BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg319569
Length=1566
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G19880.2 | Symbols: | Nucleotide-diphospho-sugar transferas... 2656 0.0
> AT2G19880.2 | Symbols: | Nucleotide-diphospho-sugar transferases
superfamily protein | chr2:8581460-8585478 FORWARD LENGTH=2041
Length=2041
Score = 2656 bits (1438), Expect = 0.0
Identities = 1524/1566 (97%), Gaps = 3/1566 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTACATTGGACTCCATTGATGCGATTCTCTTCTCTCTTAGCAGAGCTTTTACAAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 ATGTCTACATTGGACTCCATTGATGCGATTCTCTTCTCTCTTAGCAGAGCTTTTACAAGC 178
Query 61 CCTTTCGCTGTCTTCGTTCAGATCCAGGGGTGTACAATATGCTTACTTCTTGCTCTCGGC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 179 CCTTTCGCTGTCTTCGTTCAGATCCAGGGGTGTACAATATGCTTACTACTTGCTCTCGGC 238
Query 121 TGGTTAATGGCTGAATATGTCAGGAACCGTGAGGTTAAGAGAATTaaaaaaaGCATAAAA 180
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 239 TGGTTATTGGCTGAATATGTCAGGAATCGTGAGGTTAAGAGAATTAAAAACAGCATAAAA 298
Query 181 GCGGGCAATAGCTTGGCGTTTCTTTATCAAGATATCAATGAACTTGAGCACTCTAGGCAG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GCGGGCAATAGCTTGGCGTTTCTTTATCAAGATATCAATGAACTTGAGCACTCTAGGCAG 358
Query 241 GAAAAACTTCCCAGAGTTTCAGTTGTCATGCCTCTAAAAGGTTTTGGAGAACACAATTTG 300
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GTTAAACTTCCTAGAGTTTCAGTTGTCATGCCTCTAAAAGGTTTTGGAGAACACAATTTA 418
Query 301 CACAACTGGAGAAGTCAGATTACTTCTCTCTATGGTGGGCCATTGGAATTCCTTTTTGTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CACAACTGGAGAAGTCAGATTACTTCTCTCTATGGTGGGCCATTGGAATTCCTTTTTGTT 478
Query 361 GTAGAAAGTACGGAAGACCCTGCATATCACGCTGTTTCCCGTCTATTATCTATGTATCAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GTAGAAAGTACGGAAGACCCTGCATATCACGCTGTTTCCCGTCTATTATCTATGTATCAG 538
Query 421 GATCACGTTGAAGCTAAGGTTGTGGTTGCTGGTTTATCGACAACTTGCAGCCAGAAAATT 480
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 539 GATCATGTTGAAGCTAAGGTCGTGGTTGCTGGTTTATCAACAACATGTAGCCAGAAAATT 598
Query 481 CATAATCAGTTGATTGGAGTTGAAAAAATGCACAAAGATACCAAATATGTGTTATTTTTG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CATAATCAGTTGATTGGAGTTGAAAAAATGCACAAAGATACCAAATATGTGTTATTTTTG 658
Query 541 GATGATGATGTTAGACTGCACCCTGGAACAATCGGAGCTCTCACGACTGAGATGGAGAAA 600
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GATGATGATGTTAGACTGCATCCTGGAACAATCGGAGCTCTCACGACTGAGATGGAGAAA 718
Query 601 AATCCAGAGGTGATATTTATTCAAACTGGGTATCCTCTAGACTTGCCGTCTGGGACTCTT 660
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AATCCAGA---GATATTTATTCAAACTGGGTATCCTCTAGACTTGCCGTCTGGGACTCTT 775
Query 661 GGGAGTTATTGCATCTATGAGTACCACATGCCTTGCTCAATGGGATTTGCGACTGGTGGA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 GGGAGTTATTGCATCTATGAGTACCACATGCCTTGCTCAATGGGATTTGCGACTGGTGGA 835
Query 721 AGAACATTCTTTTTGTGGGGAGGGTGTATGATGATGCATGCCGATGATTTCAGACAAGAT 780
