BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg321348
Length=2490
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G36390.1 | Symbols: SBE2.1, BE3 | starch branching enzyme 2.... 3814 0.0
> AT2G36390.1 | Symbols: SBE2.1, BE3 | starch branching enzyme
2.1 | chr2:15264237-15270092 FORWARD LENGTH=2775
Length=2775
Score = 3814 bits (2065), Expect = 0.0
Identities = 2243/2326 (96%), Gaps = 24/2326 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 181 TACAATCTCGGGAAACTGTCTCTGACGATACTCAGCTTTGTTGTGCTCGGCGATGTAGAC 240
||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 306 TACAATCTCGGGATACTGTCTCTGACGATACTCA-----G--GTGCTCGGCAATGTAGAC 358
Query 241 ACTCAGAAAACTGAAGAATCCCA-G-----GA-A-AC-AGATCAAACTTCTGCACTCTCA 291
|||||||||||||||| |||| | || | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GTTCAGAAAACTGAAGAAGCCCAGGAAACAGAGACACTAGATCAAACTTCTGCACTCTCA 418
Query 292 ACATCTGGAAGCA-ACAGTTATAAAGAAGATATTGCAGAGATGTCACAGTCTTTAGACCA 350
||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| | |||||
Sbjct 419 ACATCTGGAAGCATA-AGTTATAAAGAAGATTTTGCAAAGATGTCACACTCTGTCGACCA 477
Query 351 AGAAGTTGGGCAGAGGAAGATTCCACCTCCTGGAGATGGGAAGAAAATATATGACATTGA 410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 478 AGAAGTTGGGCAGAGGAAGATTCCACCTCCTGGAGATGGGAAGAGAATATATGACATTGA 537
Query 411 TCCTATGTTGAACAGTCATCGTAGTCATCTTGATTACCGATATGGCCAGTACAGAAAACT 470
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 538 TCCTATGTTGAACAGTCATCGTAATCATCTTGATTACCGATATGGGCAGTACAGAAAACT 597
Query 471 GCGTGAAGAAATCGACAAGTATGAAGGTGGTTTGGAGGCATTTTCTCGTGGTTATGAAAT 530
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCGTGAAGAAATTGACAAGAATGAAGGTGGTTTGGAGGCATTTTCTCGTGGTTATGAAAT 657
Query 531 ATTTGGCTTCACTCGAAGCGCCACTGGTATCACTTACCGGGAATGGGCACCAGGAGCTAA 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 658 ATTTGGCTTCACTCGAAGCGCCACTGGTATCACTTACCGGGAATGGGCACCGGGAGCTAA 717
Query 591 GGCAGCATCACTGATCGGAGATTTTAATAGCTGGAATGCGAAAGCTGATGTAATGGCTCG 650
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 718 GGCAGCATCACTGATCGGAGATTTTAATAACTGGAATGCGAAATCTGATGTTATGGCTCG 777
Query 651 GAACGACTTTGGTGTGTGGGAAATATTTCTGCCAAATAATGCTGATGGCTCGCCAGCAAT 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 778 GAACGACTTTGGTGTGTGGGAAATATTTCTGCCAAATAATGCTGATGGCTCACCAGCAAT 837
Query 711 TCCCCATGGCTCCCGTGTGAAGATTCGCATGGATACCCCATCTGGTATTAAAGACTCCAT 770
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCCCCATGGCTCCCGTGTGAAGATCCGCATGGATACCCCATCTGGTATTAAAGACTCCAT 897
Query 771 TCCAGCTTGGATCAAGTATTCTGTCCAGCCACCAGGCGAGATCCCATATAATGGAGTATA 830
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TCCAGCTTGGATCAAGTATTCTGTCCAGCCACCTGGCGAGATCCCATATAATGGAGTATA 957
Query 831 TTATGACCCTGCTGAGGAGGATAAATATGTGTTCAAACATCCTCGTCCAAGGAAACCCAC 890
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 958 TTATGACCCTCCTGAGGAGGATAAATATGCGTTCAAACATCCTCGTCCAAAGAAACCCAC 1017
Query 891 ATCACTGCGTATATATGAATCACATGTTGGAATGAGTAGTACGGAACCAAAGATAAATAC 950
