BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg321506
Length=2577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G38020.1 | Symbols: VCL1, MAN, EMB258 | vacuoleless1 (VCL1) ... 4361 0.0
> AT2G38020.1 | Symbols: VCL1, MAN, EMB258 | vacuoleless1 (VCL1)
| chr2:15909908-15914710 REVERSE LENGTH=2875
Length=2875
Score = 4361 bits (2361), Expect = 0.0
Identities = 2506/2578 (97%), Gaps = 2/2578 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAAACGTGTCTGTTGCTGCGGAATGGCAGCTTCTCTATGATCGATATTACAGGAAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 109 ATGGCAAACGTGTCTGTTGCTGCGGAATGGCAGCTTCTCTATGATCGATATTATAGGAAG 168
Query 61 CCTGAGATATACCAGATGAAATGGAAACATGTAGATTTGAGTCGTAACAAGGTGGCGTGT 120
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 169 CCTGAGATATACCAAATGAAATGGAAACATGTAGATTTGAGTCGTAACAAGGTGGCGTGT 228
Query 121 GCTTCATTTGGTGGGCCAATTGCAGTCATTCGAGATGACTCGAAGATTGTCCAATTATAT 180
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 229 GCTTCGTTTGGTGGGCCAATTGCAGTTATTCGAGATGACTCGAAGATTGTCCAACTATAT 288
Query 181 GCTGAATCTGCTCTAAGAAAGCTCCGCATCTTTAACTCAGCAGGTATACTTCTCTCTGAG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 GCTGAATCTGCTCTAAGAAAGCTCCGCATCTTTAACTCAGCAGGTATACTTCTCTCTGAG 348
Query 241 ACGGTCTGGAAGCATCCCGGGGGACGCCTGATCGGAATGTCCTGGTCAGATGATCAGACA 300
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 ACGGTTTGGAAGCATCCCGGGGGACGTCTGATCGGAATGTCCTGGTCAGATGATCAGACA 408
Query 301 CTAATTTGTATTGTCCAAGATGGCACTATTTATCGTTATAACATCCACGCTGAGCTCATT 360
|||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 409 CTAATTTGCATTGTCCAAGATGGAACCATTTATCGTTACAACATCCACGCTGAGCTCATT 468
Query 361 GAGCCCAATATGTCAATGGGCAAGGAGTGCTTTGAGCAGAATGTGGTGGAGTGTGTCTTC 420
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 GAGCCCAATATGTCTATGGGCCAGGAGTGCTTTGAGCAGAATGTGGTGGAGTGTGTCTTC 528
Query 421 TGGGGAAATGGTGTTGTCTGCTTAACAGAAGGAGGGCAGTTGATCTGTATTTTCGATTTC 480
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 TGGGGAAATGGTGTTGTCTGCTTGACAGAAGGAGGGCAGTTGATCTGTATTTTCGATTTC 588
Query 481 AAGACAATGAAGCCTTCTAAGTTGCCTGATGTACCGGGGTTAGCAGAAGATGATCTGCTT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 AAGACAATGAAGCCTTCTAAGTTGCCTGATGTGCCGGGGTTAGCAGAAGATGATCTGCTT 648
Query 541 CAGCCAATTTGCTTGACTGTGAGGGAACCTAAGTACACGATGTCTGGGATTGCTGAGGTG 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 CAGCCAATCTGCTTGACTGTGAGGGAACCTAAGTACACGATGTCTGGGATTGCTGAGGTG 708
Query 601 TTGGTAGCAGTTGGCGATGATATTTTTGTTGTGGAGGAGGACATGGTTCAAACTATTAGG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 TTGGTAGCAGTTGGCGATGATATTTTTGTTGTGGAGGAGGACATGGTTCAAACTATTAGG 768
Query 661 TTTGATGAGCCTAGTATTGAAGACTCTGAGATGCAGAATGATGATTCTGGGAATTTGATT 720
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TTTGATGAGCCTAGTGTTGATGACTCTGAGATGCAGAATGATGATTCTGGGAATTTGATT 828
Query 721 GGAGTGGTCCAGAAGATGATTGTATCACCTAATGGAAAATTTCTAACACTCTTCACTCAT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 GGAGTGGTCCAGAAGATGATTGTATCACCTAATGGAAAATTTCTAACACTCTTCACTCAT 888
