BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg326110
Length=3306
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16715.1 | Symbols: EMB2247 | ATP binding;valine-tRNA ligase... 2036 0.0
AT5G16710.1 | Symbols: DHAR3 | dehydroascorbate reductase 1 | c... 1136 0.0
> AT5G16715.1 | Symbols: EMB2247 | ATP binding;valine-tRNA ligases;aminoacyl-tRNA
ligases;nucleotide binding;ATP binding;aminoacyl-tRNA
ligases | chr5:5485353-5493520 FORWARD LENGTH=3216
Length=3216
Score = 2036 bits (1102), Expect = 0.0
Identities = 1166/1197 (97%), Gaps = 4/1197 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 807 TGCGGCCTCAGGAAATAATGTCTTTACTTC-CCCTGAGACATCAAAGACCTTTGAGTTTT 865
||| || |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 168 TGCTGCGTCAGGAAATAATGTATTTACTTCTCCC-GAGACATCCAAGACCTTTGATTTTT 226
Query 866 CCTCCGAGGAGAAAATATACAAATGGTGGGAGTCGCAAGGCTACTTCAAACCTAATTTTG 925
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 227 CTTCGGAGGAGAAGATATACAAATGGTGGGAGTCGCAAGGCTACTTCAAACCAAATTTTG 286
Query 926 ACCAAGGAGGCAGTCCTTTTGTGATACCAATGCCACCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTTC 985
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 287 ACCAAGGAGGCAGTCCTTTTGTGATACCGATGCCACCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTGC 346
Query 986 ACATGGGCCATGCAATGTTTGTCACTCTTGAGGATATTATGGTTCGATACAATAGGATGA 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 ACATGGGCCATGCAATGTTTGTCACTCTTGAGGATATTATGGTTCGATACAATAGGATGA 406
Query 1046 AAGGGAGACCAACACTTTGGCTTCCCGGGACTGATCATGCTGGTATTGCCACTCAGTTGG 1105
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 ATGGGAGACCAACACTTTGGCTTCCCGGGACTGATCATGCTGGTATTGCCACTCAGTTGG 466
Query 1106 TCGTGGAAAAGATGCTAGCGTCAGAAGGCATTAAGAGAGTGGATTTAGGTAGAGATGAGT 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 467 TCGTGGAAAAGATGCTAGCGTCAGAAGGCATTAAGAGAGTGGACTTAGGTAGAGATGAGT 526
Query 1166 TTACCAAAAGAGTCTGGGAATGGAAGGAGAAGTATGGCGGAACCATCACAAATCAGATTA 1225
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 TTACCAAAAGAGTCTGGGAATGGAAGGAAAAGTATGGCGGAACCATCACAAATCAGATTA 586
Query 1226 AAAGACTGGGTGCTTCTTGTGATTGGAGTAGAGAGCGCTTCACTCTTGATGAGCAATTGA 1285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 587 AAAGACTGGGTGCTTCTTGTGATTGGAGTAGAGAGCGCTTTACTCTTGACGAGCAATTGA 646
Query 1286 GTCGAGCTGTGGTCGAGGCTTTTGTGAAGCTTCATGACAAGGGGTTGATATATCAAGGAT 1345
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 GTCGAGCTGTGGTCGAAGCTTTTGTGAAGCTTCATGACAAGGGGTTGATATATCAAGGAT 706
Query 1346 CTTACATGGTCAACTGGTCCCCTAATTTACAGACTGCTGTTTCAGACTTGGAAGTAGAAT 1405
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 CTTACATGGTCAACTGGTCCCCAAATTTACAGACTGCTGTTTCAGACTTGGAAGTAGAAT 766
Query 1406 ATTCAGAGGAACCTGGGTTTCTATACCATATTAAATACCGTGTAGCTGGAAGTCCTGATT 1465
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 ATTCGGAGGAACCTGGGTTTCTATACCATATTAAATACCGTGTAGCTGGAAGTCCTGATT 826
Query 1466 TTCTTACTATAGCAACGACTCGTCCAGAGACATTGTTTGGTGACGTGGCCCTTGCCGTGC 1525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TTCTTACTATAGCAACGACTCGTCCAGAGACATTGTTTGGTGACGTGGCCCTTGCCGTGC 886
Query 1526 ATCCTGAGGATGATCGTTATTCAAAATATGTTGGTCAGACAGCAATTGTACCTATGACAT 1585
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 ATCCTGAGGATGATCGTTACTCAAAATATGTTGGTCAGACAGCAATTGTACCTATGACAT 946
