BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg325492
Length=2655
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G09400.1 | Symbols: KUP7 | K+ uptake permease 7 | chr5:29162... 3061 0.0
> AT5G09400.1 | Symbols: KUP7 | K+ uptake permease 7 | chr5:2916216-2920759
FORWARD LENGTH=2893
Length=2893
Score = 3061 bits (1657), Expect = 0.0
Identities = 1726/1760 (98%), Gaps = 2/1760 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 897 AGATCAAGTGGTGATGATTTCAGTTGCATTTCTGGTGATCCTCTTTAGTCTACAAAAATA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 AGATCAAGTGGTGATGATTTCAGTTGCATTTCTGGTGATCCTCTTTAGTCTACAAAAATA 1039
Query 957 TGGGACGAGTAAGATGGGACTAGTAGTAGGTCCTGCCTTACTTATATGGTTCTGTTGTCT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1040 TGGGACGAGTAAGATGGGACTAGTAGTAGGTCCTGCCTTACTTATATGGTTCTGTTCTCT 1099
Query 1017 TGCTGGTATTGGCATTTACAACCTGATCAAATACGATAGCAGTGTTTTCAAAGCATTCAA 1076
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1100 TGCTGGTATTGGAATTTACAACCTGATCAAATACGATAGCAGTGTTTACAGAGCATTCAA 1159
Query 1077 CCCTGTTCACATCTATTACTTCTTCAAGAGGAACTCTATAAATGCATGGTATGCACTTGG 1136
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1160 CCCTGTCCACATCTATTACTTCTTCAAGAGGAATTCTATAAATGCGTGGTATGCACTTGG 1219
Query 1137 AGGTTGCATTCTCTGTGCTACAGGCTCAGAGGCATTATTTGCAGACCTTTGCTACTTTTC 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 AGGTTGCATTCTCTGTGCTACAGGCTCAGAGGCATTATTTGCAGACCTTTGCTACTTTTC 1279
Query 1197 TGTTCGATCAGTCCAGCTTACATTTGTGTGTCTTGTCCTGCCGTGCCTCATGTTGGGTTA 1256
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TGTTAGATCAGTCCAGCTTACATTTGTGTGTCTTGTCCTGCCGTGCCTCATGTTGGGTTA 1339
Query 1257 TATGGGACAAGCTGCATACCTGATGGAGAATCATGCGGATGCTAGTCAAGCTTTCTTTTC 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 TATGGGACAAGCTGCATACCTGATGGAGAATCATGCGGATGCTAGTCAAGCTTTCTTTTC 1399
Query 1317 ATCTGTTCCAGG-TACTGCATTCTGGCCAGTCCTTTTTATAGCCAACATTGCGGCTCTGA 1375
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1400 ATCTGTTCCAGGCT-CTGCATTCTGGCCAGTCCTTTTCATAGCCAACATTGCAGCTCTGA 1458
Query 1376 TTGCCAGTCGCACAATGACGACTGCGACATTTTCATGTATTAAACAGTCAACAGCTCTGG 1435
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TTGCCAGTCGCACAATGACGACTGCAACATTTTCATGTATTAAACAGTCAACAGCTCTGG 1518
Query 1436 GTTGTTTCCCTCGTCTCAAAATTATTCACACTTCTCGAAAATTTATGGGTCAGATTTATA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1519 GTTGTTTCCCTCGTCTCAAAATTATTCACACTTCTCGAAAATTTATGGGCCAGATTTATA 1578
Query 1496 TACCTGTCCTAAACTGGTTCCTGCTTGCCGTTTGCCTGGTCGTCGTCTGCTCAATCTCAA 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 TACCTGTCCTAAACTGGTTCCTGCTTGCCGTTTGCCTGGTCGTCGTCTGCTCAATCTCAA 1638
Query 1556 GTATCGATGAGATTGGAAATGCATATGGGATGGCTGAGCTTGGAGTGATGATGACAACTA 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1639 GTATCGATGAGATTGGAAATGCATATGGGATGGCTGAGCTAGGAGTGATGATGACAACTA 1698
Query 1616 CAATTCTTGTGACGTTAATCATGCTTCTTATATGGCAGATAAACATCGTAATCGTGATTG 1675
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 CAATTCTAGTGACGTTAATCATGCTTCTTATATGGCAGATAAACATCGTAATCGTGATTG 1758
Query 1676 CGTTTCTGGTAGTTTTTCTCGGAGTGGAATTAGTCTTTTTCTCATCAGTCATAGCGAGTG 1735
