BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg326105
Length=2607
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16630.1 | Symbols: ATRAD4, RAD4 | DNA repair protein Rad4 f... 4095 0.0
> AT5G16630.1 | Symbols: ATRAD4, RAD4 | DNA repair protein Rad4
family | chr5:5454945-5459578 FORWARD LENGTH=2858
Length=2858
Score = 4095 bits (2217), Expect = 0.0
Identities = 2483/2611 (95%), Gaps = 19/2611 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGTCTACAAGTGAAAGTAAGAATGGTAGACTTGCTTC-AGCCTCTAGAGAAGCAGT 59
|||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 144 ATGAAGTCTAGAAGTGAAAGTAAGAATTGTAGGCTTGC-ACAAGCCTCTAGAGTAGCAGT 202
Query 60 CAACAAAGTTCTAGACAAAAGCAGTGCTCGTGGCTCTCGAGGCAAGAAGAAGAAAGATGA 119
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 203 CAACAAAGTTCTAGACAAAAGCAGCGCCCGTGGCTCTCGAGGCAAGAAGAAGCAAGATGA 262
Query 120 TAATTGTGACTCCGCAAAGCGGGACAAAGGCGTAAACGGGAAGGGAAAGCAAGCGGTCGA 179
||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 263 TAACTGTGATTCCGCTAAGCGGGATAAAGGCGTAAACGGTAAGGGAAAGCAAGCGCTCGA 322
Query 180 GGCTAGATTGACTGATAACGCTCTAGAGGACAGGGAATGTGGTACGGTTGATGATGAGGA 239
|| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||
Sbjct 323 CGCAAGATTGATTGATAACGTTCTAGAGGACAGGGGATGTGGTAATGTTGATGAT---GA 379
Query 240 TGAAATGAATGATTCAGACTGGGAAGACTGTCCAATCCCTAGTCTTGATAGTACGGTTGA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 TGAAATGAATGATTCAGACTGGGAAGACTGTCCAATCCCTAGTCTTGATAGTACGGTTGA 439
Query 300 TGTTACTAATGTTGATGACACCAGAGAGTTAACCATAGAATTTGATGATGATGTTCCTGA 359
|| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TGATAATAATGTTGATGACACCAGAGAGCTAACCATAGAATTTGATGATGATGTTCCTGA 499
Query 360 TGCTAAGAAGCAGAAGATTGCATACCGTGCAACAGCAGAAGACAAGGAACGGGCGGAACT 419
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 500 TGCTAAGAAGCAGAAGAATGCATACCGTGCAACAGCAGAAGACAAGGTACGGGCGGAACT 559
Query 420 TGTCCATAAGGTTCACTTGCTCTGTCTGCTTGCAAGAGGGAGGATAGTTGATGA-TGCTT 478
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 560 TGTCCATAAGGTGCACTTGCTCTGTCTGCTTGCAAGAGGGAGGATAGTTGA-CAGTGCTT 618
Query 479 GTAATGATCCCTTGATTCAGGCTGCCTTGCTTTCACTTCTACCATCATACCTGACTAAAG 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 619 GTAATGATCCCTTGATTCAGGCTGCCTTGCTTTCACTTCTACCATCATACTTGACAAAAG 678
Query 539 TTTCAAATCTCGAGAAAGTTACTGTTAAGGATATAGCCCCTCTTCTTCGTTGGGTTCGTG 598
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 TATCAAATCTCGAGAAAGTTACTGTCAAGGATATAGCCCCTCTTCTTCGTTGGGTTCGTG 738
Query 599 AAAACTTTTCTGTTAGGTGTTCACCCAGTTCTGAGAAATCTTTTCGTACTTCCCTAGCAT 658
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 739 AAAACTTTTCTGTTAGTTGTTCTCCCAGTTCTGAGAAATCTTTTCGTACATCCCTAGCAT 798
Query 659 TTGCTCTTGAATCTCGTAAAGGCACAGCGGAAGAGCTTGCAGCATTGGCTGTTGCTTTGC 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 799 TTGCTCTTGAATCTCGTAAAGGCACAGCGGAAGAGCTTGCAGCACTGGCTGTTGCTTTGC 858
Query 719 TTAGAGCATTAAATCTCACAACTCGGTTTGTGTCTATTCTTGATGTTGCATCCTTAAAAC 778
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 TTAGAGCATTAAAGCTCACAACCCGGTTTGTGTCTATTCTTGATGTTGCATCCTTAAAAC 918
Query 779 CAGGGGCCGATAGGGATGATTCATCAGGTCAAAACAGAGCTAAAATGAAGCATGGGATAT 838
| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 CTGGGGCCGATAGGAATGAATCATCAGGTCAAAACAGAGCTAAAATGAAGCATGGGATAT 978
Query 839 TCAGGACCTCAACACTTATGGTACCAAAACAGCAGGCCATCTCGTCACACCCGAAGAAAT 898
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 979 TCAGGACGTCAACACTTATGGTACCAAAACAGCAGGCCATCTCGTCATACCCGAAGAAAT 1038
Query 899 CTTCTTCCCATGTTAAGAATAAAAGTCTCTTTGAAACGTCTGAGCCTCAGCGTGGGAATC 958
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1039 CTTCCTCCCATGTTAAGAATAAAAGTCCCTTTGAAA------AGCCTCAGCTTGGGAATC 1092
Query 959 CCCTGGGCTCTGATCAGTTACAAGACAATGCAGTCAATTCATCTTGTGAAGCAGGAATGT 1018
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 CCCTGGGCTCTGATCAGGTACAAGACAATGCAGTCAATTCATCTTGTGAAGCAGGAATGT 1152
Query 1019 CCAGAAAATCTGACGGAACAAGGAGGAAAGGAGATGTTGAGTTCGAGAGGCAAATAGCCA 1078
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 CCATAAAATCTGACGGAACAAGGAGGAAAGGAGATGTTGAGTTCGAGAGGCAAATAGCCA 1212
Query 1079 TGGCTTTGTCTGCAACTGCAAACAGCCAACAGAGCTCTCAAGTGAACAATAAAAAGAAAA 1138
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1213 TGGCTTTGTCTGCAACTGCAGACAACCAACAGAGCTCTCAAGTGAACAATACGAAGAAAG 1272
Query 1139 TTCGTGAAATAACAAAAACAAGTGATAGCTCGTCAGTTTCTGACCAAGTAATATCCACGG 1198
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 TTCGTGAAATAACAAAAATAAGTAATAGCTCGTCAGTTTCTGACCAAGTAATATCCACGG 1332
Query 1199 CTATT-GGTTCTAAGAAAGTAGATTCTCCCCTTTGTTGGGCT-GAGGTGTATTGCAATGG 1256
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1333 CT-TTCGGTTCTAAGAAAGTAGATTCTCCCCTTTGTTGG-CTTGAGGTGTATTGCAATGG 1390
Query 1257 AGAAAACATGGATGGGAAATGGGTCCATGTCGATGCTGTTAATGGAATGATAGATGCAGA 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 GGAAAACATGGATGGGAAATGGGTCCATGTCGATGCTGTTAATGGAATGATAGATGCAGA 1450
Query 1317 GCAAAACGTTGAAGCAGCAGCTGCCGCATGCAAAACCGTTCTCAGATATGTTGTTGCTTT 1376
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1451 GCAAAACATTGAAGCAGCAGCTGCCGCATGCAAAACCGTTCTCAGATATGTTGTTGCATT 1510
Query 1377 TGCTGGTGGTGGAGCCAAAGATGTCACTCGCAGGTACTGTACAAAATGGCACACTATTTC 1436
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1511 TGCTGCTGGTGGAGCTAAAGATGTCACTCGCAGGTACTGTACAAAGTGGCACACTATTTC 1570
Query 1437 ACCCAAACGGGTGTGTTCAGTGTGGTGGGATATGGTATTAGCACCGTTAATACATCTCGA 1496
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1571 ATCCAAACGGGTGTCTTCAGTGTGGTGGGATATGGTATTAGCACCGTTAGTACATCTCGA 1630
Query 1497 GTCAGCCGCAACTCACAATGAAGACATTGCTCTGAGAAATTTTAGTAGCCTAAATCCTGT 1556
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 1631 GTCAGGTGCAACTCACGATGAAGACATTGCTCTGAGAAATTTCAATGGCCTAAATCCTGT 1690
Query 1557 TGCTAACAGAGCTTCCTCGAGTAGCTCGTCCTTTGGTATAAGAAGTGCTCTTGAAGATAT 1616
| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1691 TTCTAGTAGAGCTTCCTCGAGTAGCTCGTCGTTTGGTATAAGGAGTGCTCTTGAAGATAT 1750
Query 1617 GGAGTTGGCTACACGGGCGCTGACTGAGCCTCTTCCTACTAACCAGCAGGCCTATAAAAG 1676
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1751 GGAGTTGGCTACACGGGCGCTGACTGAGTCTCTTCCTACTAACCAGCAGGCTTATAAAAG 1810
Query 1677 TCACGAAATCTATGCTATTGAGAAATGGCTTCACAAGAACCAGATACTTCACCCAAAAGG 1736
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TCATGAAATATATGCTATTGAGAAATGGCTTCACAAGAACCAGATACTTCACCCAAAAGG 1870
