BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg330119
Length=2331
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G13970.1 | Symbols: | zinc ion binding | chr4:8070189-80755... 3786 0.0
> AT4G13970.1 | Symbols: | zinc ion binding | chr4:8070189-8075501
REVERSE LENGTH=2935
Length=2935
Score = 3786 bits (2050), Expect = 0.0
Identities = 2242/2336 (96%), Gaps = 8/2336 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTAGATGGGATCAGATTTTCTCCTTACCTGTGCAAAATCCTACTTTGCCAGAATTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 92 ATGGCTAGATGGGATCAGATTTTCTCCTTACCTGTGCAAAATCCTACCTTGCCAGAATTT 151
Query 61 TCTTCTGCCGATCTTGTTTGGTCAAAGGTTGAAGGTTACCGGGACAATATAGATAGGTTA 120
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 TCTTCTACCGATCTTGTCTGGTCAAAGGTTGAAGGTTACCGGGACAATATAGATAGGTTA 211
Query 121 GCCCTCATCCCGTATACTAGGGTCGATGATTTTGTAAGAGGTGAATCCTCGAATAAAGAT 180
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 212 GCCCTCATCCCATATACTAGGGTGGATGATTTTGTAAGAGGTGAATGCTCGAATAAAGAT 271
Query 181 TGTCCTACAAGTTTCCATGTCGAAGCTAGACGACGGAAAGCCAAAGGGAAAAAATATAAG 240
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 272 TGTCCTACAAGTTTCCATGTTGAAGCTAGACGACGGAAAGCCAAAGGAAAAAAATATAAG 331
Query 241 CCAAAGGTGGATGGCATCCTGGAGTATATTCTGTATTGGTGTTCCTTTGGACCGGATGAC 300
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 CCAAAGGTGGATGGCATCTTGGAGTATATTCTGTATTGGTGTTCCTTTGGACCGGATGAC 391
Query 301 AATAGGAAAGGCGGAGCTGTACGACCAAGTAGGAGCACATATGTTCCGAAAAAGAACAAT 360
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 392 AATAGGAAAGGCGGAACTGTACGGCCAAGTAGGAGTACGTATGTTCCGAAAAAGAACAAT 451
Query 361 GCAGGCCGACCCAATTCTAAGAGAGGTTGCAGGTGTCACTTCATTGTGAAACGCTTAATT 420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 GCAGGCCGACCCAATTCTAAGAGAGGGTGCAGGTGTCACTTCATTGTGAAACGCTTAATT 511
Query 421 GCAGAACCAACTGTGGCTTTAGTAATTTATAACAATGACAAGCATGTAGATGAAAAAGGG 480
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 GCAGAACCGACTGTAGCATTAGTAATTTATAACAATGACAAGCATGTAGATGAAAAAGGG 571
Query 481 TTGCCCTGCCACGGTCCACAAGACAAAAAGGCGGCTGGAACAAGAGCCATGTTTGCTCCA 540
|| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 TTTCCGTGCCATGGTCCACAAGACAAAAAGGCTGCTGGAACAAGAGCCATGTTTGCTCCA 631
Query 541 TATATATCAGAAGACCTTAGGCTACGTGTATCATCGTTGCTCTATGTGGGTGTCTCTGTG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 632 TATATATCAGAAGACCTTAGGCTACGTGTATCATCTTTGCTCTATGTCGGTGTCTCTGTG 691
Query 601 GAGACCATAATGCAAAGGCATAATGAATCAGTGGAAAAACAAGGTGGTCCAAGTAACCGA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GAGACCATAATGCAAAGGCATAATGAATCAGTGGAAAAACAAGGTGGTCCAAGTAACCGA 751
Query 661 GATGATTTGTTAACTCATAGATATGTACGAAGACTTGAGAGGAGTATACGACGTTCATCA 720
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||
Sbjct 752 GATGATCTGTTAACTCATAGATATGTACGAAGACTTGAGAGGAGCATTCGACGTTCAACA 811