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 CCTTTCTGGTAGTTTTTCTCGGAGTGGAATTAGTCTTTTTCTCATCAGTCATAGCGAGTG 1818
Query 1736 TTGGGGATGGAAGCTGGATAATATTGGTCTTTGCCGTAATCATGTTTGGTATAATGTATA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 TTGGGGATGGAAGCTGGATAATATTGGTCTTTGCCGTAATCATGTTTGGTATAATGTATA 1878
Query 1796 TTTGGAACTATGGAAGTAAGCTCAGGTATGAAACAGAAGTCGAACAAAAGCTGTCAATGG 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TTTGGAACTATGGAAGTAAGCTCAGGTATGAAACAGAAGTCGAACAAAAGCTGTCAATGG 1938
Query 1856 ATTTAATGAGAGAACTTGGGTGCAACCTGGGAACAATAAGAGCTCCTGGTATTGGTTTGC 1915
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1939 ATTTAATGAGAGAACTTGGGTGCAACCTGGGAACGATAAGAGCTCCTGGTATCGGTTTGC 1998
Query 1916 TGTACAATGAGTTAGTGAAGGGAGTACCGGCAATATTTGGCCATTTTCTGACTACACTTC 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TGTACAATGAGTTAGTGAAGGGAGTACCGGCAATATTTGGCCATTTTCTGACTACACTTC 2058
Query 1976 CTGCAATCCATTCCATGGTCATTTTCGTCTGCATAAAATATGTCCCGGTTCCAGTTGTAC 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 CTGCAATCCATTCCATGGTCATTTTCGTCTGCATAAAATATGTCCCGGTTCCAGTTGTAC 2118
Query 2036 CGCAGAATGAGAGGTTCCTCTTCAGACGTGTCTGCACCAAAAGCTATCACTTATTCCGTT 2095
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CACAGAATGAGAGGTTCCTCTTCAGACGTGTCTGCACCAAAAGCTATCACTTATTCCGTT 2178
Query 2096 GCATTGCCAGGTATGGTTATAAGGACGCAAGAAAGGAGAACCACCAAGCATTTGAGCAGC 2155
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 GCATTGCCAGGTATGGTTATAAAGACGCAAGAAAGGAGACCCACCAAGCATTTGAGCAGC 2238
Query 2156 TACTGATCGAGAGCCTCGAGAAGTTCATCCGAAGAGAAGCTCAAGAACGTTCCTTGGAGA 2215
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2239 TACTGATCGAGAGCCTCGAGAAATTCATCCGAAGGGAAGCACAAGAACGTTCCTTGGAGA 2298
Query 2216 GCGACGGGAACGATGATTCAGACTCAGAGGAAGATTTCCCAGGTTCTAGAGTCGTAATTG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GCGACGGGAACGATGATTCAGACTCAGAGGAAGATTTCCCAGGTTCTAGAGTCGTAATTG 2358
Query 2276 GCCCCAACGGAAGCATGTACTCAATGGGCGTCCCCCTTCTCTCTGAGTACAGAGACTTAA 2335
|||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 GCCCCAACGGAAGCATGTACTCGATGGGGGTTCCCCTTCTCTCTGAGTACAGAGACTTAA 2418
Query 2336 ACAAACCGATCATGGAAATGAACGCTTCATCTGATCACAGAAACCACCATCCCTTTGATG 2395
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2419 ACAAACCGATCATGGAAATGAACACTTCATCTGATCACACAAACCACCATCCCTTTGACA 2478
Query 2396 CATCGTCTGACTCCTCTGTATCTGAAGCCGAGCAAAGCCTGGAGAGAGAGTTATCGTTCA 2455
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 CATCATCTGACTCCTCTGTATCTGAAGCTGAGCAAAGCCTGGAGAGAGAGTTATCGTTCA 2538
Query 2456 TACACAAAGCGAAAGAATCAGGGGTGGTGTATCTTCTCGGGCATGGCGATATAAGAGCAA 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 TACACAAAGCGAAAGAATCAGGGGTGGTGTATCTTCTCGGGCATGGCGATATAAGAGCAA 2598
Query 2516 GAAAAGATTCATGGTTCATCAAGAAGTTAGTCATAAACTACTTCTACACATTCCTGAGGA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 GAAAAGATTCATGGTTCATCAAGAAGTTAGTCATAAACTACTTCTACACATTCCTGAGGA 2658
Query 2576 AAAACTGCAGGAGAGGGATCGCAAATTTGAGTGTGCCTCAGTCGCATCTGATGCAGGTCG 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 AAAACTGCAGGAGAGGGATCGCAAATTTGAGTGTGCCTCAGTCGCATCTGATGCAGGTCG 2718
Query 2636 GTATGACATACATGGTCTGA 2655
||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 GTATGACATACATGGTCTGA 2738
