BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg318738
Length=3357
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G19870.1 | Symbols: | unknown protein; Has 84 Blast hits to... 4772 0.0
> AT3G19870.1 | Symbols: | unknown protein; Has 84 Blast hits
to 64 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa
- 31; Fungi - 0; Plants - 24; Viruses - 0; Other Eukaryotes
- 29 (source: NCBI BLink). | chr3:6907395-6911233 FORWARD
LENGTH=3477
Length=3477
Score = 4772 bits (2584), Expect = 0.0
Identities = 2733/2807 (97%), Gaps = 2/2807 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 551 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACTACAATTGTCTACAATG 610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 556 CGGAGAGAACTCACGCCGTGCAAGCTTATCTTCTCTTGTTCACCACAATTGTCTACAATG 615
Query 611 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 TGGTTAATCAGAAGCTTAAGGTTTCACTTCTTAGTACCTCTGTACCTTTGGTGCCTTTTA 675
Query 671 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATCAGAGTTTGATTATGAGTCATGGTCAAGGGTTGGGGC 730
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 676 ATGCTCCTAATTGGATGCGTGATGAGAGTTCGATTATGAGTCAAGGTCAAGGGTTGGGGC 735
Query 731 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTCA 790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 736 CAGATCAGAAGGAACTGAGACGAACATTGGCTTTTATGTTGGAATCTCCGTATTTGTTTA 795
Query 791 CGTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCTTTGGAGT 850
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 796 CTTCTTGTGCTATGATGGAATTTATGGGTATGGTTGTGCCACTTGCATCGGCGTTGGAGT 855
Query 851 TACAGGCCTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 910
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 TACAGGCTTCTATGTTGAAAGTTCAGTTCTTGGGGATGATTTATTCGTTTGATCCAATGC 915
Query 911 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTGTGTATTCTCAGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 970
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 TTTGTCATGTTGTCTTGCTTATGTATTCTCGGTTCCCTGATGCGTTTGAGGGACAAGAGA 975
Query 971 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCCAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1030
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 AAGAGATCATGAGACGTCTTATGCTCTTTTCAAAGGAGACTCAGATCTATCTTGTTTTCC 1035
Query 1031 GCTTGCTTGCGCTACACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCTTATGTTGAGTGGGGAGC 1090
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1036 GTTTGCTTGCGCTGCACTGGTTAATGGGTTTGTTGAATAAGCATATGTTGAGTGGGGAGC 1095
Query 1091 TTGAGAAGAGGAAATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1150
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 TTGAGAAGAGGACATCTGTTCTTGAGATGGGTCAGAAGTTTCATCCTGTCGTTTTTGATC 1155
Query 1151 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATTTGCTGGTACAATGCTCTGTTAGTTCCAATG 1210
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1156 CACTCGCTTTGAAAGCGTTGAAGCTTGATCTGCTGGTACAATGCTCTGTGAGTTCCAACG 1215
Query 1211 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAGTCTGCTGGAGATCTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1270
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 CTTTGAGTGGAGGTGATAACAGTAAATCTGCTGGGGATTTGTTGCAGGACTGCTTGGTAT 1275
Query 1271 CTGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1330
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 CGGTTTCGGATTTCAAATGGTTGCCTCCATGGAGCTCAGAAACTGAACTAGCATTCCGCA 1335
Query 1331 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 CTTTACACAAGTTTCTGATATGTGCATCTACACATTCCGACTCTGACCCTTCCACCACTA 1395
Query 1391 GAAGCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTAGTAGACATGACTT 1450
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1396 GAATCCTTATGGAGTCTAGCCTCTTCCAAAACGTGCAGGGGTTGCTGGTAGACATGACTT 1455
Query 1451 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTAGCTTTTATTGAGCGGTTGATACACTGTC 1510
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1456 TGGAGTTTCAAATCTTGGTCCCTGTTATTGTGGCTTTTATTGAGCGGTTGATTCACTGTC 1515