Query 781 GATGGCCGGATTGTTGTTGTTGACATGGAAACAAAACAAATTGCTATTGACTACTGTTGT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 889 GATGGCCGGATTGTTGTTGTTGACATGGAAACAAAACAAATTGCTATTGACTACTCTTGT 948
Query 841 GAGTCAGCCCTTCCTCCGCAGCAAATGGCTTGGTGTGGAATGGATAGCGTTCTTCTCTAT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||
Sbjct 949 GAGTCAGCCCTTCCTCCGCAGCAAATGGCTTGGTGTGGAATGGATAGTGTGCTGCTATAT 1008
Query 901 TGGGATGAGGATTTAATGATGGTGGGTCCTGTAGGAGACCCAGTTCACTATTTCTACGAT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1009 TGGGATGAGGATTTAATGATGGTGGGTCCTGTAGGAGACCCAGTTCACTATTTCTATGAT 1068
Query 961 GAACCTGTAATTCTTATCCCAGAATGCGATGGAGTGAGAATATTATCTAACACGAGCCTT 1020
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1069 GAACCTATAATTCTTATCCCAGAATGCGATGGAGTGAGAATATTATCTAACACGAATCTT 1128
Query 1021 GAATTTCTGCAAAGAGTACCTGATTCTACCGAGTCAATCTTTAAGATTGGAAGCACCTCA 1080
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1129 GAATTTCTGCAAAGAGTACCTGATTCTACTGAGTCAATCTTTAAGATTGGAAGCACATCA 1188
Query 1081 CCTGCAGCTTTGCTATATGATGCTTTGGATCATTTTGACAGGCGAAGTGCTAAGGCAGAT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 CCTGCAGCTTTGCTATATGATGCTTTGGATCATTTTGACAGGCGAAGTGCTAAGGCAGAT 1248
Query 1141 GAGAATTTGAGATTAATTCGTTCATCACTGTCTGAAGCTGTTGAATCCTGTATTGATGCC 1200
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GAAAATTTGAGATTAATTCGTTCATCACTGTCGGAGGCTGTTGAATCCTGTATTGATGCC 1308
Query 1201 GCTGGCCATGAGTTTGATGTAACTCGTCAGAGGGCACTGTTACGAGCGGCAAGCTATGGA 1260
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1309 GCTGGACATGAATTTGATGTAACTCGTCAGAGGGCTCTGTTACGAGCGGCAAGTTATGGA 1368
Query 1261 CAAGCTTTCTGCAGCAATTTTCAGCGTGAACGTGTCCAAGAGACTTGTAGAACGTTACGG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 CAAGCTTTCTGCAGCAATTTTCAGCGTGAACGTGTCCAAGAGACTTGTAGAACGTTACGG 1428
Query 1321 GTTCTAAATGCGGTTCGAGATCCTGCTATTGGCATACCTCTTAGCATTCAGCAGTACAAG 1380
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GTTTTAAATGCGGTTCGTGATCCTGCTATTGGCATACCTCTTAGCATTCAGCAGTACAAG 1488
Query 1381 TTACTGACACCAATGGTTTTGATTAGTCGCCTTATTAATGCTCATTGCCACCTTCTTGCT 1440
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1489 TTACTGACACCAGTGGTTTTGATTAGTCGCCTTATTAATGCTAATTGTCACCTTCTTGCT 1548
Query 1441 CTGCGGATATCTGAGTACTTAGATATGAATAAAGAAGTGGTGATAATGCATTGGGCATGT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 CTGCGGATATCTGAGTACTTAGATATGAATAAAGAAGTGGTGATAATGCATTGGGCATGT 1608
Query 1501 GCAAAGATAACTGCTTCACCATCAACTCCAGATTCTCATCTTCTTGAAATTTTACTTGAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GCAAAGATAACTGCTTCACCATCAACTCCAGATTCTCATCTTCTTGAAATTTTACTTGAT 1668
Query 1561 AAGCTCCAACTATGCAAAGGAATATCTTATGCTGCAGTGGCCACTCATGCTGATAACTGT 1620
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 AAGCTCCAACTATGCAAAGGAATATCGTATGCTGCAGTGGCCACTCATGCTGATAACTGT 1728
Query 1621 GGCCGTCGAAAGTTAGCTGCAATGCTAGTTGAACACGAACCACGCTCCACGAAACAGGTA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 GGCCGTCGAAAGTTAGCTGCAATGCTAGTTGAACATGAACCACGCTCCACGAAACAGGTA 1788