Query 721 TATGAGCTCAATGAGGATGATGATATCAGCATCAGCATGTGGGTTGAAAGTCATCAAAGT 780
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 812 TATGAGCTCGATGAGGATGATGATGTCAGCATCAGCATGTGGGTTGAAAGTCACCAAAGT 871
Query 781 CATGTGTTTTTCTTCGAGGGGTTCTCTGATACAGACCCTTTCTCCTTGGGTATCCAAACT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 872 CATGTGTTTTTCTTCGAGGGGTTCTCTGATACAGACCCTTTTTCCTTGGGTATCCAAACT 931
Query 841 GAGTGGCAGTTGCAACAAATGATTAGATTTGGAAACTGTAGACTTTTGGCTTCAGACTCA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 GAGTGGCAGTTGCAACAAATGATTAGATTTGGAAACTGTAGACTTTTGGCTTCAGACTCA 991
Query 901 AGGTTTGGGACAAATACACTAAAGTATCCTATCCATAGTCTTGTTGTATTCGACTCTGAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 AGGTTTGGGACAAATACACTAAAGTATCCTATCCATAGTCTTGTTGTATTCGACTCTGAG 1051
Query 961 AATAAGGCTATTCCAGTTGCTTGGATAATTGCACCGCGGTTTTCCAGTGGAGATGCATAT 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1052 AATAAGGCTATTCCAGTTGCTTGGATAATTGCACCGCGGTTTTCTAGTGGAGATGCATAC 1111
Query 1021 AGATGGATGAGAGCTCTTTGTAACCGAGTCCATGCCAAGGATCCCTCCTGGAAGGTGGCT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 AGATGGATGAGAGCTCTTTGTAACCGAGTCCATGCCAAGGATCCCTCCTGGAAGGTGGCT 1171
Query 1081 GGGTTCATAGTTGATGATCCTTTTGCTGACATAATAACGATCAGGGATGTATTTCAGTGT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 GGGTTCATAGTTGATGATCCTTTTGCTGACATAATAGCGATCAGGGATGTATTTCAGTGT 1231
Query 1141 CCAGTCTTGTTTTCCTTTTGGCGTGTTCGCCATGCATGGCATAAGAACATAATCAAGAGA 1200
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 CCAGTCTTGTTTTCCTTTTGGCGTCTTCGCCATGCATGGCATAAGAACATAATCAAGAGA 1291
Query 1201 TGTCCAGAAACAGAGACTCGCGTTGATATTTCAAGACATCTTGGGCAGGCTGTTGATAAA 1260
|||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1292 TGTCGAGAAACAAAGACACGCGTTGAGATTTCAAGACATCTTGGGCAGGCTGTAGATAAA 1351
Query 1261 ATCTGTAGAAGGCAAGGAACAGCCACATTGTTTGACACTTTTGCAGAGGATTTTGTTGGT 1320
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1352 ATCTCTAGAAGGCAAGGAACAGCCACATTGTTTGACAGTTTTGTGGAGGATTTTGTTGGT 1411
Query 1321 AGTCCAGAATTTGTGGAGTACTTCAGATCTGTTTGGTCTCCCAGAATAGGAGCCTGGACA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 AGTCCAGAATTTGTGGAGTACTTCAGATCTGTTTGGTCTCCCAGAATAGGAGCCTGGACT 1471
Query 1381 AGTGCGTTACAATCTCTTCCCTTGGCAAGCCAAGAGACTTGTGCAGCGATGGAGCTTTAT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 AGTGCGTTACAATCTCTTCCCTTGGCAAGCCAAGAGACCTGTGCAGCGATGGAGCTTTAC 1531
Query 1441 CACTATCAGCTGAAGTGCAGGCTTTTGAATGAGAGGGACTCTGAAGCTTATCAACGTGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 CACTATCAGCTGAAGTGCAGGCTTTTGAATGAGAGGGACTCTGAAGCTTATCAACGTGCT 1591
Query 1501 GATTGGTTGGTCGATAAGTTAGGGACAAAAGTACATTCTTACTTCTGGCTTGATGAATAT 1560
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1592 GATTGGTTGGTTGATAAGTTAGGGACAAAAGTACATTCTTACTTCTGGCTTGACGAATAT 1651
