BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg328199
Length=3360
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G35520.1 | Symbols: MLH3, ATMLH3 | MUTL protein homolog 3 | ... 2654 0.0
> AT4G35520.1 | Symbols: MLH3, ATMLH3 | MUTL protein homolog 3
| chr4:16865488-16871764 FORWARD LENGTH=3747
Length=3747
Score = 2654 bits (1437), Expect = 0.0
Identities = 1707/1833 (93%), Gaps = 36/1833 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1027 GATTGGCCCGAAGCTATGGAACCTACAAAAAAGAAGCTGAAGAGAAGTAATGATCATGCA 1086
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 GATTGGCCAGAAGCTATGGAACCTGCAAAAAAGAAGCTGAAGAGAAGTAATGATCATGCA 1122
Query 1087 CCTTGTAGTTCTGTATTGTCTCCGTCTGCTGAGTTTAAA-AGAGATGGTGATTATTTTTC 1145
|||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1123 CCTTGTAGTTCTCTCTTGTTTCCGTCTGCTGACTTTAAACA-AGATGGTGATTATTTTTC 1181
Query 1146 TCAAGGAAAGGATGTATGGTCTCCACAATATGAAGTTGAACTGAAAATTCAGAGTCCCAA 1205
|| | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1182 TCCACGAAAGGATGTATGGTCTCCAGAATGTGAAGTCGAACTGAAAATTCAGAATCCCAA 1241
Query 1206 AGAGCAAGGTACTGTAGCTGGATTTGAAAGCCGGACTGATTCTCTTCTACAGTCACGTGA 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 AGAGCAAGGTACTGTAGCTGGATTTGAAAGCCGGACTGATTCTCTTCTACAGTCACGTGA 1301
Query 1266 CATAGAAATGCAAACGAATGAAGACTTCCCACAAGTTACTGACCTCCTGGAAACAAGCGT 1325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1302 CATAGAAATGCAAACGAATGAAGACTTCCCACAAGTTACTGACCTCCTTGAAACAAGCTT 1361
Query 1326 GGTTACTGACTCTAAGTGCCGCAAACAGTTTCTAACAAGATGTCAGATTACCACTCCTCT 1385
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1362 GGTTGCTGACTCTAAGTGCCGTAAACAGTTTCTAACAAGATGTCAGATTACCACACCTGT 1421
Query 1386 CAATATCAACCATGATTTTATGAAAGATTCAGACGTATTAAATTTTCAGTTTCAAGGATT 1445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 CAATATCAACCATGATTTTATGAAAGATTCAGACGTGTTAAATTTTCAGTTTCAAGGATT 1481
Query 1446 GAAAGATGAGTTGGATGTCAGCAATTGCATTGGAAAGCATCTCTTGCGTGGTTGCTCTTC 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 GAAAGATGAGTTGGATGTCAGCAATTGCATTGGAAAGCATCTCTTGCGTGGTTGCTCTTC 1541
Query 1506 AAGAGTAAGCCTAACCCTTCATGAGCCTAAACTATCTCATGGTGAAGGGTCTGAATCCGT 1565
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1542 AAGAGTAAGCCTAACCTTTCATGAGCCTAAACTATCTCATGTTGAAGGGTATGAATCCGT 1601
Query 1566 CATGCCTATGATACTTAATGAAAAACAAAGTAGTCCGCGGGTCCTAGAGACCAGAGAAGG 1625
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 CGTGCCTATGATACCTAATGAAAAACAAAGTAGTCCGCGGGTCCTAGAGACCAGAGAAGG 1661
Query 1626 TGGTTCTTACTGTGATGTTT-TCTCTGATAGGACTCCTAATTGTTCCCTAGGGAGTTCAT 1684
|||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 TGGTTCGTACTGTGATGTTTAT-TCTGATAAGACTCCTGATTGTTCCCTAGGGAGTTCAT 1720
Query 1685 GGCAGGATACTGATTGGTTTACTCCACAGTGTTCCTCAGATATGGGAAGTGTTGGAATTG 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1721 GGCAGGATACTGATTGGTTTACTCCACAGTGTTCCTCAGATAGGGGATGTGTTGGAATTG 1780
Query 1745 GAAAAGATTCTAACATTATCCCCATAGGTACTGCGGAGTTTGGTTCTTATGAAGACAAAG 1804
|| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || ||||
Sbjct 1781 GAGAAGATTTTAACATTACCCCCATAGATACTGCGGAATTTGATTCTTATGATGAAAAAG 1840
