BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg318827
Length=2076
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20780.1 | Symbols: ATTOP6B, BIN3, HYP6, RHL3, TOP6B | topoi... 2215 0.0
> AT3G20780.1 | Symbols: ATTOP6B, BIN3, HYP6, RHL3, TOP6B | topoisomerase
6 subunit B | chr3:7263900-7268572 REVERSE LENGTH=2212
Length=2212
Score = 2215 bits (1199), Expect = 0.0
Identities = 1259/1289 (98%), Gaps = 0/1289 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGGTGATGATTTGGCTGAAACGAAGAAGGGAAGCTCGAAGAACCCTAAGAATAGC 60
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 75 ATGGCGGGTGATGATTTAGTTGAAACGAAGAAGGGAAGCTCGAAGAACTCTAAGGACAGC 134
Query 61 AACGAGAGCAAGCTCAAGCAAAAATCTCCAGCTGAGTTTTTCGCGGAGAACAAGAACATT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 AACGAGAGCAAGCTCAAGCAAAAATCTCCAGCTGAGTTTTTCGCGGAGAACAAGAACATT 194
Query 121 GCTGGATTTGACAATCCAGGGAAGTCACTTTATACTACAGTTAGAGAGCTTGTTGAAAAT 180
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 GCTGGATTTGATAATCCAGGGAAGTCGCTTTATACTACAGTTAGAGAGCTTGTTGAAAAT 254
Query 181 GCTCTTGATTCTGCTGAGTCCATTTCAGAGCTCCCTGAGGTTGAAGTAACAATCGAAGAG 240
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 255 GCTCTTGATTCTGCAGAGTCTATTTCAGAGCTCCCTGAGGTTGAAGTAACTATCGAAGAG 314
Query 241 ATTGTAAAATCTAAGTTTAATTCCATGATTGGTCTAATCGATCGGGAACGTGTTGACACG 300
||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 ATTGTAAAATCTAAGTTCAACTCCATGATTGGTCTTATCGATCGGGAACGTGTTGACACA 374
Query 301 CAGCTGTATGATGACTATGAGACAGAAAAGGCCCGTGAGAAAAGGTTAGCAAAGGAAGCT 360
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 CAGCTGTATGATGATTATGAGACAGAAAAGGCCCGTGGGAAAAGGTTAGCAAAGGAAGCT 434
Query 361 CGTGCCAGTGAGATCCAAGCTAAAAATTTGGCATCGGGAAAGAAAAACAAAGAGCCTGGA 420
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 CGAGCCAGTGAGATACAAGCTAAAAATTTGGCATCGGGAAAGAAAAACAAAGAGCCTGGA 494
Query 421 GTCTCAAAGGTTTTAAAGGCCCGTGGGGAAGCCTCATATTACAAGGTGACATGTAAGGAT 480
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 495 GTATCGAAGGTTTTAAAGGCCCGTGGGGAAGCCTCATATTACAAAGTGACATGTAAGGAT 554
Query 481 AATGGTAAGGGGATGCCTCATGATGACATTCCAAATATGTTTGGGAGAGTTTTATCCGGG 540
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 AATGGTAAGGGGATGCCACATGATGACATTCCAAATATGTTTGGGAGAGTTTTATCCGGG 614
Query 541 ACGAAGTATGGACTGAAGCAAACACGTGGAAAGTTTGGTCTGGGTGCAAAGATGGCCTTA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 ACGAAGTATGGACTGAAGCAAACACGTGGAAAGTTTGGTCTGGGTGCAAAGATGGCCTTA 674
Query 601 ATTTGGTCCAAAATGAGTACAGGTCTCCCCATAGAGATCTCGTCATCTATGAAGAGCCAA 660
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 ATCTGGTCCAAAATGAGTACAGGTCTCCCCATAGAGATCTCGTCATCTATGAAGAGCCAA 734
Query 661 AACTATGTTACTTTCTGCAGACTGGATATTGATATTCACAGGAACATTCCTCATATTCAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 AACTATGTTACTTTCTGCAGACTGGATATTGATATTCACAGGAACATTCCTCATATTCAT 794
Query 721 CTGCACGAAAAGAAGGGCAACAAAGAGAAATGGCATGGGGCTGAAATACAGGTGGTTATC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 CTGCACGAAAAGAAGGGCAACAAAGAGAAATGGCATGGGGCTGAAATACAGGTGGTTATC 854
Query 781 GAAGGAAACTGGACAACATACAGATCAAAGATCTTGCATTATATGCGCCAAATGGCTGTC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 855 GAAGGAAACTGGACAACATACAGATCAAAGATCTTGCACTATATGCGCCAAATGGCTGTC 914
Query 841 ATTACTCCTTATGCGCAGTTTCTGTTTAGATTTATATCAGAGACACCAGAGAAAAATGTC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 ATTACTCCTTATGCGCAGTTTCTGTTTAGATTTATATCAGAGACACCAGAGAAAAATGTC 974
Query 901 ACTATTAAGTTTACTCGAAGAACTGATGTGATGCCTCCTATTCCTATCGAGACAAAGCAC 960
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 ACTATTAAGTTTACTCGAAGAACGGATGTGATGCCCCCTATTCCTATCGAGACAAAGCAC 1034
Query 961 CACCCATCGTCAGTTGACTTGCTGCTTATCAAGCGCCTTATTACAGACACTTCCAAAAAG 1020
