BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg327182
Length=2193
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G10070.1 | Symbols: | KH domain-containing protein | chr4:6... 2883 0.0
> AT4G10070.1 | Symbols: | KH domain-containing protein | chr4:6295608-6299836
REVERSE LENGTH=2255
Length=2255
Score = 2883 bits (1561), Expect = 0.0
Identities = 2007/2215 (91%), Gaps = 59/2215 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGAGGAAGAGGTTGTTGTTATCTATACGCCGCCTGTAGATCTCAAGCGAAAGCTC 60
||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 78 ATGACGGAGGAAGATTTTGTTGTTATCTCTACGCCGCCTGTCGATCTCAAGCGAAAGCTC 137
Query 61 GACGAGCAACATGCCGGGTCGAATGGAGATATCGTCGATGATAGCAATCCAGTATCTGAT 120
||| | || || | | |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||
Sbjct 138 GAC--G-AAGTTG--AGCT-TAATGGAAATATCGTGGATGATAGCAATCAAACATCTGAT 191
Query 121 TCTTCGCAGGCTAAGCGAGCGAAGCTCGACGATGAAGCTCAAGATGGTTTAGATCATGGG 180
||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 192 TCTTCTCAGGCTAAACGAGCGAAGCTAGAAGATGAAGCTCAAGATGGTTTAGATTATGGG 251
Query 181 AATACACAAGAAAATGGTTCTTCAATGGAGGTAAAAGAGGAAGAACAGCTTCAGGAACCC 240
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 252 AATACACAAGAAAATGGGTCTTCAATGGAGGTAAAAGAGGAAGAACAGCTTCAGGAACCT 311
Query 241 AAGTATGAGAATCAAGATTCTGTACCACTTGTTGATGAAGTTCAAGATCCCATTCATGCC 300
||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 312 AAGGAAGAGAATCAAGATTCTGTACCACTTGTTGAGGAAGTTCAGGATCCTATTCATGCT 371
Query 301 AATGAATCTGAAAATAACACTTGTGA-TGTAGCTCATG-CAGCAGATGATCATGTTAAGC 358
|||| ||||||||||| | |||| | ||||| ||| | || |||||||||| |||||||
Sbjct 372 GATGAGTCTGAAAATAAGATTTGT-AGTGTAGATCA-GCCAACAGATGATCAGGTTAAGC 429
Query 359 CTGAGGATAACCAACAGGGTTGTATTGAAAATAATAATGTAGAAGAATGTAAGAATGTCA 418
|||||||||||||||| | | ||| | || | | | | | ||||||
Sbjct 430 CTGAGGATAACCAACA-AG--G--TTG-------T-AT-T----G-A-G---G-ATGTCA 465
Query 419 ATGGTGGTGAACCTCAGAAGGAGGTTGGTGACGAAAGTAAGGTATTGAATGATGGCAATT 478
|||||||||||| |||||||| | ||| |||||| ||||||| | |||||||||| | ||
Sbjct 466 ATGGTGGTGAACATCAGAAGGTGATTGATGACGATAGTAAGGAAGTGAATGATGGTAGTT 525
Query 479 CTC------A--G---A-AAGAAATTAAGGAAGTGGATGGTGAAAATTCTCAGAAGGAGG 526
||| | | | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 526 CTCAAGAGAATGGTAAAGAAGAAAATAAGGAAGTGGATGGTGAAAAATCTCAGAAGGAGG 585
Query 527 TTGATGATACACAGTCAACGACTCGCACCATAGATGTCCCAAGTTCGAAGGTAGGTGTGC 586
|||||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 586 TTGATGGCACACAGTCGACAACTCGTAGGATAGATGTCCCAAGTTCAAAGGTAGGTGTGT 645
Query 587 TGATTGGTAAAGGTGGGGAGACTATACGGTATCTTCAGTTTAACTCTGGTGCCAAAATCC 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 TGATTGGTAAAGGTGGGGAGACTATACGGTATCTTCAGTTTAACTCTGGTGCCAAAATCC 705
