BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg319376
Length=1389
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATMG00580.1 | Symbols: NAD4 | NADH dehydrogenase subunit 4 | ch... 1609 0.0
AT2G07717.1 | Symbols: | pseudogene, similar to NADH-ubiquinon... 918 0.0
> ATMG00580.1 | Symbols: NAD4 | NADH dehydrogenase subunit 4 |
chrM:161693-169674 FORWARD LENGTH=1488
Length=1488
Score = 1609 bits (871), Expect = 0.0
Identities = 899/912 (99%), Gaps = 4/912 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 462 ACAAAGAAAGATCAAGGCAGCATATCAGTTTTTCCTTTATACTTTACTTGGATCTCTTTT 521
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Sbjct 489 ACAAAGAAAGATCAAGGCAGCATATCAGTTTTTCCTTTATACTTTACTTGGATCTCTTTT 548
Query 522 TATGCTATTAGCTATTCTGTTGATTCTTTTCCAAACAGGAACCACCGATTTACAAATATC 581
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Sbjct 549 TATGCTATTAGCTATTCTGTTGATTCTTTTCCAAACAGGAACCACCGATTTACAAATATC 608
Query 582 ATTAACCACAGAATTTAGTGAGCGGCGCCAAATCTTTCTATGGATTGCTTCTTTCGCCTC 641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 ATTAACCACAGAATTTAGTGAGCGGCGCCAAATCTTTCTATGGATTGCTTCTTTCGCCTC 668
Query 642 TTTCGCCGTCAAAGTGCCTATGGTACCAGTTCATATTTGGTTACCTGAAGCTCATGTAGA 701
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Sbjct 669 TTTCGCCGTCAAAGTGCCTATGGTACCAGTTCATATTTGGTTACCTGAAGCTCATGTAGA 728
Query 702 GGCACCTACGGCAGGATCCGTCATCTTGGCAGGAATTCCTTTAAAATTTGGAACCCACGG 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 GGCACCTACGGCAGGATCCGTCATCTTGGCAGGAATTCCTTTAAAATTTGGAACCCACGG 788
Query 762 GTTTTTAAGATTTTCAATACCCATGTTTCCCGAAGCGACACTTTGTTCTACTCCTTTCAT 821
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Sbjct 789 GTTTTTAAGATTTTCAATACCCATGTTTCCCGAAGCGACACTTTGTTCTACTCCTTTCAT 848
Query 822 TTATACTTTAAGCGCGATTGCTATAATATATACTTCCTTGACCACTTTAAGACAGATCGA 881
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Sbjct 849 TTATACTTTAAGCGCGATTGCTATAATATATACTTCCTTGACCACTTCAAGACAGATCGA 908
Query 882 TCTAAAGAAGATCATTGCTTACTCCTCAGTAGCCCATATGAATCTGGTGACTATTGGTAT 941
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Sbjct 909 TCTAAAGAAGATCATTGCTTACTCCTCAGTAGCCCATATGAATCTGGTGACTATTGGTAT 968
Query 942 GTTTAGTCGGG-CGG-CGGCCGGAATTGGAGGTAGCATTCTACCGATGTTAAGTCATGGA 999
|||||||| | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 GTTTAGTCCGAACATACAG--GGAATTGGAGGTAGCATTCTACCGATGTTAAGTCATGGA 1026
Query 1000 CTGGTTCCTTCAGCCCTTTTTCTATGTGTTGGTGTTTTATATGACCGACATAAGACTCGA 1059
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Sbjct 1027 CTGGTTCCTTCAGCCCTTTTTCTATGTGTTGGTGTTTTATATGACCGACATAAGACTCGA 1086
Query 1060 CTTGTTAGATATTACGGAGGTTTAGTGAGCACCATGCCGAATCTCTCTACCATTTTCTTT 1119
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Sbjct 1087 CTTGTTAGATATTACGGAGGTTTAGTGAGCACCATGCCGAATCTCTCTACCATTTTCTTT 1146
Query 1120 TCTTTTACTTTGGCCAATATGAGTTTACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCTC 1179
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Sbjct 1147 TCTTTTACTTTGGCCAATATGAGTTCACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCTC 1206
Query 1180 ATCTTAGTAGGAGCTTTCCAAAGAAATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGATG 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 ATCTTAGTAGGAGCTTTCCAAAGAAATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGATG 1266
Query 1240 ATTTTAGGTGCGGCCTATTCCCTTTGGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAAA 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 ATTTTAGGTGCGGCCTATTCCCTTTGGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAAA 1326
Query 1300 CCCGATTTCCTCCATAAATTCTCCGATTTAAATGGCAGAGAAGTTTCCATATTTATACCT 1359
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CCTGATTTCCTCCATAAATTCTCCGATTCAAATGGCAGAGAAGTTTCCATATTTATACCT 1386
Query 1360 TTTCTTGTTGGA 1371
