BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg321477
Length=1938
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G37690.1 | Symbols: | phosphoribosylaminoimidazole carboxyl... 3155 0.0
AT2G05140.1 | Symbols: | phosphoribosylaminoimidazole carboxyl... 798 0.0
> AT2G37690.1 | Symbols: | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,
putative / AIR carboxylase, putative | chr2:15805715-15810552
FORWARD LENGTH=2406
Length=2406
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1866/1941 (96%), Gaps = 15/1941 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGCTTCTGAAACAAAGCTCAGCTGCTATTCTTGTCGTTGGGAATACAACACCAGTC 60
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 166 ATGTTGCTTTTGAAACAAAGCTCAGCTGCTGTTCTTGTCGTTGGAAATACAACTCCAGTC 225
Query 61 CTTCACACTTCTCGCTTCACCTACAAAGTTGGACCTTTTCCAGTGAGCAGAACGCAGTCG 120
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 226 CTTCACACTTCTCGCTCCACCTACAGAGTTGGACCTTTTCCAGTGACCAGAACGCAGTCG 285
Query 121 TTCCAGAGTTTGACTATGGCAAATTTGCAGAAGCTTCCCACTTCTTCATCTGGGAAATTG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 286 TTCCAGAGTTTGACTATGGCAAATTTGCAGAAGCTTCCCACTTCTTCGTCTGGGAAATTG 345
Query 181 AATACGGCTTCAGCGGTGTCCTGTAGCGCTCATGAGGCTTCTCCTATCAGTGAGAAGAAC 240
|||||||||||||| ||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 346 AATACGGCTTCAGCTGTGCCCTGTAGCTCTCACGATGCTTCTCCTATCAGTGAGAATCGC 405
Query 241 GAGAATAAACATGTCCATGGAGTTTCTGAGATAATTGTCGGAGTTCTTGGGGGTGGACAA 300
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 406 GAGAATAAACATGTCCATGGAGTTTCTGAGAAAATTGTGGGAGTTCTTGGGGGTGGACAA 465
Query 301 TTGGGTCGTATGCTTTGCCAAGCTGCTTCTCAAATGGCTATCAAAGTGATGATTTTAGAT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TTGGGTCGTATGCTTTGCCAAGCTGCTTCTCAGTTGGCTATCAAAGTGATGATTTTAGAT 525
Query 361 CCTTC-AGAAAATTGTTCAGCAAGTGCATTGTCGTACGGTCACATGGTTGATAGCTTTGA 419
||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 CCTTCTA-AAAATTGTTCAGCAAGTGCATTGTCCTACGGTCACATGGTTGATAGCTTTGA 584
Query 420 CGACAGTGTTACAGTAGAAGAATTTGCAAAAAGATGTGGAGTCTTGACTGTAGAAATTGA 479
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 585 CGACAGTGCTACAGTAGAAGAATTTGCAAAAAGATGTGGAGTCTTAACTGTAGAAATTGA 644
Query 480 ACATGTTGACGTGGAAACATTGGAGAAGCTTGAGAAACAAGGAGTGGATTGCCAACCAAA 539
||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 645 ACATGTTGACGTGGACACACTAGAGAAGCTTGAGAAACAAGGAGTGGATTGCCAACCCAA 704
Query 540 AGCTTCTACTATCAGGATAATACAGGATAAATACATGCAAAAAGTTCATTTCTCTCAGCA 599
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 705 AGCTTCTACTATTAGGATAATACAGGATAAATACATGCAAAAGGTTCATTTCTCTCAGCA 764
Query 600 TGGCATCCCACTTCCAGAATTTGTGGAGATAGGCGATATTGAAGGAGCAAGAAAAGCAGG 659
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 TGGCATCCCACTTCCAGAATTTATGGAGATAAGCGATATTGAAGGAGCAAGAAAAGCAGG 824
Query 660 TGAACTTTTCGGTTACCCTCTTATGATCAAGAGCAAACGATTGGCCTATGATGGACGTGG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 825 TGAACTTTTCGGTTACCCTCTTATGATCAAGAGCAAACGATTGGCTTATGATGGACGTGG 884
Query 720 AAATGCAGTTGCCAACAACCAAGATGAGCTTTCTTCTGCTGTAACGGCTCTTGGAGGTTT 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 AAATGCAGTTGCCAACAACCAAGATGAGCTTTCTTCTGCTGTAACGGCTCTTGGAGGTTT 944
Query 780 CAGTCGTGGTTTGTATGTTGAGAAATGGGCACCTTTTGTCAAGGAGTTAGCTGTTATTGT 839
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 945 CAGTCGTGGTTTGTATATTGAGAAATGGGCACCTTTTGTTAAGGAGTTAGCTGTTATTGT 1004
Query 840 GGCTAGGGGAAGAGATGGTTCTATGGTTTGTTATCCCGTTGTTGAAACCATTCACAGGGA 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 GGCTAGGGGGAGAGATGGTTCTATGGTTTGTTATCCCGTTGTTGAAACCATTCACAGGGA 1064
Query 900 TAACATATGCCATATAGTTAAAGCACCTGCAGATGTGCCTTGGAAGATCAACAAACTTGC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1065 TAACATATGCCATATAGTTAAAGCACCTGCAGATGTGCCTTGGAAGATTAACAAACTTGC 1124
Query 960 CACCGATGTTGCCCAAAAGGCTGTCGGTTCTTTAGAAGGCGCTGGTGTTTTTGCAGTTGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 CACCGATGTTGCCCAAAAGGCTGTCGGTTCTTTAGAAGGTGCTGGTGTTTTTGCAGTTGA 1184
Query 1020 GCTATTCTTGACAGAGGATGGTCAGA-TCTTGCTAAACGAAGTTGCACCTAGACCACACA 1078
|| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACTGTTCTTGACAGAGGATAGTCAGATTC-TGCTAAACGAAGTTGCACCTAGACCACACA 1243
Query 1079 ACAGTGGCCATCAAACGATCGAGTGCTGTTATACTTCACAGTTTGAACAACACTTGCGAG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 ACAGTGGCCATCAAACGATCGAGTGCTGTTATACTTCACAGTTTGAACAACACTTGCGAG 1303
Query 1139 CTGTGGTTGGTCTTCCACTCGGTGATCCGTCAATGAGAACTCCGGCGTCCATTATGTACA 1198
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 CTGTGGTTGGTCTTCCACTTGGTGATCCGTCAATGAGAACTCCGGCGTCCATTATGTACA 1363
Query 1199 ATATTCTGGGAGAAGATGATGTAATTGATGGAGAAGCTGGTTTCAAATTGGCTCATCGGC 1258
||||||||||||||||||||| || | | | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 ATATTCTGGGAGAAGATGATG-----GA-G-A-A-GCAGGTTTCAAATTGGCTCATCGGC 1414
