BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg318432 Length=1968 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G16610.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-contai... 3007 0.0 > AT3G16610.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | chr3:5656371-5658335 REVERSE LENGTH=1965 Length=1965 Score = 3007 bits (1628), Expect = 0.0 Identities = 1854/1965 (94%), Gaps = 8/1965 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTTTCTGAGACTTCTTGAATCCTGTATTCGATCAAGGAATCTGATCTTAGGTCAGATC 60 |||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1 ATGTTTCTAAGTCTTCTTGAAACCTGTATTCGCTCAAGGAATCTGGTCTTAGGTCAGGTC 60 Query 61 ATTCATCAGCATCTTCTTAAACGCTCTCTTACGTTGAGTTCCTCTACGGTGCTTGTCAAT 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 61 ATTCATCAGCATCTTCTTAAACGCTCTCTTACGTTAAGTTCCTCTACAGTGCTCGTCAAT 120 Query 121 TTAACGCGTCTCTATGCATCATGCAATGAAGTGGAACTTGCACGCCATGTGTTCGATGAA 180 ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTAACACGTCTTTACGCATCATGCAATGAAGTGGAACTTGCACGCCATGTGTTCGATGAA 180 Query 181 ATTCCTCATCCAAGGATCAATCCTATTGCGTGGGACTTGATGATCAGAGCCTATG-TATC 239 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | || Sbjct 181 ATTCCTCATCCAAGGATCAATCCTATTGCTTGGGATTTGATGATCAGAGCCTATGCT-TC 239 Query 240 TAATGGTTTCGCGGAAAAAGCTTTGGATTTGTACTACAAGATGCTGAATTCTGGTGTTAG 299 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GAATGATTTCGCGGAAAAAGCTTTGGATTTGTACTACAAGATGCTGAATTCTGGTGTTAG 299 Query 300 ACCCACGAAATTTACGTACCCGTTTGTTCTGAAAGCATGTGCTGGTCTTCGAGCAATTGA 359 ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 ACCCACGAAATATACGTACCCGTTTGTTTTGAAAGCATGTGCTGGTCTTCGAGCAATTGA 359 Query 360 AGATGGTAAGCTGATACATAGCCATGTGAAATGTAGCAACTTTGCAGCTGATATGTATGT 419 |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 360 CGATGGTAAGCTGATACATAGTCATGTGAATTGTAGCGACTTTGCAACTGATATGTATGT 419 Query 420 ATGTACTGCTCTGGTTGATTTTTATGCTAAATGTGGGGAGCTCGATATGGCTATAAAGGT 479 ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| Sbjct 420 ATGTACTGCTCTGGTTGATTTCTATGCTAAGTGTGGGGAACTTGAGATGGCTATAAAGGT 479 Query 480 GTTCGACGAAATGCCTAAGAGAGATATTGTCGCTTGGAATGCTATGATTTCTGGGTTTTC 539 ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GTTCGACGAAATGCCTAAGAGAGATATGGTTGCTTGGAATGCTATGATTTCTGGGTTTTC 539 Query 540 TTTACATTGTTGTTTAACTGATGTCATTGGATTGTTTTTGGATATGCGTAGAAGCGATTG 599 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 540 TTTACATTGCTGTTTAACTGATGTCATTGGATTGTTTTTGGATATGCGTAGAATCGATGG 599 Query 600 TCTCAGCCCTAATTTATCCACTATTGTTGGGATGTTTCCTGCACTAGGAAGGGCTGGTGC 659 ||| || |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TCTGAGTCCTAATCTATCCACCATCGTTGGGATGTTTCCTGCACTAGGAAGGGCTGGTGC 659 Query 660 TTTGAGGGAAGGGAAAGCTGTTCATGGGTATTGCACACGAATGGGTTTTAGCAATGATTT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 660 ATTGAGGGAAGGGAAAGCTGTTCATGGGTATTGCACAAGAATGGGTTTTAGCAATGATTT 719 Query 720 AGTTGTTAAGACTGGGATCTTGGATGTATATGCCAAAAGCAAGTGCATTATCTATGCGAG 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 AGTTGTTAAGACTGGGATCTTGGATGTATATGCCAAGAGCAAGTGCATTATCTATGCGAG 779 Query 780 AAGAGTTTTCGATTCAGACTTTAAGAAGAATGAGGTAACCTGGAGTGCTATGATTGGAGG 839 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 AAGAGTTTTCGATTTAGACTTTAAGAAGAATGAGGTAACCTGGAGTGCTATGATTGGAGG 839 Query 840 CTACGTAGAAAACGAAATGATAAAGGAAGCTGGAGAAGTGTTTTTGCAGATGTTGGTTAA 899 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 840 CTACGTAGAAAACGAAATGATAAAGGAAGCTGGAGAAGTGTTTTTTCAGATGTTGGTTAA 899 Query 900 TGCAGA-TATGGCGATGGTGACACCAGTGGCCATTGGGCTTATTCTGATGGGTTGTGCGA 958 || | | | |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 900 