE LENGTH=2070
Length=2070
Score = 3162 bits (1712), Expect = 0.0
Identities = 1883/1967 (96%), Gaps = 6/1967 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1192 TCTGGATC-GGGTTTGAATTTGATTACGAGCAACTATCTTATCGATATGTACTGTAAATG 1250
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 103 TCTGGATCAGGG-TTGAATTTGATTACGAGCAACTATCTTATCGATATGTATTGTAAATG 161
Query 1251 CAGAGAACAGTTGATAGCTTATAAGGTGTTCGACAGTATGCCTGAGAGAAATGTTGTTTC 1310
|||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 CAGAGAACCGTTGATGGCTTACAAGGTGTTCGACAGTATGCCTGAGAGAAATGTTGTTTC 221
Query 1311 ATGGACGGCTCTAATGAGCGGTCATGTACTTAATGGTGACCTTAACGGG-TCCTTATCTC 1369
|||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||
Sbjct 222 ATGGTCGGCTCTAATGAGTGGACATGTACTTAATGGTGACCTTAA-GGGATCATTGTCTC 280
Query 1370 TTTTCACTGAAATGGGGCGTCAGGGTATTTACCCAAACGAGTTTACTTTCTCGACGAATC 1429
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 281 TTTTCAGTGAAATGGGGCGTCAGGGTATTTACCCAAACGAGTTCACTTTCTCGACGAATC 340
Query 1430 TAAAAGCTTGTGGTTTGCTTAATGCGCTAGAGAAGGGGTTGCAGATTCATGGGTTTTGTT 1489
|||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 TAAAAGCTTGTGGTTTGCTTAACGCGCTTGAAAAGGGGTTGCAGATTCATGGGTTTTGTT 400
Query 1490 TGAAGATTGGTTTTGAAATGATGGTTGAGGTGGGTAATTCTTTGCTTGACATGTATTCAA 1549
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 401 TGAAGATTGGTTTTGAAATGATGGTTGAAGTGGGCAATTCTTTGGTTGACATGTATTCAA 460
Query 1550 AATGTGGAAGAGTCAATGAAGCTGAGAAAGTGTTTCGTTGGATGGTGGGTAGGAGTCTGA 1609
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||
Sbjct 461 AATGTGGGAGAATCAATGAAGCTGAGAAAGTGTTTCGTCGGATTGTGGATAGGAGTTTGA 520
Query 1610 TAAGCTGGAACGCGATGATAGCTGGATATGTACATGCGGGTTATGGTAGTAGAGCTTTGG 1669
|||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 521 TAAGCTGGAATGCGATGATTGCTGGATTTGTACATGCGGGTTATGGTAGTAAAGCTTTGG 580
Query 1670 CTACGTTTGGGATGATGCAAGAGGCAAAGATAAAGGAAAGGCCAGACGAGTTCACTTTGA 1729
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 ATACGTTTGGGATGATGCAAGAGGCAAATATAAAGGAAAGGCCAGACGAGTTCACTTTGA 640
Query 1730 CTAGCTTGTTGAAGGCTTGCAGTAGCACTGGTATGATTTATGCAGGAAAACAGATTCATG 1789
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 641 CTAGCTTGTTGAAGGCTTGCAGTAGTACTGGTATGATTTATGCAGGAAAACAGATACATG 700
Query 1790 GTTTTCTAGTTAGGAGTGGGTTCCATTGTCCAAGTTCCGCAACCATCACTGGTTCTCTTG 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 701 GTTTTCTAGTTAGGAGTGGGTTCCATTGTCCAAGTTCCGCAACCATCACCGGTTCTCTTG 760
Query 1850 TCGATTTGTATGTCAAGTGTGGAAATCTCTTTAGTGCTCGGAAAGCTTTTGATCAAATCA 1909
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 761 TTGATTTGTATGTCAAGTGTGGATATCTCTTTAGTGCTCGGAAAGCTTTTGATCAAATTA 820
