BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg326991
Length=4854
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G27970.2 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5... 4392 0.0
> AT5G27970.2 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5:10004720-10015668
FORWARD LENGTH=5026
Length=5026
Score = 4392 bits (2378), Expect = 0.0
Identities = 2593/2692 (96%), Gaps = 33/2692 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2153 CTTCA-AGGGTGGAACCACTATGGGACCAAGTGGTTGGCCACTTTCTTGAGCTCGCTGAA 2211
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CTTCACAGGGTGGAACCACTATGGGACCAAGTGGTTGGCCACTTTCTTGAGCTCGCTGAA 2280
Query 2212 CATTCAAATCAGAACTTGAGAAATATGGCGCTTGATGCCCTGGATCAATCCATATGTGCT 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CATTCAAATCAGAACTTGAGAAATATGGCGCTTGATGCCCTGGATCAATCCATATGTGCT 2340
Query 2272 GTCTTAGGTTCAGAGCAGTTTGGAGAAGATCCAGCCAGATCAAGAGATGCAACTTTGGAT 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GTCTTAGGTTCAGAGCAGTTTGGAGAAGATCCAGCCAGATCAAGAGATGCAACTTTGGAT 2400
Query 2332 GTAGACTCAAAGTCAACTGAGGTGAAATCAGTTGAGTGTGCTGTACTATCTTCTCTCAGG 2391
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GTAGACTCAAAGTCAACTGAGGTGAAGTCAGTTGAGTGTGCTGTACTATCTTCTCTCAGG 2460
Query 2392 GTTCTTTACTTTTCTGCTCAAAAGGCCGATGTTCGAGTTGGGTCGTTAAAAATTCTCCTT 2451
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2461 GTTCTTTACTTTTCTGCTCAAAAGGCTGATGTTCGAGTTGGGTCATTAAAAATTCTTCTT 2520
Query 2452 CATGTACTGGAGAGATGTGGAGAAAAGTTACACTATAGCTGGTCGAGCATTCTTGAAATG 2511
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 CACGTACTGGAGAGATGTGGAGAAAAGTTATACTATAGCTGGTCGAGCATTCTTGAAATG 2580
Query 2512 TTGAGGTCTGTTGCAGACGCATCAGAGAAGGATGTGGCGACCCTTGGGTTCCAGAGTCTC 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TTGAGGTCTGTTGCAGACGCATCAGAGAAGGATGTGGCGACCCTTGGGTTCCAGAGTCTC 2640
Query 2572 CGGGTTATTATGAGTGATGGACTTCCTACTCTTCCAGAAGACTGTCTTCATGTGTGCATA 2631
||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 CGGGTTATTATGAGTGATGGACTTCCTACACTCCCGGAAGACTGTCTTCATGTGTGCATA 2700
Query 2632 GACGTTACGGGAGCTTATAGTGCACAAAAGACTGATTTGAATATAAGTTTGACTGCCATT 2691
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 GACGTTACTGGAGCTTATAGTGCACAAAAGACTGATTTGAATATAAGTTTGACTGCCATT 2760
Query 2692 GGCCTGTTGTGGACTTTGACTGATTTCGTAGCAAAAGGACTCCACCATGGGTCTCTAGTG 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 GGCCTGTTGTGGACTTTGACTGATTTCGTAGCAAAAGGACTCCACCATGGGTCTCTAGTG 2820
Query 2752 GACAAAGGATCGGGATTCAATATTGCAGATTCCACTCCACAGCAAACAAATGGCGAGGAC 2811
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 GAGAAAGGATCGGGATTCAATAATGCAGATTCCACTCCACAGCAAACAAATGGCGAGGAC 2880
Query 2812 GGGGAAAAGAATATGGTTAGCAATTCGGACAAGTCAGATTATGAAGCTCGAATACAAGTG 2871
||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2881 GGGGAAAAGCATATGGGTAGCAATTCGGGCAAGTCAGATTATGAAGCTCCAATACAAGTG 2940