||||||||||||
Sbjct 1387 TTTCTTGTTGGA 1398
Score = 852 bits (461), Expect = 0.0
Identities = 461/461 (100%), Gaps = 0/461 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTAGAACATTTCTGTGAATGCTATTCTAATCTAAGTGGTCTTATTCTGTGTCCTGTG 60
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Sbjct 1 ATGTTAGAACATTTCTGTGAATGCTATTCTAATCTAAGTGGTCTTATTCTGTGTCCTGTG 60
Query 61 CTAGGAAGCATTACTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACCGATACGATTAATT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTAGGAAGCATTACTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACCGATACGATTAATT 120
Query 121 GGTCTGTGTGCCTCTCTTATTACTTTTTTGTATTCTCCTGTTCCTCGGATACAATTCGAC 180
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Sbjct 121 GGTCTGTGTGCCTCTCTTATTACTTTTTTGTATTCTCCTGTTCCTCGGATACAATTCGAC 180
Query 181 TCTTCTACGGCCAAATCTCAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTCTACGGCCAAATCTCAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATC 240
Query 241 AATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATATTGACCACATTTCTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATATTGACCACATTTCTG 300
Query 301 ATCCCTATTTGCATTTCAGTGGGTTGGTCTGGTATGAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATCCCTATTTGCATTTCAGTGGGTTGGTCTGGTATGAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATT 360
Query 361 ACAGCATTTTTAATTCGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCCGCATGCTAGATCTTCTA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACAGCATTTTTAATTCGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCCGCATGCTAGATCTTCTA 420
Query 421 CTATTCTATGTTTTTCCCGAAAGCGTGCCAATCCCTATGTT 461
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Sbjct 421 CTATTCTATGTTTTTCCCGAAAGCGTGCCAATCCCTATGTT 461
> AT2G07717.1 | Symbols: | pseudogene, similar to NADH-ubiquinone
oxidoreductase chain 4 (EC 1.6.5.3). (Field mustard), blastp
match of 99% identity and 2.0e-226 P-value to SP|Q04050|NU4M_BRACM
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 (EC 1.6.5.3).
(Field mustard) {Brassica campestris} | chr2:3418229-3424177
FORWARD LENGTH=5949
Length=5949
Score = 918 bits (497), Expect = 0.0
Identities = 499/500 (99%), Gaps = 0/500 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 462 ACAAAGAAAGATCAAGGCAGCATATCAGTTTTTCCTTTATACTTTACTTGGATCTCTTTT 521
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Sbjct 1891 ACAAAGAAAGATCAAGGCAGCATATCAGTTTTTCCTTTATACTTTACTTGGATCTCTTTT 1950
Query 522 TATGCTATTAGCTATTCTGTTGATTCTTTTCCAAACAGGAACCACCGATTTACAAATATC 581
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Sbjct 1951 TATGCTATTAGCTATTCTGTTGATTCTTTTCCAAACAGGAACCACCGATTTACAAATATC 2010
Query 582 ATTAACCACAGAATTTAGTGAGCGGCGCCAAATCTTTCTATGGATTGCTTCTTTCGCCTC 641
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Sbjct 2011 ATTAACCACAGAATTTAGTGAGCGGCGCCAAATCTTTCTATGGATTGCTTCTTTCGCCTC 2070
Query 642 TTTCGCCGTCAAAGTGCCTATGGTACCAGTTCATATTTGGTTACCTGAAGCTCATGTAGA 701
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Sbjct 2071 TTTCGCCGTCAAAGTGCCTATGGTACCAGTTCATATTTGGTTACCTGAAGCTCATGTAGA 2130
Query 702 GGCACCTACGGCAGGATCCGTCATCTTGGCAGGAATTCCTTTAAAATTTGGAACCCACGG 761
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Sbjct 2131 GGCACCTACGGCAGGATCCGTCATCTTGGCAGGAATTCCTTTAAAATTTGGAACCCACGG 2190
Query 762 GTTTTTAAGATTTTCAATACCCATGTTTCCCGAAGCGACACTTTGTTCTACTCCTTTCAT 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 GTTTTTAAGATTTTCAATACCCATGTTTCCCGAAGCGACACTTTGTTCTACTCCTTTCAT 2250
Query 822 TTATACTTTAAGCGCGATTGCTATAATATATACTTCCTTGACCACTTTAAGACAGATCGA 881
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Sbjct 2251 TTATACTTTAAGCGCGATTGCTATAATATATACTTCCTTGACCACTTCAAGACAGATCGA 2310
Query 882 TCTAAAGAAGATCATTGCTTACTCCTCAGTAGCCCATATGAATCTGGTGACTATTGGTAT 941