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 CATCCATCGTCAGTTGACTTGCTGCTTATCAAGCGCCTTATTACAGACACTTCCAAAAAG 1094
Query 1021 ACCCTTCTGCAGTTTCTTCAAAATGAATTTGTGAATATTAACAAAACCCTTGCAACACGA 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1095 ACCCTTCTGCAGTTTCTTCAAAATGAATTTGTGAATATTAACAAAACCCTTGCAGCACGA 1154
Query 1081 TTAATTGGGGAAATGGGACCTGATTTCGGCCCTAGCATGGCTGTCAAATCTGTGACATCT 1140
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TTAATTGGGGAAATGGGACCTGATTTCGGGCCTAGCATGGCTGTCAAATCTGTGACATCT 1214
Query 1141 CAGCAAATGGTACGCATACATCAGTTATTCCGCCAAGCTAAATTCGACGACCCTAGTGGT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 CAGCAAATGGTACGCATACATCAGTTATTCCGCCAAGCTAAATTCGACGACCCTAGTGGT 1274
Query 1201 GATTGTCTTAGCCCAGCAGGAGAATACAATCTTCGTCTAGGGATTATTAAGGAGCTGCAT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1275 GATTGTCTTAGCCCAGCAGGAGAATACAATCTTCGTCTAGGGATTATTAAGGAGCTACAT 1334
Query 1261 CCAGATATGGTGGCAACGTATTCCGGCAG 1289
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 CCAGATATGGTGGCAACGTATTCCGGCAG 1363
Score = 1216 bits (658), Expect = 0.0
Identities = 705/726 (97%), Gaps = 9/726 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1360 AGTGCTCAGGTCTTCGAAGGTCATCCTTTCATTGTTGAAGCTGGTGTTAGTTTGGGTGGA 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 AGTGCTCAGGTCTTCGAAGGTCATCCTTTCATTGTTGAAGCTGGTGTTAGTTTGGGTGGA 1421
Query 1420 AGAGA--T-------GGGATCAACATATTCCGTTTTGCAAACCGTATTCCTCTCCTTTTT 1470
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AGAGACGTGAAACAGGGGATCAACATATTCCGTTTTGCAAACCGTATTCCTCTCCTTTTT 1481
Query 1471 GAACAAGGAGCTGATGTTGTCACCAGGACTGCCTTAAAAAGAATCAATTGGAATAGTTAT 1530
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 GAACAAGGAGCTGATGTTGTCACCAGGACGGCCTTAAAAAGAATCAATTGGAATAGTTAT 1541
Query 1531 AAGATCAACCAGACGCAAGATAAAATAGGAGTATTTGTGAGCATAGTGAGTACAAAAATT 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 AAGATCAACCAGACGCAAGATAAAATAGGAGTATTTGTGAGCATAGTGAGTACAAAAATT 1601
Query 1591 CCATTCAAAGGGACAGGGAAAGAGTACATAGGAGATGACATCAGTGAGATTGCTACTGCA 1650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1602 CCATTCAAAGGGACAGGGAAAGAGTACATAGGAGATGACATCAGTGAGATAGCTACTGCA 1661
Query 1651 GTCAAGTCTGCAATTCAACAATGCTGCATCCAACTGAAATCCAAAATAGTCAAGAGACTG 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 GTCAAGTCTGCAATTCAACAATGCTGCATCCAACTGAAATCCAAAATAGTCAAGAGACTG 1721
Query 1711 CAAGCCCGTGAACAACAAGAGCGAAAACGTAGTTTGAGCAGATACATCCCCGATGCAACG 1770
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 CAAGCCCGTGAACAACAAGAGCGAAAACGCAGTTTGAGCAGATACATCCCCGATGCAACG 1781
Query 1771 GGGGCAGTGTACGAGGTTTTAAAACAAATGACAGAAGAACATACAACAAAGAGAAAACGT 1830
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1782 GGGGCAGTGTACGAGGTTCTAAAACAAATGACAGAAGAACATAAAACAAAGAGAAAACGT 1841
Query 1831 TACGGAGAGGAAGACACAGTTATGCTTAATAAAGTATCTAAACATATAATCACAAAAGAA 1890
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1842 TACGGAGAGGAAGACATAGTTATGCTTGATAAAGTATCTAAACAGATAATCACAAAAGAA 1901
Query 1891 ACATTGAAAGAAAAGCTTGCTGAGCATGTAGAACAGGTGGACTACGAGATGGCATTAGAG 1950
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 ACATTGAAAGAAAAGCTAGCTGAGCATGTAGAACAGGTGGACTACGAGATGGCATTAGAG 1961
Query 1951 TATGCAACACAAAGTGGAGTAAGTGAAGAACCCAGAGAGAATATATATCTCCAACACTTG 2010
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 TATGCAACACAAAGTGGAGTAAGTGAAGAACCCAGAGAAAATATATATCTCCAACACTTA 2021
Query 2011 GATCCCAACAAATCCAACTTCATAGATCTTCATAGTCCAAATTTTGTCTTCAGGCTCATG 2070
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2022 GATCCCAACAAATCCAACTTCATAGATCTTCATAGTCCAACTTTTGTCTTCAGGCTCATG 2081
Query 2071 TTGTAA 2076
||||||
Sbjct 2082 TTGTAA 2087
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102911117250
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5