Query 1737 TCCAGTTCTGGGATTTTGCTTTGGTCATCCAGTATATCCTCGAACCTGTGTGCAGACTCT 1796
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 TCCAGTTCTGGGATTTTGCTCTGGTCATCCAGTATATCCTCGAACCTGTGTGCAGACTCT 1930
Query 1797 TAAAACAAAGGAAAGATGGCTTCGTGATGGGCTACAACTAAAGGCGAATGAAGTTCCCTC 1856
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TAAAACAAAAGAAAGATGGCTTCGTGATGGGCTACAACTTAAGGCGAATGAAGTTCCCTC 1990
Query 1857 AAAGATTCTTAAGCGGAACTCGAAGTTCAAGAAA-TCAAAAGATTTGGGAGATGGCGACA 1915
||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1991 AAAGATTCTTAAGCGAAACTCGAAGTTCAAGAAAGT-AAAAGATTTTGAAGATGGCGACA 2049
Query 1916 ACAACATTAACGGTGGTTCTTATTGCATGGAACTATATGGAAAGTGGCAAATGGAACCAT 1975
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2050 ACAACATTAAAGGTGGTTCTTCTTGCATGGAACTATATGGGAAGTGGCAAATGGAACCAT 2109
Query 1976 TGTGTCTCCCTCACGCTGTTAATGGAATTGTGCCCAAGAACGAACGGGGTCAAGTTGATG 2035
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2110 TGTGTCTCCCTCCCGCTGTTAATGGAATTGTGCCCAAGAACGAGCGCGGTCAAGTTGATG 2169
Query 2036 TCTGGTCTGAGAAATGTCTCCCACCAGGAACAGTCCACTTAAGGTTTCCTCGAATATTTT 2095
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 TCTGGTCTGAGAAATGTCTCCCACCTGGAACAGTCCACTTAAGGTTTCCTCGAATATTTG 2229
Query 2096 CGGTTGCTAAGAGATTCGGTATAGATTATGCACCAGCCATGGTTGGTTTCGAGTACAGAA 2155
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 CGGTTGCTAAGAGATTCGGTATAGATTATGCACCTGCCATGGTTGGTTTCGAGTACAGAA 2289
Query 2156 GTGGAGGTGCTACTCCTATATTTGAAGGTATTGTGGTCTGTACCGAGTTCAAAGACACAA 2215
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 GTGGAGGTGCTACTCCTATTTTTGAAGGTATTGTGGTCTGTACCGAGTTCAAAGACACAA 2349
Query 2216 TCCTCGAGGCATATGCagaagaacaagaaaagagagaagaagaggagagaagaagaaATG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 TCCTCGAGGCATATGCAGAAGAACAAGAAAAGAAAGAAGAAGAGGAGAGAAGAAGAAATG 2409
Query 2276 AAGCACAAGCAGCTTCGAGATGGTATCAGCTTCTTTCGTCTATCTTAACCCGTGAAAGAT 2335
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 AGGCACAAGCAGCTTCGAGATGGTATCAGCTTCTTTCGTCTATCTTAACCCGTGAAAGAT 2469
Query 2336 TGAAAAGTCGTTACGGTAATAACTCTAACGATGTCGAAACCAAGAGTTTGGAAGTGAATG 2395
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 TGAAAAACCGTTACGCTAATAACTCTAACGATGTCGAAGCCAAGAGTTTGGAAGTGAATT 2529
Query 2396 CAGACACGGTCGTTAAGGCAAAGAATGTGAAAGCACCTGAAAAGCAGAGAGTGGCTAAGA 2455
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 CAGAAACAGTCGTTAAGGCAAAGAATGTGAAAGCACCTGAAAAGCAGAGAGTGGCTAAGA 2589
Query 2456 GAGGAGAAAAGTCACGAGTGAGAAAGTCTCGCAATGAAGATGAAAGCCATGAACATGTGT 2515
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2590 GAGGAGAAAAGTCACGAGTAAGAAAGTCTCGTAATGAAGATGAAAGTCATGAACATGTGT 2649
Query 2516 TTCTTGATGAGCAAGAAACCTTTGATGAGGAAACCTCTGTGAAAACGAAACGCTGCAAAT 2575
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 TTCTTGATGAGGAAGAAACCTTTGATGAGGAAACCTCTGTGAAAACGAAACGCTGCAAAT 2709
Query 2576 GTGGCTTCTCTGTCGAAGTCGAACAAATGTA 2606
||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2710 GTGGCTTCTCTGTCGAAGTTGAACAAATGTA 2740
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129430712940
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5