Query 1586 ATGGTCGTCATGTCCCAATTATTGCTGATAAGTATGTTGATAAGGATTTTGGGACTGGTG 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 ATGGTCGTCATGTCCCAATTATTGCTGATAAGTATGTTGATAAGGATTTTGGGACTGGTG 1006
Query 1646 TTCTGAAGATAAGTCCTGGGCATGATCACAACGATTACCTTCTTGCAAGAAAGCTAGGTC 1705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 TTCTGAAGATAAGTCCTGGGCATGATCACAACGATTACCTTCTTGCAAGAAAGCTAGGTC 1066
Query 1706 TCCCCATTCTGAATGTGATGAACAAGGATGCAACACTAAATGACGTTGCTGGCTTGTTTT 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1067 TCCCCATTCTGAATGTGATGAACAAGGATGCAACACTTAATGACGTCGCTGGCTTGTTTT 1126
Query 1766 GTGGCCTTGATC-GATTTGAGGTGAGGGAGAAACTATGGGCAGATCTTGAGGAGACAGGT 1824
|||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1127 GTGGCCTTGA-CAGGTTTGAGGTGAGGGAGAAACTATGGGCAGATCTTGAGGAGATAGGT 1185
Query 1825 TTAGCTGTTAAGAAGGAGCCTCATACTTTACGAGTTCCAAGATCTCAGCGTGGTGGAGAA 1884
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 TTAGCTGTTAAGAAGGAGCCTCACACTTTACGAGTTCCAAGATCTCAGCGTGGTGGAGAA 1245
Query 1885 GTTATTGAGCCACTTGTAAGCAAACAATGGTTTGTCCACATGGATCCTCTAGCTGAGAAG 1944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1246 GTTATTGAGCCACTTGTAAGCAAACAATGGTTTGTCCACATGGATCCTTTAGCTGAGAAG 1305
Query 1945 GCTCTTCTTGCTGTTGAAAACAAAGAACTTACCATCATACCTGAGAGATTTGAGAAG 2001
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 GCTCTTCTTGCTGTTGAAAACAAAGAACTTACTATCATACCTGAGAGATTTGAGAAG 1362
Score = 992 bits (537), Expect = 0.0
Identities = 620/657 (94%), Gaps = 18/657 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2668 GTTTTGTTATATGTCTTTGAGAATATTCTTAAGCTGTTGCATCCATTTATGCCGTTTGTA 2727
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2269 GTTTTGTTATATGTCTTTGAGAATATACTTAAGCTGTTGCATCCGTTTATGCCGTTTGTA 2328
Query 2728 ACCGAGGATCTATGGCAGGCACTTCCCCACAGGAAAGAAGCACTCATTGTGTCTCCATGG 2787
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2329 ACCGAGGATCTATGGCAGGCACTTCCCTACAGGAAAGAAGCGCTCATTGTGTCTCCATGG 2388
Query 2788 CCACAAAATTCACTTCCAAGAAATGTTGAATCAATaaaaaaaTTTGAGAATTTACAAGCT 2847
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2389 CCACAAAATTCACTTCCAAGGAATGTTGAATCAATAAAAAGATTTGAGAATTTACAAGCT 2448
Query 2848 CTGACTAGAGCAATTCGAAATGCACGGGCAGAGTATTCAGTGGAGCCGGTAAAGCGTATA 2907
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2449 CTGACTAGAGCAATTCGAAATGCACGAGCAGAGTATTCAGTGGAACCAGTAAAGCGTATA 2508
Query 2908 TCTGCCTCAGTAGTTGGAAGT------G-CA--G-----A----GAAAGAGAAGGAGGTA 2949
||||||||||| ||||||||| | || | | ||||||||||||||||
Sbjct 2509 TCTGCCTCAGTTGTTGGAAGTGCAGAGGTCATTGAATATATTTCGAAAGAGAAGGAGGTA 2568
Query 2950 TTAGCTCTTCTATCCAGGCTTGACTTAAACAACGTCCATTTTACCAATGCCCCTCCTGGC 3009
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2569 TTAGCTCTTCTATCCAGGCTTGACTTAAACAACGTCCATTTTTCCAATGCCCCTCCTGGT 2628
Query 3010 GATGCAAATCTCTCAGTCCACCTTGTAGCCAGTGAAGGACTAGAGGCATATCTACCTCTT 3069
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2629 GATGCAAATCTATCAGTCCACCTTGTAGCCAGTGAAGGACTCGAGGCATATCTACCTCTT 2688
Query 3070 GCAGCCATGGTTGATATATCTTCTGAAGTCCAACGCATTTCAAAACGTCTCTCCAAGATG 3129
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2689 GCAGCCATGGTTGATATATCATCTGAAGTCCAACGCATTTCTAAACGTCTCTCCAAGATG 2748