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 AGAACATTCTTTTTGTGGGGAGGATGTATGATGATGCATGCTGATGATTTCAGACAAGAT 895
Query 781 CGGTACGGTGTTGTCTCTGGCTTACGTGATGGTGGATATTCAGATGATATGACACTTGCC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CGGTACGGTGTTGTCTCTGGCTTACGTGATGGTGGATATTCAGATGATATGACACTTGCC 955
Query 841 TCTCTAGCAGGTGCTCACAAGAGGCTCATTACATCTCCTCCTGTTGCTGTTTTCCCTCAT 900
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TCTCTAGCAGGTGCTCATAAGAGGCTCATTACATCTCCTCCTGTTGCTGTTTTCCCTCAC 1015
Query 901 CCTCTCGCAAGTGATCTAAGTTTTGGACGATACTGGAACTACTTGAGAAAGCAAACCTTT 960
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1016 CCTCTCGCGAGTGATCTAAGTTTTGGACGATACTGGAACTACTTGAGAAAACAAACCTTT 1075
Query 961 GTGCTAGAATCTTACATATCCAAAGTCAACTGGATAATGAACAAGGCTTTGTTTGCCGTC 1020
||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1076 GTGCTAGAATCATACATATCGAAAGTTAACTGGATAATGAACAAGGCTTTGTTTGCTGTC 1135
Query 1021 CACTGTTATCTTTCATGGGGTTTTGTTGCACCATATGTTATGGCTGTCATTCACATCACA 1080
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1136 CATTGTTATCTTTCATGGGGTTTTGTTGCACCATATGTTATGGCTATCATTCACATCACA 1195
Query 1081 TCAGCTTTAAGAATCTACATCAAGGGCTATCATCAACTTGAAGACACGACCTTTGCTTCT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1196 TCAGCTTTAAGAATCTACATCAAGGGCTATCATCAACTTGAAGACACGACCTCTGCTTCT 1255
Query 1141 GGTGGTATGATGCTTGTTATAACGTTGGCGATCTGCACCTTCATCGAGCTTCTTTCAATG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1256 GGTGGTATGATGCTTGTTATAACGTTGGCGATCTGCACCTTCATCGAGCTTCTGTCAATG 1315
Query 1201 TGGAATTTGACGAGACGAGAAGTTCAGCTATGCAATATGTTATCCCCTGAGGCTCCCCGT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TGGAATTTGACGAGACGAGAAGTTCAGCTATGCAATATGTTATCCCCTGAGGCTCCCCGT 1375
Query 1261 CTTTCTCTTGCAACTTATAATTGGGGACTTGTTTTTGTAGCAATGCTTGTAGACAACTTC 1320
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CTCTCTCTTGCAACTTACAACTGGGGACTTGTTTTTGTAGCAATGCTTGTAGACAACTTC 1435
Query 1321 CTATACCCGATCTCAGCTTTCCGTTCTCACTTTTCTCAATCCATAAACTGGTCTGGAATC 1380
||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CTATATCCGATATCAGCTTTCCGGTCTCATTTTTCTCAATCCATAAACTGGTCTGGAATC 1495
Query 1381 CGATACCACTTGAAAGATGGAAAGATATTCAAGATTGAGAGACGAAAGGATATGGGACCA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AGATACCACTTGAAAGATGGAAAGATATTCAAGATTGAGAGACGAAAGGATATGGGACCA 1555
Query 1441 GCAAAGACCGATTTAGGAGGCAAACACTTGTATGGTAAGAAAGGAGCTCCTCAGAAAGCT 1500
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ACAAAGACTGATTTAGGAGGCAAACATTTGTATGGTAAGAAAGGAGCTCCTCAGAAAGCT 1615
Query 1501 TCATTCTTAAGCTCATTGGGAAGAAATTTGGCTCACTGGCGACAACCGAAAAAATTCGAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TCATTCTTAAGCTCATTGGGAAGAAATTTGGCTCACTGGCGACAACCGAAAAAATTCGAT 1675
Query 1561 GTTTAA 1566
||||||
Sbjct 1676 GTTTAA 1681
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77308839300
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5