Query 647 AAATCTTGAGAGATTCAGAAGCTGATCCGAACTCTGCGTTAAGACCAGTGGAGATAATTG 706
|||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 AAATTTTGAGGGATTCAGAAGCTGATCCGAGCTCAGCGTTAAGACCAGTGGAGATAATTG 765
Query 707 GAACTGTTGCATGTATTGAGAA-TGCGGAAAAGCTTATCAGTGCAGTCATAGCAGAGGCT 765
||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 GAAGTGTTGCATGCATTGA-AAGTGCTGAGAAGCTTATCAGTGCAGTCATAGCAGAGGCT 824
Query 766 GAAGCAGGAGGTTCACCTGCCCTAGTTGCGAGGGGCCATCCTTCCACTCATGCGATAGGG 825
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GAAGCAGGAGGTTCACCTGCCCTAGTTGCTAGGGGCCATCCTTCCACTCATGCGATAGGG 884
Query 826 ATTCCAGAACAGATAGAGATTAAAGTTCCAAATGATAAGGTTGGTCTGATTATTGGCCGA 885
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 ATCCCAGAACAGATAGAGATTAAAGTTCCAAATGATAAGGTTGGTCTGATTATTGGCCGA 944
Query 886 GGTGGGGAGACAATTAAGGATATGCAGACAAGATCCGGAGCACGCATTCAGTTAATACCA 945
||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 945 GGTGGCGAGACAATCAAGAATATGCAGACAAGGTCAGGAGCACGTACTCAGTTAATACCA 1004
Query 946 CAACATGCAGAAGGTGATGGATTGAAGGAGAGGACTGTCCGTATATCTGGAGATAAGATG 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CAACATGCAGAAGGTGATGGATTGAAGGAGAGGACTGTCCGTATATCTGGAGATAAGATG 1064
Query 1006 CAGATTGACATAGCAACCGACATGATAAAAGATGTTATGAACCAGAATGCAAGGCCATCA 1065
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 CAGATTGATATAGCAACTGACATGATAAAAGATGTTATGAACCAGAATGCAAGGCCATCA 1124
Query 1066 CCCTATTCCGGTGGTTATAATCAGCCTGCCTACCGACCCCGAGGGCCAGGTGGTCCACCT 1125
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1125 TCCTATTCCGGTGGCTATAATCAGCCTGCCTACCGTCCCCAAGGGCCAGGCGGTCCACCT 1184
Query 1126 CAATGGGGTTCACGAGGTCCTCATGCTCCCCACCCCTATGCTTACCACCCCCGTGGACCA 1185
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1185 CAATGGGGTTCACGAGGTCCTCATGCTCCCCATCCCTATGATTACCACCCTCGTGGACCA 1244
Query 1186 TATTCATCTCAAGGTTCACATTACAATTCTCCCAGTTACGGTGGCTATCCTCCACAGCAT 1245
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 TATTCATCTCAAGGTTCATATTACAATTCTCCCGGTTTCGGTGGCTATCCTCCACAGCAT 1304
Query 1246 ATGCCTCCTAGAGGTGGATATGGTCCTGGTTGGGACCAAAGACCTCCATATTCTGGTCCG 1305
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1305 ATGCCTCCTAGAGGTGGATATGGTACTGATTGGGACCAAAGACCTCCGTATTCTGGTCCG 1364
Query 1306 TATAATTATTATGGTAGACAAGGAGCTCAAAGCTCTGGTCCATTTCCACCTCCTTCTGGC 1365
|| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1365 TACAATTATTATGGAAGACAAGGAGCTCAAAGCGCTGGCCCAGTTCCACCTCCTTCTGGC 1424
Query 1366 CATGTACCCTCCCCTGCGTTGGGTGGTCCCCCTCCTTCGCAGGTAAGTTATGGTTACGGA 1425
| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 CCTGTACCCTCCCCTGCCTTTGGTGGTCCCCCTCTTTCGCAGGTAAGTTATGGTTACGGT 1484
Query 1426 CAGAGCCATGGCCCAGAGTATGGAAATGCTGCTCCTTACTCCCAGACTGGTTATCAGCAG 1485