Query 1805 TTGGCAG-AGAAAAGTATCATTCTTATGTCAATGTGGGGAACTCTGTTACTGGTAGTTTC 1863
|||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TTGGTAGTA-AAAAGTATCTTTCTTCTGTCAATGTGGGGAGCTCTGTTACTGGTAGTTTC 1899
Query 1864 TCTTTGAGTTCTGAGTGGTCTCCAATGTTCTCCACACCTTCTGCGACCAAGTGGGAGTCT 1923
| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 TGTTTAAGTTCTGAGTGGTCTCCAATGTACTCCACACCTTCTGCGACCAAGTGGGAGTCT 1959
Query 1924 GATTACCAGAAAGGTTGTCGAATTCTTGAACGGAGTTTGAGGCTGGGAAGGATGCCTGAC 1983
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1960 GAGTACCAGAAAGGTTGTCGAATTCTTGAACAGAGTTTGAGACTGGGAAGGATGCCTGAC 2019
Query 1984 CCTGAATTTTGTTTCAGTGCAGCTAACAACATCAATTTTGATCACAAGGTCATACCTGAA 2043
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 2020 CCTGAATTTTGTTTCAGTGCAGCTAACAACATCAAATTTGACCACGAGGTCATACCTGAA 2079
Query 2044 ATGGATTGCTG-GAAAACCGGTGCAGATTCGTTCACAGATATTCAGAACAGCATTAAGTC 2102
||||||||||| |||| ||||| |||| || ||||||| |||||||||| ||| | |||
Sbjct 2080 ATGGATTGCTGTGAAA-CCGGTACAGACTCTTTCACAGCTATTCAGAACTGCACTCAGTT 2138
Query 2103 AGATGA-AATTTTTTGCAAGTCTTCGTGGGAGCATGCAGATGATGTTG-GTATTGAACAA 2160
|| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||
Sbjct 2139 AGCTGATAAAATTT-GCAAGTCTTCGTGGGGGCATGCAGATGATGT-GCGTATTGACCAA 2196
Query 2161 TATAGTATCAGAAAGGACAAGTTCAGTTAT--GG----CACACAGTATCA-TGTTGGTAA 2213
||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||| | || || ||||||
Sbjct 2197 TATAGTATCAGGAAGGAAAAGTTCAGTTATATGGATGGCACACAGAA-CAATGCTGGTAA 2255
Query 2214 ACAAAGGTCAAAAAGAAGCCGATCTGCTCCTCCATTTTGTCGAGAGAAAAAGAGATTTAT 2273
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2256 ACAAAGGTCAAAAAGAAGTCGATCTGCTCCTCCATTTTATCGAGAGAAGAAGAGATTTAT 2315
Query 2274 CAGCTTAAGTTGTATATCAGACACAAAATCAAAGAACTCTGATCCATCAGAACCTGATGA 2333
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2316 CAGCTTAAGTTGTAAATCAGACACAAAACCAAAGAACTCTGATCCATCAGAACCTGATGA 2375
Query 2334 TCTGGAGTGTTTGACACAACCTTGTAATGCATCTCATATGCATCTTAAGTGCAACATCCT 2393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2376 TCTGGAGTGTTTGACACAACCTTGTAATGCATCTCAAATGCATCTTAAGTGCAGCATCCT 2435
Query 2394 TGATGA-----C--A--AC-A--TACAAGAAACAGAAAAAAGATTGAGTTCTGCCTCAGA 2441
|||||| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 TGATGATGTGTCGTATGACCACATACAAGAAACAGAAAAAAGATTGAGTTCTGCCTCAGA 2495
Query 2442 CTTGAAAGCATCTGCTGGTTGCAGGACTGTGCACTCAGAGACCCAAGATGAGGATGGTGG 2501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2496 CTTGAAAGCATCTGCTGGTTGCAGGACTGTGCACTCAGAGACCCAAGATGAGGATG-TGC 2554
Query 2502 -CGAAGACTTCAGCTCAGAGGAAAATCTGGATCCAATTAAATCCACAACGAAATGGCGCC 2560
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2555 ACGAAGACTTCAGCTCAGAGGAATTTCTGGATCCAATTAAATCCACAACAAAATGGCGCC 2614
Query 2561 ATAACTGTGCGGTCTCTCAGGTTGGCAAGGAATCACACGAGCTTCATGATCAAGATAGTG 2620
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2615 ATAACTGTGCGGTCTCTCAGGTTCCCAAGGAATCACACGAGCTTCATGGTCAAGATGGTG 2674
Query 2621 TACTTGATATATCTTCAGGG-CTTTTGCACCTACGATCCGATGAATCCTTGGTTCCCGAA 2679
|| ||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2675 TATTTGATATATCTTC-GGGACTTCTGCACTTACGATCCGATGAATCCTTGGTTCCTGAA 2733