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 749/769 (97%), Gaps = 0/769 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTGAGGAAAGCAGTCTGGAAGGTTCGGAAAAAGAAGAGATCGATAGCTCAGGTGGT 60
||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 ATGGCGGAGGAAAGCAGTATGGAAGGTTCTGAAAAAGAAGAGATCGATAGCTCAGGTGGT 221
Query 61 GGTCTTGGAGATATGGCATCCATGGATTCTATCGAGTCTCGATGGGTTATTCAAGACGAT 120
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 GGTTTTGGAGATATGGCATCCATGGATTCTATCGAGTCTCGATGGGTTATTCAAGACGAT 281
Query 121 GATGATTCCGAGATCGGCGTTGACGATGATAATGATGGATTCGACGGTACCGGACTCGAA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 282 GATGATTCCGAGATCGGCGTTGACGATGATAATGATGGATTCGACGGTACTGGACTCGAA 341
Query 181 TCCGATGAAGACGAGATACCAGAGCATCGTCTGATCCGTACTGGTCCACGTGTTGATTCC 240
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 TCCGATGAGGACGAGATACCTGAGCATCGCCTGATCCGTACTGGTCCACGTGTTGATTCC 401
Query 241 TTTGACGTGGAAGCGCTTGAAGTTCCTGGTGCTCCGAGAAATGATTACGAGGACTTGACC 300
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 TTCGACGTGGAAGCGCTTGAAGTTCCTGGTGCTCCGAGAAATGATTACGAGGACTTGACC 461
Query 301 GTTGGGAGGAAAGTGTTGCTTGCATTTCAGACACTAGGGGTTGTCTTTGGAGATGTAGGA 360
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 GTTGGGAGGAAAGTGTTGCTTGCATTTCAAACATTAGGGGTTGTCTTTGGAGATGTAGGA 521
Query 361 ACCAGTCCATTGTATACGTTCAGTGTAATGTTCAGTAAATCACCTGTCCAAGGAAAAGAA 420
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 522 ACCAGCCCGTTGTATACGTTCAGTGTAATGTTCAGTAAATCACCTGTCCAAGAAAAAGAA 581
Query 421 GATGTCATTGGAGCACTGTCACTAGTCTTATACACCTTACTTTTGGTCCCCCTTATTAAA 480
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 GATGTTATTGGAGCACTGTCACTAGTTTTATACACTTTACTTTTGGTCCCCCTTATTAAA 641
Query 481 TATGTTCTTGTTGTTCTATGGGCAAATGATGATGGTGAAGGTGGGACCTTTGCGTTATAC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 642 TATGTTCTTGTTGTTCTATGGGCAAATGATGATGGTGAAGGGGGGACCTTTGCGTTATAC 701
Query 541 TCATTAATCTCTCGTCATGCCAAGATTAGTCTTATCCCAAATCAACTTCGCTCAGACACC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 702 TCATTAATCTCTCGTCATGCCAAGATTAGTCTTATCCCAAACCAACTTCGCTCAGACACC 761
Query 601 CGAATTTCAAGTTTTAGACTGAAGGTGCCTTGCCCTGAGCTTGAGAGATCATTGAAATTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 762 CGAATTTCAAGTTTTAGACTGAAGGTGCCTTGCCCTGAGCTTGAGAGATCATTGAAACTA 821
Query 661 AAAGAAAAACTCGAGAATTCATTAATTCTGAAGAAAATTCTCCTCGTGCTAGTTCTTGCT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 AAAGAAAAACTCGAGAATTCATTAATTCTGAAGAAAATTCTCCTCGTGCTAGTTCTTGCT 881
Query 721 GGAACTTCCATGGTGATTGCCGATGGGGTTGTAACTCCTGCAATGTCAG 769
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 GGAACTTCCATGGTGATTGCCGATGGGGTTGTAACTCCTGCAATGTCAG 930
Score = 102 bits (55), Expect = 2e-20
Identities = 58/59 (98%), Gaps = 1/59 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 817 AATG-CAGTAATGTCAGCTGTTGGTGGACTTAAGGTCGGAGTTGATGTAGTTGAGCAAG 874
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 AATGTCAGTAATGTCAGCTGTTGGTGGACTTAAGGTCGGAGTTGATGTAGTTGAGCAAG 981
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131838726204
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5