Query 3130 CAAACTGAATATGACGCCCTCGTAACTCGTCTCAGTTCACCAAAGTTTGTGGAGAAAGCT 3189
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 CAAACTGAATATGACGCCCTCATAACTCGTCTCAGTTCACCAAAGTTTGTGGAGAAAGCT 2808
Query 3190 CCAGAAGAAGTGGTGAGAGGTGTAAAGGAGCAAGTAGAAGAATTAGAAGAGAAGATAAAG 3249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 CCAGAAGAAGTGGTGAGAGGTGTAAAGGAGCAAGTAGAAGAATTAGAAGAGAAGATAAAG 2868
Query 3250 CTGACCAAAGCTAGGCTTGGTTTTCTCAAGTCTACTACTTCTTTAGTGTCTCAGTAA 3306
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 TTGACCAAAGCTAGGCTTGATTTTCTCAAGTCTACTACTTCTTTAGTGTCTCAGTAA 2925
Score = 771 bits (417), Expect = 0.0
Identities = 440/451 (98%), Gaps = 2/451 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2216 GAATGGTTATGATGGGAATAGAATTTACAGGGACCGTTCCATTTTCTCATGTCTACCTTC 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GAATGGTTATGATGGGAATAGAATTTACAGGGACCGTTCCATTTTCTCATGTCTACCTTC 1762
Query 2276 ACGGACTTATAAGGGACTCTCAAGGGAGAAAAATGTCAAAATCTCTTGGGAATGTGATTG 2335
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1763 ATGGACTTATAAGAGACTCACAAGGGAGAAAAATGTCAAAATCTCTTGGGAATGTGATTG 1822
Query 2336 ATCCGCTTGACACAATCAAAGATTTTGGCACTGATGCTCTGAGATTTACGATTGCACTAG 2395
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 ATCCGCTTGACACAATTAAAGATTTTGGCACTGATGCTCTGAGATTTACGATTGCACTAG 1882
Query 2396 GAACTGCTGGTCAGGATCTGAACTTATCTATTGAGAGGTTAACTGCAAATAAAGCATTCA 2455
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 GAACTGCTGGTCAGGATCTGAACTTATCTACTGAGAGGTTAACTGCAAATAAAGCATTCA 1942
Query 2456 CCAACAAACTATGGAATGCTGGAAAGTTTGTG-TTGCATAGTCTGCCTAGTCTAAGTGAT 2514
|||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 CCAACAAACTCTGGAATGCTGGAAAGTTTGTGCTT-CATAGTCTGCCTAGTCTAAGTGAT 2001
Query 2515 ACATCTGCTTGGGAGAATTTGCTGGCCCTCAAGTTGGACAAAGAGGAAACCCTGCTTAGT 2574
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 ACATCTGCTTGGGAGAATTTGCTGGACCTCAAGTTGGACAAAGAGGAAACCCTGCTTAGT 2061
Query 2575 TTACCCTTGCCTGAGTGTTGGGCGGTGTCAAAGCTCCATATTCTCATTGATTCTGTCACA 2634
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 TTACCCTTGCCTGAGTGTTGGGCGGTGTCAAAACTCCATATTCTCATTGATTCTGTCACA 2121
Query 2635 GCAAGCTATGAGAGGTTGTTCTTTGGGGATG 2665
||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2122 GCAAGCTATGAGAAGTTGTTCTTTGGGGATG 2152
Score = 364 bits (197), Expect = 2e-99
Identities = 211/218 (97%), Gaps = 0/218 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1999 AAGGATTGTGAGGAGGACTACATAGTTGCTAAAAATGCTGAAGAAGCCCTTGAGAAAGCC 2058
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 AAGGATTGCGAGGAGGACTACATAGTTGCTAAAAGTGCTGAAGAAGCCCTTGAGAAAGCC 1515
Query 2059 CATGAGAAGTTTGGAAAAGATGTTGAAATATATCAGGATCCAGATGTTCTTGACACCTGG 2118
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 CTTGAGAAGTATGGAAAAGATGTTGAAATATATCAGGATCCAGATGTTCTTGACACCTGG 1575
Query 2119 TTTTCCAGCTCATTGTGGCCATTCAGCACTCTTGGCTGGCCTGATGTATCAGCGAAGGAT 2178
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1576 TTTTCCAGCTCGTTGTGGCCATTCAGCACTCTTGGCTGGCCTGATGTAGCAGCGAAGGAT 1635
Query 2179 TTCAATAACTTCTACCCTACAAATATGTTAGAAACAGG 2216
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 TTCAATAACTTCTACCCAACAAATATGTTAGAAACAGG 1673
> AT5G16710.1 | Symbols: DHAR3 | dehydroascorbate reductase 1 |