TG-ATAATGTGGCAATGGTGACGCCAGTTGCCATTGGGCTTATTCTGATGGGTTGTGCAA 958 Query 959 GGTTTGGAGATCTGAA-TGGAGGGCGATGCGTACATTGTTACGCGATTAAAGCAGGCTTC 1017 ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 959 GGTTTGGAGATCT-AAGTGGAGGGCGATGTGTACATTGTTACGCGGTTAAAGCAGGCTTC 1017 Query 1018 ATCTTAGACTTAACTGTTGGAAACACCGTAATTTCATTCTACGCCAAGTATGGAAGCTTA 1077 |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||| Sbjct 1018 ATCTTAGACTTAACTGTTCAAAACACCATAATTTCATTTTATGCTAAGTATGGAAGCTTA 1077 Query 1078 TGTGATGCTTTTAGGCAGTTTACTGAGATTGGCTTGAAAGACATTGTTTCATATAATTCT 1137 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1078 TGTGATGCTTTTAGGCAGTTTAGTGAGATTGGCTTGAAAGATGTTATTTCATATAATTCT 1137 Query 1138 CTTATCTCTGGGTGTGTGGAGAACTGTCGTGCAGAAGAGAGTTTTCGTCTATTTCATGAG 1197 || ||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 CTCATCACTGGGTGTGTAGTGAACTGTCGCCCAGAAGAGAGTTTTCGTCTATTTCATGAG 1197 Query 1198 ATGA-AATCATCCGGAATTCGGCCCGATATTACAACATTGCTTGGTATCTTAACCGCTTG 1256 |||| || |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1198 ATGAGAA-CATCTGGAATTCGTCCTGATATTACAACATTGCTTGGTGTCTTAACCGCTTG 1256 Query 1257 CTCTAACTTGGCTGCTTTGGGACACGGTTCTAGTTTCCACGGGTATTGTGTTGTTAATGG 1316 |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1257 CTCTCACTTGGCTGCTTTGGGACACGGTTCTAGTTGCCACGGGTATTGTGTTGTTCATGG 1316 Query 1317 TTATGCAGTTAACACAAGCATTTGTAATGCACTGATGGATATGTACACAAAGTGTGGAAA 1376 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 CTATGCAGTTAACACAAGCATTTGTAATGCACTGATGGATATGTACACAAAGTGTGGAAA 1376 Query 1377 ACTTTATGTAGCCAAGAGAGTTTTCGACACAATGCATAAGCGGGATATAGTTTCGTGGAA 1436 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 ACTTGATGTAGCCAAGAGAGTTTTCGACACAATGCATAAGCGGGATATAGTTTCGTGGAA 1436 Query 1437 CACAATGCTGTTTGGATTTGGAATCCATGGGCTTGGCAAAGAAGCTCTTTCTCTGTTCAA 1496 |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1437 CACAATGCTGTTCGGATTCGGAATTCATGGTCTTGGCAAAGAAGCTCTTTCTCTGTTCAA 1496 Query 1497 CAGTATGCAGGACACAGGTGTGCACCCAGACGAGGTGACTCTTCTTGCGATTTTGTCTGC 1556 |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1497 CAGTATGCAGGAAACAGGTGTGAACCCAGACGAGGTGACTCTTCTTGCTATTTTGTCTGC 1556 Query 1557 ATGTAGCCATTCAGGACTTGTAGATGAAGGGAAACAACTGTTCAACTCTATGTCTCGAGG 1616 ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1557 TTGTAGCCATTCAGGACTAGTGGATGAAGGGAAACAACTGTTCAACTCCATGTCTCGAGG 1616 Query 1617 AGATTTCAACGTCATACCAAGATTAGACCATTACAATTGCATGACTGATCTCCTAGCCCG 1676 ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1617 AGATTTCAACGTCATCCCAAGAATAGACCATTACAATTGCATGACTGATCTTCTAGCCCG 1676 Query 1677 TGCCGGATACTTGGATGAAGCTTATGATTTCGTCAACAAGATGCCATTTGAGCCCGATAT 1736 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 TGCCGGATACTTGGATGAAGCTTATGATTTTGTAAACAAGATGCCATTTGAGCCCGATAT 1736 Query 1737 TCGCGTGTTGGGTACACTTCTATCTGCTTGTTGGACGTACAAGAATGTGGAACTTGGGAA 1796 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1737 TCGCGTGTTGGGTACACTTCTCTCTGCTTGTTGGACGTACAAGAATGCGGAACTTGGGAA 1796 Query 1797 TGAAGTGTCGAAAAAGATGCAGAGTCTTGGAGAAACAACAGAAAGCTTAGTTCTTCTATC 1856 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 TGAAGTGTCGAAAAAGATGCAGAGTCTTGGTGAAACAACAGAAAGCTTAGTTCTTCTATC 1856 Query 1857 CAACACCTATTCAGCTGCTGAGAGATGGGAAGATGCAGCAAAAATTAGAATGACACAGAA 1916 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| Sbjct 1857 CAACACCTACTCAGCTGCTGAGAGATGGGAAGATGCAGCTAGAATTAGAATGATACAGAA 1916 Query 1917 GAAGAGCGGGCTTCTCAAGACTCCCGGCTATAGCTGGGTCGATGT 1961 ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1917 GAAAAGAGGGCTTCTCAAGACTCCGGGTTATAGCTGGGTCGATGT 1961 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97489458390 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5