Query 1259 TTATTGCAAGGGCTCTGTGTATTCCAGGTGCATCTGTTCATTGGTATGACAAGCCAGAAA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 TTATTGCAAGGGCTCTGTGTATTCCAGGTGCATCTGTTCATTGGTATGACAAGCCAGAAA 1474
Query 1319 TGAGAAAGCAGAGGAAGATGGGTCACATCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGTGTTTTGG 1378
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1475 TGAGAAAGCAGAGAAAGATGGGTCACATCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGCATTTTGG 1534
Query 1379 AACAAAGGTTACATTGCATATTAAGTGAGCAAAGCCACCAAGTACACGAGACAGCTCGTG 1438
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1535 AACAAAGGTTACAATGCATATTAAGTGAGCAAAGCCACCAAGTACACGAGACACCTCGTG 1594
Query 1439 TTGGTATCATCATGGGTTCAGACACGGATCTTCCTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTC 1498
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 TTGCTATCATCATGGGTTCAGACACGGATCTTCCTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTC 1654
Query 1499 TGGACCTGTTTGGTGTGACACATGAGGTAAGGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCGGAGA 1558
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1655 TGGACCTGTTTGGTGTGACACATGAGGTAAAGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCAGAGA 1714
Query 1559 TGATGTTTACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATCATTGCAGGTG 1618
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1715 TGATGTATACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTG 1774
Query 1619 CTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 CTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTG 1834
Query 1679 GTGTCCCTGTCCGTGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTTTCCATCGTTCAGA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 GTGTCCCTGTCCGTGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTTTCCATCGTTCAGA 1894
Query 1739 TGCCTAGAGGTGTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGC 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 TGCCTAGAGGTGTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGC 1954
Query 1799 TTGCAGTCCGAATGTTGGGAATCTCCGATACTGATCTTGTCTCAAGGATGAGGCAGTACC 1858
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 TTGCAGTTCGGATGTTGGGAATCTCTGATACGGATCTTGTCTCAAGGATGAGGCAGTACC 2014
Query 1859 AGGAAGACATGAGAGATGAGAACCTGGATAAAG-ATGAGAAACTTGAGACAAAAGGTTGG 1917
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2015 AGGAAGACATGAGAGATGAGAACCTGAATAAAGGA-GAGAAACTGGAGACAGAAGGTTGG 2073
Query 1918 GAATCGTATTTGAACCAGTGA 1938
||||| |||||||||||||||
Sbjct 2074 GAATCATATTTGAACCAGTGA 2094
> AT2G05140.1 | Symbols: | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
family protein / AIR carboxylase family protein | chr2:1853935-1854903
FORWARD LENGTH=489
Length=489
Score = 798 bits (432), Expect = 0.0
Identities = 471/490 (96%), Gaps = 2/490 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1450 ATGGGTTCAGACACGGATCTTCCTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTCTGGACCTGTTT 1509
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGGGTTCAGACACGGATCTTCTTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTCTGGACATGTTT 60
Query 1510 GGTGTGACACATGAGGTAAGGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCGGAGATGATGTTTACA 1569
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 61 GGTGTCACACATGAGGTAAAGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCAGAGATGATGTATACA 120
Query 1570 TATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATCATTGCAGGTGCTGGTGGTGCT 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATCATTGCAGGTGCTGGTGGTGCT 180
Query 1630 GCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTC 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTC 240
Query 1690 CGTGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTTTCCATCGTTCAGATGCCTAGAGGT 1749
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAAGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTCTCCATCGTTCAGATGCCTAGAGGT 300
Query 1750 GTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGCTTGCAGTCCGA 1809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGCTTGCAGTCCGG 360
Query 1810 ATGTTGGGAATCTCCGATACTGATCTTGTCTCAAGGATGAGGCAGTACCAGGAAGACATG 1869
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 361 ATGTTGGGAATCTCTGATAATGATCTTGTCTCAAGGATGAGACAGTACCAAGAAGACATG 420
Query 1870 AGAGATGAGAACCTGGATAAAG-ATGAGAAACTTGAGACAAAAGGTTGGGAATCGTATTT 1928
||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 421 AGAGATGAGAACCTGAATAAAGGA-GAGAAACTTGAGACACAAGGTTGGGAATCATATTT 479
Query 1929 GAACCAGTGA 1938
||||||||||
Sbjct 480 GAACCAGTGA 489
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95983442040
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5