BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg325654
Length=1848
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11240.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 rep... 2959 0.0
> AT5G11240.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 repeat
family protein | chr5:3582540-3586986 FORWARD LENGTH=2254
Length=2254
Score = 2959 bits (1602), Expect = 0.0
Identities = 1771/1853 (96%), Gaps = 10/1853 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATTTGGTGAATATTAAAGATGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCACTTGATTATCTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 203 ATGAATTTGGTGAATATTAAAGATGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCACTAGATTATCTC 262
Query 61 GCTCTTAGCACCGGAGATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 GCTCTTAGCACCGGAGATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAA 322
Query 121 ACAGAGTTTGCTGATATTGCATCTACAGAGGAGACTAACATATATACTAAAGTTGGGAAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 323 ACAGAGTTTGCTGATATTGCATCTACAGAGGAGACAAACATATATACCAAAGTTGGAAAA 382
Query 181 GGTCACCTCTCGGTCGATTATACTTGCATGAAATGGTTGTCTCTGGAGAAAAAGAAGAAG 240
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 GGTCACCTTTCAGTCGATTATACTTGCATGAAATGGTTGTCTCTGGAGAAAAAGAAGAAG 442
Query 241 AGAAAACTTGGAACTTCCGTATTGGTTTTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCACTT 300
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 AGGAAACTTGGAACTTCCGTATTGGTATTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCACTT 502
Query 301 GATGTGGCTTCTGGTCAGCTGAAATGGAGAATAAGTGACTGTCATCCCGGTGGTGTTAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 GATGTGGCTTCTGGTCAGCTGAAATGGAGAATAAGTGACTGTCATCCCGGTGGTGTTAAT 562
Query 361 GCTGTTTCATCTTCAGCAAACGCCTCTTGCCTATACAGCGGCGGGGCAGATGGGATGGTT 420
|||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 563 GCTGTTTCATCTTCAGCAAAGGCATCTTGCATATACAGCGGTGGGGCAGATGGGATGGTT 622
Query 421 TGTCAGATAGATCCTCACAGTGGAAATCTGATCAGAAAGTTCAAAGCGTCAACAAAAACA 480
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 623 TGTCAGATCGATCCCCACAGTGGAAATCTGATCAGAAAGTTCAAAGCTTCAACAAAAACA 682
Query 481 GTTTCTTCTTTATGTGTTTCACCAGATGGAAAAATATTAGTCACTGCATCTGCTCAGTTG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 683 GTTTCTTCTTTATGTGTTTCACCAGATGGAAAAATATTAGTCACTGCATCTACTCAGTTG 742
Query 541 AAGACTTTTAACTGCTCAGATCTCAAGAAGATACAAAAGTTTACTGGTCATCCTGGAGGT 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 743 AAGACTTTTAACTGCTCTGATCTCAAGAAGATACAGAAGTTTACTGGTCATCCTGG-GGT 801
Query 601 -GTGCGTTGTGTGGCTTTTACCGAGGATGGGAAGTATGTCCTCTCATCTGCAGTCGGTGA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 802 TGTGCGTTGTGTGGCTTTTACCGAGGATGGGAAGTATGTCCTCTCATCCGCAGTCGGGGA 861
Query 660 AAGATATATTGCAGTTTGGAAAACAGATGGTGCAAAGAAGCAGTCAGCTAGTTGTGTTCT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 862 AAGATATATTGCAGTTTGGAAAACAGATGGTGCAAAGAAGCAGTCAGCTAGCTGTGTTCT 921
Query 720 TGCCTTGGAGCACCCTCCCGTCTTCGTGGATAGCTGGGGTGAAACAAATGAAAAAGGGTT 779
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 TGCCTTAGAGCACCCTCCTGTCTTCGTGGATAGTTGGGGTGAAACAAATGAAAAAGGGTT 981
Query 780 ATACGTTTTAGCAATTTCAGAAATAGGTGTCTGTTATTTTTGGTATGGATCAAATGTTGA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 982 ATACGTTTTAGCAATTTCAGAAATAGGTGTCTGTTATTTTTGGTATGGGTCAAATGTTGA 1041
Query 840 TGAGCTATGCAATGCAACGCCTACAAAAGTCGCATTAGCAACTGCAGATTCTTCCCTCAA 899
