BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg320627
Length=2619
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G27610.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4106 0.0
AT2G27600.1 | Symbols: SKD1, VPS4, ATSKD1 | AAA-type ATPase fam... 122 1e-26
> AT2G27610.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:11783927-11786533 REVERSE LENGTH=2607
Length=2607
Score = 4106 bits (2223), Expect = 0.0
Identities = 2491/2621 (95%), Gaps = 16/2621 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGATTCACAAGGACAGTATGGAGACCTCAATCTTTGGAAAATTTCAAACTTAAGTTT 60
||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGCGATTCACAACGACAATATGGCGACCTCCATCTTTGGAAAATTTCAAACCCAAGTTT 60
Query 61 TGTATATACGCAAATGAACTTGGGAATTTGAAACCCAATTTTCGAATTTATTGCTTTGGC 120
||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 61 CGTATATACGCAAATG-----GCG---TTG---CCCAA-GTTCGAATCTATTGCTTTGGT 108
Query 121 GCTGCT-TCCTCCTCTCGTTTATATTATGCACACAACCTGTTCGACAAAAGTCCTGACCG 179
||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 109 ACTG-TATCATCCTCTCGTTTATATAATGCACACAACCTGTTCGACAAAAGTCCTGGCCG 167
Query 180 AGATCGGGAAAGTTATACAAGCTTGCTTTTTGGGTTCTCTCGTGATGGACGAACTCAAGA 239
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 168 AGATAGGGAAAGTTATATAAGCTTGCTTTTTGGGTTTTCTCGTGATGGACGAACTCAGGA 227
Query 240 AGCAACGAGACTCTTCTTGAATATCCAACATTTGGGGATGGAGATGGACTGTTCAATTTT 299
||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 228 AGCAAAGAGACTCTTCTTGAATATTCATCGTTTGGGGATGGAGATGGACTGTTCTATCTT 287
Query 300 TTCCTCTGTTTTAAAAGTTTCTGCTACTTTGTGTGATGAGCTTTTTGGTAGACAGTTGCA 359
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TTCCTCTGTTTTAAAGGTTTCTGCTACTTTATGTGATGAGCTTTTTGGTAGACAGTTGCA 347
Query 360 TTGCCAGTGTATAAAGTTTGGGTTTTTAGATGATGTGAGTGTGGGAACATCGCTGGTTGA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TTGCCAGTGTATAAAGTTTGGGTTTTTAGATGATGTAAGTGTGGGAACATCGCTGGTTGA 407
Query 420 TACGTATATGAAAGGTAGTAACTTTAAGGATGGAAGGAATGTTTTTGATGAAATGAAAGA 479
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 408 TACGTATATGAAAGGTAGTAACTTTAAGGACGGAAGGAAAGTTTTTGATGAAATGAAAGA 467
Query 480 GAGGAATGTTGTTACTTGGACTACGTTGATAAGCGGGTATGCGAGGAATTCGTTGAATGA 539
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 468 GAGGAATGTTGTTACTTGGACTACATTGATAAGCGGGTATGCTCGGAATTCGATGAATGA 527
Query 540 GGAAGTTTTGACATTGTTTATGAGAATGCAGGACGAAGGGACTCAGCCGAACTCGTTTAC 599
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 528 TGAAGTTTTGACATTGTTTATGAGAATGCAGAACGAAGGGACTCAGCCGAACTCATTTAC 587
Query 600 TTTTGCAGCTGCTCTTGGAGTTTTGGCTGAAGAAGGAGTGGGTGGGAGGGGACTTCAGGT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 TTTTGCAGCTGCTCTTGGAGTTTTGGCTGAAGAAGGAGTGGGTGGGAGGGGACTTCAGGT 647
Query 660 ACACACAGTTGTTGTAAAGAATGGTTTAGATAAAACGATTCCGGTTTCTAATTCTCTGAT 719
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 ACATACAGTTGTTGTAAAGAACGGTTTAGATAAAACGATTCCGGTTTCTAATTCTCTGAT 707
Query 720 TAATCTGTATCTCAAGTGTGGGAATGTTAGGAAAGCTAGAATATTGTTTGATAAAACAGA 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 708 TAATCTGTATCTCAAGTGTGGGAATGTTAGGAAAGCTAGAATTTTGTTTGATAAAACAGA 767
Query 780 AGTAAAGAGTGTGGTTACTTGGAATAGTATGATTTCGGGATATGCAGCTAACGGGCTTGA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 768 AGTAAAGAGTGTGGTTACTTGGAATAGTATGATTTCGGGATATGCAGCGAACGGGCTTGA 827