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1485 CAGAGCCATGGCCCAGAGTATGGACATGCTGCTCCTTACTCCCAGACCGGTTATCAGCAG 1544
Query 1486 ACTTATGGGCAGACGTATGAACAGCCTAAGTATGAAAATAATCCTCCAATGCAGCCACCT 1545
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1545 ACTTACGGGCAGACGTATGAACAGCCTAAGTATGACAGTAATCCTCCGATGCAGCCACCT 1604
Query 1546 TATGGAGGTTCATACCCACCAGCAGGTGGTGGTCAGCCAGGCTATTCCCAAATGCAGCAA 1605
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1605 TATGGAGGTTCATATCCACCAGCAGGTGGTGGTCAGTCAGGCTATTACCAAATGCAGCAA 1664
Query 1606 CCTGGTGTTAGGCCTTATGGTATGCAACAAGGTCCTGTCCAGCAAGGGTATGGGCCTCCT 1665
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1665 CCTGGTGTTAGGCCTTATGGGATGCAACAAGGTCCTGTCCAGCAAGGATATGGGCCTCCA 1724
Query 1666 C-GCC--CTGCAGC---TTCTTCCGGGGATGTACCTTACGAAGGTGCAACTCCTGTAGCA 1719
| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 1725 CAGCCTGCAGCAGCAGCTTCTTCCGGTGATGTGCCTTACCAAGGTGCAACTCCAGCAGCA 1784
Query 1720 ACACCATATGGCAGTACCAACATGGCTCCACAACAACAACAATATGGCTACACATCAAGT 1779
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1785 CCGTCATATGGCAGTACTAACATGGCTCCACAACAACAACAATATGGCTACACGTCAAGT 1844
Query 1780 GGTGGCCCAGTGCAACAGCAAACATACCCTTCTTATAGTTCTGCTCCACCATCTGACGGT 1839
| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1845 GATGGGCCAGTGCAACAGCAAACATATCCTTCCTATAGTTCCGCTCCACCATCTGACGCT 1904
Query 1840 TACAACAATGGTACACAAACACCTGCAACTGGTCCACCTTACCAGCAGCAAAGTGTTCAG 1899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TACAACAATGGTACACAAACACCTGCAACTGGTCCAGCTTACCAGCAGCAAAGTGTTCAG 1964
Query 1900 CCAGCTTCTTCAAC-TCATGACCAGACTGGTGCACAGCAGGCTGCAGCAGCTGGGTATGG 1958
||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1965 CCAGCTTCTTCCACCT-ATGACCAGACTGGTGCACAGCAGGCTGCAGCAGCTGGGTACGG 2023
Query 1959 TGGGCAAGTAGCTCCAACCGGTGGATACAGTTCATATCCAACAACACAGCCTGCTTATGG 2018
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2024 TGGGCAAGTAGCTCCAACCGGTGGATACA---CATATCCAACCTCACAGCCTGCTTATGG 2080
Query 2019 AAGCCAAGCCGCTTATTCACAAGCAGCAGCTACTCAAGTAGGATATGAGCAACAGCCTGC 2078
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2081 AAGCCAAGCCGCTTATTCACAAGCAGCACCTACTCAAACAGGATATGAGCAACAGCCTGC 2140
Query 2079 AACTCAACCTGCAGGGTATGCGGCTGCTCCAGGGAGTGCACAAGTGAAAACCCAATCGCC 2138
||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2141 AACTCAAGCTGCAGTGTATGCGACTGCTCCAGGGACCGCACCAGTGAAAACCCAATCACC 2200
Query 2139 ACTGTCCGCTTATGCTCAGTACGAAGCAAGCCAGGTTTACGCAGCTCCACGTTAA 2193
| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2201 CCAGTCCGCGTATGCTCAATACGATGCAAGCCAGGTTTACGCAACTCCACGTTAA 2255
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108784581015
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5