Query 1910 AGGAAAAGACAATGATCTCATGGAGTTCATTGATTCTTGGATATGCTCAAGAGGGTGACT 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 821 AGGAAAAGACAATGATCTCATGGAGTTCATTGATTCTTGGATATGCACAAGAGGGTGAAT 880
Query 1970 TCGTGGGGGCGATGGGTTTGTTTAAGCGACTACAGGAGCTAAGCTCTCAGATTGACAGTT 2029
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 881 TCGTGGAGGCGATGGGTTTGTTTAAGCGACTACAGGAGCTAAACTCTCAGATTGACAGTT 940
Query 2030 TTGTTCTTTCTAGCATCATTGGAGTCTTTGCTGATTTTGCCCTCTTGCAGCAAGGGAAGC 2089
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 941 TTGCTCTTTCTAGCATCATTGGAGTCTTTGCTGATTTTGCCCTCTTGCGGCAAGGGAAGC 1000
Query 2090 AAATGCAAGCACTCGTTGTGAAACTTCCATCTGGGTTAGAAACATCTGTTTCGAATTCAC 2149
||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1001 AAATGCAAGCACTTGCTGTTAAACTTCCGTCTGGGTTAGAAACATCTGTTTTGAATTCAG 1060
Query 2150 TGGTGGACATGTATCTCAAGTGTGGATTAGTTGATGAGGCTGAGAAATG-TTTCGCCGAA 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1061 TGGTGGACATGTATCTCAAGTGTGGATTAGTTGATGAGGCTGAGAAATGCTTT-GCCGAA 1119
Query 2209 ATGCAGTCGAAAGATGTGATCTCCTGGACTGTAATGATCACTGGCTACGGGAAGCACGGG 2268
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1120 ATGCAGTTGAAAGATGTGATCTCCTGGACTGTAGTGATCACTGGTTATGGGAAGCACGGG 1179
Query 2269 CTTGGCAAAAAAGCTGTTAGTATTTTTAACAAAATGTTGAGACATAACATTGAGCCTGAT 2328
|||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180 CTTGGCAAAAAATCTGTTAGAATTTTTTACGAAATGTTGAGACATAACATTGAGCCTGAT 1239
Query 2329 GAGGTATGCTATTTAGCTGTACTTTCTGCTTGTAGCCATTCTGGTATGATCAAAGAAGGT 2388
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 GAGGTATGCTATTTAGCTGTACTCTCAGCTTGTAGCCATTCTGGTATGATCAAAGAAGGT 1299
Query 2389 GAAGAACTTTTTTCAAAGTTACTAGAGACACAGGGAATCAAACCTAGGGTAGAACACTAC 2448
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300 GAAGAACTTTTTTCGAAGTTACTAGAGACACATGGAATCAAACCTAGGGTAGAACACTAT 1359
Query 2449 GCATGTGTAGTTGATCTACTAGGACGAGCTGGTCGTTTGAAGGAAGCTAAACATCTGATT 2508
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 GCATGTGTAGTTGATCTATTAGGAAGAGCTGGTCGTTTGAAGGAAGCTAAACATCTGATT 1419
Query 2509 GACACAATGCCGATTAAACCAAATGTCGGAATATGGCAAACACTTCTTAGCCTCTGTCGA 2568
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 GATACAATGCCGATAAAACCAAATGTCGGAATATGGCAAACACTTCTTAGCCTCTGTCGA 1479
Query 2569 GTACATGGGGACATCGAATTAGGGAAAGAAGTGGGTAAGATTCTTTTGAGGATAGATGGA 2628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
Sbjct 1480 GTACATGGGGACATCGAATTAGGGAAAGAAGTGGGTAAGATTCTTTTAAGGATCGATGCA 1539
Query 2629 AAGAATCCTGCAAATTACGTGATGATGTCCAACCTATATGGGCAAGCCGGTTATTGGAAC 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 AAGAATCCTGCAAATTACGTGATGATGTCCAACCTTTATGGGCAAGCCGGTTATTGGAAC 1599
Query 2689 GAACAAGGGAACGCACGAGAGCTTGGGAGTATAAAAGGGTTGCAGAAAGAAGCTGGTATG 2748