Query 1561 TCTGGAAAAGATAATTTTGCCAGGTACTGGAAAGAGGAATGGGTGAGCGGGTTGACTTCC 1620
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1652 TCTGGAAAGGATAATTTTGCCAGGTATTGGAAAGAGGAATGGGTGAGCGGGTTGACTTCC 1711
Query 1621 TTCCGCAAAGCATTGAGTATACCAGATTCTGATGTTGTTATCTCTGGTATGTCTGCAAAA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 TTCCGCAAAGCATTGAGTATACCAGATTCTGATGTTGTTATCTCTGGTATGTCTGCAAAA 1771
Query 1681 ATAACAGATGAGTGTGATGGCAACGAAATTCATGT-GT--GGAATCCAGGTTCACAGTTT 1737
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||
Sbjct 1772 ATAACAGATGAGTGTGACGGCAACGAAATTCATGTTGTATGGAATCCAGGGTCACAGTTT 1831
Query 1738 GGGGTTTGCAGTTGCAGCTGGGCAGAAAAGGGATACTTATGTAAGCACATGATCAAACTT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1832 GGGGTTTGCAGTTGCAGCTGGGCAGAAAAGGGATACATATGTAAGCACATGATCAAGCTT 1891
Query 1798 ACACAGCTCTGTCTAGGGAACCGAGCTGCTAGGCAATCCGCGAGCCTTCTACAGTATTAT 1857
||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 ACACAACTCTGTCTAGGAAACCGAGCTGCCAGGCAATCTGCGAGCCTTCTACAGTATTAT 1951
Query 1858 CAGACCTTGATTGATCTGCTACACTGCCCACCTCACGATTCCTTGTTTCGTGATTATGCA 1917
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1952 CAGACTTTGATTGATCTGCTACGCTGCCCACCTCACGATTCCTTGTTTCGTGATTATGCA 2011
Query 1918 ATTTCTTTAGCCGTCTCTGTGGAAAAGCAAATAAACGCACCCGGCAATCTGCAAAAGAGT 1977
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2012 GTCTCTTTAGCTGTCTCTGTGGAAAAGCAAATAAACGCACTCGGCTATCTGCAAAAGAGT 2071
Query 1978 GATGCTAACGAAGGTAACTTGCAGAAAGAAATTGCTTTCAGTGAACCATCTAATGGAAAA 2037
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2072 GATGCTAATGAAGGTAACTTGCAGAAAGAAATTGCTTTCAGTGAACCATCTAGTGGAAAA 2131
Query 2038 TCTCTTGATGAATCTAACTTGCTAGATAAACATGAGGGTCATGGCGAAGTTGCTACTAAT 2097
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2132 TCTCTTGATGAATCTGACTTGCTAGATAAGCATGAGGGTCATGGTGAAGTTGCTACTGAT 2191
Query 2098 TTAGATGGTGCG-TTGAGTAAAATGCCAATGAGTTGTCTGAGGGTCTGCTCAGAAAATGT 2156
|||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2192 TTAGATGGCG-GATTGAGTAAAATGCCAATGAGTTGTCTGAGGGTCTGCTCAGGAAATGC 2250
Query 2157 AAAAGACATTATTTCAGGTTCTGAAATGGAAATCGAACCTTCACT-GTGTTCAACCAAAG 2215
| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||||||
Sbjct 2251 AGAAGACATTATTTCGGGTTCTGAAATGGAAATTGGACTTTCACCAG-GTTCAACCAAAG 2309
Query 2216 CTGCTGCAGAAGATGTTACCTCTACTGTGCAGAATGGTACAGACACCGCGAACGAGAATT 2275
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2310 CTGCTGCAGAAGATGTTACCTCTACTGTTCAGAATGGTACAGACAGTGCGAACGAGAATT 2369
Query 2276 GTGAAAGAGGTGCGAAAAGGTTGAAAATTTGGGCACCCGAGCAAGGGAGTGTATGA 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||
Sbjct 2370 GTGAAAGAGGTGCGAAAAGGTTGAAAATTTGGGCACCGGAG-AACGGAGTGTATGA 2424
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115712256225
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5