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATCGCTGCGTATATATGAATCACATGTTGGAATGAGTAGTACGGAACCAAAGATAAATAC 1077
Query 951 ATATGCCAACTTTAGAGATGATGTACTTCCCCGTATAAAAAAGCTGGGCTATAATGCTGT 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1078 ATATGCCAACTTTAGAGATGATGTACTTCCCCGTATAAAAAAGCTAGGCTATAATGCTGT 1137
Query 1011 TCAGATAATGGCCATTCAAGAGCATGCCTACTATGCCAGCTTTGGGTATCATGTCACAAA 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1138 GCAGATAATGGCCATTCAAGAGCATGCCTACTATGCCAGCTTTGGGTATCATGTGACAAA 1197
Query 1071 TTTTTTCGCACCTAGCAGCCGCTTTGGAACACCTGATGACCTTAAATCTTTGATAGACAA 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TTTTTTCGCACCTAGCAGCCGCTTTGGAACACCTGATGACCTTAAATCTTTGATAGACAA 1257
Query 1131 AGCTCATGAGCTAGGTCTGGTTGTTCTGATGGATATTGTGCACAGCCATGCATCAAAAAA 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AGCTCATGAGCTAGGTCTGGTTGTTCTGATGGATATTGTGCACAGCCATGCATCAAAAAA 1317
Query 1191 CACACTGGATGGCCTGGACATGTTTGATGGCACTGATGGTCAATATTTCCACTCTGGATC 1250
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CACACTGGATGGCCTGGACATGTTTGATGGTACTGATGGTCAATATTTCCACTCTGGATC 1377
Query 1251 GCGGGGTTATCATTGGATGTGGGATTCTCGTCTTTTCAATTACGGAAGCTGGGAAGTGCT 1310
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GCGTGGTTATCATTGGATGTGGGATTCTCGTCTTTTCAATTACGGAAGCTGGGAAGTGCT 1437
Query 1311 TAGGTATCTTCTTTCCAACGCGAGATGGTGGCTGGAGGAATACAAGTTTGATGGGTTCAG 1370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TAGGTATCTTCTTTCCAACGCGAGATGGTGGCTGGAAGAATACAAGTTTGATGGGTTCAG 1497
Query 1371 ATTTGATGGTGTGACTTCCATGATGTACACTCATCATGGACTGCAGGTGGAATTTACTGG 1430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1498 ATTTGATGGTGTGACTTCCATGATGTACACTCATCATGGACTGCAGGTCGAATTTACTGG 1557
Query 1431 GAATTACAATGAATACTTTGGATATTCTACTGATGTTGACGCTGTGGTCTATCTAATGCT 1490
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GAATTACAATGAGTACTTTGGATATTCTACTGATGTTGACGCTGTGGTCTATCTAATGCT 1617
Query 1491 GGTCAACGATATGATTCATGGGCTATACCCTGAGGCTATTGTTGTCGGCGAAGATGTTAG 1550
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GGTGAACGATTTGATTCATGGGCTATACCCTGAGGCTATTGTTGTCGGCGAAGATGTTAG 1677
Query 1551 CGGGATGCCAGCTTTTTGCATTCCTGTGGAAGACGGTGGTGTGGGTTTTGACTACCGTCT 1610
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 CGGGATGCCAGCTTTTTGCGTTCCTGTCGAAGACGGTGGTGTGGGTTTTGACTACCGTCT 1737
Query 1611 ACACATGGCAGTGGCAGATAAATGGATTGAGCTTCTCAAGAAGAGAGACGAGGACTGGCA 1670
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ACACATGGCAGTGGCAGATAAATGGATTGAGCTTCTTAAGAAGAGAGACGAGGACTGGCA 1797
Query 1671 GGTTGGTGATATAACTTTCACGCTTACCAACAGGAGGTGGGGAGAAAAATGTGTCGTCTA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GGTTGGTGATATAACTTTCACGCTTACCAACAGGAGGTGGGGAGAAAAATGTGTCGTCTA 1857
Query 1731 CGCGGAGAGTCATGATCAAGCCCTTGTTGGAGACAAAACGATAGCTTTCTGGCTAATGGA 1790
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TGCAGAGAGTCATGATCAAGCCCTTGTTGGAGACAAAACGATAGCTTTCTGGCTAATGGA 1917
Query 1791 CAAGGACATGTATGATTTCATGGCGGTTGATAGACAGGCCACTCCGCGTGTAGACCGTGG 1850
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TAAGGACATGTATGATTTCATGGCCGTTGATAGACAGGCCACTCCGCGTGTAGACCGTGG 1977
