BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg327775
Length=1503
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G38130.1 | Symbols: HD1, ATHD1, HDA1, RPD3A, HDA19, ATHDA19 ... 2560 0.0
> AT4G38130.1 | Symbols: HD1, ATHD1, HDA1, RPD3A, HDA19, ATHDA19
| histone deacetylase 1 | chr4:17896292-17899491 REVERSE LENGTH=1900
Length=1900
Score = 2560 bits (1386), Expect = 0.0
Identities = 1458/1494 (98%), Gaps = 0/1494 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 194 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 253
Query 61 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCACCCCATGAAGCCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 254 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCATCCCATGAAGCCC 313
Query 121 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTTCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 180
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTCCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 373
Query 181 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTATGCCGCTTCCACGCCGACGACTAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTCTGCCGCTTCCACGCCGACGACTAT 433
Query 241 GTCTCCTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTCAAG 300
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 434 GTCTCTTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTTAAG 493
Query 301 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 553
Query 361 TATGCTGGGGGCTCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTAAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 420
|||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 TATGCTGGAGGATCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTTAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 613
Query 421 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 673
Query 481 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCACGAGCGTGTTCTTTAT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 674 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCATGAGCGTGTTCTTTAT 733
Query 541 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 793
Query 601 GTTATGACTGTCTCGTTCCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATACAG 660
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 794 GTTATGACTGTCTCGTTTCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATTCAG 853
Query 661 GATATAGGTTATGGTAACGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATT 720
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 GATATAGGTTATGGTAGCGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATC 913
Query 721 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAGTTTTC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 914 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAATTTTC 973
Query 781 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAGTGCGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 840
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAATGTGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 1033
Query 841 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 1093
Query 901 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACCATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACTATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 1153
Query 961 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGTGTTGAAGTTGAAGATAAGATGCCGGAGCATGAA 1020
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGAGTTGAAGTTGAAGACAAGATGCCGGAGCATGAA 1213
Query 1021 TATTATGAATATTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1080
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TATTATGAATACTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1273
Query 1081 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1333
Query 1141 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTGCCATTCCAGGAAAGACCACCAGATACAGAGGCTCCCGAG 1200
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1334 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTACCATTTCAGGAAAGACCACCTGATACAGAGACTCCCGAG 1393
Query 1201 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGAGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGATATGGATGTA 1260
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1394 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGGGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGACATGGATGTT 1453
Query 1261 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1513
Query 1321 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAGTTATGGAGCGTGGCAAAGGTTGTGAGGTGGGGGTG 1380
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1514 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAATTATGGAGCGTGGAAAAGGTTGTGAGGTGGAGGTG 1573
Query 1381 GATGAGAGTGGAAGCAGTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAATGGAGGAAGCAAGT 1440
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1574 GATGAGAGTGGAAGCACTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAGTGGAGGAAGCAAGT 1633
Query 1441 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAGCAAGGGTGGGGCGGACCAGGTGTTTCCT 1494
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1634 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAACAAGGGTGGGGCGGAGCAGGCGTTTCCT 1687
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74146204965
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5