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Sbjct 2311 TCTAAAGAAGATCATTGCTTACTCCTCAGTAGCCCATATGAATCTGGTGACTATTGGTAT 2370
Query 942 GTTTAGTCGGGCGGCGGCCG 961
||||||||||||||||||||
Sbjct 2371 GTTTAGTCGGGCGGCGGCCG 2390
Score = 852 bits (461), Expect = 0.0
Identities = 461/461 (100%), Gaps = 0/461 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTAGAACATTTCTGTGAATGCTATTCTAATCTAAGTGGTCTTATTCTGTGTCCTGTG 60
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Sbjct 1 ATGTTAGAACATTTCTGTGAATGCTATTCTAATCTAAGTGGTCTTATTCTGTGTCCTGTG 60
Query 61 CTAGGAAGCATTACTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACCGATACGATTAATT 120
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Sbjct 61 CTAGGAAGCATTACTCTTCTTTTCATTCCAAATTCAAGAATACGACCGATACGATTAATT 120
Query 121 GGTCTGTGTGCCTCTCTTATTACTTTTTTGTATTCTCCTGTTCCTCGGATACAATTCGAC 180
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Sbjct 121 GGTCTGTGTGCCTCTCTTATTACTTTTTTGTATTCTCCTGTTCCTCGGATACAATTCGAC 180
Query 181 TCTTCTACGGCCAAATCTCAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTCTACGGCCAAATCTCAATTTGTGGAAAGCCTTCGATGGCTTCCTTATGAAAACATC 240
Query 241 AATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATATTGACCACATTTCTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATTTTTATTTGGGTATAGACGGTATCTCTTTATTCTTCGTGATATTGACCACATTTCTG 300
Query 301 ATCCCTATTTGCATTTCAGTGGGTTGGTCTGGTATGAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATCCCTATTTGCATTTCAGTGGGTTGGTCTGGTATGAGAAGTTATGGGAAAGAGTATATT 360
Query 361 ACAGCATTTTTAATTCGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCCGCATGCTAGATCTTCTA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACAGCATTTTTAATTCGTGAATTTCTAATGATCGCCGTGTTCCGCATGCTAGATCTTCTA 420
Query 421 CTATTCTATGTTTTTCCCGAAAGCGTGCCAATCCCTATGTT 461
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Sbjct 421 CTATTCTATGTTTTTCCCGAAAGCGTGCCAATCCCTATGTT 461
Score = 776 bits (420), Expect = 0.0
Identities = 426/429 (99%), Gaps = 0/429 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 961 GGAATTGGAGGTAGCATTCTACCGATGTTAAGTCATGGACTGGTTCCTTCAGCCCTTTTT 1020
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Sbjct 5471 GGAATTGGAGGTAGCATTCTACCGATGTTAAGTCATGGACTGGTTCCTTCAGCCCTTTTT 5530
Query 1021 CTATGTGTTGGTGTTTTATATGACCGACATAAGACTCGACTTGTTAGATATTACGGAGGT 1080
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Sbjct 5531 CTATGTGTTGGTGTTTTATATGACCGACATAAGACTCGACTTGTTAGATATTACGGAGGT 5590
Query 1081 TTAGTGAGCACCATGCCGAATCTCTCTACCATTTTCTTTTCTTTTACTTTGGCCAATATG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5591 TTAGTGAGCACCATGCCGAATCTCTCTACCATTTTCTTTTCTTTTACTTTGGCCAATATG 5650
Query 1141 AGTTTACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCTCATCTTAGTAGGAGCTTTCCAA 1200
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5651 AGTTCACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCTCATCTTAGTAGGAGCTTTCCAA 5710
Query 1201 AGAAATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGATGATTTTAGGTGCGGCCTATTCC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5711 AGAAATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGATGATTTTAGGTGCGGCCTATTCC 5770
Query 1261 CTTTGGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAAACCCGATTTCCTCCATAAATTC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5771 CTTTGGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAAACCTGATTTCCTCCATAAATTC 5830
Query 1321 TCCGATTTAAATGGCAGAGAAGTTTCCATATTTATACCTTTTCTTGTTGGAGGGGCGACC 1380
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5831 TCCGATTCAAATGGCAGAGAAGTTTCCATATTTATACCTTTTCTTGTTGGAGGGGCGACC 5890
Query 1381 GTCCGTTGA 1389
|||||||||
Sbjct 5891 GTCCGTTGA 5899
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68423342835
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5