Query 1851 GATTGCTTTACACAAAATGATCCGTCTCATTACGATGGGATTGGGTGGAGAAGGATACCT 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GATTGCTTTACACAAAATGATCCGTCTCATTACGATGGGATTGGGTGGAGAAGGATACCT 2037
Query 1911 CAATTTCATGGGAAACGAATTTGGACACCCAGAATGGATCGACTTCCCAAGGACTGACCA 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2038 CAATTTCATGGGAAACGAATTTGGACACCCAGAATGGATCGACTTCCCAAGGACCGACCA 2097
Query 1971 GCACCTTCCTGATGGGAGAGTCATCCCTGGGAATAATGGTAGTTATGATAAATGCCGACG 2030
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GCACCTTCCTGATGGCAGAGTCATCGCTGGGAATAATGGTAGTTATGATAAATGCCGACG 2157
Query 2031 TAGGTTTGATCTGGGGGATGCAGAATATCTTAGATACCATGGACTACAAGAGTTTGATCG 2090
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TAGGTTTGATCTGGGAGATGCAGAATATCTTAGATACCATGGACTACAAGAGTTTGATCG 2217
Query 2091 AGCAATGCAAAATCTAGAGGAGACGTATGGTTTCATGACTTCAGAGCACCAGTACATATC 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 AGCAATGCAAAATCTAGAGGAGACGTATGGTTTCATGACTTCAGAGCACCAGTACATATC 2277
Query 2151 CCGCAAGGATGAAGGAGACAGAGTCATTGTATTCGAGAGAGGTAACTTGCTCTTCGTCTT 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 CCGCAAGGATGAAGGAGACAGAGTCATTGTATTCGAGAGAGGTAACTTGCTCTTCGTCTT 2337
Query 2211 CAACTTCCACTGGACCAACAGTTACTCTGATTACCGTATCGGTTGCTCTGTTCCCGGAAA 2270
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 CAACTTCCACTGGACCAACAGTTACTCTGACTACCGTATCGGTTGCTCTGTTCCCGGAAA 2397
Query 2271 GTACAAAATTGTTTTGGACTCTGATAAATCTTTATTCGGAGGCTTCAACCGGCTAGATGA 2330
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GTACAAAATCGTTTTGGACTCTGATAACTCTTTATTTGGAGGCTTCAACCGGCTAGATGA 2457
Query 2331 CTCCGCAGAGTTTTTCACCTCTGATGGAAGGCACGATGATAGGCCTTGCTCCTTCATGGT 2390
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 CTCCGCGGAGTTTTTCACCTCTGATGGAAGGCACGACGATAGGCCTTGCTCCTTCATGGT 2517
Query 2391 TTATGCGCCATGCAGAACCGCTGTAGTGTACGCTGCAGTAGATGATGATGATGA--A--- 2445
||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2518 GTATGCACCGTGCAGAACCGCTGTAGTTTACGCTGCAGTAGATGATGATGATGATGATGA 2577
Query 2446 -CGTTCTTCTCTTGTCCCCATAAGCCTGTTACCTGAAGATGTTTAG 2490
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2578 ACGTTCTTCTCTTGTCCCCATAGGCCTGTTACCCGAAGATGTTTAG 2623
Score = 202 bits (109), Expect = 1e-50
Identities = 135/147 (92%), Gaps = 3/147 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTTACACGATTTCCGGCGTACGTTTCCCACATCTTCCATCGACT---AAGAAGAAC 57
||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 47 ATGGTTTACACGATTTCAGGCGTACGTTTTCCTCATCTTCCATCGATTAAGAAGAAGAAT 106
Query 58 TCGTCTCTTCCCAGTTTCAATGAAGATCTCAGGAGAACCAACGCTGTTTCCTTCTCTCTG 117
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||
Sbjct 107 TCGTCTCTTCACAGTTTCAATGAAGATCTCAGGAGAAGCAACGCTGTCTCATTCTCTCTG 166
Query 118 AGGAAGGACTCTCGTTCTTCTGGGAAG 144
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 AGGAAGGACTCTCGTTCTTCTGGGAAG 193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123561180609
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5