Query 2872 GTCAATCATGAGAAATTGCTGTTTTTAGTCTTTTCGTTGATACAAAAACTTGTGGATGAC 2931
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||||
Sbjct 2941 GTCAATCATGAGAAATTACTGTTCTTAGTCTTTTCGTTAATTCAGAAACTTGTTGATGAC 3000
Query 2932 GAACGACCAGAGGTCAGGAATTCAGCTGTCAGGACATTTTTTCAGATTTTGGGAAGTCAT 2991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 GAACGACCAGAGGTCAGGAATTCAGCTGTCAGGACATTTTTTCAGATTTTGGGAAGTCAT 3060
Query 2992 GGAAACAAACTTTCAAAAAGCATGTGGGAGGATTGTCTATGGAACTATATCTTCCCGATG 3051
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3061 GGAAACAAACTTTCAAAAAGCATGTGGGAGGATTGTCTATGGAACTATATCTTCCCAATG 3120
Query 3052 TTAGATGGCGCCTCTCACAAGGCTGCAACATCATCAAAGGACGAATGGCAAGGGAAAGAA 3111
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3121 TTGGATGGCGCCTCTCACAAGGCTGCAACATCATCGAAGGACGAATGGCAAGGGAAAGAA 3180
Query 3112 ATCGGTACTCGAGGAGGGAAAGCTGTGCACATGCTTATACATCATAGTCGCAATTCAGCC 3171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181 ATCGGTACTCGAGGAGGGAAAGCTGTGCACATGCTTATACATCATAGTCGCAATTCAGCC 3240
Query 3172 CAGAAGCAGTGGGATGAAACATTTGTACTTGTCCTTGGAGGAATAGCCCGTCTCTTCCGG 3231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3241 CAGAAGCAGTGGGATGAAACATTTGTACTTGTCCTTGGAGGAATAGCCCGCCTCTTCCGG 3300
Query 3232 TCCTATTTTCCTCTTCTTGAAAGTTTACCGAACTTCTGGTCAGGATGGGAGTCTTTGCTT 3291
||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3301 TCCTACTTTCCTCTTCTTGAAAGCTTACCTAACTTCTGGTCAGGATGGGAGTCTTTGCTT 3360
Query 3292 GCTTTTGTTAAGAATAGCATTTTCAATGGGAGTAAAGAGGTATCACTGGCAGCGATAAAT 3351
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3361 GCTTTTGTTAAGAAAAGCATTTTCAATGGGAGTAAAGAGGTATCACTTGCAGCGATAAAT 3420
Query 3352 TGTCTGCAGACAGCTGTTGTGTCCCACTGTGTCAAGGGAAACTTGCAACTTCGATATCTT 3411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3421 TGTCTGCAGACAGCTGTTGTGTCCCACTGTGTCAAGGGAAACTTGCAACTTCGATATCTT 3480
Query 3412 AATTCGGTACTGGACGTGTATGAGCTTGTTTTCCAGAAGTCATCGAGTTACACAGGTGAC 3471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3481 AATTCGGTACTGGACGTGTATGAGCTTGTTTTCCAGAAGTCATCGAGTTACACAGGTGAC 3540
Query 3472 ACAGCAGCCAAGGTGAAACAAGAGATTCTGCATGGTTTAGGTGAATTATATGTGCAGTCA 3531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3541 ACAGCAGCCAAGGTGAAACAAGAGATTCTGCATGGTTTAGGTGAATTATATGTGCAATCA 3600
Query 3532 TCGAAGATGTTTGATGATAAAATGTACATGCAATTGTTGGGAATTGTTGATTTAGCTATA 3591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3601 TCGAAGATGTTTGATGATAAAATGTACATGCAATTGTTGGGAATTGTTGATTTGGCTATA 3660
Query 3592 AAACAGGCCATCATAAATAGCGAAAATTTCGAAACTGAATATGGACATGTACCCCCTGTA 3651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3661 AAACAGGCCATCATAAATAGCGAAAATTTCGAAACTGAATATGGACATGTACCCCCTGTA 3720
Query 3652 CTACGTCATGTTTTGGAAATCTTGCCCTCTTTGGGTCCTCCTGAGCACCTTTCGTCACTG 3711
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3721 CTACGTCATGTTTTGGAAATCTTGCCCTCTTTGGGGCCTCCTGAACACCTTTCGTCAATG 3780