Query 2680 TCTATTAACAGACACTCCCTTGAAGATGCCAAGGTTCTACAACAGGTTGATAAAAAATAT 2739
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2734 TCTATCAACAGACACTCCCTTGAAGATGCCAAGGTTCTACAACAGGTTGATAAAAAATAT 2793
Query 2740 ATCCCAATCGTTGCCTGTGGAACAGTTGCCATCGTTGATCAGCATGCTGCCGATGAAAGA 2799
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794 ATCCCAATCGTTGCTTGTGGAACAGTTGCCATCGTTGATCAGCATGCTGCCGATGAAAGA 2853
Query 2800 ATTCGTTTGGAAGAGCTGCGTAAAAAGGTACTG 2832
|||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2854 ATTCGTTTGGAAGAGCTGCGTACAAAGGTCCTG 2886
Score = 1698 bits (919), Expect = 0.0
Identities = 991/1027 (96%), Gaps = 0/1027 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGACGATCAAGCCATTACCCGAAGGTGTTCGTCACTCCATGCGCTCCGGGATCATC 60
||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || || || |||
Sbjct 1 ATGAAGACGATCAAGCCCTTGCCGGAAGGAGTTCGTCACTCCATGCGTTCTGGAATTATC 60
Query 61 ATGTTCGACATGTCGAGGGTCGTGGAGGAACTCGTGTTCAACAGTCTCGATGCTGGTGCG 120
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 ATGTTCGACATGGCGAGGGTCGTGGAAGAACTCGTCTTCAACAGTCTCGATGCTGGGGCG 120
Query 121 ACCAAGGTGTCTATCTTCGTGGGTGTTGTTTCATGCTCTGTCAAAGTTGTGGATGATGGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCAAGGTGTCTATCTTCGTGGGTGTTGTTTCATGCTCTGTGAAAGTTGTGGATGATGGA 180
Query 181 TCAGGCGTTTCAAGAGATGATTTGGTTTTGTTGGGAGAAAGATATGCTACTTCAAAGTTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCAGGCGTTTCAAGAGATGATTTGGTTTTGTTGGGAGAAAGATATGCTACTTCAAAGTTT 240
Query 241 CACGATTTCACCATTGTGGAGGCAGCTAGTGAAAGTTTTGGATTCCGTGGAGAGGCCTTA 300
||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 CACGACTTCACCAACGTGGAGACAGCTAGTGAAACTTTTGGATTTCGTGGAGAGGCCTTA 300
Query 301 GCTTCAATATCAGATATCTCGTTACTGGAGGTTAGGACAAAAGCTATTGGGAGGCCTAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTTCAATATCAGATATCTCGTTACTGGAGGTTAGGACAAAAGCTATTGGGAGGCCTAAT 360
Query 361 GGTTATCGAAAGGTTATGAAGGGATCCAAGTGTCTACATCTAGGAATTGATGATGATAGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTTATCGAAAGGTTATGAAGGGATCCAAGTGTCTACATCTTGGAATTGATGATGATAGA 420
Query 421 AAAGACTCTGGCACGACGGTAACTGTCCGAGATCTATTTTACAGTCAGCCAGTGAGACGA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAAGACTCTGGCACGACGGTAACTGTCCGAGATCTATTTTACAGTCAGCCAGTGAGACGA 480
Query 481 AAATATATGCAATCCAGCCCCAAGAAAGTTTTGGAATCTATCAAAAAGTGTGTGTTCCGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAATATATGCAATCCAGCCCCAAGAAAGTTTTGGAATCTATCAAAAAGTGTGTGTTCCGG 540
Query 541 ATTGCCCTTGTGCACTCCAATGTTTCCTTCAGTGTTCTTGATATCGAAAGTGATGAAGAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATTGCCCTTGTGCACTCCAATGTTTCCTTCAGTGTTCTTGATATCGAAAGTGATGAAGAG 600
Query 601 TTTTTCCAAACCAATCCTTCTTCTTCAGCATTCTCACTACTGATGAGAGATGCAGGGACC 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTTTTCCAAACCAATCCTTCTTCTTCAGCATTCTCACTACTGATGAGAGATGCAGGGACC 660
Query 661 GAGGCTGTAAATTCGCTTTGTAAAGTAAACGTTACAGATGGCATGCTGAATGTCTCTGGT 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAAGCTGTAAATTCGCTTTGTAAAGTAAACGTTACAGATGGCATGCTGAATGTCTCTGGT 720