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1600 GAACAAGGGAACGCACGAGAGCTTGGGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGAAGCTGGTATG 1659
Query 2749 AGCTGGGTCGAGATTGAGAGAGAGGTACATTTCTTCCGTAGTGGAGAGGATTCACATCCT 2808
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 AGCTGGGTCGAGATTGAGAGAGAGGTACATTTTTTCCGTAGTGGAGAGGATTCACATCCT 1719
Query 2809 CTGACACTTGTAATCCAAGAAACTTTGAAAGAAGTTGAAAGAAGACTGAGAGAAGAATTG 2868
||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1720 CTGACACCTGTGATCCAAGAAACTTTGAAAGAAGCTGAAAGAAGACTGAGAGAAGAATTG 1779
Query 2869 GGATATGTTTACGGCCTGAAACATGAGCTGCATGATATAGACGATGAGTCAAAGGAGGAG 2928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 GGATATGTTTACGGCCTGAAACATGAGCTGCATGATATAGACGATGAGTCAAAGGAGGAG 1839
Query 2929 AACCTTAGAGCTCACAGTGAAAAGCTAGCAATTGGTCTGGCATTGGCAACAGGCGGGTTA 2988
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 AACCTTAGAGCTCACAGCGAAAAGCTAGCGATTGGTCTGGCATTGGCAACAGGCGGGTTA 1899
Query 2989 AACCAGAAAGGAAAGACAATAAGAGTGTTCAAGAACTTGAGGGTATGCGTAGATTGTCAT 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1900 AACCAGAAAGGAAAGACAATAAGAGTGTTCAAGAACTTGAGAGTATGCGTAGATTGTCAT 1959
Query 3049 GAGTTCATCAAGGGGCTGTCTAAAATCACGAAGATAGCGTACGTTGTGAGAGATGCTGTT 3108
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1960 GAGTTCATCAAGGGGTTGTCTAAAATCACGAAGATAGCGTACGTTGTGAGAGATGCTGTT 2019
Query 3109 CGGTTTCACAGTTTTGAAGATGGTTGTTGTTCCTGTGGAGATTACTG 3155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 CGGTTTCACAGTTTTGAAGATGGTTGTTGTTCCTGTGGAGATTACTG 2066
> AT3G15140.1 | Symbols: | Polynucleotidyl transferase, ribonuclease
H-like superfamily protein | chr3:5099532-5101781 REVERSE
LENGTH=1258
Length=1258
Score = 1543 bits (835), Expect = 0.0
Identities = 957/1014 (94%), Gaps = 15/1014 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCCGCATTCTCTGCATTTAGGGTTTCATTGTCCAGAATCAGTCCTTTCCGTGAT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 ATGGCGTCCGCATTCTCTGCATTTAGGGTTTCGTTGTCCAGAATCAGTCCTTTCCGTGAT 124
Query 61 ACTCGGTTCTCTTATCCCGCCACGTTCGCTTTAGCTCATACCAAACGAATCATGTGCAGc 120
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 125 ACCCGGTTCTCTTATCCCGCCACGTTGGCTTTAGCTCATACCAAACGAATCATGTGCAAC 184
Query 121 tctccacattctgtatcttcatctccttctccctctga--------cat-ttcttcttct 171
||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 185 TCTTCGCATTCTGTATCTCCATCTCCTTCTCCCTCTGACTTTTCTTCTTCTTCTTCTTCT 244
Query 172 tcttcttcttctCCGTCTACTTTTTCGTTAATGGGAGCAAGTGAAAATGCAAGGTGGAGA 231
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TCTTCTTCTTCTCCTTCTACTTTTTCGTTAATGGAAACAAGTGAAAATGCAAGGTGGAGA 304
Query 232 CCGATGTGCTTGTATTACACTCACGGGAAA-TGTACAAAGATGGATGATCCTGCCCATTT 290
|| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 CCCATGTGCTTGTATTACACCCAC-GGAAAGTGTACAAAGATGGATGATCCTGCCCATTT 363
Query 291 GGAAATTTTCAACCATGATTGTTCCAAGGAACTTCCAGTGGCTGCTACTGATCTTGAGAG 350
||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 364 GGAGATTTTTAACCACGATTGTTCAAAGGAACTTCGAGTGGCTGCTGCTGATCTTGAGAG 423
Query 351 AAAGAAGTCACAAGAATTCAACTTTTTCTTGGTTATTGACTTGGAAGGAAAAGTTGAGAT 410
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 AAAGAAGTCACAAGAATTCAATTTTTTCTTGGTTATTGACTTGGAAGGAAAAGTTGAGAT 483
Query 411 TCTTGAGTTTCCTGTTTTGATCGTAGATGCCAAAACCATGGAAGTCGTAGACTTGTTCCA 470
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 484 TCTTGAGTTTCCTATTTTGATCGTAGATGCCAAAACCATGGAAGTCGTAGACTTATTCCA 543
Query 471 CAGGTTTGTAAGACCCACCAAAATGAGCGAGCAAGCAATTAACAAATACATTGAAGGCAA 530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 544 CAGGTTTGTAAGACCCACCAAAATGAGCGAGCAAGCAATTAACAAATACATCGAAGGCAA 603
Query 531 GTATGGGGAAGTCGGTGTTGATCGTGTATGGCATGACACAGCTATTCCATTTAAGCAAGT 590
|||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 GTATGGGGAACTCGGGGTTGATCGTGTGTGGCATGACACAGCTATTCCATTTAAGCAAGT 663
Query 591 TGTTGAGGAATTTGAAGCTTGGTTAGCTGAACATGACTTGT-GGACTAAAGATACAGA-T 648
||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| |
Sbjct 664 TGTTGAGGAGTTTGAAGTTTGGTTAGCTGAGCATGACTTGTGGGA-TAAAGATACAGATT 722
Query 649 GGGGCTCTGAACGATGCAGCTTTTATAACCTGTGGAAACTGGGATATAAAGACGAAGATT 708
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 723 GGGG-TCTGAACGATGCAGCTTTTGTAACCTGTGGAAACTGGGATATAAAGACAAAGATT 781
Query 709 CCTGAGCAATGCATAGTTTCAAATATCAATCTTCCGCCATATTTTACGGAGTGGATCAAT 768
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 782 CCTGAGCAATGCGTAGTTTCAAACATCAATCTTCCGCCATATTTTATGGAGTGGATCAAT 841
Query 769 CTCAAAGACATCTACTTGAATTTCTATGGCCGTGAGGCCAGAGGAATGGTGTCAATGATG 828
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTCAAAGACGTCTACTTGAATTTCTATGGCCGTGAGGCAAGAGGAATGGTGTCAATGATG 901
Query 829 AGGCAGTGTGGAATAAAACTCATGGGAAGTCACCATCTGGGTATTGATGACACAAAGAAC 888
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 902 AGGCAGTGTGGAATAAAACTCATGGGAAGCCACCATCTGGGCATTGATGACACAAAGAAC 961
Query 889 ATCACGAGGGTGGTGCAACGGATGCTCTCAGAAGGTGCAGTTCTCAAGATCACAGCTCGA 948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 962 ATCACGAGGGTGGTGCAACGGATGCTCTCAGAAGGTGCAGTTCTCAAGCTCACAGCTCGA 1021
Query 949 AGGAGCAAATCCAACATGAGAAACGTCGAGTTTCTGTTCAAGAACAGGATTAAG 1002
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1022 AGGAGCAAATCCAATATGAGAAACGTCGAGTTTCTCTTCAAGAACAGGATCAAG 1075
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169463933454
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5