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 GGAACTATGCAATGCAACGCCTACAAAAGTCGCATTAGCAACTGCAGATTCTTCCCTCAA 1101
Query 900 ACCTCACAAGGGCTCATTGCCTTTGATCTTTGCTGCCAAATTACAAGGCATTTTGAAGCC 959
|||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 ACCTTACAAGAGCTCATTGCCTTTAATCTTTGCTGCCAAATTACAAGGCATTTTGAAGCC 1161
Query 960 TGGTTCTGCGCATGCATTTATTGCATCCGGATTGCTTGTGAAACCCTCATTCCAGAAAAT 1019
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1162 TGGTTCTGCACATGCATTTATTGCATCCGGATTGCTTGTGAAACCTTCATTCCAGAAAAT 1221
Query 1020 GGTGTTGCAGTTTGGCACTGACTTGGTGCTCAATGCCTCTAAGGATGGGATCCTTCTCCC 1079
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 GGTGTTGCAGTTTGGCAATGACTTGGTGCTGAATGCCTCTAAGGATGGGATCCTTCTCCC 1281
Query 1080 CATCACTCAGTCAGTGTCCAAGTCCAGCAAG-GGAAAAGGAGTGCAGAATAAAGTTACAA 1138
|||||||||||||| ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TATCACTCAGTCAGTTTCCAAGTCCAGCAAGAGGCAA-GGCGTGCAGAATAAAGTTACAA 1340
Query 1139 CATTAGACCGTGCACATGCGGAGGATGCTTTGCTGCCAATCGCAAGAGTTGCTGATCTGC 1198
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 CATTAGACCGTGCACATGCCGAGGATGCTTTGCTGCCAATCGCAAGAGTTGCTGATCTGC 1400
Query 1199 ATGAGAAAAAGAGTGTACAACTACACTCATCTGATAAGGATACTGATATGGTTGACCGAA 1258
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1401 ACGAGAAAAAGAGTGTACAACTACACTCATCTGATAAGGATACTTATATGGTTGACCAAA 1460
Query 1259 GTCAAGCTGATCATGTAGAAACATTTAGCATGGAGGATAAGTTGAGATCGTTAGGGATAC 1318
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 GTCATGCTGATCATGTAGAAACATTTAGCATGGAGGATAAGTTGAGATCGTTAGGGATAC 1520
Query 1319 TTGGAGGTACAGATGAACaaaaaaaTCTTTCCTATGCTTCAATAATTGATGGAATTGATC 1378
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1521 TGGGAGGTACAGATGAACATAAAAATCTTTCCTATGCTTCAATAATTGATGGAACTGATC 1580
Query 1379 TCGAGGCTTATCTACCACCAAAGAAGTTAAAATCTGCTGTTTCCTCAATGGAACCCTCCT 1438
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1581 TCAAGGCTTATCTACCACCAAAGAAGTTAAAGTCTGCTGTTTTGTCAATGGAACCCTCCA 1640
Query 1439 CTGCATTCAAGACTCTAGAAGCTTTGGTTGCTATGTGGCAGACAAGGGCATGTGGTGGGA 1498
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1641 CTGCATTCAAGACTCTAGAAGCTTTGGCTGCTATGTGGCAGACAAGGGCTTGTGGTGGGA 1700
Query 1499 GGCATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCATAGTCATTACATCATGTCCC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 GGCATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCATAGTCATTACATCATGTCCC 1760
Query 1559 AAGAACCAAAAAACCAGC---TTCTTAATACATTGCTTAAAATTACTAAGTCCCGAGGAA 1615
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1761 AAGAACCAAAAAACCAGCAGCTTCTTAATACATTGGTTAAGATTACCAAGTCCCGAGGAA 1820
Query 1616 CGGCTCTTCAACAGTTACTACAGTTATCTGGGCGTTTACAACTTGTTACTGCCCAGATCA 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1821 CGGCTCTTCAACAGTTACTACAGTTATCTGGGCGCTTACAACTTGTTACAGCTCAGATCA 1880
Query 1676 ATAAAGCTGCAGGAAATCAAACGCAAACAACAGCTAATGATCAAGAGATTGATGAAAGTG 1735
||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 ATAAAGCTGCAGGAAGTCAAACGCAAATAACAGCCCATGATCAAGAGATTGATGAAAGTG 1940
Query 1736 AGGATGAGGAGGAAGATGTAGAAGAGCATTTCTATGGTGAGAACAATGATATTGAATCCG 1795
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1941 AGGATGAGGAAGAAGATGTAGAAGACCATTTCTATGGTGAGAA---TGATAATGAATCCG 1997
Query 1796 AATTAAGCAGCGACGATGGAAAGAATAAAGAGGATTCCTTGATGGAGATGTAA 1848
| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1998 ATTTAAGCAGTGACGATGGAAAGGATAAAGATGATTCCTTGATGGAGACGTAA 2050
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91465392990
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5