Query 1511 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGACAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 ACAAGCATCAGTGGTTAGGAGAGCGGTTTCTTCAGATAGTCGATGAGAATCTGCTTCCCA 1575
Query 1571 AACTTAAGAAAAACAATTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGGATAGCCGAGA 1630
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1576 AACTTAAGAAAAAAAACTTATTAACAGCTTACTTCCCGCTTTTCCATCGAATAGCCGAGA 1635
Query 1631 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 ATGATACAATACCTCCTTCTCGATTGATAGAGCTGCTTACGAAGTTTGTAATTTCACTTG 1695
Query 1691 TTGAGAAGCGCGGGTTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1750
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 TTGAGAAGCGCGGACTTGATGTGGGGTTGAAATTGTGGGATCAAGGAACTGAAGTTCTTG 1755
Query 1751 GCATTTGTCGAACACTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTTGGACTCTCTC 1810
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1756 GCATCTGTCGAACATTGATGAGTCACCATAAGAGCTCTAGATTATTTCTCGGACTCTCTC 1815
Query 1811 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 GCCTTCTTTCCCTCACATGTCTCTATTTCCCTGATCTGGAGGTCCGAGACAATGCTAGGA 1875
Query 1871 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCCG 1930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1876 TATATCTGAGGATGCTGGTCTGTATACCAGGACAGAGAATTAAGAACATTTTGAAGCCGG 1935
Query 1931 CAGATGCTGTCTCTCCATCAACCCATTCTTCTACATTCTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1990
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 CAGATGCTGTCACTCCATCAACCCATTCTTCTACATTTTTTAGTGTTCAAAGTCCTCGTT 1995
Query 1991 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TTCGTCATGATCCTAGTAAATCTCGGAACCTTTCATCCTATATTCATCTTGAACGGGTTA 2055
Query 2051 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 CGCCCCTACTCGTGAAACAGTCATGGTCATTGTCTCTACCATCTCTAAGTGTTGGAACTG 2115
Query 2111 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 ATGGATATAGCATTATAGAAAACAAAATCCAGGTAGATGAAGTTGAGCCGGATGGCAGTC 2175
Query 2171 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 AAGAACTTCAGATTTTGCCAGAAGCTCGAAGAATTGAATCAGGAAAACCTACGTTAAGGG 2235
Query 2231 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236 TAATGGACTCAAAGATTGCAGAGATTCTAGAAAGATTAAGAAGATATTTCTCTGTGATTC 2295
Query 2291 CTGATTTCAAACACATGCCTGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2350
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 CTGATTTCAAACACATGCCAGGAATTAAGGTTAGAATAACGTGTACTTTGAGATTGGATG 2355
Query 2351 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAAGTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTTG 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2356 CTGAACCATATAGCAGTATATGGGGAAGTGAAACTCAGAAAATCGATTTAGAGAAAGTCG 2415
Query 2411 ATTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACCGTACTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCGTATGGCT 2470
| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2416 ACTCACCTCCTGCGATTTTCGCGACGGTGCTCAAATTCTCATCTTCAGCCCCTTATGGCT 2475
Query 2471 CTATTCACTCATGCCGCATACCTTTCCTTCTTGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2530
|||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 CTATTCCCTCATGTCGCATACCTTTCCTTCTCGGTGAGCCTCATTGGAACAGCAATGTAC 2535
Query 2531 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATCGTCCTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2590
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 CCAATGAAGAAGTTTCTTTAGACATTGTCGTGGTAGAAAACACACTGAAAGAGGAGGAAA 2595
Query 2591 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2596 AAGATGGCTTGAGAGGAGCACCTGTAACAGTGGAACTGGAACCTAGAGAACCTACACCAG 2655
Query 2651 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGGTGATTCAGGGAAAAC 2710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2656 GTTTGGTCGAGGTTTCAATGGAAGCAAATGCAGAGAATGGTCAGATGATTCAGGGAAAAC 2715
Query 2711 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATCGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACTGGACG 2770