Query 840 TTTAGAAGCGTTGGGAATGTTTTACTCTATGAGGCTTAATCATGTGCGGTTATCTGAATC 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 828 TTTAGAAGCGTTGGGAATGTTTTACTCTATGAGGCTTAATTATGTGCGGTTATCTGAATC 887
Query 900 GAGCTTTGCCTCCATTATCAAGCTCTGCGCTAACCTCAAAGAATTGAGGTTTACGGAACA 959
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 888 GAGCTTTGCTTCCGTTATCAAGCTCTGCGCTAACCTCAAAGAACTGAGGTTTACAGAACA 947
Query 960 GCTCCATTGCAGTGTTGTAAAATACGGGTTTGTGTTTGATCAAAATATAAGGACGGCTCT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 948 GCTCCATTGCAGTGTTGTAAAATACGGGTTTTTGTTTGATCAGAATATAAGGACGGCTCT 1007
Query 1020 AATGGTAGCGTACAGTAAATGTATGGCGATGCTTGATGCTCTTAGGCTGTTCAAAGAGAC 1079
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AATGGTAGCGTATAGTAAATGTACGGCGATGCTTGATGCTCTTAGGCTGTTCAAAGAGAT 1067
Query 1080 AGGATTCCTTGGGAATGTTGTGTCGTGGACTGCGATGATTAGTGGTTTCTTGCAGAATGA 1139
||||| | | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 AGGATGCGTAGGAAATGTTGTGTCGTGGACAGCGATGATTAGTGGTTTCTTGCAGAATGA 1127
Query 1140 TGGGAAAGAGGAAGCAGTAGGTTTATTTTCGGAAATGAAGAGGAAAGGTGTTAGACCAAA 1199
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TGGGAAAGAGGAAGCAGTAGATTTATTTTCTGAAATGAAGAGGAAAGGTGTTAGACCAAA 1187
Query 1200 TGAATTTACTTATTCTGTCATTCTCACAGCTCTTCCTGTAATTTCTCCATCAGAGGTCCA 1259
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 CGAATTCACTTATTCTGTCATTCTCACAGCTCTTCCTGTGATTTCTCCATCAGAGGTCCA 1247
Query 1260 CGCACAGGTTGTAAAGACTAACTACGAGAGATCTTCAACCGTTGGAACCGCTCTTCTAGA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||
Sbjct 1248 CGCACAGGTTGTAAAGACTAACTACGAGAGATCTTCAACTGTTGGAACTGCTCTTTTAGA 1307
Query 1320 TGCTTATGTGAAGTTAGGTAAAGTAGATGAGGCTGCAAAAGTTTTTAGCGGTATTGATGA 1379
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TGCTTATGTGAAGTTAGGCAAAGTAGAAGAGGCTGCAAAAGTTTTTAGCGGTATTGATGA 1367
Query 1380 TAAAGATATTGTGGCATGGTCAGCGATGCTTGCAGGATTTGCTCAGGCTGGGGAGACAGA 1439
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||
Sbjct 1368 TAAAGACATTGTGGCTTGGTCAGCGATGCTTGCAGGATATGCTCAGACCGGAGAGACAGA 1427
Query 1440 GGCAGCTATAAAGATATTTAGCGAGCTCACAAAAGGAGGGGTAAAACCGAACGAGTTCAC 1499
||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GGCAGCTATAAAGATGTTTGGTGAGCTAACAAAAGGAGGGATAAAACCGAACGAGTTCAC 1487
Query 1500 ATTCTCTAGCATCCTTAACGTGTGTGCGGCTACCACTGCGTCTATGGGACAGGGAAAGCA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 ATTCTCTAGCATCCTTAACGTGTGTGCGGCTACTAATGCGTCTATGGGACAGGGAAAGCA 1547
Query 1560 ATTCCACGGGTTCGCTATAAAATCAAGACTCGATAGCTCTCTGTGTGTTAGTAGTGCTCT 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 ATTCCACGGGTTCGCTATAAAATCAAGACTCGATAGTTCTCTGTGTGTTAGTAGTGCTCT 1607
Query 1620 TCTAACCATGTATGCAAAGAAAGGCCACATTGAGAGTGCGGAAGAAGTCTTTAAAAGGCA 1679
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TCTAACCATGTATGCAAAGAAAGGCAACATCGAGAGTGCGGAAGAAGTCTTTAAAAGGCA 1667
Query 1680 GAGAGAGAAAGATCTAGTATCATGGAATTCGATGATCTCTGGGTATGCACAACACGGGCA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 GAGAGAGAAAGATCTAGTATCATGGAATTCGATGATCTCTGGGTATGCACAACACGGGCA 1727
Query 1740 AGCTATGAAGGCTCTCGATGTTTTCAAGGAGATGAAGAAGAGAAAGGTGAAAATGGATAG 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1728 AGCTATGAAGGCTCTCGATGTTTTCAAGGAGATGAAGAAGAGAAAGGTGAAAATGGATGG 1787
Query 1800 CGTAACATTCATCGGAGTATTTGCTGCTTGTACACATGCAGGGTTAGTAGAAGAAGGCGA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 TGTAACATTCATCGGAGTATTTGCTGCTTGTACACATGCGGGGTTAGTAGAAGAAGGCGA 1847