Query 3712 TGGCTAATCCTG-TTAAGAGAGTTTTTGCATTATCTTCCACGGGTTGATTCTGTTCTGCC 3770
||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3781 TGGCTAATCTTGCTTA-GAGAGTTCTTGCATTATCTTCCACGGGTTGATTCTGTTCTGCC 3839
Query 3771 AAATGAGGAAGGTGAGATTCAGCAGAACAAAACAGGCAGTGAAGTAGTGGAACATAAAGC 3830
|||||| ||||| || | | | | | | | | ||||||| |||||
Sbjct 3840 AAATGACGAAGGC-AG-T---G-A-A--------G----T-A--T--TGGAACAGAAAGC 3875
Query 3831 TGATGCTTCGTCTGAAACAATGCCAACCACAAGAATTACGACTAATATGTTTGCAGAAAA 3890
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3876 TGATGCTTCGTCTGAAACAATTCCAACCACAAGAATTACGACTAATATGTTTGCAGAAAA 3935
Query 3891 GCTGATCCCTGCCTTGATAGAGCTTCTCCTTCAGGCTCCTGCAGTTGAAAAATATATCCT 3950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3936 GCTGATCCCTGCCTTGATAGAGCTTCTCCTTCAGGCTCCTGCAGTTGAAAAGTATATCCT 3995
Query 3951 GTTTCCGGAAGTCATCCAGAACCTGAGAAGGTGCATGATGACAAGACGAGACAATCCAGA 4010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3996 GTTTCCGGAAGTCATCCAGAACCTGAGAAGGTGCATGATGACAAGACGAGACAATCCAGA 4055
Query 4011 TGGTTCACTCTGGAAGGTAGCAGCTGAGGGCTTCAACCGTTTACTTGTTGAAGATGTGAA 4070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4056 TGGTTCACTCTGGAAGGTAGCAGCTGAGGGCTTCAACCGTTTACTTGTTGAAGATGTGAA 4115
Query 4071 GTTATGTTCCGTGGGTGGTGAAACAGAACTGAAAATTAGCAAAACAGCTCGAATACGCAT 4130
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4116 GTTATGTTCTGTGGGTGGTGAAACAGAACTGAAAATTAGCAAAACAGCTCGAATACGCAT 4175
Query 4131 TTGGAAAGAAATTGGAGATGTTTACGATATATTCCTTGTTGGTTATTGTGGACGTGCACT 4190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4176 TTGGAAAGAAATTGGAGATGTTTACGATATATTCCTTGTTGGTTATTGTGGACGTGCACT 4235
Query 4191 TTTTTCAAATTCTCTCCCTGCTGCAGCACTTAAGGCCAATGAGACCCTTGAGATGGCCTT 4250
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4236 TTCTTCAAATTCTCTCCCTGCTGCAACACTTAAGGCCAATGAGACCCTTGAGATTGCCTT 4295
Query 4251 ATTAAACGGTCTTGGCGATATCATTCTTAAGTCGACCGTTGATGCACCCCGAGAAGTCCT 4310
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4296 ATTAAACGGTCTTGGCGATATTATTCTTAAGTCGACCGTGGATGCACCCCGAGAAGTCCT 4355
Query 4311 GGAGCGGCTTGTTTCAACCCTAGATCGCTGCGCATCACGTACATGCTCATTGCCTGTTGA 4370
|||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4356 GGAGCGTCTTGTTTCAACTCTAGATCGATGTGCATCACGTACATGCTCATTGCCTGTTGA 4415
Query 4371 AACTGTAGAGCTGATGCCTGCCCATTGTAGCAGATTTTCCTTGACATGCTTAGAAAAATT 4430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4416 AACTGTAGAGCTGATGCCTGCCCATTGTAGCAGATTTTCCTTGACATGCTTACAAAAATT 4475
Query 4431 GTTTTCCTTGAGCAG---C---TCTGAAACCGAGAACTGGCATTCCACAAGAGCAGAAGT 4484
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4476 GTTTTCCTTGAGCAGTTTCAGCTCTGAAACCGAGAACTGGCACTCCACAAGAGCAGAAGT 4535
Query 4485 AAGCAAGATCTCTAACACCACGCTAATGGCCAGATGTGAATTCATTTTGAGTAGATTTTT 4544
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4536 GAGCAAGATCTCTATCACCACACTAATGGCCAGATGTGAATTCATTTTGAGTAGATTTTT 4595