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2716 TCGAGAGTGTCCCTGTGGGGATTGAAGACATGTTCCTAAAAGCTCTTGCTCCACCGGACG 2775
Query 2771 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 AACCTGAAGATACAATACCGAGCTACTACTCAGATCTATTCAATGCTTTGTGGGAAGTGT 2835
Query 2831 GTGGTTCTTCATCCAGCACCGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAACGGCTG 2890
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2836 GTGGTTCTTCGTCCAGCACTGCACACGAAACATTTGCACTAAAAGGTGGCAAAATGGCTG 2895
Query 2891 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2896 CAGCAGTCAGCGGGACTCGGTCAGTAAAACTGCTTGAAGTCCCTGCGGAAACTGTAATAC 2955
Query 2951 AGGCCACTGAGCTTCGCTTAGCGCCCTTTGTTGTGGCTATCAGCGGAGAACAGCTTGTAA 3010
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2956 AGGCCACTGAGCTTCGTTTAGCGCCCTTTGTGGTGGCTATCAGTGGAGAACAGCTTGTAA 3015
Query 3011 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATCATCGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3070
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3016 ACATTGTAAGAGACGGAGGAATTATTGAGAACATTGTGTGGAAGGAAGAGGAAGAAGAAC 3075
Query 3071 AAGGGGATCACGCAAATGCGGACCAGTCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3130
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3076 AAGGGGATCACACAAATGCGGACCAGCCTTCTTCATCCTCGGTGGGATTAAACCGAGGCC 3135
Query 3131 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGGAGCA 3190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3136 CTCTTCGTCTGACATACATTGGATATGGAGATGACCAAGAGGTTCCGATGACGAGAAGTA 3195
Query 3191 GAGGGAAAATGGGAAAGATAAAGATGCTGATGTTTCTTCCTCCGAGATATCATCTGATGT 3250
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||
Sbjct 3196 GGGGGAAAATGGGAACGATAAAGATGCTGATGTTTCTGCCGCCAAGATATCATCTAATGT 3255
Query 3251 TTGAAATGGAAGTTGGTG-AAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3309
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3256 TTGAAATGGAAGTTGG-GCAAGGATCGACATTGGTGCATATAAGAACAGATTATTGGCCT 3314
Query 3310 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGCAATA 3356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3315 TGCTTAGCTTATGTTGATGATTACTTAGAAGCTTTGTTTTTGTAATA 3361
Score = 739 bits (400), Expect = 0.0
Identities = 447/470 (95%), Gaps = 2/470 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCATGATTGGGAC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 87 ATGACCACGACGACGCCGGAGAAGACTCCGGCGAGACCTCTCTCTATCCAAGATTGGGAC 146
Query 61 GTTCTCATCGACGACTTCCGAGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 147 GTTCTCATCGACGACTTCCGCGACGCCGGCGCTCCTCGCGACTGGTTCACTTCCGTTTTC 206
Query 121 CAGATTGATTCTCTGGTAGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAGAAAGACTTTCCTACG 180
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 207 CAGATTGATTCTCTGGTGGACTTCGCTCTCTCGTCTCTCCTCAAAAAAGACTTCCCTACA 266
Query 181 CCGGTGAAGCTCTCAATCCTTGTCTTTCTCGACGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAA 240
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 CCAGTGAAGCTCTCAATCCTAGTCTTTCTCGATGAATTTTCCCCGATTTTGTTTGATAAT 326
Query 241 TGTGGTAACGACACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCGTG-CGATTGTACAATCTCC 299
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||
Sbjct 327 TGTGGTAGCGATACCTTTGATCGCTTCATCGATGTTCTCCG-GACGATCGTGCAATCTCC 385
Query 300 GACTGATGGATCTTCCGGATTTAAAGAGCAAGCTATGGTTTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 359
||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 386 AACTGATGGATCGTCAGGATTGAAAGAGCAAGCTATGGTCTCTTTCACGTCTGTGCTTGT 445
Query 360 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTACTTCTTGCGCT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 446 ATCGATTGATTCTTTCTCTGTAGGTCACGTTGAAGCAGTTGTTGATTTGCTTCTTGCGCT 505
Query 420 CGTTAATCGTCCTAACCACGGCTTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 469
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 CGTTAATCGTCCTAACCACGGATTTGATCGACAAGCTCGTGCTATCGCCT 555
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167055920190
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5