Query 1860 AAAGTATTTTGATATAATGGTGAGAGACTGCAAGATTGCACCTACAAAGGAGCATAATAG 1919
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 AAAATATTTCGATATAATGGTGAGAGACTGCAAGATAGCACCTACAAAGGAGCATAATAG 1907
Query 1920 TTGTATGGTGGATCTATACAGCCGAGCCGGGCAACTTGAAAAGGCTATGAAGGTCATAGA 1979
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TTGTATGGTGGATCTATACAGCCGAGCTGGGCAACTTGAAAAGGCTATGAAGGTCATAGA 1967
Query 1980 CAACATGCCAAA-CCTGGCTGGTTCCACCATTTGGAGAACAATTCTAGCTGCATGCCGAG 2038
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1968 AAACATGCCAAATCC-GGCTGGTTCCACCATTTGGAGAACAATTCTAGCTGCATGCCGTG 2026
Query 2039 TGTACAAGAAAACAGAGCTAGGGAGATTAGCTGCAGAGAAGATCATTGCGATGAAACCTG 2098
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2027 TGCACAAGAAAACAGAGCTAGGGAGATTAGCTGCAGAGAAGATCATTGCGATGAAGCCAG 2086
Query 2099 AGGATTCAGCTGCATACGTGTTGTTGTCTAACATGTATGCAGAGTCAGGAGATTGGCAAG 2158
| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 AAGATTCAGCGGCATATGTATTATTGTCTAACATGTATGCAGAGTCAGGAGATTGGCAAG 2146
Query 2159 AGAGGGCCAAAGTAAGGAAGCTGATGAATGAGAGAAACGTGAAGAAAGAACCTGGTTACA 2218
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2147 AGAGAGCCAAAGTAAGGAAGCTGATGAATGAGAGGAACGTGAAGAAAGAACCTGGTTATA 2206
Query 2219 GTTGGATTGAGGTCAAGAACAAGACTTACGCATTCTTGGCTGGTGATCGGTCTCATCCTC 2278
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2207 GTTGGATTGAGGTCAAGAACAAGACTTACTCGTTCTTGGCGGGTGATCGGTCTCATCCTC 2266
Query 2279 TCAAAGATCAGATCTATATGAAGCTGGAAGATTTAAGTACACGGCTGAAGGATTTAGGGT 2338
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 TCAAAGATCAAATCTATATGAAGCTAGAAGATTTAAGTACACGGCTGAAGGATTTAGGGT 2326
Query 2339 ATGAGCCGGATACTAGTTATGTGCTTCAAGACATTGATGATGAGCATAAAGAAGCTGTTC 2398
||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2327 ATGAGCCAGATACAAGTTATGTGCTTCAAGATATTGATGATGAGCATAAAGAAGCAGTTC 2386
Query 2399 TTGCTCAACATAGTGAGAGATTAGCTATTGCTTTCGGGTTGATCGCTACACCAAAGGGAA 2458
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2387 TTGCTCAGCATAGTGAGAGATTAGCTATTGCTTTCGGGTTGATAGCTACACCAAAGGGAA 2446
Query 2459 GCCCTCTTTTGATCATTAAGAACCTTAGGGTTTGTGGAGATTGTCATGTAGTGATCAAAT 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2447 GCCCTCTTTTGATCATTAAGAACCTTAGGGTTTGTGGAGATTGTCATTTAGTGATCAAAT 2506
Query 2519 TAATTGCAAAGATTGAAGAAAGAGAGATCGTAGTTAGAGATTCAAATCGGTTTCATCACT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 TAATTGCAAAGATTGAAGAAAGAGAGATCGTAGTTAGAGATTCAAATCGGTTTCATCACT 2566
Query 2579 TTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTTTGGTGA 2619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTTTGGTGA 2607
> AT2G27600.1 | Symbols: SKD1, VPS4, ATSKD1 | AAA-type ATPase family
protein | chr2:11781038-11783992 FORWARD LENGTH=1758
Length=1758
Score = 122 bits (66), Expect = 1e-26
Identities = 66/66 (100%), Gaps = 0/66 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2554 AGAGATTCAAATCGGTTTCATCACTTTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTT 2613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 AGAGATTCAAATCGGTTTCATCACTTTAGCAGTGATGGAGTTTGCTCATGTGGAGACTTT 1699
Query 2614 TGGTGA 2619
||||||
Sbjct 1698 TGGTGA 1693
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130032716256
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5