Query 1681 CCTCTTTTATTAAGCATTGGGGAGGAAGACACTGCTTTAGTGAAAGCAACTGAGAGCGGT 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1789 CCTCTTTTATTAAGCATTGGGGAGGAAGACACTGCTTTAGTGAAAGCAACTGAGAGTGGT 1848
Query 1741 GACACCGACCTGGTTTATCTGGTCATATTTCATATATGGCAAAAGAGGCCTCCTTTGGAA 1800
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 GACACTGACCTGGTTTATCTGGTCATATTTCATATATGGCAAAAGAGGCCTCCTTTGGAA 1908
Query 1801 TTCTTTGCGATGATCCAAGGAAGAGTTTTGGCACGTGATCTATTTGTAGCTTATGCACGG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TTCTTTGCGATGATCCAAGGAAGAGTTTTGGCACGTGATCTATTTGTAGCTTATGCACGG 1968
Query 1861 TGTCATAAACATGAATTTCTGAAGGATTTTTTCTTATCTACGGGCCAGATTCATGAGGTA 1920
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 TGTCATAAGCATGAATTTCTGAAGGATTTCTTCTTATCTACGGGCCAGATTCATGAGGTA 2028
Query 1921 GCTTTTCTTTTATGGAAAGAATCATGGGATATGGGTAAAAACCCAATGGCTAGCAAAGGA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 GCTTTTCTTTTATGGAAAGAATCATGGGATATGGGGAAAAACCCAATGGCTAGCAAAGGA 2088
Query 1981 TCCCCGCTGCACGGTCCGCGCATAAAACTAATAGAGAAGGCCAGAAACCTTTTCTCCCAG 2040
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2089 TCTCCATTGCACGGTCCGCGCATAAAACTAATAGAGAAGGCTAGAAACCTTTTCTCCCAA 2148
Query 2041 ACAAAGGAACACACTTTCGAGTCTAAGGCTGCTGAGGAGCATGCAAAACTCCTGAAGATA 2100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 ACAAAGGAACACACTTTCGAGTCTAAGGCTGCTGAGGAACATGCAAAACTCCTGAAGATA 2208
Query 2101 CAACATGAGCTAGAAGCTAGTACAAAGCAGGCTATCTTTGTTGATTCAAGCATCAATGAT 2160
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 CAACATGAGCTAGAAGCTAGTACGAAGCAGGCTATCTTTGTTGATTCAAGCATCAATGAT 2268
Query 2161 ACTATACGCACATGTATTGTACTGGGTAATAATCGTGCTGCAATAAAAGTGAAGACAGAA 2220
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 ACTATACGCACATGTATTGTCCTGGGTAATAACCGTGCTGCAATAAAAGTGAAGACAGAA 2328
Query 2221 TTCAAGGTCAGTGATAAAAGATGGTATTGGCTGAAAGCATTTGCTCTGGCTACAATCAAA 2280
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2329 TTCAAGGTCAGTGATAAAAGATGGTATTGGCTTAAAGCATTTGCTCTCGCTACAATCAAA 2388
Query 2281 GACTGGGCTGCGCTTGAAAAGTTTTCAAAGGAAAAGAGACCACCAATGGGGTTCCGTCCA 2340
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2389 GACTGGGCAGCGCTTGAAAAGTTTTCGAAGGAAAAGAGACCACCAATGGGGTTTCGTCCA 2448
Query 2341 TTTGTGGAGGCATGCATTGACGCAGATGAGAAAGCGGAAGCTCTAAAATACATCCCTAAA 2400
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2449 TTTGTGGAGGCATGCATTGATGCAGATGAGAAAGCGGAAGCTCTAAAATACATCCCCAAA 2508
Query 2401 CTATCAGATCTTGTCGAAAGAGGCGAGGCTTATGCTCGTATTGGAATGGCAAAGGAAGCA 2460
|| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CTGTCTGATCTTGTGGAAAGAGGCGAGGCTTATGCTCGTATTGGAATGGCAAAGGAAGCG 2568
Query 2461 GCTGAT-GCAGCAGCTCAGGCAAATGATGGAGGAGAATTGCTTGAGAGATTCAGGAAGAC 2519
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 GCTGATTGC-GCAGCTCAGGCAAATGATGGAGGAGAATTGCTTGAGAGATTCAGGAAGAC 2627
Query 2520 GTTTGTACAGAATGCTATTTTCGATACCTTGAAAATGCCTTTCCAAGGAGCCTCCTAG 2577
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 GTTTGTACAGAATGCTATTTTCGATACCTTGTTAATGCCTTTCCAAGGAGCCTCCTAG 2685
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127925704650
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5