Query 721 TTTGAGTGTGCGGATGACTGGAAGCCTACGGATGGGCAACAAACAGGAAGACGCAATAGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTGAGTGTGCGGATGACTGGAAGCCTACGGATGGGCAACAAACAGGAAGACGCAATAGA 780
Query 781 CTTCAATCCAATCCTGGTTACATTTTGTGCATAACATGTCCACGCCATCTTTATGAATTC 840
||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 781 CTTCAATCCAACCCTGGTTACATTCTGTGCATAGCATGTCCACGCCGTCTTTATGAATTC 840
Query 841 TCGTTTGAACCATCAAAGACGCATGTTGAGTTCAAGAAGTGGGGACCTGTACTTGCCTTA 900
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCGTTTGAACCATCAAAGACGCACGTTGAGTTCAAGAAGTGGGGACCTGTACTTGCCTTT 900
Query 901 ATAGAAAGAATCGTTCTAGCCAACTGGAAGAAAGATAGAAATCTTGAACTTTTTGGTGGG 960
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 901 ATAGAAAGAATCACTCTAGCCAACTGGAAGAAAGATAGAATTCTTGAACTTTTTGATGGG 960
Query 961 GGAGCTGATCTACTGGCCCAAGGTGATAGACAAGACCTGATTGATAACAAAATTAGACTT 1020
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 GGAGCTGATATACTGGCAAAAGGTGATAGACAAGACCTGATTGATGACAAAATTAGACTT 1020
Query 1021 CAAAACG 1027
|||||||
Sbjct 1021 CAAAACG 1027
Score = 881 bits (477), Expect = 0.0
Identities = 516/535 (96%), Gaps = 2/535 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2823 AAAGGTACTGCCGGAGAGGGGTTATCAGTTACTTCAGAGTTATTCAGAGCAGATAAGAGA 2882
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2973 AAAGGTACTGCCGGAGATGGGTTATCAGTTACTCCAGAGTTATTCAGAGCAGATAAGAGA 3032
Query 2883 CTGGGGTTGGATCTGCAACATTAATGTAGAAGGGTCAACGTCCTTTAAGAAAAACATGAG 2942
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3033 CTGGGGTTGGATCTGCAACATTACTGTAGAAGGGTCAACGTCCTTTAAGAAAAACATGAG 3092
Query 2943 CATCATCCAGCGGAAACCAACACCAATCACACTTAATGCGGTTCCATGCATTCTGGGTGT 3002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3093 CATCATCCAGCGGAAACCAACACCAATCACACTTAATGCGGTTCCATGCATTCTGGGTGT 3152
Query 3003 AAATCTATCAGATGTTGATCTATTAGAGTTTCTTCAGCAGCTTGCTGATACTGACGGATC 3062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3153 AAATCTATCAGATGTTGATCTATTAGAGTTTCTTCAGCAGCTTGCTGATACTGACGGATC 3212
Query 3063 ATCAACAATTCCTCCATCTGTTCTTCGGGTCCTAAATTCCAAAGCCTGCAGAGGTGCAAT 3122
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3213 ATCAACTATTCCTCCATCTGTTCTTCGAGTCCTAAATTCCAAAGCCTGTAGAGGTGCAAT 3272
Query 3123 TATGTTTGGAGATTCTCTGTTACCGTCAGAATGCTCTTTAATCATTGATGGACTGAAGCA 3182
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3273 TATGTTTGGAGATAGTCTGTTACCGTCAGAATGCTCTTTAATCATTGATGGACTGAAGCA 3332
Query 3183 GACTTCACTTTGTTTCCAGTGTGCTCATGGGAGACCTACAACAGTTCCTCTAGTCAATTT 3242
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3333 GACCTCACTTTGTTTCCAGTGTGCTCATGGGCGACCTACAACAGTTCCTCTTGTCGATTT 3392
Query 3243 GAAGACATTGCACAAACAGATAGCAAAGCTCAGTGGTAGACAAGTGTGGCATGGCTTCCA 3302
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3393 GAAGGCATTGCACAAACAGATAGCAAAGCTCAGTGGAAGACAAGTGTGGCATGGCTTACA 3452
Query 3303 ACGCAGAGAAATTACACTTGATCGTGCTAAGTCACGCTTAGACGAA-GCTAAAAG 3356
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3453 ACGCAGAGAAATTACACTTGATCGTGCAAAATCACGCTTAGAC-AACGCTAAAAG 3506
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167206421019
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5