Query 4545 AATCGACGAAAGTAATCTAGGCAACCGTCCAATCCCAACAGCTAGACTTGAAGAGATTAT 4604
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4596 AATCGACGAAAATAATCTAGGCAACCGTCCAATCCCAACAGCTAGACTTGAAGAGATTAT 4655
Query 4605 CTTTACCCTCCAAGAACTTGACCGCCTCAGCATTCATCCTGAGGTTGCATCTGTTCTTCC 4664
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4656 CTTTACCCTCCAAGAACTTTACCGCCTCAGCATTCATCCTGAGGTTGCATCTGTTCTTCC 4715
Query 4665 GTTGCAACCCTACCTGAAAACCGTCCTACGCGAAGATAATCGTGACACCCGTGCGCACCT 4724
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 4716 GTTGCAACCCTACCTGAAAAACGTTCTACGCGAAGATAACCGTGACACCCGTGCACACCT 4775
Query 4725 ACTTGTCCTTTTTCCCTCTCTGTGCGAGATTGTGTTATCAAGGGAAACGCGGGTGAGAGA 4784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4776 ACTTGTCCTTTTTCCCTCTCTGTGCGAGATTGTGTTATCAAGGGAAATGCGGGTGAGAGA 4835
Query 4785 GCTGGTGCAAGTTTTACTACGAGCAGTTGCTACGGAACTAGGCCTAGAAAAG 4836
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4836 GCTGGTGCAAATTTTACTACGAGCAGTTGCTACGGAACTAGGCCTAGAAAAG 4887
Score = 1668 bits (903), Expect = 0.0
Identities = 960/987 (97%), Gaps = 6/987 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1179 GCACCCCAAAAACACAAATGTTGTGGAGAGCATGGTCAAAGCACTTGCTCGAGTTGTTTC 1238
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 GCACCCCAAAAACACGAATGTTGTGGAGAGCATGGTCAAAGCACTTGCTCGAGTTGTTTC 1232
Query 1239 TAGCAT--A----CAGGAGACGAGTGAGGAAAGTTTAGCAGCTGTTGCTGGGATGTTTAG 1292
|||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 TAGCATACAGTTTCAGGAGACGAGTGAGGAAAGTCTAGCAGCTGTTGCTGGGATGTTTAG 1292
Query 1293 TAGCAAAGCGAAAGGAATTGAATGGATTCTTGATAATGATGCTTCCAGTGCTGCTGTTCT 1352
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1293 TAGCAAAGCTAAAGGAATTGAGTGGATTCTTGATAATGATGCATCCAGTGCTGCTGTTCT 1352
Query 1353 CGTTGCGAGTGAAGCTCATGCAATAACTTTGGCAATTGAAGGCTTACTTGGAGTTGTTTT 1412
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 CGTTGCGAGTGAAGCTCATGCAATAACGTTGGCAATTGAAGGCTTACTTGGAGTTGTTTT 1412
Query 1413 TACAGTTGCCACATTAACAGATGAAGCAGTAGATGTTGGGGAGCTTGAATCTCCCAGATA 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 TACAGTTGCCACATTAACAGATGAAGCAGTAGATGTTGGGGAGCTTGAATCTCCCAGATA 1472
Query 1473 TGAGCATCTTCCTTCATCTGATTATACTGGGAAAACCTCACATCTCTGTATCTCAATGGT 1532
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1473 CGAGCATCTTCCTTCATCAGATTATACTGGGAAAACCTCACTTCTCTGTATCTCAATGGT 1532
Query 1533 AGATTCATTGTGGTTGACTATACTTGACGCATTTTCCCTTATATTATCAAGGTCACAAGG 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 AGATTCATTGTGGTTGACTATACTTGACGCATTTTCCCTTATATTATCAAGGTCACAAGG 1592
Query 1593 AGAGGCAATCGTATTGGAGATACTGAAAGGATATCAAGCATTTACTCAGGCATGTGGCGT 1652
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 AGAGGCAATCGTATTAGAGATACTGAAAGGATATCAAGCATTTACTCAGGCATGTGGCGT 1652
Query 1653 TCTTCATGCTGTAGAACCCTTGAACTCTTTTCTTGCATCTCTTTGTAAATTTACCATCGT 1712