chr5:5483288-5485081 FORWARD LENGTH=956
Length=956
Score = 1136 bits (615), Expect = 0.0
Identities = 723/773 (94%), Gaps = 16/773 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAAGCCTTAGGTTTCAACCAAGCACCACCGCCGGTGTTTTATCGGCGTCGGTGAGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 25 ATGATAAGCCTTAGGTTTCAACCAAGCACCACCGCCGGTGTTTTATCGGCGTCAGTGAGC 84
Query 61 CGCGCCGGTTTTATCAAGAGGTGCGGTTCGACTGAACCGGGAAGGGTTGGCCGGTTTGCA 120
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 CGCGCCGGTTTTATCAAGCGGTGCGGTTCGACTAAACCGGGAAGGGTTGGCCGGTTTGTT 144
Query 121 ACAGTGGCGATGGCGGCGAGTCCTCTCGAAATCTGCGTCAAAGCTTCTATCACCACACCC 180
||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 145 ACAATGGCGACGGCGGCGAGTCCTCTTGAAATCTGCGTTAAAGCTTCTATCACCACTCCC 204
Query 181 AACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGTTGCTGACATTGGAGGAGAAGCAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||
Sbjct 205 AACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAAAAGGTGTTACTGACAATGGAGGAGAAGAAT 264
Query 241 GTTCCTTATGATATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAGCCAGAATGGTTCTTGGAA-AT 299
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||
Sbjct 265 GTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGGTTCTT-GAAGAT 323
Query 300 TAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTCGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGA 359
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 TAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGA 383
Query 360 TGTTATAACACAGGCTCTAGAAGAGAAGTATCCTGAGCCTCCTCTTGCTACCCCACCTGA 419
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 TGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAGTATCCTGAGCCTCCTCTTGCTACCCCACCTGA 443
Query 420 AAAGGCTTCAGTTGGGTCGAAGATATTTTCCACATTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGA 479
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 444 AAAGGCTTCAGTTGGATCGAAGATCTTTTCCACATTTGTCGGTTTTCTGAAGAGCAAAGA 503
Query 480 TCCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTTTTGTTGGATGAGCTTAGTATATTCAACGATTATCT 539
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
Sbjct 504 TTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTTTTGTTGGATGAGCTTACTACATTCAACGATTATAT 563
Query 540 CAAGGAAAATGGCCCATTCATAAATGGAGAGAAGATTTCAGCAGCAGATTTGTCCTTGGC 599
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 564 CAAGGACAATGGCCCTTTCATAAATGGAGAGAAGATCTCGGCAGCAGATTTGTCCTTGGC 623
Query 600 ACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCATTGGGGCATTACAAGAACTGGTCTGTTCCAGA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 ACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCATTGGGACATTACAAGAACTGGTCTGTTCCAGA 683
Query 660 TTCGCTTCCTTTCGTCAAATCCTACATGGAG---G-------GA---A-TCATTCGCGAA 705
||| ||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||| ||||
Sbjct 684 TTCACTTCCTTTCGTCAAATCCTACATGGAGAATGTTTTCTCGAGGGAATCATTCACGAA 743
Query 706 CACACGGGCGGAAACAGAGGATGTAATTGCTGGTTGGAGACCAAAGGTGATGG 758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 744 CACACGGGCGGAAACAGAGGATGTAATTGCTGGTTGGAGACCAAAGGTTATGG 796
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164497406097
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5