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1653 TCTCCATGCTGTAGAACCCTTGAACTCTTTTCTTGCATCGCTTTGTAAATTTACTATCGT 1712
Query 1713 TTTGCCAACTGATGTGGAAAGGAAAAGCAGCGTCGTGCAGTCGCCTGTCTCCAAACGTTC 1772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1713 TTTGCCAACTGATGTGGAAAGGAAAAGCAGCGTCGTACAGTCGCCTGTGTCCAAACGTTC 1772
Query 1773 TGAAGTACAGGTTGATCAGAAAGATGTCATTGTCCTGACACCCAAGAATGTTCAGGCATT 1832
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 TGAAGTACAGGTTGATCTGAAAGATGTCATTGTCCTGACACCCAAGAATGTTCAGGCATT 1832
Query 1833 GAGAACACTCTTCAACATCGCTCACAGGTTGCATAACGTGTTGGGCCCATCATGGGTGTT 1892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 GAGAACACTCTTCAACATCGCTCACAGGTTGCATAACGTGTTGGGCCCATCATGGGTGTT 1892
Query 1893 GGTTCTTGAAACTCTGGCAGCCCTAGATCGAGCTATTCATTCTCCTCATGCAACCACCCA 1952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1893 GGTTCTTGAAACTCTGGCAGCCCTAGATCGAGCTATTCATTCTCCTCATGCAACTACCCA 1952
Query 1953 GGAGGTTGCAACTGCAGTCCCAAAGCTTACCAGAGAGCCTTCTAGGCAGTACGCTGATTT 2012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 GGAGGTTGCAACTGCAGTCCCAAAGCTTACCAGAGAGCCTTCTAGGCAGTACGCTGATTT 2012
Query 2013 TAGCATTCTATCTTCCTTAAATTCTCAGCTGTTTGAGAGCTCGGCGCTGATGCAAGTGTC 2072
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2013 TAGCATTCTATCCTCCTTAAATTCTCAGCTGTTTGAGAGCTCAGCGCTGATGCAAGTGTC 2072
Query 2073 TTCTGTTAAATCACTTCTTTCTGCACTCCATATGTTGTCCCATCAATCTATGACAGAAAC 2132
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2073 TTCTGTTAAATCACTTCTTTCTGCACTCCATATGTTGTCCCATCAATCCATGACAGAAAC 2132
Query 2133 TTCGGGCAGTGTTTCATCAGCTTCAAG 2159
||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 TTCAGGCAGTGTTTCATCAGCTTCAAG 2159
Score = 734 bits (397), Expect = 0.0
Identities = 423/436 (97%), Gaps = 0/436 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 328 CATTCAGAAATGGCAGAAGAAAATATTCAACTAAAGACTCTACAAACTATTCTAATAATA 387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 CATTCAGAAATGGCAGAAGAAAATATTCAACTAAAGACTCTACAAACTATTCTAATAATA 351
Query 388 TTTCAGTCTCGACTACATCCAGAAACAGAGGATAATATGGTCCTAGGACTAAGTATCTGT 447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 352 TTTCAGTCTCGACTACATCCAGAAACAGAGGATAATATGGTCCTAGGACTAAGCATCTGT 411
Query 448 CTGAGGCTTCTTGATAACAACCGACCTCCTAGTGTTTACAATACTGCTGCAGCTACCTTC 507
|| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 CTCACGCTTCTTGATAATAACCGTCCTCCTAGTGTTTACAATACTGCTGCAGCTACCTTC 471
Query 508 AGGCAAGCAGTTGCATTGATTTTTGATCAAGTGGTTTCGGCTGAGTCCCTTCCTATGCCT 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AGGCAAGCAGTTGCATTGATTTTTGATCAAGTGGTTTCGGCTGAGTCCCTTCCTATGCCT 531
Query 568 AAATTTGGTTCTAGCAGTCAAACAGCAAGGACTGGGTCAGTAACTGGAGATTTGAGTCAA 627
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 532 AAATTTGGTTCGAGCAGTCAAACAGCAAGGACTGGATCAGTTACTGGAGATTTGAGTCAG 591
Query 628 AATATCAATAATTCAGAGCCCTTGGAGAAGGATGTTATCGGTGGTCAATTGACAATGAGA 687
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 592 AATATCAATAATTCAGGGCCCTTGGAGAAGGATGTTATCGGTGGTCGATTGACAATAAGA 651
Query 688 GAAACCCTGAGTGAAACCGGTAAACTTGGTCTGCGGTTGCTTGAGGACCTGACAGCCTCA 747
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GACACCCTGAGTGAAACCGGTAAACTTGGTCTGCGGTTGCTTGAGGACCTGACAGCCTCA 711
Query 748 GCTGCAGGTGGATCTG 763
||||||||||||||||
Sbjct 712 GCTGCAGGTGGATCTG 727
Score = 477 bits (258), Expect = 4e-133
Identities = 280/291 (96%), Gaps = 0/291 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTTGGTGGCGGCTTTGGAGGCGGATCTTCGCGCCCTCTCCGCCGAAGCGCGGCGG 60
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTTGGTGGCGGCTTTAGAGGCGGATCTTCGCGCTCTCTCCGCCGAAGCGCGGCGG 60
Query 61 AGGTACCCCGCCGTGAAAGATGGAGCCGAGCACGCTATCCTTAAGCTTCGGTCGTCATCG 120
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGGTATCCCGCCGTGAAAGACGGAGCCGAGCACGCAATCCTAAAGCTTCGGTCGTCATCG 120
Query 121 AGTGCCAGTGATCTTTCAAGTAATGAAGACATTCTTCGGATCTTTCTGATGGCGTGTGGA 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGTGCCAGTGATCTTTCAAGCAATGAAGACATTCTTCGGATATTTCTGATGGCGTGTGGA 180
Query 181 GTCAGGAATACAAAACTTAGTGTTATAGGACTTTCGTGTTTGCAGAAGCTTATATCTCAT 240
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTCAGGAATACAAAGCTTAGTGTTATAGGACTTTCCTGCTTGCAGAAGCTTATATCTCAT 240
Query 241 GATGCAGTTGAACCATCATCTCTAAAGGAGATACTTTATACATTGAAAGAT 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATGCAGTTGAACCATCATCTCTAAAGGAGATACTTTATACATTGAAAGAT 291
Score = 213 bits (115), Expect = 1e-53
Identities = 121/124 (98%), Gaps = 0/124 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1056 TATGCTCGTGAAAGCTACATTTTTAGATTTGCCATTGTGGCATCGCATTCTTGTTCTGGA 1115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1008 TATGCTCGTGAAAGCTACATTTTTAGATTTGCCATTGTGGCATCGCATTCTTGTTCTTGA 1067
Query 1116 GATTTTGAGGGGGTTCTGTGTTGAGGCAAGAACATTGCGGATTCTTTTCCAGAACTTTGA 1175
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 GATTTTGCGGGGGTTCTGTGTTGAGGCAAGAACATTACGGATTCTTTTCCAGAACTTTGA 1127
Query 1176 TATG 1179
||||
Sbjct 1128 TATG 1131
Score = 211 bits (114), Expect = 5e-53
Identities = 158/176 (90%), Gaps = 15/176 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 763 GTTTTGCGTCACCAAATCTGTTCCCTTCTGATGACATCGCTTCGGACCAGTTCAGAGTTT 822
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTTTTGCGTCACCAAATCTGTTCCCTTCTGATGACATCGCTTCGGACCAGTTC------- 890
Query 823 GTTACTGCTCAGCTCGAGGGAGAAATGGTTGAACCTTATTTTCGCCGGTTGGTGCTGCGG 882
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 891 ---A--G---AGCTCGAGGGAGAAATGGTTGAACCTTATTTTCGCCGGTTAGTGCTGCGG 942
Query 883 TCAGTTGCGCATATTATACGACTGTATAGTTCGTCTCTCATCACAGAATGCGAGGT 938
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 TCGGTTGCGCATATTATAAGACTGTATAGTTCGTCTCTCATCACAGAATGCGAGGT 998
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 242155833861
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5